ИнтерМайн

ИнтерМайн
Содержание
Описание	Система хранилища данных с открытым исходным кодом для интеграции и анализа биологических данных.
Организмы	разнообразный
Доступ
Веб-сайт	http://www.intermine.org/
URL-адрес загрузки	https://github.com/intermine/intermine
веб-службы URL-адрес	http://iodocs.apps.intermine.org/
Разнообразный
Лицензия	LGPL 2.1
Выпуск данных ; частота	Ежеквартальный
Версия	1.6.6
Добавить в закладки ; сущности	Да

InterMine — это с открытым исходным кодом система хранилища данных , действующая под лицензией LGPL 2.1 . InterMine используется для создания баз данных биологических данных, доступ к которым осуществляется с помощью сложных инструментов веб-запросов. InterMine можно использовать для создания баз данных на основе одного набора данных или для интеграции нескольких источников данных. Обеспечена поддержка нескольких распространенных биологических форматов, а также предусмотрена основа для добавления других данных. InterMine включает удобный веб-интерфейс, который работает «из коробки» и может быть легко настроен. ^[1]^[2]

InterMine упрощает интеграцию нескольких источников данных в одно хранилище данных. Он имеет базовую модель данных, основанную на онтологии последовательностей , и поддерживает несколько форматов биологических данных, что позволяет системным администраторам настраивать, какие организмы или файлы данных требуются. Модель данных легко расширить и интегрировать другие данные с помощью API веб-службы, клиентов на семи разных языках и формата XML для импорта пользовательских данных.

Будучи активным проектом с открытым исходным кодом, InterMine поддерживает список рассылки для разработчиков и подробную для разработчиков и документацию пользователей .

Поддерживаемые форматы данных

Chado
ГФФ3
ГОСТ
Файлы GO и ассоциаций генов
ЮниПрот XML
PSI XML (взаимодействия белков, Инициатива по структуре белков )
InParanoid ортологи
Вместе

Клиенты

позволяют пользователям программно получать доступ к данным с минимальными усилиями и доступны для perl , python , Ruby , javascript , Java и R. Веб- клиенты Данные также можно запрашивать через собственное приложение для Android .

Веб-приложение

Веб-приложение InterMine позволяет создавать собственные биоинформатические запросы, включая шаблонные запросы (веб-формы для запуска «стандартных» запросов). Пользователи могут загружать списки данных и работать с ними. Можно настроить/создать виджеты для анализа списков с графиками и статистикой пополнения.

Пользователь с правами администратора может публиковать новые шаблонные запросы, изменять страницы отчетов и создавать общедоступные списки в любое время без какого-либо программирования. Многие аспекты веб-приложения можно настроить и брендировать.

Текущие проекты (неполный список)

Актуальный список проектов можно просмотреть в реестре InterMine.

Ссылки

^ "Дом" . Intermine.org .
^ Смит, Ричард Н.; Алексич, Елена; и др. (1 декабря 2012 г.). «InterMine: гибкая система хранения данных для интеграции и анализа разнородных биологических данных» . Биоинформатика . 28 (23): 3163–3165. doi : 10.1093/биоинформатика/bts577 . ISSN 1367-4803 . ПМК 3516146 . ПМИД 23023984 .

Внешние ссылки

[1] "Дом" . Intermine.org .

[2] Смит, Ричард Н.; Алексич, Елена; и др. (1 декабря 2012 г.). «InterMine: гибкая система хранения данных для интеграции и анализа разнородных биологических данных» . Биоинформатика . 28 (23): 3163–3165. doi : 10.1093/биоинформатика/bts577 . ISSN 1367-4803 . ПМК 3516146 . ПМИД 23023984 .

[1]

[2]