FlyBase

FlyBase — это онлайн- по биоинформатике база данных и основное хранилище генетических и молекулярных данных по семейству насекомых Drosophilidae . ^{[ 1 ]} Для наиболее широко изученного вида и модельного организма Drosophila melanogaster представлен широкий спектр данных в различных форматах.

Информация в FlyBase поступает из самых разных источников: от крупномасштабных геномных проектов до первичной исследовательской литературы. Эти типы данных включают мутантные фенотипы ; молекулярная характеристика мутантных аллелей ; и другие отклонения, цитологические карты, паттерны экспрессии дикого типа , анатомические изображения, трансгенные конструкции и вставки, модели генов на уровне последовательности и молекулярная классификация функций генных продуктов. ^{[ 2 ]} Инструменты запросов позволяют осуществлять навигацию в FlyBase по последовательностям ДНК или белков, по именам генов или мутантов, а также по терминам из нескольких онтологий, используемых для сбора функциональных, фенотипических и анатомических данных. База данных предлагает несколько различных инструментов запросов, чтобы обеспечить эффективный доступ к имеющимся данным и облегчить обнаружение важных взаимосвязей внутри базы данных. ^{[ 3 ]} Связи между FlyBase и внешними базами данных, такими как BDGP. ^{[ 4 ]} или модЕНКОД, ^{[ 5 ]} предоставить возможности для дальнейшего изучения других баз данных модельных организмов и других ресурсов биологической и молекулярной информации. ^{[ 6 ]} Проект FlyBase реализуется консорциумом исследователей дрозофилы и ученых-компьютерщиков из Гарвардского университета и Университета Индианы в США, а также Кембриджского университета в Великобритании.

FlyBase — одна из организаций, вносящих вклад в базу данных общих моделей организмов (GMOD). ^{[ 7 ]}

По состоянию на 2022 год ^[update] Домашняя страница FlyBase запросила плату за доступ к веб-сайту в размере 150 долларов США на человека в год, заявив, что « NHGRI сократил финансирование FlyBase на 50%». ^{[ 8 ]}

Фон

Drosophila melanogaster является экспериментальным организмом с начала 1900-х годов и с тех пор находится в авангарде многих областей исследований. ^{[ 9 ]} Поскольку эта область исследований распространилась и стала глобальной, исследователям, работающим над одними и теми же проблемами, потребовался способ общаться и отслеживать прогресс в этой области. Первоначально эта ниша была заполнена информационными бюллетенями сообщества, такими как Информационная служба дрозофилы (DIS), которая возникла в 1934 году, когда эта область исследования начала распространяться из Томаса Ханта Моргана лаборатории . Материалы на этих страницах представляют собой регулярные «каталоги» мутаций и библиографии литературы по дрозофилам. По мере развития компьютерной инфраструктуры в 80-х и 90-х годах эти информационные бюллетени уступили место и слились со списками рассылки в Интернете, и в конечном итоге они стали онлайн-ресурсами и данными. В 1992 году данные о генетике и геномике D. melanogaster и родственных видов были доступны в электронном виде через Интернет через финансируемые информационные группы FlyBase, BDGP (Проект генома дрозофилы Беркли) и EDGP (Европейский проект генома дрозофилы). Эти группы признали, что большинство типов данных геномных проектов и сообществ пересекаются. Они решили, что было бы полезно представить научному сообществу комплексное представление данных. В октябре 1992 года Национальный центр исследований генома человека НИЗ профинансировал проект FlyBase с целью разработки, создания и выпуска базы данных генетической и молекулярной информации, касающейся Дрозофила меланогастер . FlyBase также получает поддержку от Совета медицинских исследований в Лондоне. ^{[ 10 ]} В 1998 году консорциум FlyBase интегрировал эту информацию в единый сервер геномики дрозофилы. По состоянию на 2022 год ^[update] Проект FlyBase был реализован консорциумом исследователей дрозофилы и ученых-компьютерщиков из Гарвардского университета , Кембриджского университета (Великобритания), Университета Индианы и Университета Нью-Мексико . ^{[ 11 ]}

Содержание

FlyBase содержит полную аннотацию генома Drosophila melanogaster , которая обновляется несколько раз в год. ^{[ 12 ]} Он также включал доступную для поиска библиографию исследований генетики дрозофилы за последнее столетие. Информацию о нынешних исследователях и частичную историю взаимоотношений между нынешними исследователями можно было найти на основе регистрации участвующего ученого. ^{[ 13 ]} На сайте также имеется большая база данных изображений, иллюстрирующих полный геном, а также несколько фильмов, подробно описывающих эмбриогенез ( ImageBrowser, архивировано 24 марта 2007 г. на Wayback Machine ). Двумя основными компонентами базы данных являются большие наборы данных о нескольких видах, депонированные Консорциумом 12 геномов дрозофилы (Clark et al 2007) и Crosby et al 2007. ^{[ 14 ]}

Стратегии поиска. Отчеты о генах всех двенадцати секвенированных геномов дрозофилы доступны в FlyBase. Существует четыре основных способа просмотра этих данных: Предварительно рассчитанные файлы. ^{[ 15 ]} ВЗРЫВ, ^{[ 16 ]} Gпросмотреть, ^{[ 17 ]} и страницы отчета о генах. Gbrowse и предварительно вычисленные файлы предназначены для полногеномного анализа, биоинформатики и сравнительной геномики. Страницы отчетов BLAST и генов относятся к конкретному гену, белку или региону вида.

При поиске цитологии доступны два основных инструмента. Используйте цитопоиск ^{[ 18 ]} при поиске цитологически картированных генов или дефектов, которые не были молекулярно картированы в последовательности. Используйте Gbrowse при поиске молекулярно картированных последовательностей, вставок или зондов Affymetrix.

В FlyBase есть два основных инструмента запросов. Первый основной инструмент запросов называется Jump to Gene (J2G). Он находится в правом верхнем углу синей панели навигации на каждой странице FlyBase. Этот инструмент полезен, когда вы точно знаете, что ищете, и хотите перейти на страницу отчета с этими данными. Второй основной инструмент запросов называется QuickSearch. Он находится на домашней странице FlyBase. Этот инструмент наиболее полезен, когда вы хотите быстро найти что-то, о чем вы, возможно, знаете лишь немного. Поиск может осуществляться только внутри D. melanogaster или среди всех видов. Данные, отличные от генов, можно искать с помощью меню «Класс данных».

Связанные исследования

Ниже приведены два примера исследований, связанных с FlyBase или использующих ее:

Первый — это исследование экспрессируемых генов крыловидной тли (что означает «имеющий крылья») Toxoptera citricida , более известной как коричневая цитрусовая тля. Коричневая цитрусовая тля считается основным переносчиком вируса цитрусовой тристезы , серьезного патогена, который наносит ущерб цитрусовым предприятиям во всем мире. Крылатая форма этой тли может летать с ветром на большие расстояния, что позволяет ей распространять вирус цитрусовой тристезы в регионах выращивания цитрусовых. Чтобы лучше понять биологию коричневой цитрусовой тли и появление генов, экспрессируемых во время развития крыльев, исследователи предприняли крупномасштабный проект по секвенированию 5'-конца клонов кДНК крылатой тли. Подобные крупномасштабные проекты секвенирования экспрессируемых последовательностей (EST) других насекомых предоставили возможность ответить на биологические вопросы, касающиеся развития и физиологии. постоянно растет база данных Хотя в GenBank ЭСТ насекомых, большинство из них принадлежат Drosophila melanogaster, и относительно немногие из них происходят именно от тли. Исследователи смогли предоставить большой набор данных о EST от крылатой (крылатой) коричневой цитрусовой тли и начали анализировать этот ценный ресурс. Им удалось это сделать с помощью информации о Drosophila melanogaster в FlyBase. Предполагаемую идентичность последовательности определяли с помощью поиска BLAST. Совпадения последовательностей с оценками E-значения ≤ -10 считались значимыми и классифицировались в соответствии с системой классификации Gene Ontology (GO) на основе аннотаций 5 совпадений с «наилучшим попаданием» в поиске BLASTX. Все совпадения с D. melanogaster были каталогизированы с использованием FlyBase. Почти все эти «наилучшие совпадения» были охарактеризованы в отношении функционально аннотированных генов D. melanogaster с использованием FlyBase. Генетическая информация имеет решающее значение для углубления понимания биологии тли и сыграет важную роль в разработке будущих нехимических, основанных на генах стратегий борьбы с этими насекомыми-вредителями. ^{[ 19 ]}
Улучшение онтологии генов дрозофилы Аннотация: Что делают генные продукты и где они это делают, являются важными вопросами для биологов. Проект Gene Ontology был основан 13 лет назад с целью последовательного обобщения этих данных из разных баз данных с использованием общего набора определенных словарных терминов. Они также кодируют отношения между терминами. Проект «Онтология генов» — это крупная инициатива в области биоинформатики, целью которой является стандартизация представления атрибутов генов и генных продуктов между видами и базами данных. Проект также предоставляет данные аннотаций генных продуктов от членов консорциума GO. ^{[ 20 ]} FlyBase был одним из трех членов-основателей Консорциума Gene Ontology. Аннотация GO включает по меньшей мере три компонента: термин GO, который описывает молекулярную функцию, биологическую роль или субклеточное расположение; «код доказательства», который описывает тип анализа, используемый для поддержки термина GO; и указание на конкретную ссылку. Аннотация GO полезна как для мелкомасштабного, так и для крупномасштабного анализа. Он может дать первое представление о природе генного продукта и, в сочетании с кодами доказательств, указать непосредственно на статьи с соответствующими экспериментальными данными. Текущими приоритетами для аннотации являются: гомологи генов заболеваний человека, гены, которые высоко консервативны у разных видов, гены, участвующие в биохимических/сигнальных путях, а также актуальные гены, которые, как показано в недавних публикациях, представляют значительный интерес. FlyBase вносит в проект аннотации GO с момента его запуска в августе 2006 года. Аннотации GO появляются на странице Gene Report в FlyBase. Данные GO доступны для поиска в FlyBase с использованием как TermLink, так и QueryBuilder. GO является динамичным и может меняться ежедневно, например, добавляться новые термины. Чтобы не отставать, FlyBase загружает новую версию GO каждые один или два выпуска FlyBase. Набор аннотаций GO передается в GOC одновременно с выпуском новой версии FlyBase. ^{[ 21 ]}

См. также

Примечания и ссылки

^ Термонд, Джим; Гудман, Джошуа Л; Стрелец Виктор Б; Аттрилл, Хелен; Граматс, Л. Сиан; Мэриголд, Стивен Дж; Мэтьюз, Беверли Б; Милберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С; Кальви, Брайан Р.; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзен Руссо; Агапит, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Граматс, Л. Сиан; Фолс, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зиткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; Аттрилл, Хелен; Гарапати, Фани; Холмс, Алекс; Ларкин, Аойф; Мэриголд, Стивен; Милберн, Джиллиан; Пилигрим, Клэр; Тровиско, Витор; Урбано, Пепе; Кауфман, Томас; Кальви, Брайан; Чох, Брайон; Гудман, Джош; Стрелец, Виктор; Термонд, Джим; Криппс, Ричард; Бейкер, Филипп (8 января 2019 г.). «FlyBase 2.0: следующее поколение» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д759–Д765. дои : 10.1093/nar/gky1003 . ПМК 6323960 . ПМИД 30364959 .
^ Кросби, Мэдлин А; и др. (2007). «FlyBase: Дюжины геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных). Оксфордские журналы: D486–D491. дои : 10.1093/nar/gkl827 . ПМЦ 1669768 . ПМИД 17099233 .
^ Уилсон, Р.Дж.; Гудман, Дж.Л.; Стрелец, В.Б. (2008). «FlyBase: интеграция и улучшения инструментов запросов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D588–93. дои : 10.1093/нар/gkm930 . ПМК 2238994 . ПМИД 18160408 .
^ БДГП
^ модENCODE
^ Дрисдейл, Р. (2008). «FlyBase: база данных для исследовательского сообщества дрозофилы». Дрозофила . Методы Мол. Биол. Том. 420. стр. 45–59. дои : 10.1007/978-1-59745-583-1_3 . ISBN 978-1-58829-817-1 . ПМИД 18641940 .
^ База данных общих моделей организмов (GMOD) .
^ «Главная страница» . ФлайБейс . Проверено 24 апреля 2022 г.
^ Пит Гейгер (2002). «Введение в дрозофилу Melanogaster» . БИОЛОГИЯ.АРИЗОНА.EDU. Архивировано из оригинала 2 августа 2013 года.
^ Гелбарт, ВМ; Кросби, М; Мэтьюз, Б; Риндоне, В.П.; Чиллеми, Дж; Руссо Твомбли, С; Эммерт, Д; Эшбернер, М; Дрисдейл, РА; Уитфилд, Э; Миллберн, штат Джорджия; де Грей, А; Кауфман, Т; Мэтьюз, К; Гилберт, Д; Стрелец, В; Толстошев, С (1997). «FlyBase: база данных дрозофил. Консорциум FlyBase» . Нуклеиновые кислоты Рез . 25 (1): 63–6. дои : 10.1093/нар/25.1.63 . ПМК 146418 . ПМИД 9045212 .
^ «FlyBase: О компании - Консорциум FlyBase» . Вики об авиабазе . Проверено 24 апреля 2022 г.
^ Дрисдейл, Рэйчел; Консорциум Flybase (19 июля 2008 г.). «FlyBase: база данных для исследовательского сообщества дрозофилы». В Даманне, Кристиан (ред.). Дрозофила . Методы молекулярной биологии . Том. 420. Тотова, Нью-Джерси, США: Humana Press. стр. 45–59. дои : 10.1007/978-1-59745-583-1_3 . ISBN 978-1-58829-817-1 . ПМИД 18641940 .
^ «Найди человека» . Архивировано из оригинала 25 мая 2019 года. ^{[ мертвая ссылка ]}
^ Твиди, Сьюзен; Эшбернер, Майкл; Фолс, Кэтлин; Лейланд, Пол; Маккуилтон, Питер; Мэриголд, Стивен; Милберн, Джиллиан; Осуми-Сазерленд, Дэвид; Шредер, Эндрю; Сил, Рут; Чжан, Хайян; Консорциум FlyBase (1 января 2009 г.). «FlyBase: улучшение дрозофилы аннотаций онтологии генов » . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (База данных). ОУП : Д555–Д559. дои : 10.1093/нар/gkn788 . ISSN 0305-1048 . ПМК 2686450 . ПМИД 18948289 . S2CID 332782 .
^ Предварительно рассчитанные файлы
^ ВЗРЫВ
^ Gобзор
^ «Цитопоиск» . Архивировано из оригинала 7 октября 2011 г. Проверено 24 ноября 2011 г.
^ Хантер, ВБ; Данг, премьер-министр; Баушер, МГ; Чапарро, JX; Маккендри, В; Шаттерс, Р.Г.; Маккензи, CL; Синистерра, XH (2003). «Биология тли: экспрессированные гены крылатой Toxoptera citricida, коричневой цитрусовой тли» . Дж. Наука о насекомых . 3 : 23. дои : 10.1093/jis/3.1.23 . ПМК 524662 . ПМИД 15841239 .
^ «Онтология генов» . Проверено 31 мая 2017 г.
^ Твиди, Сьюзен; и др. (2009). «FlyBase: улучшение аннотаций онтологии генов дрозофилы» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных). Оксфордские журналы: D555–D559. дои : 10.1093/nar/gkn788 . ПМК 2686450 . ПМИД 18948289 .

Внешние ссылки

Официальный сайт

[1] Термонд, Джим; Гудман, Джошуа Л; Стрелец Виктор Б; Аттрилл, Хелен; Граматс, Л. Сиан; Мэриголд, Стивен Дж; Мэтьюз, Беверли Б; Милберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С; Кальви, Брайан Р.; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзен Руссо; Агапит, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Граматс, Л. Сиан; Фолс, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зиткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; Аттрилл, Хелен; Гарапати, Фани; Холмс, Алекс; Ларкин, Аойф; Мэриголд, Стивен; Милберн, Джиллиан; Пилигрим, Клэр; Тровиско, Витор; Урбано, Пепе; Кауфман, Томас; Кальви, Брайан; Чох, Брайон; Гудман, Джош; Стрелец, Виктор; Термонд, Джим; Криппс, Ричард; Бейкер, Филипп (8 января 2019 г.). «FlyBase 2.0: следующее поколение» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д759–Д765. дои : 10.1093/nar/gky1003 . ПМК 6323960 . ПМИД 30364959 .

[2] Кросби, Мэдлин А; и др. (2007). «FlyBase: Дюжины геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Проблема с базой данных). Оксфордские журналы: D486–D491. дои : 10.1093/nar/gkl827 . ПМЦ 1669768 . ПМИД 17099233 .

[3] Уилсон, Р.Дж.; Гудман, Дж.Л.; Стрелец, В.Б. (2008). «FlyBase: интеграция и улучшения инструментов запросов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D588–93. дои : 10.1093/нар/gkm930 . ПМК 2238994 . ПМИД 18160408 .

[4] БДГП

[5] модENCODE

[6] Дрисдейл, Р. (2008). «FlyBase: база данных для исследовательского сообщества дрозофилы». Дрозофила . Методы Мол. Биол. Том. 420. стр. 45–59. дои : 10.1007/978-1-59745-583-1_3 . ISBN 978-1-58829-817-1 . ПМИД 18641940 .

[7] База данных общих моделей организмов (GMOD) .

[8] «Главная страница» . ФлайБейс . Проверено 24 апреля 2022 г.

[9] Пит Гейгер (2002). «Введение в дрозофилу Melanogaster» . БИОЛОГИЯ.АРИЗОНА.EDU. Архивировано из оригинала 2 августа 2013 года.

[10] Гелбарт, ВМ; Кросби, М; Мэтьюз, Б; Риндоне, В.П.; Чиллеми, Дж; Руссо Твомбли, С; Эммерт, Д; Эшбернер, М; Дрисдейл, РА; Уитфилд, Э; Миллберн, штат Джорджия; де Грей, А; Кауфман, Т; Мэтьюз, К; Гилберт, Д; Стрелец, В; Толстошев, С (1997). «FlyBase: база данных дрозофил. Консорциум FlyBase» . Нуклеиновые кислоты Рез . 25 (1): 63–6. дои : 10.1093/нар/25.1.63 . ПМК 146418 . ПМИД 9045212 .

[11] «FlyBase: О компании - Консорциум FlyBase» . Вики об авиабазе . Проверено 24 апреля 2022 г.

[Drysdale-12] Дрисдейл, Рэйчел; Консорциум Flybase (19 июля 2008 г.). «FlyBase: база данных для исследовательского сообщества дрозофилы». В Даманне, Кристиан (ред.). Дрозофила . Методы молекулярной биологии . Том. 420. Тотова, Нью-Джерси, США: Humana Press. стр. 45–59. дои : 10.1007/978-1-59745-583-1_3 . ISBN 978-1-58829-817-1 . ПМИД 18641940 .

[13] «Найди человека» . Архивировано из оригинала 25 мая 2019 года. ^{[ мертвая ссылка ]}

[Tweedie-et-al-2009-14] Твиди, Сьюзен; Эшбернер, Майкл; Фолс, Кэтлин; Лейланд, Пол; Маккуилтон, Питер; Мэриголд, Стивен; Милберн, Джиллиан; Осуми-Сазерленд, Дэвид; Шредер, Эндрю; Сил, Рут; Чжан, Хайян; Консорциум FlyBase (1 января 2009 г.). «FlyBase: улучшение дрозофилы аннотаций онтологии генов » . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (База данных). ОУП : Д555–Д559. дои : 10.1093/нар/gkn788 . ISSN 0305-1048 . ПМК 2686450 . ПМИД 18948289 . S2CID 332782 .

[15] Предварительно рассчитанные файлы

[16] ВЗРЫВ

[17] Gобзор

[18] «Цитопоиск» . Архивировано из оригинала 7 октября 2011 г. Проверено 24 ноября 2011 г.

[19] Хантер, ВБ; Данг, премьер-министр; Баушер, МГ; Чапарро, JX; Маккендри, В; Шаттерс, Р.Г.; Маккензи, CL; Синистерра, XH (2003). «Биология тли: экспрессированные гены крылатой Toxoptera citricida, коричневой цитрусовой тли» . Дж. Наука о насекомых . 3 : 23. дои : 10.1093/jis/3.1.23 . ПМК 524662 . ПМИД 15841239 .

[20] «Онтология генов» . Проверено 31 мая 2017 г.

[21] Твиди, Сьюзен; и др. (2009). «FlyBase: улучшение аннотаций онтологии генов дрозофилы» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных). Оксфордские журналы: D555–D559. дои : 10.1093/nar/gkn788 . ПМК 2686450 . ПМИД 18948289 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

[ 11 ]

[ 12 ]

[ 13 ]

[ 14 ]

[ 15 ]

[ 16 ]

[ 17 ]

[ 18 ]

[ 19 ]

[ 20 ]

[ 21 ]

v т и Биоинформатика
Базы данных	Базы данных последовательностей: GenBank , Европейский архив нуклеотидов , Банк данных ДНК Японии и Национальный банк генов Китая. Вторичные базы данных: UniProt , база данных последовательностей белков, группирующихся вместе Swiss-Prot , TrEMBL и ресурс информации о белках. Другие базы данных: BioNumbers , Protein Data Bank , Ensembl , InterPro , KEGG и Gene Ontology. Специализированные геномные базы данных: BOLD , База данных генома Saccharomyces , FlyBase , VectorBase , WormBase , База данных генома крысы , PHI-база , Информационный ресурс Arabidopsis , GISAID и Информационная сеть данио-рерио.
Программное обеспечение	ВЗРЫВ Галстук-бабочка Кластал ЭМБОСС ХММЕР МЫШЦЫ ЯЩЕР SAMtools Мыльный пакет Цилиндр
Другой	Сервер: ExPASy Розалинда (образовательная платформа)
Учреждения	Броуд Институт Департамент вычислительной биологии (CBD) Microsoft Research - Центр вычислительной и системной биологии Университета Тренто (COSBI) Центр баз данных по наукам о жизни (DBCLS) Банк данных ДНК Японии (DDBJ) Европейский институт биоинформатики (EMBL-EBI) Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) Институт Флэтайрон Институт Дж. Крейга Вентера (JCVI) Институт молекулярно-клеточной биологии и генетики Макса Планка (MPI-CBG) Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI) Японский институт генетики Нидерландский центр биоинформатики (NBIC) Филиппинский геномный центр (PGC) Исследования Скриппса Швейцарский институт биоинформатики (SIB) Добро пожаловать в Институт Сэнгера Институт Уайтхеда
Организации	Африканское общество биоинформатики и вычислительной биологии (ASBCB) Австралийский ресурс по биоинформатике (EMBL-AR) Европейская сеть молекулярной биологии (EMBnet) Международное сотрудничество по базам данных нуклеотидных последовательностей (INSDC) Международное общество биокурации (ISB) Международное общество вычислительной биологии (ISCB) Студенческий совет (ISCB-SC) Институт геномики и интегративной биологии (CSIR-IGIB) Японское общество биоинформатики (JSBi)
Встречи	Базельская конференция по вычислительной биологии ‎ ([BC ²]) Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB) Интеллектуальные системы молекулярной биологии (ISMB) Международная конференция по биоинформатике (InCoB) Международная конференция по методам вычислительного интеллекта для биоинформатики и биостатистики (CIBB) ISCB Africa Конференция ABCCB по биоинформатике Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB) Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (RECOMB)
Форматы файлов	Формат CRAM ФИКСИРОВАННЫЙ формат Формат FASTQ Формат NeXML Формат Нексуса Формат Пайлапа Формат SAM Стокгольмский формат Формат VCF формат GFF формат GTF
Связанные темы	Вычислительная биология Список биобанков Список биологических баз данных Молекулярная филогенетика Секвенирование База данных последовательностей Выравнивание последовательности
Категория Коммонс