База данных типовых модельных организмов
 | |
| Операционная система | Windows, Mac OS X |
|---|---|
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Лицензия GPL v3 |
| Веб-сайт | гмод  |
Проект Generic Model Organism Database ( GMOD ) предоставляет биологическим исследовательским сообществам набор программных компонентов с открытым исходным кодом для визуализации, аннотирования, управления и хранения биологических данных. Проект GMOD финансируется Национальными институтами здравоохранения США , Национальным научным фондом и Службой сельскохозяйственных исследований Министерства сельского хозяйства США .
История
[ редактировать ]Проект GMOD был начат в начале 2000-х годов как сотрудничество между несколькими базами данных модельных организмов (MOD), которые разделяли потребность в создании аналогичных программных инструментов для обработки данных проектов секвенирования. по конкретным организмам MOD, или базы данных , описывают геном и другую информацию о важных экспериментальных организмах в науках о жизни и собирают большие объемы данных и информации, генерируемые современной биологией . Вместо того, чтобы каждая группа разрабатывала собственное программное обеспечение, четыре основных мода — FlyBase , база данных генома Saccharomyces , база данных генома мыши , а также база данных схемы Chado или управляются ею.
Chado database schema
[ редактировать ]Чадо [1] Схема призвана охватить многие классы данных, часто используемые современными биологами, от генетических данных до филогенетических деревьев, публикаций, организмов, данных микрочипов, идентификаторов и экспрессии РНК/белков. Chado широко использует контролируемые словари для ввода всех объектов в базу данных; например: гены, транскрипты, экзоны, мобильные элементы и т. д. хранятся в таблице признаков с типом, предоставленным Sequence Ontology . Когда в онтологию последовательности добавляется новый тип, таблица объектов не требует никаких изменений, а только обновления данных в базе данных. То же самое в значительной степени справедливо и в отношении данных анализа, которые также могут храниться в Chado.
Существующие основные модули Chado:
- последовательность - для последовательностей/функций
- cv — для контролируемых словарных запасов/онтологий
- общее — в настоящее время только dbxrefs
- организм - таксономические данные
- паб - публикации и ссылки
- компаанализ — дополняет модуль последовательности данными вычислительного анализа.
- карта - карты непоследовательности
- генетический - генетические и фенотипические данные
- экспрессия - экспрессия гена
- природное разнообразие - данные о населении
Программное обеспечение
[ редактировать ]Полный список компонентов программного обеспечения GMOD можно найти на странице «Компоненты GMOD». [2] Эти компоненты включают в себя:
|
|
Участвующие базы данных
[ редактировать ]Следующие базы данных организмов вносят вклад и/или принимают компоненты GMOD для баз данных модельных организмов.
| НИСИД [17] | АнтоноспораДБ [ нужна ссылка ] | Арабидопсис [18] | |
| БиБейс | ЖукБаза [19] [20] | База данных генома крупного рогатого скота (BGD) | |
| База БиоЗдоровья [21] | Средство просмотра QTL для крупного рогатого скота | База данных семейства генов EST крупного рогатого скота | |
| ЦГД | CGL | ХромДБ | |
| Проект аннотации хромосомы 7 | CSHLmpd | База данных геномных вариантов | |
| ДиктиБаза [22] | ДроСпеГе | Эхинобаза | ЭкоЦик |
| FlyBase | Сравнительная геномика грибов | Браузер грибковых теломер | |
| Браузер генома Gallus | ГенеБД | ЗерноГены | |
| Грамен | HapКарта | Человеческий 2q33 | |
| База данных сегментного дублирования генома человека | ИВБД | МАГИ | |
| Базы данных организмов морской биологической лаборатории | Информатика генома мыши | База данных дублирования сегментов, не связанных с человеком | |
| ОМАП | OryGenesDB | Ориза хромосома 8 | |
| Инструменты пути | ПарамецияDB [23] | АрахисКарта | |
| РастенияБД | ПлазмоДБ | PomBase | |
| ПсевдоКАП | Может основа | PUMAdb | |
| База данных генома крысы | База данных геномов сахаромицетов | СГД Лайт | |
| СмедБД | Сеть Sol Genomics | соевая основа | |
| База данных Gbrowse по сое | T1DBase | Информационный ресурс по арабидопсису | |
| ТГД | Институт генома | Институт геномных исследований | |
| TIGR Rice Genome Browser | ТоксоДБ | Средство просмотра TriAnnot BAC | |
| ВекторБаза | wFleaBase [24] | Червячная база | |
| КсантусБаза | Ксенбаза |
Связанные проекты
[ редактировать ]- Bioperl , BioJava , Biopython , BioRuby и т. д.
- Вместе
- Генная онтология
- ТО
- Единая схема геномики
- Manatee: инструмент ручного аннотирования
- Biocurator.org
- Открытые биомедицинские онтологии
- Проект онтологии последовательностей
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Кристофер Дж. Мангалл; Дэвид Б. Эммерт; Консорциум FlyBase (2007 г.). «Пример Чадо: модульная схема на основе онтологии для представления биологической информации, связанной с геномом» . Биоинформатика . 23 (13): i337–i346. doi : 10.1093/биоинформатика/btm189 . ПМИД 17646315 .
- ^ «Компоненты GMOD — GMOD» . gmod.org .
- ^ «Чадо — Начало работы — GMOD» . gmod.org .
- ^ «XORT — GMOD» . gmod.org .
- ^ «GMODTools — GMOD» . gmod.org .
- ^ «Трипал» . gmod.org.
- ^ «Аполлон-ГМОД» . gmod.org .
- ^ «Аполлон — документация Аполлона 2.7.0» . genomearchitect.readthedocs.io .
- ^ «GBrowse — GMOD» . gmod.org .
- ^ Штейн Л.Д.; Мунгалл С; Шу С; Коди М; Мангоне М; День А; Никерсон Э; Стаич Дж. Е.; Харрис Т.В.; Арва А; Льюис С. (2002). «Общий геномный браузер: строительный блок для базы данных системы модельного организма» . Геном Рез . 12 (10): 1599–610. дои : 10.1101/гр.403602 . ПМК 187535 . ПМИД 12368253 .
- ^ «JBrowse — GMOD» . gmod.org .
- ^ «GBrowse Syn — GMOD» . gmod.org .
- ^ «CMap — GMOD» . gmod.org .
- ^ «Текстпрессо» . gmod.org.
- ^ Афган, Э.; Бейкер, Д.; ван ден Бик, М.; Бланкенберг, Д.; Бувье, Д.; Чех, М.; Чилтон, Дж.; Клементс, Д.; Кораор, Н.; Эберхард, К.; Грюнинг, Б.; Герлер, А.; Хиллман-Джексон, Дж.; Фон Кустер, Г.; Раше, Э.; Сорансо, Н.; Турага, Н.; Тейлор, Дж.; Некрутенко А.; Гёкс, Дж. (8 июля 2016 г.). «Платформа Galaxy для доступных, воспроизводимых и совместных биомедицинских анализов: обновление 2016 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Н1): И3–Н10. дои : 10.1093/нар/gkw343 . ПМЦ 4987906 . ПМИД 27137889 .
- ^ Кантарел, Брэнди Л.; Корф, Ян; Робб, София MC; Парра, Генис; Росс, Эрик; Мур, Барри; Холт, Карсон; Санчес Альварадо, Алехандро; Янделл, Марк (январь 2008 г.). «MAKER: простой в использовании конвейер аннотаций, предназначенный для новых модельных геномов организмов» . Геномные исследования . 18 : 188–196. дои : 10.1101/гр.6743907 . ПМК 2134774 .
- ^ Тасси, Оливье; Дауга, Дельфина; Даян, Фабрис; Собрал, Дэниел; Робин, Франсуа; Хуэйри, Пьер; Сальгадо, Дэвид; Фокс, Ванесса; Кайоль, Даниэле; Скьяппа, Рено; Лапорт, Батист; Риос, Энн; Люксарди, Гийом; Кусакабе, Такехиро; Жоли, Жан-Стефан; Даррас, Себастьян; Кристиан, Лайонел; Контенсин, Магали; Оже, Элен; Лами, Клемент; Хадсон, Клэр; Ротбахер, Ют; Гилкрист, Майкл Дж.; Макабе, Казухиро В.; Хотта, Коджи; Фудзивара, Сигэки; Сато, Нори; Сато, Ютака; Лемэр, Патрик (1 октября 2010 г.). «База данных ANISEED: цифровое представление, формализация и объяснение программы развития хордовых» . Геномные исследования . 20 (10): 1459–1468. дои : 10.1101/гр.108175.110 . ISSN 1088-9051 . ПМК 2945195 . ПМИД 20647237 .
- ^ Уимс, Дэнфорт; Миллер, Нил; Гарсиа-Эрнандес, Маргарита; Хуала, Ева; Ри, Сын Ю. (2004). «Разработка, внедрение и ведение базы данных модельных организмов Arabidopsis thaliana» . Сравнительная и функциональная геномика . 5 (4): 362–369. дои : 10.1002/cfg.408 . ISSN 1531-6912 . ПМЦ 2447457 . ПМИД 18629167 .
- ^ Ван Л; Ван С; Ли Й; Парадези М.С.; Браун С.Дж. (2007). «BeetleBase: база данных модельных организмов Tribolium castaneum» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D476–9. дои : 10.1093/nar/gkl776 . ПМЦ 1669707 . ПМИД 17090595 .
- ^ «БитлБейс» . www.bioinformatics.ksu.edu/Be . Архивировано из оригинала 13 июля 2006 года.
- ^ Норонья, Антонио; Цуй, Чанхай; Харрис, Роберт Адрон; Крэбб, Джон К. (2014). Нейробиология алкогольной зависимости . Эльзевир. ISBN 978-0-12-407155-1 .
- ^ Чисхолм Р.Л.; Годе П; Просто ЭМ; Пилчер К.Е.; Фей П; Торговец СН; Киббе В.А. (2006). «dictyBase, база данных модельных организмов для Dictyostelium discoideum» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (Проблема с базой данных): D423–7. дои : 10.1093/nar/gkj090 . ПМЦ 1347453 . ПМИД 16381903 .
- ^ Арнаис О; Каин С; Коэн Дж; Сперлинг Л. (2007). «ParameciumDB: ресурс сообщества, который объединяет последовательность генома Paramecium Tetraurelia с генетическими данными» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D439–44. дои : 10.1093/nar/gkl777 . ПМЦ 1669747 . ПМИД 17142227 .
- ^ Колбурн Дж.К.; Синган ВР; Гилберт Д.Г. (2005). «wFleaBase: база данных генома дафний» . БМК Биоинформатика . 6:45 . дои : 10.1186/1471-2105-6-45 . ПМЦ 555599 . ПМИД 15752432 .