PROSITE
Содержание | |
---|---|
Описание | PROSITE, база данных белковых доменов для функциональной характеристики и аннотации. |
Контакт | |
Исследовательский центр | Швейцарский институт биоинформатики |
Лаборатория | Кафедра структурной биологии и биоинформатики |
Первичное цитирование | ПМИД 19858104 |
Дата выпуска | 1988 |
Доступ | |
Веб-сайт | prosite |
PROSITE is a protein database . [1] [2] Он состоит из записей, описывающих семейства белков , домены и функциональные сайты, а также структуры и профили аминокислот в них. Они вручную курируются командой Швейцарского института биоинформатики и тесно интегрированы в аннотацию белков Swiss-Prot . PROSITE был создан в 1988 году Амосом Байрохом , руководившим группой более 20 лет. С июля 2018 года директором PROSITE и Swiss-Prot является Алан Бридж.
Использование PROSITE включает идентификацию возможных функций недавно открытых белков и анализ известных белков на предмет ранее неопределенной активности. Свойства хорошо изученных генов могут быть переданы биологически родственным организмам, а для различных или плохо изученных генов можно предсказать биохимические функции на основе сходства. PROSITE предлагает инструменты для анализа последовательностей белков и обнаружения мотивов (см. Мотив последовательности , Паттерны PROSITE ). Он является частью анализа ExPASy серверов протеомного .
База данных ProRule основана на описаниях доменов PROSITE. [3] Он предоставляет дополнительную информацию о функционально или структурно важных аминокислотах. Правила содержат информацию о биологически значимых остатках, таких как активные центры, сайты связывания субстрата или кофактора , посттрансляционной сайты модификации или дисульфидные связи, чтобы помочь в определении функции. Они могут автоматически генерировать аннотации на основе мотивов PROSITE.
Статистика
[ редактировать ]По состоянию на 26 февраля 2022 г. [update], выпуск 2022_01 содержит 1902 записи документации, 1311 шаблонов, 1336 профилей и 1352 ProRules.
См. также
[ редактировать ]- Uniprot — универсальная база данных белков , центральный ресурс информации о белках — PROSITE добавляет в нее данные.
- InterPro — централизованная база данных, группирующая данные из баз белковых семейств, доменов и функциональных сайтов — часть данных поступает из PROSITE.
- Предсказание субклеточной локализации белков — еще один пример использования PROSITE.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Де Кастро Э., Сигрист CJA, Гаттикер А, Буллиард В., Лангендейк-Жево П.С., Гастайгер Э., Байрох А., Хуло Н. (2006). «ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и связанных с ProRule функциональных и структурных остатков в белках» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (проблема с веб-сервером): W362–365. дои : 10.1093/нар/gkl124 . ПМЦ 1538847 . ПМИД 16845026 .
- ^ Хуло Н., Байрох А., Буллиард В., Черутти Л., Куш Б., Де Кастро Э., Лашез С., Лангендейк-Жево П.С., Сигрист CJA (2007). «20 лет ПРОСАЙТУ» . Нуклеиновые кислоты Рез . 36 (Проблема с базой данных): D245–9. дои : 10.1093/nar/gkm977 . ПМК 2238851 . ПМИД 18003654 .
- ^ Сигрист С.Дж., Де Кастро Э., Лангендейк-Женево П.С., Ле Со В., Байрох А., Хуло Н. (2005). «ProRule: новая база данных, содержащая функциональную и структурную информацию о профилях PROSITE» . Биоинформатика . 21 (21): 4060–4066. doi : 10.1093/биоинформатика/bti614 . ПМИД 16091411 .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Официальный сайт
- ProRule — база данных правил на основе предикторов PROSITE