БиоРубин
 | |
 Оболочка BioRuby на Rails | |
| Стабильная версия | 2.0.2 / 31 декабря 2020 г |
|---|---|
| Репозиторий | |
| Написано в | Руби |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | лицензия GPL |
| Веб-сайт | биорубин |
BioRuby — это коллекция с открытым исходным кодом кода Ruby , включающая классы вычислительной молекулярной биологии и биоинформатики . Он содержит классы по анализу последовательностей ДНК и белков , выравниванию последовательностей , анализу биологических баз данных, структурной биологии и другим задачам биоинформатики. [1] BioRuby выпускается под лицензией GNU GPL версии 2 или Ruby. [2] и является одним из ряда проектов Bio*, призванных уменьшить дублирование кода. [3]
В 2011 году проект BioRuby представил систему плагинов программного обеспечения Biogem. [4] каждый месяц добавляются два или три новых плагина.
Управление BioRuby осуществляется через веб-сайт BioRuby и репозиторий GitHub . [5] [6]
История
[ редактировать ]БиоРубин
[ редактировать ]Проект BioRuby был впервые начат в 2000 году Тошиаки Катаямой как реализация Ruby аналогичных биоинформатических пакетов, таких как BioPerl и BioPython . Первоначальный выпуск версии 0.1 часто обновлялся участниками как неофициально, так и на организованных мероприятиях «хакатонах»; в июне 2005 года BioRuby был профинансирован IPA как исследовательский проект программного обеспечения. [7] кульминацией которого стал выпуск версии 1.0.0 в феврале 2006 года. [8] В период с 2009 по 2012 год BioRuby был в центре внимания ряда проектов Google Summer of Code, направленных на улучшение кодовой базы. [9] BioRuby Версия 2.0.0 была выпущена в 2019 году. [6]
Биогем
[ редактировать ]Biogem предоставляет набор инструментов для биоинформатиков, которые хотят написать приложение или библиотеку, использующую или расширяющую базовую библиотеку BioRuby, а также поделиться этим кодом как драгоценным камнем на Rubygems.org. [10] Любой драгоценный камень, опубликованный через платформу Biogem, также указан на сайте biogems.info. [11]
Целью Biogem является продвижение модульного подхода к пакету BioRuby и упрощение создания модулей за счет автоматизации процесса настройки структуры каталогов/файлов, репозитория git и выпуска онлайн-баз данных пакетов. [12]
Популярные биодрагоценные камни
[ редактировать ]| # | Биогем | Описание | Версия |
|---|---|---|---|
| 1 | был | Библиотека биоинформатики | 1.4.3.0001 |
| 2 | биоразнообразие | Парсер научных названий | 3.1.5 |
| 3 | Простой экстрактор электронных таблиц | Базовое извлечение содержимого электронных таблиц с использованием Apache poi | 0.13.3 |
| 4 | Сохранить биографию | Программный генератор для Ruby | 1.36 |
| 5 | Биосамтулы | Папка Samtools для Ruby | 2.1.0 |
| 6 | сервер т2 | Поддержка взаимодействия с сервером Таверна 2 | 1.1.0 |
| 7 | био UCSC API | API Ruby ucsc | 0.6.2 |
| 8 | входить | http-запрос на доступ к электронным утилитам | 0.5.8.1 |
| 9 | био-гаджет | Гаджет для биоинформатики | 0.4.8 |
| 10 | сервер последовательностей | Взрывной поиск стал проще! | 0.8.7 |
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Гото Н., Принс П., Накао М., Боннал Р., Аэртс Дж., Катаяма Т. (октябрь 2010 г.). «BioRuby: биоинформатическое программное обеспечение для языка программирования Ruby» . Биоинформатика . 26 (20): 2617–9. doi : 10.1093/биоинформатика/btq475 . ПМК 2951089 . ПМИД 20739307 .
- ^ «bioruby/README.rdoc в мастере · bioruby/bioruby» . 08 мая 2014 г. Проверено 9 ноября 2014 г.
- ^ Мангалам Х (2002). «Наборы инструментов Bio* — краткий обзор» . Краткий Биоинформ . 3 (3): 296–302. дои : 10.1093/нагрудник/3.3.296 . ПМИД 12230038 .
- ^ Боннал Р., Аэртс Дж., Гитинджи Г., Гото Н., Маклин Д., Миллер С., Мисима Х., Пагани М., Рамирес-Гонсалес Р., Смант Дж., Строцци Ф., Сайм Р., Вос Р., Веннблом Т., Вудкрофт Б., Катаяма Т., Принс П. (апрель 2012 г.). «Biogem: эффективный инструментальный подход для масштабирования разработки программного обеспечения с открытым исходным кодом в области биоинформатики» . Биоинформатика . 28 (7): 1035–7. doi : 10.1093/биоинформатика/bts080 . ПМЦ 3315718 . ПМИД 22332238 .
- ^ «биорубий/биорубин» . Проект БиоРубин. 15 мая 2021 г. Проверено 25 мая 2021 г.
- ^ Jump up to: а б «БиоРубин» . bioruby.org . Проверено 25 мая 2021 г.
- ^ «Агентство по продвижению информационных технологий IPA, Япония: IPA: Исследовательский проект по кадрам в сфере ИТ (Программа MITOH)» .
- ^ «[BioRuby] Выпущена BioRuby 1.0.0» . 27 февраля 2006 г. Проверено 10 сентября 2014 г.
- ^ "биорубы/документы" . Гитхаб . Проверено 25 мая 2021 г.
- ^ «RubyGems.org | хостинг драгоценных камней вашего сообщества» . Rubygems.org . Проверено 25 мая 2021 г.
- ^ «biogems.info — гемы для биоинформатики» . biogems.info . Проверено 25 мая 2021 г.
- ^ «Плагины — БиоРубин» .