ПРИНТЫ
В молекулярной биологии база данных PRINTS представляет собой совокупность так называемых «отпечатков пальцев»: [1] [2] он предоставляет как подробный ресурс аннотаций для семейств белков , так и диагностический инструмент для вновь определенных последовательностей. Отпечаток пальца представляет собой группу консервативных мотивов, полученных в результате множественного выравнивания последовательностей . Вместе эти мотивы образуют характерную подпись для выровненного семейства белков. Сами мотивы не обязательно являются смежными по порядку, но могут объединяться в трехмерном пространстве, образуя места молекулярного связывания или поверхности взаимодействия. Особая диагностическая сила отпечатков пальцев заключается в их способности различать различия последовательностей на уровне клана, надсемейства, семьи и подсемейства. Это позволяет проводить детальную функциональную диагностику неохарактеризованных последовательностей, позволяя, например, различать членов семейства на основе лигандов, с которыми они связываются, или белков, с которыми они взаимодействуют, а также выявлять потенциальные олигомеризационные или аллостерические сайты.
PRINTS является партнером-основателем интегрированного ресурса InterPro , широко используемой базы данных белковых семейств, доменов и функциональных сайтов.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Эттвуд, Теннесси ; Брэдли, П.; Флауэр, ДР; Голтон, А.; Модлинг, Н.; Митчелл, Алабама; Моултон, Г.; Нордл, А.; Пейн, К.; Тейлор, П.; Уддин, А.; Зигури, К. (2003). «ПРИНТС и его автоматическое дополнение, преПРИНТС» . Исследования нуклеиновых кислот . 31 (1): 400–402. дои : 10.1093/нар/gkg030 . ПМК 165477 . ПМИД 12520033 .
- ^ Скордис, П.; Флауэр, ДР; Эттвуд, ТК (1999). «FingerPRINTScan: интеллектуальный поиск в базе данных мотивов PRINTS» . Биоинформатика . 15 (10): 799–806. дои : 10.1093/биоинформатика/15.10.799 . ПМИД 10705433 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- База данных PRINTS (Образование и исследования в области биоинформатики Манчестерского университета)