БиоJS
 | |
| Первоначальный выпуск | 2012 |
|---|---|
| Репозиторий | |
| Написано в | JavaScript |
| Тип | Биоинформатика |
| Лицензия | Апач 2 |
| Веб-сайт | био |
BioJS — это проект с открытым исходным кодом для биоинформатических данных в Интернете. [1] Его цель — разработать библиотеку компонентов JavaScript с открытым исходным кодом для визуализации биологических данных. [2] BioJS разрабатывает и поддерживает небольшие строительные блоки (компоненты), которые могут быть повторно использованы другими. Для обнаружения доступных компонентов BioJS ведет реестр, заархивированный 13 марта 2018 г., на Wayback Machine .
История
[ редактировать ]Первая версия BioJS была выпущена в 2012 году Джоном Гомесом Карвахалом. Он был разработан как библиотека веб-компонентов JavaScript для представления биологических данных в веб-приложениях. Версия 2.0 включала в себя полную переработку библиотеки и была выпущена в 2014 году как проект Google Summer of Code под руководством Мануэля Корпаса и разработанный Дэвидом Дао и Себастьяном Вильцбахом. С тех пор в проекте приняли участие более 100 человек. На данный момент в реестре BioJS доступно более 150 компонентов.
Избранный список опубликованных компонентов
[ редактировать ]- средство просмотра группы доступности базы данных [3]
- Средство просмотра контента ДНК [4]
- Просмотрщик функций [5]
- Тепловая картаViewer [6]
- Межминный анализ [7]
- Соединять конечные точки [8]
- KEGGViewer [9]
- PPI-взаимодействия [10]
- PsicquicGraph [11]
- Последовательность [12]
- парикExplorer [13]
- деревоВиджет [14]
Учреждения, использующие BioJS
[ редактировать ]См. также
[ редактировать ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Корпус ; Хименес, Рафаэль; Карбон, Сет Дж; Гарсиа, Алекс; Гарсия, Лейла; Гольдберг, Татьяна; Гомес, Джон; Кальдеримис, Алексис; Льюис, Сюзанна Э; Малвани, Ян; Павлик, Александра; Роуленд, Фрэнсис; Салазар, Густаво; Шрайбер, Фабиан; Силлито, Ян; Спунер, Уильям Х; Спасибо, Анил; Вильявесес, Хосе М; Яхдав, Гай; Хермякоб, Хеннинг (2014). «BioJS: стандарт с открытым исходным кодом для биологической визуализации – его статус в 2014 году» . F1000Исследования . 3 : 55. doi : 10.12688/f1000research.3-55.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 4103492 . ПМИД 25075290 .
- ^ «Видение и миссия BioJS» . БиоJS. Архивировано из оригинала 10 августа 2014 года . Проверено 29 августа 2014 г.
- ^ Кальдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). «BioJS DAGViewer: многоразовый компонент JavaScript для отображения ориентированных графов» . F1000Исследования . 3 : 51. doi : 10.12688/f1000research.3-51.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 3945768 . ПМИД 24627804 .
- ^ Спасибо, Анил С.; Каим, Шабхонам; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «DNAContentViewer — компонент BioJS для визуализации контента GC/AT» . F1000Исследования . 3 : 54. doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN 2046-1402 .
- ^ Гарсия, Лейла; Яхдав, Гай; Мартин, Мария-Иисус (2014). «FeatureViewer, компонент BioJS для визуализации позиционных аннотаций в белковых последовательностях» . F1000Исследования . 3 : 47. doi : 10.12688/f1000research.3-47.v2 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 3983936 . ПМИД 24741440 .
- ^ Яхдав, Гай; Хехт, Максимилиан; Пасманик-Чор, Метсада; Йехескель, Адва; Рост, Буркхард (2014). «HeatMapViewer: интерактивное отображение 2D-данных в биологии» . F1000Исследования . 3 : 48. doi : 10.12688/f1000research.3-48.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМК 4023661 . ПМИД 24860644 .
- ^ Кальдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). «Анализ списка BioJS InterMine: компонент BioJS для отображения графического или статистического анализа коллекций элементов из конечных точек InterMine» . F1000Исследования . 3 : 45. doi : 10.12688/f1000research.3-45.v1 . ISSN 2046-1402 .
- ^ Кальдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). «Компонент BioJS InterMineTable: компонент BioJS для отображения данных из конечных точек веб-сервисов, совместимых с InterMine» . F1000Исследования . 3 : 46. doi : 10.12688/f1000research.3-46.v1 . ISSN 2046-1402 .
- ^ Вильявесес, Хосе М.; Хименес, Рафаэль С.; Хаберманн, Бьянка Х. (2014). «KEGGViewer, компонент BioJS для визуализации путей KEGG» . F1000Исследования . 3 : 43. doi : 10.12688/f1000research.3-43.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 3954160 . ПМИД 24715980 .
- ^ Салазар, Густаво А.; Мейнджес, Эйтон; Малдер, Никола (2014). «Макеты PPI: компоненты BioJS для отображения белок-белковых взаимодействий» . F1000Исследования . 3 : 50. doi : 10.12688/f1000research.3-50.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМК 4103490 . ПМИД 25075288 .
- ^ Вильявесес, Хосе М.; Хименес, Рафаэль С.; Хаберманн, Бьянка Х. (2014). «PsicquicGraph, компонент BioJS для визуализации молекулярных взаимодействий с серверов PSICQUIC» . F1000Исследования . 3 : 44. doi : 10.12688/f1000research.3-44.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМК 4097353 . ПМИД 25075287 .
- ^ Гомес, Джон; Хименес, Рафаэль (2014). «Sequence, компонент BioJS для визуализации последовательностей» . F1000Исследования . 3 : 52. doi : 10.12688/f1000research.3-52.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМК 4103491 . ПМИД 25075289 .
- ^ Спасибо, Анил С.; Хименес, Рафаэль С.; Кайтакоттил, Джеми Г.; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «wigExplorer, компонент BioJS для визуализации данных о париках» . F1000Исследования . 3 : 53. doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN 2046-1402 . ПМК 5054804 . ПМИД 27781080 .
- ^ Шрайбер, Фабиан (2014). «treeWidget: компонент BioJS для визуализации филогенетических деревьев» . F1000Исследования . 3 : 49. doi : 10.12688/f1000research.3-49.v1 . ISSN 2046-1402 .