Эхинобаза

Эхинобаза
Содержание
Описание	Иглобаза: База знаний иглокожих.
Типы данных ; захвачен	Литература, Нуклеотидная последовательность, Последовательность РНК, Последовательность белка, Структура, Геномика, Морфолины, Метаболические и сигнальные пути, Геномы человека и других позвоночных, Гены человека и болезни, Данные микрочипов и другая экспрессия генов, Ресурсы по протеомике, Другая молекулярная биология, Органеллы
Организмы	иглокожие
Контакт
Исследовательский центр	Университет Карнеги-Меллона , Университет Калгари
Лаборатория	Лаборатория Эттенсона , Лаборатория Хинмана , Лаборатория Визе
Первичное цитирование	ПМИД 38262680
Дата выпуска	2009
Доступ
Веб-сайт	https://www.echinobase.org/
URL-адрес загрузки	https://download.echinobase.org/echinobase/
Инструменты
Автономный	BLAST , JПросмотр
Разнообразный
Лицензия	Общественное достояние
Выпуск данных ; частота	Непрерывный
Версия	6.х
Политика курирования	Профессионально куратор
Добавить в закладки ; сущности	Да

Echinobase — это база данных модельных организмов (MOD) . Он поддерживает международное исследовательское сообщество, предоставляя централизованный интегрированный веб-ресурс для доступа к разнообразным и богатым функциональным геномным данным об эволюции, развитии иглокожих и сетях регуляции генов. ^{[ 1 ]}

Данные и инструменты геномных исследований доступны для поиска, просмотра и биоинформатического анализа геномов, генов и транскриптов.

Echinobase обеспечивает критически важную инфраструктуру обмена данными для других проектов, финансируемых Национальными институтами здравоохранения (NIH), а также повышает доступность и наглядность данных иглокожих для более широкого сообщества биомедицинских исследований.

Поддерживаемые виды

Echinobase предлагает два уровня интеграции для поддерживаемых видов иглокожих. Полная поддержка включает полную интеграцию генома в базу данных, включая страницы генов, а также доступность геномов для BLAST, просмотр через JBrowse и загрузку генома. Частичная поддержка обеспечивает возможности BLAST, JBrowse и загрузки, но не обеспечивает интеграцию генных страниц.

В настоящее время поддерживаются виды первого уровня (на различных стадиях интеграции):

Strongylocentrotus purpuratus (Пурпурный морской еж)
Patiria miniata (звезда летучей мыши)
Lytechinus variegatus (Зеленый пестрый морской еж)
Acanthaster planci (морская звезда с терновым венцом)

На данный момент поддерживаются два вида (на разных стадиях интеграции):

Lytechinus pictus (раскрашенный еж)
Anneissia japonica (Перозвезда, криноид )
Asterias Rubens (Сахарная звезда)

Программное обеспечение, оборудование и платформа

Echinobase работает в облачной среде. ^{[ 2 ]} Ее виртуальные машины работают в среде VMware vSphere на двух серверах с автоматической балансировкой нагрузки и отказоустойчивостью . Его программное обеспечение использует Java , JSP , JavaScript , AJAX , XML и CSS . Он также использует Apache Tomcat и базу данных IBM Db2 . Echinobase разрабатывается совместно с Xenbase .

Функциональная геномика

Echinobase — это ресурс для исследований в области геномики, который организован по моделям генов и представлен с помощью страниц генов. Каждая генная страница содержит огромное количество специфичной для гена информации.

Геномика. Инструменты поиска и BLAST доступны напрямую или через страницы генов, на которых отображаются имена, ортология, совместимые с моделью генов HGNC. ^{[ 3 ]} Термины GO и ссылка на BLAST, браузер генома JBrowse и инструмент для построения графиков экспрессии генов.

Вкладки за пределами сводки содержат литературу по конкретным генам, транскрипты, данные экспрессии, белковые последовательности и взаимодействующие вещества.

Инструменты геномных исследований реализованы для облегчения просмотра, поиска, анализа и визуализации сборок геномных последовательностей, аннотаций и функций. Кроме того, предусмотрен сбор, поиск и визуализация данных об экспрессии генов.

Поиск генов . Ищите гены по имени, символу или синониму прямо с целевой страницы.
Рекомендации по номенклатуре генов : Echinobase является официальным органом, ответственным за наименование генов иглокожих.
Геномный браузер с треками для данных RNA-seq и ATAC-seq — Echinobase использует JBrowse
BLAST — пользователи могут BLAST против поддерживаемых геномов, РНК и последовательностей белков.
Визуализация данных RNA-seq - графики временных профилей экспрессии и пространственные (анатомические) тепловые карты экспрессии для S. purpuratus
Болезни . Пользователи могут искать заболевания как в Онтологии болезней , так и в OMIM, чтобы найти соответствующие гены и публикации.

Анатомическая онтология иглокожих (ECAO) использует стандартизированные термины для обозначения типов и структур анатомических клеток и связывает их со стадиями развития. В онтологию включены многочисленные виды иглокожих, так что некоторые термины присутствуют у всех иглокожих, а другие являются видоспецифичными. ECAO содержит тысячи анатомических терминов для типов клеток, структур и тканей, а также анатомических систем, таких как нервная система или скелетная система. Отношения между сущностями определяются с помощью «develops_from» или «develops_into» и «is_a» или «part_of».

Анатомическая онтология иглокожих - стандартизированные анатомические термины используются для описания стадий развития.

Литература, ресурсы и сообщество

Литература на Echinobase собирается путем автоматического поиска опубликованных статей с использованием терминов запроса иглокожих, а полученные статьи затем курируются вручную.

Поиск литературы . Пользователи могут искать статьи по названию, автору, журналу и т. д.

Сайт загрузки данных предоставляет файлы генома GFF, а отчеты Gene Page Reports предоставляют файлы для биоинформатического анализа.

EchinoWiki — Ресурсы Echinobase служат для поддержки сообщества путем сбора данных, протоколов, реагентов и других ресурсов, которые затем делятся с помощью EchinoWiki.
Реагенты . В Echinobase имеются инструменты поиска реагентов для антител (Ab), морфолино (MO) и направляющих РНК (гРНК), используемых в опубликованных исследованиях.

В целях поддержки сообщества и обеспечения междисциплинарных и совместных исследований доступны и доступны для поиска исследования, описания и контактная информация членов сообщества, лабораторий и организаций. Новые вакансии также публикуются на Echinobase.

Ссылка на сообщество — Люди, вакансии и лаборатории, изучающие иглокожих.

Базы данных других модельных организмов (MOD)

Ссылки

^ Тельмер К.А., Карими К., Чесс М.М., Агалаков С., Аршинов Б.И., Лотай В., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Вайз П.Д., Хинман В.Ф., Эттенсон Калифорния, Echinobase: ресурс для поддержки сообщества исследователей иглокожих Просмотреть статью PubMed PubMed Central Google Scholar
^ К. Карими и П.Д. Визе (2014). The Virtual Xenbase: перевод онлайн-ресурса по биоинформатике в частное облако , База данных, doi: 10.1093/database/bau108
^ С. Фоли и др. Интеграция ортологических карт 1:1 и обновленных наборов данных в Echinobase , База данных, Том 2021, 2021, baab030

Внешние ссылки

Генные регуляторные сети

[1] Тельмер К.А., Карими К., Чесс М.М., Агалаков С., Аршинов Б.И., Лотай В., Ван Д.З., Чу С., Пеллс Т.Дж., Вайз П.Д., Хинман В.Ф., Эттенсон Калифорния, Echinobase: ресурс для поддержки сообщества исследователей иглокожих Просмотреть статью PubMed PubMed Central Google Scholar

[kv2014-2] К. Карими и П.Д. Визе (2014). The Virtual Xenbase: перевод онлайн-ресурса по биоинформатике в частное облако , База данных, doi: 10.1093/database/bau108

[3] С. Фоли и др. Интеграция ортологических карт 1:1 и обновленных наборов данных в Echinobase , База данных, Том 2021, 2021, baab030

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]