Информационный ресурс по арабидопсису
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | ресурс сообщества и онлайн- база данных модельных организмов , содержащая данные по генетике и молекулярной биологии модельного растения Arabidopsis thaliana , широко известного как кресс-салат с мышиным ухом. |
| Организмы | Арабидопсис Талиана |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Феникс Биоинформатика |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://www.arabidopsis.org/ |
Информационный ресурс Arabidopsis ( TAIR ) — это общественный ресурс и онлайн- база данных модельных организмов , содержащая генетические и молекулярно-биологические данные модельного растения Arabidopsis thaliana , широко известного как кресс-салат «мышиное ухо». [1]
TAIR объединяет информацию о геноме Arabidopsis, генах, генных продуктах, природных вариантах, мутантных аллелях и фенотипах растений, а также исследовательскую литературу. Данные в TAIR можно получить с помощью простого и расширенного поиска, инструментов массового запроса и загрузки, а также в коллекциях подготовленных текстовых файлов. Геном арабидопсиса и аннотации можно визуализировать с помощью интерактивных инструментов SeqViewer и GBrowse. Биокураторы ТАИР отвечают за сбор и интеграцию данных из научной литературы (функциональная аннотация). [2] а также за помощь сообществу в использовании данных и инструментов Arabidopsis. ТАИР сотрудничает с Консорциумом биологических ресурсов арабидопсиса. [3] (ABRC), чтобы позволить исследователям искать, просматривать и заказывать запасы семян и ДНК. Миссия ABRC — приобретать, сохранять и распространять ресурсы семян и ДНК, которые будут полезны исследовательскому сообществу Arabidopsis. Сообщество ТАИР насчитывает более 28 000 зарегистрированных пользователей. [4] и веб-сайт привлекает около 60 000 уникальных посетителей в месяц. [5]
ТАИР находится в Центре биоинформатики Феникса, [6] и финансируется за счет подписок. [7]
финансирования ТАИР История
С момента своего создания в 1999 по 2013 год ТАИР в основном финансировался Национальным научным фондом (грант № DBI-0850219). В ответ на прекращение финансирования NSF основная группа сотрудников ТАИР основала некоммерческую организацию Phoenix Bioinformatics. [6] с целью поиска творческих решений для обеспечения устойчивости баз данных. В сентябре 2013 года при поддержке Phoenix ТАИР перешла на доходы от подписки. Плата за подписку используется для финансирования постоянного хранения данных и совершенствования базы данных и инструментов ТАИР. ТАИР предлагает различные варианты подписки для доступа к полному и актуальному ресурсу. [8]
Чтобы обеспечить максимальный доступ сообщества к данным и способствовать повторному использованию данных, данные TAIR, предназначенные только для подписчиков, становятся общедоступными через год после их первоначального размещения на сайте TAIR. [9]
Ссылки [ править ]
- ^ Ламеш, П; Берардини, Теннесси; Ли, Д; Сварбрек, Д; Уилкс, К; Сасидхаран, Р; Мюллер, Р; Дреер, К; Александр, ДЛ; Гарсия-Эрнандес, М; Картикеян А.С.; Ли, Швейцария; Нельсон, штат Вашингтон; Плетц, Л; Сингх, С; Вензель, А; Хуала, Э (2012). «Информационный ресурс арабидопсиса (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (База данных): D1202-10. дои : 10.1093/nar/gkr1090 . ПМК 3245047 . ПМИД 22140109 .
- ^ Берардини, Теннесси; Мундоди, С; Райзер, Л; Уала, Э; Гарсия-Эрнандес, М; Чжан, П; Мюллер, Луизиана; Юн, Дж; Дойл, А; Ландер, Г; Мосейко Н; Йоу, Д; Сюй, я; Цеклер, Б; Монтойя, М; Миллер, Н.; Уимс, Д; Ри, С.Ю. (2004). «Функциональная аннотация генома Arabidopsis с использованием контролируемых словарей» . Физиология растений . 135 (2): 745–55. дои : 10.1104/стр.104.040071 . ПМК 514112 . ПМИД 15173566 .
- ^ «АБРК» . abrc.osu.edu .
- ^ «Поиск сообщества ТАИР» . ТАИР . Проверено 11 мая 2015 г.
- ^ «ТАИР Гугл Аналитика» . Гугл Аналитика . Проверено 12 мая 2015 г.
- ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Феникс Биоинформатика» . www.phoenixbioinformatics.org .
- ^ «Подписки ТАИР» .
- ^ «Страница подписки ТАИР» . ТАИР . Проверено 12 мая 2015 г.
- ^ «Новости публикации данных ТАИР» . ТАИР . Проверено 12 мая 2015 г.
