База данных SoyBase
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | SoyBase — база Министерства сельского хозяйства США-ARS. данных генетики и генома сои |
| Типы данных захвачен | Нуклеиновая кислота , Белок , Экспрессия , Метаболизм , Эпигенетика |
| Организмы | Glycine max , Glycine soja (соя, соя, соя) |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Министерства сельского хозяйства США Служба сельскохозяйственных исследований |
| Лаборатория | Отдел исследований насекомых и генетики кукурузы |
| Первичное цитирование | ПМИД 20008513 |
| Доступ | |
| Формат данных | Различный |
| Веб-сайт | соевая основа |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Общественное достояние – Правительство США |
| Управление версиями | Никто |
| Выпуск данных частота | Постоянно |
| Политика курирования | Профессионально куратор |
SoyBase — это база данных, созданная Министерством сельского хозяйства США . Он содержит генетическую информацию о соевых бобах . Он включает генетические карты, информацию о менделевской генетике и молекулярные данные о генах и последовательностях. Он был запущен в 1990 году и доступен бесплатно для частных лиц и организаций по всему миру.
История
[ редактировать ]SoyBase была учреждена Отделением исследований кукурузных насекомых и генетики кукурузы (CICGRU) в Эймсе, штат Айова, в качестве центрального хранилища опубликованной информации сообщества генетиков сои. [ 1 ] Первоначально база данных была сосредоточена на генетической информации, такой как карты генетических связей и другой мендалианской информации. Генетические карты SoyBase представляют собой составленную вручную совокупность всех опубликованных картографических исследований и исследований QTL и, таким образом, обеспечивают представление маркеров и QTL на видовом уровне.
В 2010 году [ 2 ] сои последовательность генома была опубликована вместе с моделями генов и многими другими типами аннотаций генома, которые были интегрированы в SoyBase. Карты генетических связей SoyBase были неотъемлемой частью сборки генома сои.
В 2018 году в базу данных поступило около 63 000 запросов страниц от 2600 пользователей в месяц из 130 стран. Ежегодно к SoyBase обращаются около 40 организаций в США и 82 зарубежных учебных заведения. SoyBase поставляет данные американским и зарубежным правительственным организациям и корпорациям.
Политика предоставления и публикации данных
[ редактировать ]Данные принимаются только от оригинальных генераторов источников. Пользователи, которые самостоятельно идентифицируют данные для включения в базу данных, могут напрямую связаться с SoyBase. Доступен ряд шаблонов электронных таблиц на базе Excel, облегчающих включение данных в SoyBase.
Все данные в SoyBase доступны без ограничений. Предоставляется ряд инструментов для настройки и загрузки данных, а при необходимости специальные поднаборы данных можно запросить у куратора SoyBase.
Инструмент поиска
[ редактировать ]
Инструмент поиска в базе данных SoyBase использует поле ввода текста для запросов. Результаты возвращаются в виде текста и изображений. Результаты отображают генетические (и геномные) данные сои с использованием Generic Model Organism Database (GMOD) программного обеспечения с открытым исходным кодом . В дополнение к SoyBase, объектам, идентифицируемым по точному лексическому совпадению с термином запроса, инструмент также использует онтологию, специфичную для соевых бобов, для идентификации биологически связанных объектов SoyBase.
Некоторые данные и аннотации о последовательностях SoyBase доступны через экземпляр InterMine (SoyMine), который является результатом сотрудничества с проектом информационной системы Legume. [ 3 ]
Графические дисплеи
[ редактировать ]Генетические карты содержат информацию о маркерах ( SSR , RFLP , SNP и т. д.), генах, а также (QTL) двухродительского и общегеномного исследования ассоциаций (GWAS) локусах количественных признаков . Генетические карты сои отображаются с помощью программы просмотра сравнительных генетических карт CMap. Данные геномной последовательности и модели генов сои отображаются с помощью программы просмотра последовательностей GBrowse. Другие аннотации генома в этом средстве просмотра включают эпигенетические данные, такие как метилирование ДНК и данные экспрессии генов различных штаммов сои, подвергшихся различным обработкам, и из разных тканей/сортов сои. Метаболические данные и информация о биохимических путях отображаются с помощью Pathway Tools. сои Информация о метаболических путях (SoyCyc) была получена с помощью Plant Metabolic Network. [ 4 ] проект и использовался для заполнения дисплеев PathwayTools.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Грант, Дэвид; Нельсон, Рекс Т.; Кэннон, Стивен Б.; Шумейкер, Рэнди К. (2010). «SoyBase, база данных генетики и геномики сои Министерства сельского хозяйства США-ARS» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Приложение 1) (Проблема с базой данных): D843–D846. дои : 10.1093/nar/gkp798 . ПМЦ 2808871 . ПМИД 20008513 .
- ^ Шмутц, Джереми; Кэннон, Стивен Б.; Шлютер, Джессика; и др. (2010). «Последовательность генома палеополиплоидной сои» . Природа . 463 (7278): 178–183. Бибкод : 2010Natur.463..178S . дои : 10.1038/nature08670 . ПМИД 20075913 . S2CID 4372224 .
- ^ Даш, С.; Кэмпбелл, доктор юридических наук; Кэннон, ЕК; и др. (2016). «Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных для семейства бобовых» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1181–Д1188. дои : 10.1093/nar/gkv1159 . ПМК 4702835 . ПМИД 26546515 .
- ^ Шлапфер, П.; Чжан, П.; Ван, К.; и др. (2010). «Полногеномное предсказание метаболических ферментов и кластеров генов в растениях» . Физиология растений . 173 (4): 2041–2059. дои : 10.1104/стр.16.01942 . ПМК 5373064 . ПМИД 28228535 .