Информационная сеть данио
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных модельных организмов рыб данио. |
| Организмы | данио |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Орегона |
| Первичное цитирование | Брэдфорд и др. (2011) [1] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://zfin.org |
( Информационная сеть рыб данио ZFIN ) — это онлайн- биологическая база данных с информацией о рыбках данио ( Danio rerio ). Рыбка данио — это широко используемый модельный организм для генетических , геномных исследований и исследований развития , а ZFIN предоставляет интегрированный интерфейс для запроса и отображения большого объема данных, полученных в результате этих исследований. [2] Чтобы облегчить использование рыбок данио в качестве модели биологии человека , ZFIN связывает эти данные с соответствующей информацией о других модельных организмах (например, мышах ) и базах данных о заболеваниях человека. [3] многочисленные ссылки на внешние базы данных последовательностей (например, GenBank Включены ) и браузеры геномов. Данные о генном продукте, экспрессии генов и фенотипе сопровождаются терминами из биомедицинских онтологий . ZFIN базируется в Университете Орегона в США, а финансирование предоставляется Национальными институтами здравоохранения (NIH).
Содержание [ править ]
ZFIN состоит из двух основных частей:
- веб-сайт с новостями и объявлениями сообщества, а также биологические ресурсы, такие как лабораторные протоколы, руководство по генной номенклатуре и информация по анатомии.
- , реляционная база данных содержащая биологические данные, взятые из научной литературы и непосредственно предоставленные исследовательскими лабораториями рыб данио (например, высокопроизводительный анализ экспрессии генов Thisse). [4] ).
Информация в ZFIN тесно связана с веб-ресурсами Международного ресурсного центра по рыбкам данио ( ZIRC ), Китайского ресурсного центра по рыбкам данио ( CZRC ) и т. д., которые поддерживают и предоставляют исследовательские ресурсы, материалы и услуги, связанные с рыбками данио.
Интерфейс реляционной базы данных ZFIN предоставляет формы запросов и страницы отображения для следующих типов биологических данных:
- Гены, маркеры и клоны
- Экспрессия генов
- Антитела
- Выравнивание последовательностей ( BLAST )
- Мутанты и трансгенные линии
- Анатомия
- Генетические карты
ZFIN также ведет базу данных публикаций, лабораторий, людей и компаний, связанных с рыбками данио.
В дополнение к своим специализированным поисковым интерфейсам ZFIN обеспечивает глобальный поиск по сайту, подобный Google .
-сообщество ZFIN Вики дает исследователям рыб данио возможность делиться информацией о лабораторных протоколах и антителах.
Примечания и ссылки [ править ]
- ^ Брэдфорд, Ивонн; Конлин, Том; Данн, Натан; Фашена, Дэвид; Фрейзер, Кен; Хоу, Дуглас Дж; Найт, Джонатан; Мани, Прита; Мартин, Райан; Моксон, Сьерра-Австралия; Пэддок, Холли; Пич, Кристиан; Рамачандран, Шридхар; Рюф, Барбара Дж; Ружичка, Лейла; Бауэр Шапер, Холле; Шапер, Кевин; Шао, Сян; Певица Эми; Спрэг, Джуди; Спрунгер, Брок; Ван Слайк, Кери; Вестерфилд, Монте (январь 2011 г.). «ZFIN: улучшения и обновления базы данных модельных организмов данио» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D822-9. дои : 10.1093/нар/gkq1077 . ПМК 3013679 . ПМИД 21036866 .
- ^ Спрэг и др. (2008). Информационная сеть рыб данио: база данных модельных организмов рыб данио обеспечивает расширенную поддержку генотипов и фенотипов. Нуклеиновые кислоты Res 36:D768.
- ^ Проект базы данных рыб данио
- ^ Б. Тис; К. Тисс (2004). «Клоны с быстрым высвобождением: анализ экспрессии с высокой пропускной способностью» . Прямая подача данных ZFIN (неопубликовано).
Внешние ссылки [ править ]
- ZFIN База данных модельных организмов рыб данио
- Аннотация генома данио Вега
- FishMap: Браузер геномики сообщества Zebrafish , поддерживаемый Институтом геномики и интегративной биологии.
- Бета-предварительная версия Zebrafish GenomeWiki поддерживается в Институте геномики и интегративной биологии.
