✖


Jump to content

База данных модельных организмов

Add links

Базы данных модельных организмов ( MOD ) — это биологические базы данных или базы знаний, предназначенные для предоставления углубленных биологических данных для интенсивно изучаемых модельных организмов . MODs позволяют исследователям легко находить исходную информацию о больших наборах генов, эффективно планировать эксперименты, объединять свои данные с существующими знаниями и строить новые гипотезы. [1] [2] Они позволяют пользователям анализировать результаты и интерпретировать наборы данных, а генерируемые ими данные все чаще используются для описания менее изученных видов. [1] Там, где это возможно, МО используют общие подходы к сбору и представлению биологической информации. Например, все моды используют Генную Онтологию (GO). [3] [4] для описания функций, процессов и клеточного расположения конкретных генных продуктов. Также существуют проекты, позволяющие совместно использовать программное обеспечение для курирования, визуализации и выполнения запросов между различными модами. [5] Однако разнообразие организмов и различные требования пользователей означают, что модам часто требуется настраивать сбор, отображение и предоставление данных. [1]

Типы данных и услуг

[ редактировать ]

Базы данных модельных организмов генерируют, получают и сопоставляют информацию о конкретных видах комплексно, сочетая экспертные знания с подбором литературы и биоинформатикой.

Услуги, предоставляемые биологическим исследовательским сообществам, включают:

  • Аннотации последовательности генома
    • Расположение генов и регуляторных областей в геноме
  • Функциональное курирование генных продуктов
    • Выявите функции, выполняемые продуктом гена, просматривая различные данные, включая аннотации Gene Ontology (GO), фенотипы, экспрессию генов, информацию о путях.
  • Аннотации последовательностей белков/РНК
  • Анатомическая информация
  • Складские центры
  • Ортология

Список баз данных модельных организмов

[ редактировать ]
Общее имя Научное название Страница в Википедии Выход из базы данных
пекарские дрожжи Сахаромицеты cerevisiae База данных геномов сахаромицетов сингапурский доллар [6]
Делящиеся дрожжи Шизосахаромицеты помбе PomBase PomBase [7] [8] [9] [10]
Когтистая лягушка Ксеноп Ксенбаза Ксенбаза [11] [12]
Морские ежи, морские звезды и т. д. Иглокожие Эхинобаза Эхинобаза [13]
Плодовая мушка Дрозофила меланогастер FlyBase FlyBase [14]
Пчелы, осы, муравьи Перепончатокрылые База данных генома перепончатокрылых ХГД [15]
Мышь Мышиная мышца Информатика генома мыши МГИ [16]
Нематода Ценорабдитис элегантный Червячная база Червячная база [17]
Крыса Раттус норвегикус База данных генома крысы РГД [18]
Социальная амеба Диктиостелиум дискоидеум ДиктиБаза dictyBase [19]
Инфузория Тетрахимена термофила База данных генома тетрахимены ТГД
Кресс-салат Тале Арабидопсис Талиана Информационный ресурс по арабидопсису ТРИ [20]
кукуруза Зеа Мэйс подвид. Мэйс - ЧастыйGDB [21] [22]
соевый Глицин соевый Соевая база Соевая база [23]
данио Дания рерио Информационная сеть данио ТАНЕЦ [24]
- Кандида альбиканс - ЦГД [25]
- кишечная палочка ЭкоЦик ЭкоЦик [26]
Сенная палочка Бацилла субтилис - Субти вики [27]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б с Оливер С.Г., Лок А., Харрис М.А., Медсестра П., Вуд В. (июнь 2016 г.). «Базы данных модельных организмов: важные ресурсы, которые нуждаются в поддержке как спонсоров, так и пользователей» . БМК Биология . 14 (1): 49. дои : 10.1186/s12915-016-0276-z . ПМК   4918006 . ПМИД   27334346 .
  2. ^ Бонд М., Холтхаус С.М., Таммен И., Тир Дж., Рассел С. (ноябрь 2013 г.). «Использование модельных организмов для изучения нейронального цероидного липофусциноза» . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Молекулярные основы болезней . 1832 (11): 1842–65. дои : 10.1016/j.bbadis.2013.01.009 . ПМИД   23338040 .
  3. ^ Эшбернер М., Болл К.А., Блейк Дж.А., Ботштейн Д., Батлер Х., Черри Дж.М. и др. (май 2000 г.). «Онтология генов: инструмент для объединения биологии. Консорциум онтологии генов» . Природная генетика . 25 (1): 25–9. дои : 10.1038/75556 . ПМК   3037419 . ПМИД   10802651 .
  4. ^ Консорциум генной онтологии (январь 2015 г.). «Консорциум генной онтологии: будущее» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D1049-56. дои : 10.1093/nar/gku1179 . ПМЦ   4383973 . ПМИД   25428369 .
  5. ^ О'Коннор Б.Д., День А, Каин С., Арнаис О., Сперлинг Л., Штейн Л.Д. (2008). «GMODWeb: веб-фреймворк для базы данных типовых модельных организмов» . Геномная биология . 9 (6): Р102. дои : 10.1186/gb-2008-9-6-r102 . ПМК   2481422 . ПМИД   18570664 .
  6. ^ Черри Дж.М., Хонг Э.Л., Амундсен С., Балакришнан Р., Бинкли Г., Чан Э.Т. и др. (январь 2012 г.). «База данных геномов Saccharomyces: геномный ресурс почкующихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D700-5. дои : 10.1093/nar/gkr1029 . ПМК   3245034 . ПМИД   22110037 .
  7. ^ Лок А., Резерфорд К., Харрис М.А., Хейлс Дж., Оливер С.Г., Бэлер Дж., Вуд В. (январь 2019 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д821–Д827. дои : 10.1093/nar/gky961 . ПМК   6324063 . ПМИД   30321395 .
  8. ^ Вуд В., Харрис М.А., Макдауэлл, доктор медицинских наук, Резерфорд К., Воган Б.В., Стейнс Д.М. и др. (январь 2012 г.). «PomBase: обширный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D695-9. дои : 10.1093/nar/gkr853 . ПМК   3245111 . ПМИД   22039153 .
  9. ^ Макдауэлл, доктор медицинских наук, Харрис М.А., Лок А., Резерфорд К., Стейнс Д.М., Бэлер Дж. и др. (январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных делящихся дрожжей» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D656-61. дои : 10.1093/nar/gku1040 . ПМЦ   4383888 . ПМИД   25361970 .
  10. ^ Лок А., Резерфорд К., Харрис М.А., Вуд В. (2018). «PomBase: научный ресурс по делящимся дрожжам». Базы данных генома эукариот . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 49–68. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_4 . ISBN  978-1-4939-7736-9 . ПМК   6440643 . ПМИД   29761456 .
  11. ^ Карими К., Фортрид Дж.Д., Лотай В.С., Бернс К.А., Ван Д.З., Фишер М.Е. и др. (январь 2018 г.). «Xenbase: база данных геномных, эпигеномных и транскриптомных модельных организмов» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д861–Д868. дои : 10.1093/нар/gkx936 . ПМЦ   5753396 . ПМИД   29059324 .
  12. ^ Джеймс-Зорн С., Понферрада В.Г., Фишер М.Е., Бернс К.А., Фортрид Дж.Д., Сегерделл Е., Карими К., Лотай В.С., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Ван Й., Визе П.Д., Зорн А.М. (май 2018 г.). «Навигация по Xenbase: интегрированная база данных геномики и экспрессии генов Xenopus». Базы данных генома эукариот . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 251–305. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_10 . ISBN  978-1-4939-7736-9 . ПМК   6853059 . ПМИД   29761462 . {{cite book}}: |journal= игнорируется ( помогите )
  13. ^ Телмер, Шерил А.; Карим, Кямран; Чесс, Мэйси М.; Агалаков Сергей; Аршинов, Брэдли И.; Лотай, Ванит; Ван, Дун Чжо; Чу, Стэнли; Пеллс, Трой Дж.; Визе, Питер Д.; Хинман, Вероника Ф.; Эттенсон, Чарльз А. (2024). «Echinobase: Ресурс для поддержки сообщества исследователей иглокожих» . Генетика . 227 . дои : 10.1093/генетика/iyae002 . ПМЦ   11075573 .
  14. ^ Аттрилл Х., Фоллс К., Гудман Дж.Л., Милберн Г.Х., Антонаццо Дж., Рей А.Дж., Мэриголд С.Дж. (январь 2016 г.). «FlyBase: создание ресурса группы генов Drosophila melanogaster» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д786-92. дои : 10.1093/нар/gkv1046 . ПМЦ   4702782 . ПМИД   26467478 .
  15. ^ Элсик К.Г., Тайал А., Унни Д.Р., Бернс Г.В., Хаген Д.Э. (2018). «База данных генома перепончатокрылых: использование HymenopteraMine для улучшения геномных исследований перепончатокрылых насекомых». В Коллмаре М. (ред.). Базы данных генома эукариот . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. Нью-Йорк, штат Нью-Йорк: Спрингер Нью-Йорк. стр. 513–556. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_17 . ISBN  978-1-4939-7736-9 . ПМИД   29761469 .
  16. ^ Эппиг Дж. Т., Блейк Дж. А., Балт С. Дж., Кадин Дж. А., Ричардсон Дж. Э. (январь 2015 г.). «База данных генома мыши (MGD): использование мыши в качестве модели биологии и болезней человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D726-36. дои : 10.1093/nar/gku967 . ПМЦ   4384027 . ПМИД   25348401 .
  17. ^ Харрис Т.В., Баран Дж., Биери Т., Кабунок А., Чан Дж., Чен В.Дж. и др. (январь 2014 г.). «WormBase 2014: новые взгляды на биологию» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D789-93. дои : 10.1093/нар/gkt1063 . ПМК   3965043 . ПМИД   24194605 .
  18. ^ Симояма М., Де Понс Дж., Хейман Г.Т., Лауледеркинд С.Дж., Лю В., Нигам Р. и др. (январь 2015 г.). «База данных генома крыс 2015: геномные, фенотипические и экологические вариации и болезни» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D743-50. дои : 10.1093/nar/gku1026 . ПМЦ   4383884 . ПМИД   25355511 .
  19. ^ Креппель Л., Фей П., Годе П., Джаст Э., Киббе В.А., Чисхолм Р.Л., Киммел А.Р. (январь 2004 г.). «dictyBase: новая база данных генома Dictyostelium discoideum» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D332-3. дои : 10.1093/nar/gkh138 . ПМК   308872 . ПМИД   14681427 .
  20. ^ Ламеш П., Берардини Т.З., Ли Д., Сварбрек Д., Уилкс С., Сасидхаран Р. и др. (январь 2012 г.). «Информационный ресурс арабидопсиса (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1202-10. дои : 10.1093/nar/gkr1090 . ПМК   3245047 . ПМИД   22140109 .
  21. ^ Лоуренс С.Дж., Донг К., Полакко М.Л., Зигфрид Т.Е., Брендель В. (январь 2004 г.). «MaizeGDB, база данных сообщества по генетике и геномике кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D393-7. дои : 10.1093/nar/gkh011 . ПМК   308746 . ПМИД   14681441 .
  22. ^ Андорф CM, Кэннон EK, Портвуд JL, Гардинер JM, Харпер LC, Шеффер ML и др. (январь 2016 г.). «Обновление MaizeGDB: новые инструменты, данные и интерфейс для базы данных модельных организмов кукурузы» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1195-201. дои : 10.1093/нар/gkv1007 . ПМЦ   4702771 . ПМИД   26432828 .
  23. ^ Грант Д., Нельсон Р.Т., Кэннон С.Б., Шумейкер Р.С. (январь 2010 г.). «SoyBase, база данных генетики и геномики сои Министерства сельского хозяйства США-ARS» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D843-6. дои : 10.1093/nar/gkp798 . ПМЦ   2808871 . ПМИД   20008513 .
  24. ^ Хоу Д.Г., Брэдфорд Ю.М., Конлин Т., Игл А.Е., Фашена Д., Фрейзер К. и др. (январь 2013 г.). «ZFIN, База данных модельных организмов рыб данио: усиление поддержки мутантов и трансгенов» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D854-60. дои : 10.1093/nar/gks938 . ПМК   3531097 . ПМИД   23074187 .
  25. ^ Инглис Д.О., Арно М.Б., Бинкли Дж., Шах П., Скшипек М.С., Уаймор Ф. и др. (январь 2012 г.). «База данных генома Candida включает в себя несколько видов Candida: инструменты многовидового поиска и анализа с тщательно подобранной информацией о генах и белках Candida albicans и Candida glabrata» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D667-74. дои : 10.1093/nar/gkr945 . ПМК   3245171 . ПМИД   22064862 .
  26. ^ Кеселер И.М., Маки А., Перальта-Хиль М., Сантос-Завалета А., Гама-Кастро С., Бонавидес-Мартинес С. и др. (январь 2013 г.). «EcoCyc: объединение баз данных модельных организмов с системной биологией» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D605-12. дои : 10.1093/нар/gks1027 . ПМЦ   3531154 . ПМИД   23143106 .
  27. ^ Чжу Б., Штюльке Дж. (январь 2018 г.). «SubtiWiki в 2018 году: от генов и белков к функциональной сетевой аннотации модельного организма Bacillus subtilis» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д743–Д748. дои : 10.1093/нар/gkx908 . ПМЦ   5753275 . ПМИД   29788229 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Model_organism_database&oldid=1231954391"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: ecfeda1c9411636fd40463c820ab809a__1719797880
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/ec/9a/ecfeda1c9411636fd40463c820ab809a.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Model organism database - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)