Jump to content

PROSITE

PROSITE
Содержание
Описание PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации.
Контакт
Исследовательский центр Швейцарский институт биоинформатики
Лаборатория Кафедра структурной биологии и биоинформатики
Первичное цитирование ПМИД   19858104
Дата выпуска 1988  ( 1988 )
Доступ
Веб-сайт prosite .expasy .org

PROSITE is a protein database . [1] [2] Он состоит из записей, описывающих семейства белков , домены и функциональные сайты, а также структуры и профили аминокислот в них. Они вручную курируются командой Швейцарского института биоинформатики и тесно интегрированы в аннотацию белков Swiss-Prot . PROSITE был создан в 1988 году Амосом Байрохом , руководившим группой более 20 лет. С июля 2018 года директором PROSITE и Swiss-Prot является Алан Бридж.

Использование PROSITE включает идентификацию возможных функций недавно открытых белков и анализ известных белков на предмет ранее неопределенной активности. Свойства хорошо изученных генов могут быть переданы биологически родственным организмам, а для различных или плохо изученных генов можно предсказать биохимические функции на основе сходства. PROSITE предлагает инструменты для анализа последовательностей белков и обнаружения мотивов (см. Мотив последовательности , Паттерны PROSITE ). Он является частью анализа ExPASy серверов протеомного .

База данных ProRule основана на описаниях доменов PROSITE. [3] Он предоставляет дополнительную информацию о функционально или структурно важных аминокислотах. Правила содержат информацию о биологически значимых остатках, таких как активные центры, сайты связывания субстрата или кофактора , посттрансляционной сайты модификации или дисульфидные связи, чтобы помочь в определении функции. Они могут автоматически генерировать аннотации на основе мотивов PROSITE.

Статистика

[ редактировать ]

По состоянию на 26 февраля 2022 г. , выпуск 2022_01 содержит 1902 записи документации, 1311 шаблонов, 1336 профилей и 1352 ProRules.

См. также

[ редактировать ]
  1. ^ Де Кастро Э., Сигрист CJA, Гаттикер А, Буллиард В., Лангендейк-Жево П.С., Гастайгер Э., Байрох А., Хуло Н. (2006). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (проблема с веб-сервером): W362–365. дои : 10.1093/нар/gkl124 . ПМЦ   1538847 . ПМИД   16845026 .
  2. ^ Хуло Н., Байрох А., Буллиард В., Черутти Л., Куш Б., Де Кастро Э., Лашез С., Лангендейк-Жево П.С., Сигрист CJA (2007). «20 лет ПРОСАЙТУ» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D245–9. дои : 10.1093/nar/gkm977 . ПМК   2238851 . ПМИД   18003654 .
  3. ^ Сигрист С.Дж., Де Кастро Э., Лангендейк-Женево П.С., Ле Со В., Байрох А., Хуло Н. (2005). «ProRule: новая база данных, содержащая функциональную и структурную информацию о профилях PROSITE» . Биоинформатика . 21 (21): 4060–4066. doi : 10.1093/биоинформатика/bti614 . ПМИД   16091411 .
[ редактировать ]
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 594372ee6da2b85a5fa0cb54c3211046__1690022220
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/59/46/594372ee6da2b85a5fa0cb54c3211046.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
PROSITE - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)