Терри Эттвуд
Терри Эттвуд | |
|---|---|
 | |
| Рожденный | Тереза К. Эттвуд 20 ноября 1959 г. [4] |
| Альма-матер | Университет Лидса |
| Известный |
|
| Награды | Университетская исследовательская стипендия Королевского общества , 1993–2002 гг. [1] |
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Снятие белковых отпечатков пальцев |
| Учреждения | |
| Диссертация | Хромонные мезофазы (1984) |
| Докторантура | Джон Э. Лайдон [2] |
| Докторанты | |
| Веб-сайт | |
Тереза К. Эттвуд (родилась 20 ноября 1959 г.) — профессор биоинформатики факультета компьютерных наук и Школы биологических наук Манчестерского университета и приглашенный научный сотрудник Европейского института биоинформатики (EMBL-EBI) . [5] Она получила исследовательскую стипендию Королевского общества в Университетском колледже Лондона (UCL) с 1993 по 1999 год и в Манчестерском университете с 1999 по 2002 год. [1]
Образование
[ редактировать ]Эттвуд получила степень бакалавра наук в области биофизики в Университете Лидса в 1982 году. [6] Два года спустя, в 1984 году, ей была присвоена степень доктора философии , также в области биофизики. [2] под руководством Джона Э. Лайдона [7] изучение хромонных мезофаз .
Исследования и карьера
[ редактировать ]Эттвуд проводила постдокторские исследования в Лидсе до 1993 года, когда она переехала в Университетский колледж Лондона. [8] в течение пяти лет, прежде чем переехать в Манчестерский университет в 1999 году. Ее исследования [9] [10] касается выравнивания последовательностей белков и анализа белков .
Вдохновленный созданием PROSITE , Эттвуд разработал метод снятия белковых отпечатков пальцев и использовал его для установления PRINTS. [11] [12] [13] база данных. Вместе с Амосом Байрохом она стремилась объединить работу по семейств белков классификации и аннотации грант Европейского Союза , в конечном итоге получив совместно с Рольфом Апвейлером на создание InterPro . [14] [15] с Pfam , ProDom и Swiss-Prot/TrEMBL в качестве партнеров консорциума в 1997 году. [16]
Эттвуд руководил крупными проектами, включая BioMinT FP5. [17] консорциум по анализу текста EMBER [18] образовательный консорциум по биоинформатике (включая EBI и Швейцарский институт биоинформатики в качестве партнеров) и платформу EPSRC PARADIGM. [19] Она является главным исследователем в Манчестере по проектам SeqAhead ( секвенирования следующего поколения ). сеть анализа данных [20] и AllBio (биоинформатическая инфраструктура для наук об одноклеточных животных, животных и растениях), [21] а также был детективом Манчестера на EMBRACE. [22] и ЕвроКУП (протеомика почек и мочи). [23] Эттвуд был членом Комитета по стратегии обучения биоинформатике ELIXIR (Рабочий пакет 11). [24] на подготовительном этапе ELIXIR. В настоящее время она является председателем Глобальной сети биоинформатики EMBnet , была членом исполнительных комитетов Международного общества биокурации и Сети обучения биоинформатике, а недавно была избрана в совет директоров Международного общества вычислительной биологии. В 2012 году она возглавила создание GOBLET (Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке в области биоинформатики) с ведущими обществами, сетями и организациями в области биоинформатики, вычислительной биологии и биокурирования в качестве партнеров. По состоянию на 2016 год [update], Эттвуд является председателем исполнительного совета GOBLET . [25] [26]
А также быть биокуратором [16] [27] она совместно разработала инструменты для выравнивания и визуализации последовательностей и структур белков, включая Ambrosia и CINEMA. [28] [29] Группа создает программные компоненты многократного использования для создания полезных приложений биоинформатики с помощью UTOPIA (инструменты биоинформатики) . [30] [31] и разрабатывают новые подходы к автоматическому аннотированию и анализу текста , такие как PRECIS, [32] помещать, [33] БиоИЭ, [34] и семантические подходы к интеграции данных, [35] например, Семантический биохимический журнал [36] опубликовано Портленд Пресс . Инструменты UTOPIA лежат в основе как Semantic Biochemical Journal , так и совместного проекта с Pfizer и AstraZeneca по разработке интерфейса XXI века для биомедицинской литературы и управления данными.
Исследование Эттвуда получило финансирование от Исследовательского совета инженерных и физических наук . [37] Исследовательский совет по биотехнологиям и биологическим наукам , Wellcome Trust , Королевское общество , Европейский Союз и промышленность. [6]
Обучение
[ редактировать ]Эттвуд преподает на курсах бакалавриата и магистратуры и был консультантом или соруководителем нескольких аспирантов (например, Мануэля Корпаса ). Эттвуд является соавтором нескольких глав книг и трех популярных учебников по биоинформатике: «Введение в биоинформатику». [38] и биоинформатика и молекулярная эволюция . [39] Эттвуд — соавтор по биоинформатике учебника «Проблемы биоинформатики на стыке биологии и информатики: помните о пробелах». [40] со Стивом Петтифером и Дэйвом Торном.
Академическая служба
[ редактировать ]Эттвуд входит в редакционную коллегию « Биохимического журнала» . [41] База данных: Журнал биологических баз данных и курирования , [42] Молекулярная и клеточная протеомика , [ нужна ссылка ] Журнал молекулярной графики и моделирования и EMBnet.journal. [ нужна ссылка ]
Награды и почести
[ редактировать ]Эттвуд получил университетскую исследовательскую стипендию Королевского общества (URF) с 1993 по 2002 год. [1]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Перейти обратно: а б с Анон (2016). «Профессор биоинформатики Терезы Эттвуд» . manchester.ac.uk . Манчестер. Архивировано из оригинала 24 декабря 2016 года.
- ^ Перейти обратно: а б Эттвуд, Тереза К. (1984). Хромонные мезофазы (кандидатская диссертация). Университет Лидса. OCLC 59334329 .
- ^ Корпас, Мануэль (2007). Паттерны сворачивания белковых последовательностей (кандидатская диссертация). Университет Манчестера. doi : 10.6084/m9.figshare.964811.v1 .
- ^ Тереза Эттвуд в Библиотеке Конгресса
- ^ 57193816586 Эттвуд, публикации Терезы, индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
- ^ Перейти обратно: а б Терри Эттвуд ОРЦИД 0000-0003-2409-4235
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Лайдон, Дж. Э. (1984). «Образование лиотропной мезофазы противоастматическими препаратами». Молекулярные кристаллы и жидкие кристаллы . 108 (3–4): 349. Бибкод : 1984MCLC..108..349A . дои : 10.1080/00268948408078686 .
- ^ «Тереза К. Эттвуд» . biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser .
- ^ Терри К. Эттвуд на DBLP библиографическом сервере
- ^ Публикации Терри Эттвуд, индексируемые Google Scholar.
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Колетта, А.; Мюрхед, Г.; Павлопулу, А.; Филиппу, ПБ; Попов И.; Рома-Матео, К.; Теодосиу, А.; Митчелл, Алабама (2012). «База данных PRINTS: ресурс для детальной аннотации и анализа последовательностей белков — ее статус в 2012 году» . База данных . 2012 : бас019. дои : 10.1093/база данных/bas019 . ПМК 3326521 . ПМИД 22508994 .
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Кронинг, доктор медицины; Флауэр, ДР; Льюис, АП; Мэйби, Дж. Э.; Скордис, П.; Селли, JN; Райт, В. (2000). «PRINTS-S: База данных, ранее известная как PRINTS» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 225–227. дои : 10.1093/нар/28.1.225 . ПМК 102408 . ПМИД 10592232 .
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Брэдли, П.; Флауэр, ДР; Голтон, А.; Модлинг, Н.; Митчелл, Алабама; Моултон, Г.; Нордл, А.; Пейн, К.; Тейлор, П.; Уддин, А.; Зигури, К. (2003). «ПРИНТС и его автоматическое дополнение, преПРИНТС» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 400–402. дои : 10.1093/нар/gkg030 . ПМК 165477 . ПМИД 12520033 .
- ^ Апвейлер, Р .; Эттвуд, Теннесси ; Байрох, А. ; Бейтман, А .; Бирни, Э .; Бисвас, М.; Бучер, П.; Черутти, Л.; Корпет, Ф.; Кронинг, доктор медицины; Дурбин, Р. ; Фальке, Л.; Флейшманн, В.; Гузи, Дж.; Хермякоб, Х.; Хуло, Н.; Йонассен, И.; Кан, Д.; Канапин А.; Каравидопулу, Ю.; Лопес, Р.; Маркс, Б.; Малдер, Нью-Джерси; Оинн, ТМ; Паньи, М.; Слуга, Ф.; Сигрист, CJ; Здобнов, Э.М. (2001). «База данных InterPro, интегрированный ресурс документации по семействам белков, доменам и функциональным сайтам» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 37–40. дои : 10.1093/нар/29.1.37 . ПМК 29841 . ПМИД 11125043 .
- ^ Апвейлер, Р .; Эттвуд, Теннесси ; Байрох, А. ; Бейтман, А .; Бирни, Э .; Бисвас, М.; Бучер, П.; Черутти, Л.; Корпет, Ф.; Кронинг, МЛУ; Дурбин, Р. ; Фальке, Л.; Флейшманн, В.; Гузи, Дж.; Хермякоб, Х.; Хуло, Н.; Йонассен, И.; Кан, Д.; Канапин А.; Каравидопулу, Ю.; Лопес, Р.; Маркс, Б.; Малдер, Нью-Джерси; Оинн, ТМ; Паньи, М.; Слуга, Ф.; Сигрист, CJA; Здобнов Е.М.; Интерпро, К. (2000). «InterPro — интегрированный ресурс документации по семействам белков, доменам и функциональным сайтам» . Биоинформатика . 16 (12): 1145–1150. дои : 10.1093/биоинформатика/16.12.1145 . ПМИД 11159333 .
- ^ Перейти обратно: а б http://www.biocurator.org/elec/candidates2011/Attwood.pdf Биография Эттвуда с сайта biocurator.org
- ^ «BioMinT: Биологический анализ текста, проект ЕС по повышению качества жизни FP5» . Архивировано из оригинала 19 июня 2012 года.
- ^ «EMBER — Европейский мультимедийный образовательный ресурс по биоинформатике» . www.bioinf.man.ac.uk .
- ^ «Грант на платформу: PARADIGM — платформа для аннотаций, надежного анализа, интеграции данных и управления геномом» . Проверено 25 июля 2012 г.
- ^ «Действие COST: Сеть анализа данных NGS» . Проверено 25 июля 2012 г.
- ^ «старт – AllBio» . Архивировано из оригинала 29 декабря 2012 года.
- ^ Петтифер, С.; Айсон, Дж.; Калас, М.; Торн, Д.; Макдермотт, П.; Йонассен, И.; Лиакат, А.; Фернандес, Х.М.; Родригес, Дж. М.; Партнеры, И. -; Пизано, генеральный директор; Бланше, К.; Улудаг, М.; Райс, П.; Бартасевичуте, Э.; Рапацкий, К.; Хеккельман, М.; Сэнд, О.; Стокингер, Х.; Клегг, AB; Бонгкам-Рудлофф, Э.; Зальцеманн, Дж.; Бретон, В.; Эттвуд, ТК; Кэмерон, Г.; Врианд, Г. (2010). «Коллекция веб-сервисов EMBRACE» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (проблема с веб-сервером): W683–W688. дои : 10.1093/нар/gkq297 . ПМК 2896104 . ПМИД 20462862 .
- ^ «Европейская протеомика почек и мочи | Eurokup» . Проверено 25 июля 2012 г.
- ^ «Добро пожаловать в ЭЛИКСИР» . Проверено 26 июля 2012 года .
- ^ «Комитеты | КУБОК» . www.mygoblet.org . 16 ноября 2014 года . Проверено 24 августа 2016 г.
- ^ Корпас, М. ; Хименес, Р.К.; Бонгкам-Рудлофф, Э .; Бадд, А.; Бразас, доктор медицины; Фернандес, Польша; ван Гелдер, К.; Корпелайнен, Э.; Левиттер, Ф.; МакГрат, А.; Маклин, Д.; Палаги, П.; Ротер, К.; Тейлор, Дж.; Виа, А.; Уотсон, М.; Шнайдер, М.В.; Эттвуд, ТК (2015). «Обучающий портал GOBLET: глобальный репозиторий учебных материалов, курсов и тренеров по биоинформатике» . Биоинформатика . 31 (1): 140–142. doi : 10.1093/биоинформатика/btu601 . ПМК 4271145 . ПМИД 25189782 .
- ^ Бердж, С.; Эттвуд, Теннесси ; Бейтман, А .; Берардини, Теннесси; Черри, М.; О'Донован, К.; Ксенариос, Л.; Годе, П. (2012). «Биокураторы и биокурация: исследование проблем 21 века» . База данных . 2012 : bar059. дои : 10.1093/база данных/bar059 . ПМК 3308150 . ПМИД 22434828 .
- ^ Лорд, PW; Селли, JN; Эттвуд, ТК (2002). «CINEMA-MX: Модульный редактор множественного выравнивания» . Биоинформатика . 18 (10): 1402–1403. дои : 10.1093/биоинформатика/18.10.1402 . ПМИД 12376388 .
- ^ Парри-Смит, диджей; Пейн, AWR; Мичи, AD; Эттвуд, ТК (1998). «CINEMA — новый интерактивный редактор цветов для множественных выравниваний». Джин . 221 (1): GC57–GC63. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00650-1 . ПМИД 9852962 .
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Келл, Д.Б .; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Петтифер, СР ; Торн, Д. (2010). «Документы утопии: связь научной литературы с данными исследований» . Биоинформатика . 26 (18): i568–i574. doi : 10.1093/биоинформатика/btq383 . ПМЦ 2935404 . ПМИД 20823323 .
- ^ Петтифер, СР ; Синнотт-младший; Эттвуд, ТК (2004). «UTOPIA — удобные инструменты для работы с информационными приложениями» . Сравнительная и функциональная геномика . 5 (1): 56–60. дои : 10.1002/cfg.359 . ПМЦ 2447318 . ПМИД 18629035 .
- ^ Митчелл, Алабама; Райх, младший; Эттвуд, ТК (2003). «PRECIS: отчеты о белках, созданные на основе краткой информации в SWISS-PROT» . Биоинформатика . 19 (13): 1664–1671. doi : 10.1093/биоинформатика/btg204 . ПМИД 12967963 .
- ^ Митчелл, Алабама; Диволи, А.; Ким, Дж.-Х.; Иларио, М.; Селимас, И.; Эттвуд, ТК (2005). «METIS: множественные методы извлечения информативных предложений» . Биоинформатика . 21 (22): 4196–4197. doi : 10.1093/биоинформатика/bti675 . ПМИД 16159915 .
- ^ Диволи, А.; Эттвуд, ТК (2005). «BioIE: Извлечение информативных предложений из биомедицинской литературы». Биоинформатика . 21 (9): 2138–2139. doi : 10.1093/биоинформатика/bti296 . ПМИД 15691860 .
- ^ Петтифер, С .; Торн, Д.; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Виллегер, А.; Келл, Д.Б .; Эттвуд, ТК (2009). «Визуализация биологических данных: семантический подход к интеграции инструментов и баз данных» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 6): S19. дои : 10.1186/1471-2105-10-S6-S19 . ПМК 2697642 . ПМИД 19534744 .
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Келл, Д.Б .; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Петтифер, СР ; Торн, Д. (2009). «Призыв к международной помощи: знания потеряны в литературе и обвале данных!» . Биохимический журнал . 424 (3): 317–333. дои : 10.1042/BJ20091474 . ПМК 2805925 . ПМИД 19929850 .
- ^ Анон. «Гранты, предоставленные Терри Эттвуд EPSRC» . epsrc.ac.uk . Суиндон . Проверено 25 июля 2012 г.
- ^ Парри-Смит, Дэвид Дж.; Эттвуд, Тереза К. (1999). Введение в биоинформатику . Нью-Йорк: Лонгман. ISBN 978-0-582-32788-7 .
- ^ Эттвуд, Тереза К.; Хиггс, Пол (2005). Биоинформатика и молекулярная эволюция . Кембридж, Массачусетс: Издательство Blackwell. ISBN 978-1-4051-0683-2 .
- ^ Эттвуд, Тереза К.; Петтифер, Стивен Роберт; Торн, Дэвид (2016). Проблемы биоинформатики на стыке биологии и информатики: обратите внимание на пробел . Чичестер, Западный Суссекс; Хобокен, Нью-Джерси: Уайли-Блэквелл . п. 424. ИСБН 9780470035481 . ОСЛК 951190363 .
- ^ «Редакция биохимического журнала» . Архивировано из оригинала 20 февраля 1999 года . Проверено 25 июля 2012 г.
- ^ «Оксфордские журналы | Науки о жизни | База данных | Редакционная коллегия» . Проверено 25 июля 2012 г.
| Международный | |
|---|---|
| Национальный | |
| академики | |
| Другой | |