Мануэль Корпас (ученый)
 | Эта биография живого человека нуждается в дополнительных цитатах для проверки . ( сентябрь 2019 г. ) |
Мануэль Корпас | |
|---|---|
 Портрет Мануэля Корпаса | |
| Рожденный | Мануэль Корпас Лопес |
| Альма-матер | Университет Наварры |
| Известный | |
| Награды | Институт устойчивости программного обеспечения 2016 |
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Геномика |
| Учреждения | |
| Диссертация | Паттерны складывания в белковых последовательностях (2007) |
| Докторантура | Терри Эттвуд |
| Веб-сайт | |
Мануэль Корпас — англо-испанский биолог и предприниматель, известный прежде всего своим вкладом в область биоинформатики и геномики . В настоящее время Корпас является главным научным сотрудником кембриджского стартапа Cambridge Precision Medicine. [1] преподаватель Института непрерывного образования и Кембриджского университета преподаватель Международного университета Ла-Риохи . Мануэль работал над геномом человека с самого начала своей карьеры, будучи одним из первых потребителей, секвенировавших свой собственный геном и геном близких родственников, который он опубликовал под названием Corpasome . [2] Он занимал должности в Институте Эрлхэма в качестве руководителя проекта и в Институте Уэллкома Сэнгера , занимаясь разработкой базы данных DECIPHER , базы данных, которая помогает в диагностике пациентов с редкими геномными нарушениями.
Образование
[ редактировать ]Корпас получил степень бакалавра наук по биологии в Университете Наварры ему была присуждена степень доктора биоинформатики в 2000 году . В 2007 году в Манчестерском университете под руководством профессора Терри Эттвуд и доктора Стива Петтифера, изучающих эволюционное сохранение складок в белках . [3]
Академическая служба
[ редактировать ]Во время работы над докторской диссертацией Корпус основал Студенческий совет Международного общества вычислительной биологии (ISCBSC). [4] Международная организация студентов-вычислителей биологии. В 2004 году Международное общество вычислительной биологии официально утвердило Студенческий совет, первым председателем которого стал Корпас. На сегодняшний день Студенческий совет имеет множество региональных студенческих групп по всему миру, которые охватывают многие тысячи студентов в этой области. [5] [6] Корпус также организовал первый симпозиум студенческого совета по вычислительной биологии на Европейской конференции по вычислительной биологии в Мадриде (2005 г.). Кроме того, он был председателем первой конференции по биоинформатике в Африке, организованной Африканским обществом биоинформатики и вычислительной биологии .
Исследования и карьера
[ редактировать ]После нескольких месяцев работы в Испанском национальном институте биоинформатики в Мадриде под руководством Альфонсо Валенсии и в Европейском институте биоинформатики под руководством Юэна Бирни , Корпас устроился в Институт Уэлкома Сэнгера в качестве разработчика базы данных DECIPHER под руководством доктора Хелен В. Ферт. [7] С тех пор он работает в области исследования генома человека и личной геномики . Во время своего пребывания в Институте Wellcome Sanger он первоначально сосредоточился на разработке инструментов интеграции и визуализации для интерпретации наборов данных по вариациям числа копий. [8] [9] Некоторое время спустя он начал свою работу в « Трупосоме ». [10] [11] [12] Он был одним из первых, кто обнародовал в Интернете свой личный генотип из 23andMe , назвав этот процесс «геномным блоггерством». [13] Вскоре после этого его семья проанализировала свои генотипы, используя сначала данные 23andMe, а затем технологию экзома человека, а в последнее время и весь геном. [14] Это привело к ряду важных публикаций в области личной геномики. [15] проведение первого краудсорсингового анализа семейства геномов. [16] В конце своего пребывания в Институте Сэнгера он организовал сообщество BioJavaScript (BioJS) и стал его координатором с 2012 по 2017 год. Сообщество BioJS на сегодняшний день является крупнейшим достижением в предоставлении веб-компонентов с открытым исходным кодом для биологической визуализации. Исследовательская группа Corpas принимала участие в некоторых из наиболее важных разработок этого сообщества открытого программного обеспечения. [17] [18] [19] BioJS предполагает усилия ведущих мировых ресурсов, таких как Европейский институт биоинформатики , Лаборатория Беркли , Кембриджский университет и другие. Корпасу удалось получить 5 стажировок на Google Summer of Code , что сделало BioJS международным проектом.
Корпас также был техническим координатором ELIXIR-UK. [20] британское отделение европейской сети ELIXIR по биоинформатике и ресурсам данных. Во время работы в качестве технического координатора ELIXIR он участвовал в разработке лучших практик и стандартизированных показателей для измерения воздействия ресурсов данных по всей Европе. В это время он также принимал участие в работе Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке кадров в области биоинформатики. [21] [22] деятельность в качестве председателя их технического комитета и развитие их учебного портала, который предоставляет учебные ресурсы открытого доступа для сообщества биоинформатики.
Помимо работы в Кембриджском институте прецизионной медицины, Мануэль является преподавателем в Кембриджского университета Институте непрерывного образования . [23] а также преподает онлайн-курсы по точной медицине на английском и испанском языках. На счету Мануэля более 50 рецензируемых научных публикаций. [24] и книга «Идеальная ДНК» , [25] в котором он исследует более широкие вопросы, выходящие за рамки науки о генетическом секвенировании.
Награды и почести
[ редактировать ]Корпас — научный сотрудник Института устойчивости программного обеспечения . [26] и частый докладчик на всемирно известных мероприятиях в области геномики, таких как Фестиваль геномики в Лондоне, BioData West, Всемирный форум долголетия и других. Он внесен в список как один из ведущих людей из Малаги (Испания), имеющих влияние в мире. [27]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «CPM — Домашняя страница» . www.cpm.onl . Проверено 4 сентября 2019 г.
- ^ Корпас, Мануэль (2013). «Трупосома» . Фиговая доля. doi : 10.6084/m9.figshare.693052.v3 . Проверено 4 сентября 2019 г.
{{cite journal}}: Для цитирования журнала требуется|journal=( помощь ) - ^ Корпас, Мануэль (2007). Паттерны сворачивания белковых последовательностей (кандидатская диссертация). Университет Манчестера. doi : 10.6084/m9.figshare.964811.v1 .
- ^ Корпас, Мануэль (август 2005 г.). «Ученые и общества» . Природа . 436 (7054): 1204. doi : 10.1038/nj7054-1204b . ISSN 0028-0836 . ПМИД 16144051 . S2CID 186242202 .
- ^ «ISCB-SC RSG» . Проверено 1 февраля 2017 г.
- ^ Макинтайр, Джефф (2013). «Региональная студенческая групповая программа Студенческого совета ISCB: Истории с дороги» . PLOS Вычислительная биология . 9 (9): e1003241. Бибкод : 2013PLSCB...9E3241M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003241 . ПМЦ 3784494 . ПМИД 24098107 .
- ^ www-core (веб-команда). «Хелен V Ферт» . www.sanger.ac.uk . Проверено 4 сентября 2019 г.
- ^ Ферт Х.В., Ричардс С.М., Беван А.П., Клейтон С., Корпус М. и др. (апрель 2009 г.). «РАСШИФРОВКА: База данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 84 (4): 524–33. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.03.010 . ПМЦ 2667985 . ПМИД 19344873 .
- ^ Сваминатан Дж.Дж.; Брагин Е; Хацимичали Э.А.; Корпус М; и др. (2012). «РАСШИФРОВАНИЕ: сетевой ресурс сообщества для клинической интерпретации редких вариантов нарушений развития» . Хм. Мол. Жене . 21 (R1): R37–R44. дои : 10.1093/hmg/dds362 . ПМЦ 3459644 . ПМИД 22962312 .
- ^ Корпус М. , Кариасо М., Колетта А., Вайс Д., Харрисон А.П., Моран Ф., Ян Х. (12 ноября 2013 г.). «Полный общедоступный набор данных семейной геномики». биоRxiv 10.1101/000216 .
- ^ Корпас, Мануэль (2013). «Краудсорсинг трупосомов» . Исходный код по биологии и медицине . 8 (1): 13. дои : 10.1186/1751-0473-8-13 . ПМК 3706263 . ПМИД 23799911 .
- ^ Корпас М, Вальдивия-Гранда В, Торрес Н, Грешейк Б, Колетта А, Кнаус А, Харрисон А.П., Кариасо М, Моран Ф, Нильсен Ф, Свон Д, Вайс Солис ДЯ, Кравиц П, Шахерер Ф, Шолс П, Ян Х , Борри П., Глусман Г., Робинсон П.Н. (ноябрь 2015 г.). «Краудсорсинговый геномный анализ семейного квартета, направленный непосредственно потребителю» . БМК Геномика . 16 (910): 910. doi : 10.1186/s12864-015-1973-7 . ПМЦ 4636840 . ПМИД 26547235 .
- ^ Корпас, Мануэль (2012). «Манифест геномного блоггера» . ГигаСайенс . 1 (1): 15. дои : 10.1186/2047-217X-1-15 . ПМЦ 3626510 . ПМИД 23587446 .
- ^ «Корпасома в BMC» . blogs.biomedcentral.com . 28 июня 2013 года . Проверено 29 сентября 2020 г.
- ^ Корпус М (июнь 2012 г.). «Семейный опыт личной геномики» . Журнал генетического консультирования . 21 (3): 386–391. дои : 10.1007/s10897-011-9473-7 . ПМК 134180 . ПМИД 22223063 .
- ^ «Храним это в семье» . www.sciencemag.org . Проверено 13 августа 2012 г.
- ^ Корпус ; Хименес, Рафаэль; Карбон, Сет Дж; Гарсиа, Алекс; Гарсия, Лейла; Гольдберг, Татьяна; Гомес, Джон; Кальдеримис, Алексис; Льюис, Сюзанна Э; Малвани, Ян; Павлик, Александра; Роуленд, Фрэнсис; Салазар, Густаво; Шрайбер, Фабиан; Силлито, Ян; Спунер, Уильям Х; Спасибо, Анил; Вильявесес, Хосе М; Яхдав, Гай; Хермякоб, Хеннинг (2014). «BioJS: стандарт с открытым исходным кодом для биологической визуализации – его статус в 2014 году» . F1000Исследования . 3 : 55. doi : 10.12688/f1000research.3-55.v1 . ISSN 2046-1402 . ПМЦ 4103492 . ПМИД 25075290 .
- ^ Спасибо, Анил С.; Каим, Шабхонам; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «DNAContentViewer — компонент BioJS для визуализации контента GC/AT» . F1000Исследования . 3 : 54. doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN 2046-1402 .
- ^ Спасибо, Анил С.; Хименес, Рафаэль С.; Кайтакоттил, Джеми Г.; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «wigExplorer, компонент BioJS для визуализации данных о париках» . F1000Исследования . 3 : 53. doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN 2046-1402 . ПМК 5054804 . ПМИД 27781080 .
- ^ «ELIXIR-UK – Британская медико-биологическая инфраструктура для получения биологической информации» . Проверено 4 сентября 2019 г.
- ^ «Комитеты | КУБОК» . www.mygoblet.org . 16 ноября 2014 года . Проверено 24 августа 2016 г.
- ^ Корпас, М. ; Хименес, RC; Бонгкам-Рудлофф, Э .; Бадд, А.; Бразас, доктор медицины; Фернандес, Польша; ван Гелдер, К.; Корпелайнен, Э.; Левиттер, Ф.; МакГрат, А.; Маклин, Д.; Палаги, П.; Ротер, К.; Тейлор, Дж.; Виа, А.; Уотсон, М.; Шнайдер, М.В.; Эттвуд, ТК (2015). «Обучающий портал GOBLET: глобальный репозиторий учебных материалов, курсов и тренеров по биоинформатике» . Биоинформатика . 31 (1): 140–142. doi : 10.1093/биоинформатика/btu601 . ПМК 4271145 . ПМИД 25189782 .
- ^ «Мануэль Корпас – Институт непрерывного образования (ICE)» . Ice.cam.ac.uk. 12 июля 2018 года . Проверено 29 сентября 2020 г.
- ^ «Мануэль Корпас — цитаты из Google Scholar» . ученый.google.com . Проверено 4 сентября 2019 г.
- ^ Мануэль Корпас (2016). Идеальная ДНК . Кембридж: ДНКдайджест. ISBN 978-1539783725 .
- ^ «Сотрудник Института устойчивости программного обеспечения» . Software.ac.uk . 2016 . Проверено 29 сентября 2020 г.
- ^ Сегодня Малага (10 апреля 2016 г.). «Номер 1 Малаги» . Малага сегодня (на испанском языке) . Проверено 4 сентября 2019 г.
