УТОПИЯ (инструменты биоинформатики)
 Инструменты UTOPIA на Mac | |
| Разработчик(и) | Стив Петтифер, Терри Эттвуд , Дэвид Парри-Смит, Д.Н.Перкинс, А.В. Пейн, А.Д. Мичи, Филипп В. Лорд, JNSell, Фил МакДермотт, Джеймс Марш, Джеймс Синнотт, Дэйв Торн, Бенджамин Бланделл |
|---|---|
| Написано в | С++, Питон |
| Операционная система | Linux, Mac и Windows |
| Веб-сайт | утопия |
UTOPIA ( Удобные инструменты для работы с информационными приложениями ) — это набор бесплатных инструментов для визуализации и анализа биоинформатических данных. Основанный на модели данных, основанной на онтологии , он содержит приложения для просмотра и выравнивания последовательностей белков , визуализации сложных молекулярных структур в 3D, а также для поиска и использования таких ресурсов, как веб-сервисы и объекты данных. [1] [2] [3] [4] Существует два основных компонента: пакет анализа белков и документы UTOPIA.
Пакет анализа белков Utopia
[ редактировать ]Пакет Utopia Protein Analysis представляет собой набор интерактивных инструментов для анализа последовательности и структуры белков . На переднем плане находятся удобные и быстро реагирующие приложения для визуализации, а за кулисами — сложная модель, которая позволяет им работать вместе и скрывает большую часть утомительной работы по работе с форматами файлов и веб-сервисами . [1]
Документы Утопии
[ редактировать ]Utopia Documents открывает новый взгляд на чтение научной литературы, сочетая удобство и надежность портативного формата документов (pdf) с гибкостью и мощью Интернета. [3] [5] [6]
История
[ редактировать ]В период с 2003 по 2005 год работа над UTOPIA финансировалась через Северо-Западный центр электронной науки, базирующийся в Манчестерском университете, Исследовательским советом по инженерным и физическим наукам Великобритании , Министерством торговли и промышленности и Европейской сетью молекулярной биологии (EMBnet) . С 2005 года работа продолжается в рамках Европейской сети передового опыта EMBRACE .
CINEMA (Цветной интерактивный редактор для множественного выравнивания) компании UTOPIA, инструмент для выравнивания последовательностей , представляет собой новейшее воплощение программного обеспечения, первоначально разработанного в Университете Лидса для помощи в анализе рецепторов, связанных с G-белком (GPCR). [7] СОМАП, [8] Процедура экранно-ориентированного множественного выравнивания была разработана в конце 1980-х годов для компьютерной операционной системы VMS , использовала монохромный текстовый видеотерминал VT100 и содержала контекстно-зависимую справку и раскрывающиеся меню за некоторое время до того, как они стали стандартными функциями операционной системы.
За SOMAP последовал инструмент Unix под названием VISTAS. [9] (Визуализация структур и последовательностей), которая включала возможность визуализации трехмерной молекулярной структуры и создания графиков и статистических представлений свойств последовательностей.
Первый инструмент под CINEMA [10] баннер, разработанный в Манчестерском университете, представлял собой апплет на основе Java , запускаемый через веб-страницы, который до сих пор доступен , но больше не поддерживается. Автономная версия Java под названием CINEMA-MX. [11] также был выпущен, но больше не доступен.
Версия CINEMA для C++ под названием CINEMA5 была разработана на раннем этапе проекта UTOPIA и выпущена как автономное приложение для выравнивания последовательностей. Теперь он был заменен версией инструмента, интегрированной с другими приложениями визуализации UTOPIA, и его название вернулось просто на CINEMA.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Петтифер, СР ; Синнотт-младший; Эттвуд, ТК (2004). «UTOPIA — удобные инструменты для работы с информационными приложениями» . Сравнительная и функциональная геномика . 5 (1): 56–60. дои : 10.1002/cfg.359 . ПМК 2447318 . ПМИД 18629035 .
- ^ Макдермотт, П.; Синнотт, Дж.; Торн, Д.; Петтифер, С .; Эттвуд, Т. (2006). «Архитектура визуализации и интерактивного анализа белков». Четвертая международная конференция по скоординированным и множественным взглядам на исследовательскую визуализацию (CMV'06) . п. 55. дои : 10.1109/CMV.2006.3 . ISBN 978-0-7695-2605-8 . S2CID 43554573 .
- ^ Jump up to: а б Эттвуд, Теннесси ; Келл, Д.Б .; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Петтифер, СР ; Торн, Д. (2009). «Призыв к международной помощи: знания потеряны в литературе и обвале данных!» . Биохимический журнал . 424 (3): 317–333. дои : 10.1042/BJ20091474 . ПМК 2805925 . ПМИД 19929850 .
- ^ Петтифер, С .; Торн, Д.; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Виллегер, А.; Келл, Д.Б .; Эттвуд, ТК (2009). «Визуализация биологических данных: семантический подход к интеграции инструментов и баз данных» . БМК Биоинформатика . 10 (Приложение 6): S19. дои : 10.1186/1471-2105-10-S6-S19 . ПМК 2697642 . ПМИД 19534744 .
- ^ Эттвуд, Теннесси ; Келл, Д.Б .; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Петтифер, СР ; Торн, Д. (2010). «Документы утопии: связь научной литературы с данными исследований» . Биоинформатика . 26 (18): i568–i574. doi : 10.1093/биоинформатика/btq383 . ПМЦ 2935404 . ПМИД 20823323 .
- ^ Петтифер, С .; Макдермотт, П.; Марш, Дж.; Торн, Д.; Виллегер, А.; Эттвуд, ТК (2011). «Ceci n'est pas un hamburger: моделирование и представление научной статьи». Изучал издательское дело . 24 (3): 207. дои : 10.1087/20110309 . S2CID 29739751 .
- ^ Вролинг, Б.; Торн, Д.; Макдермотт, П.; Эттвуд, Теннесси ; Врианд, Г.; Петтифер, С. (2011). «Интеграция информации, касающейся GPCR, с полнотекстовыми статьями» . БМК Биоинформатика . 12 :362. дои : 10.1186/1471-2105-12-362 . ПМК 3179973 . ПМИД 21910883 .
- ^ Парри-Смит, диджей; Эттвуд, ТК (1991). «SOMAP: новый интерактивный подход к выравниванию нескольких белковых последовательностей». Биоинформатика . 7 (2): 233–235. дои : 10.1093/биоинформатика/7.2.233 . ПМИД 2059849 .
- ^ Перкинс, Д.Н.; Эттвуд, ТК (1995). «VISTAS: Пакет для визуальной визуализации структур и последовательностей белков». Журнал молекулярной графики . 13 (1): 73–75, 62. doi : 10.1016/0263-7855(94)00013-I . ПМИД 7794837 .
- ^ Парри-Смит, диджей; Пейн, AWR; Мичи, AD; Эттвуд, ТК (1998). «CINEMA — новый интерактивный редактор цветов для множественных выравниваний». Джин . 221 (1): GC57–GC63. дои : 10.1016/S0378-1119(97)00650-1 . ПМИД 9852962 .
- ^ Лорд, PW; Селли, JN; Эттвуд, ТК (2002). «CINEMA-MX: Модульный редактор множественного выравнивания» . Биоинформатика . 18 (10): 1402–1403. дои : 10.1093/биоинформатика/18.10.1402 . ПМИД 12376388 .