✖


Jump to content

Ричард М. Дурбин

Чтобы узнать о политике, см. Дик Дурбин .

Ричард Дурбин
ФРС
Дурбин в 2008 году
Рожденный
Ричард Майкл Дурбин

( 1960-12-30 ) 30 декабря 1960 г. (63 года) [15]
Национальность Британский
Образование Средняя школа
Альма-матер Кембриджский университет (бакалавр, доктор философии)
Известный
  • Анализ биологической последовательности [16]
Супруг
( м. 1996 г.)
[15]
Награды
Научная карьера
Поля
Учреждения
Диссертация Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans   (1987).
Докторантура Джон Дж. Уайт [3]
Докторанты Я не знаю Бирни [4]
Другие известные студенты
Веб-сайт www .gen .камера .и .uk /каталог /Ричард-Дурбин Отредактируйте это в Викиданных

Ричард Майкл Дурбин ФРС [17] (1960 г.р.) [15] британский компьютерный биолог [18] [19] [2] и Аль-Кинди профессор генетики университета Кембриджского . [20] [21] [22] [23] Он также является младшим преподавателем в Институте Уэллком Сэнгер, где ранее был старшим руководителем группы. [24] [25] [26] [27]

Образование [ править ]

Дурбин получил образование в школе Холл в Хэмпстеде. [ нужна ссылка ] и Средняя школа в Лондоне. [15] После участия в Международной математической олимпиаде 1978/9 года . [28] он продолжил обучение в Кембриджском университете, который окончил в 1982 году. [29] с отличием второй степени Кембриджского математического трипо . После окончания университета продолжил обучение в докторантуре. [3] в колледже Святого Иоанна в Кембридже [15] изучая развитие и организацию нервной системы Caenorhabditis elegans во время работы в Лаборатории молекулярной биологии (LMB) в Кембридже под руководством Джона Грэма Уайта . [3]

и исследования Карьера ​

Ранняя работа Дурбина включала разработку основного программного обеспечения для одного из первых рентгеновской кристаллографии. площадных детекторов [30] и конфокальный микроскоп MRC Biorad , а также вклад в нейронное моделирование. [31] [32]

Затем он руководил информатикой проекта генома Caenorhabditis elegans . [33] и вместе с Жаном Тьерри-Мигом разработал базу данных геномов AceDB , которая превратилась в веб-ресурс WormBase . После этого он сыграл важную роль в сборе данных и интерпретации последовательности генома человека. [34]

Он разработал множество методов вычислительного анализа последовательностей . [35] [36] К ним относятся поиск генов (например, GeneWise) с Юэном Бирни. [37] и скрытые модели Маркова для выравнивания и сопоставления белков и нуклеиновых кислот (например, HMMER ) с Шоном Эдди и Грэмом Митчисоном. Стандартный учебник «Анализ биологической последовательности» , написанный в соавторстве с Шоном Эдди , Андерсом Крогом и Грэмом Митчисоном. [16] описывает некоторые из этих работ. Используя эти методы, Дурбин работал с коллегами над созданием ряда важных ресурсов геномных данных, включая базу данных семейств белков Pfam . [38] база данных генома Ensembl , [39] и базу данных семейств генов TreeFam . [9]

Совсем недавно Дурбин вернулся к секвенированию и разработал подходы к популяционному секвенированию генома с низким охватом, применённые сначала к дрожжам, [40] [41] и был одним из лидеров в применении новой технологии секвенирования для изучения вариаций генома человека. [42] [43] В настоящее время Дурбин является одним из руководителей международного проекта «1000 геномов», целью которого является изучение вариаций до 1% частоты аллелей как основы генетики человека.

Награды и почести [ править ]

Дурбин был одним из лауреатов Премии Малларда Королевского общества в 1994 году (за работу над конфокальным микроскопом ), выиграл премию лорда Ллойда Килгерранского Фонда науки и технологий в 2004 году и был избран членом Королевского общества. (ФРС) в 2004 году [17] и член Европейской организации молекулярной биологии (EMBO) в 2009 году. Королевское общество наградило Дурбина медалью Габора в 2017 году за его вклад в вычислительную биологию. [44] В 2023 году он получил Международную премию по биологии за работу по биологии геномов.

Свидетельство об избрании Дурбина в Королевское общество гласит:

Дурбин известен своим мощным вкладом в вычислительную биологию. В частности, он сыграл ведущую роль в становлении новой области биоинформатики. Это позволяет обрабатывать биологические данные в беспрецедентных масштабах, обеспечивая процветание геномики. Он руководил анализом генома C. elegans и вместе с Тьерри-Мигом разработал программное обеспечение для баз данных AceDB . В международном геномном проекте он руководил анализом генов, кодирующих белки. Он представил ключевые вычислительные инструменты для программного обеспечения и обработки данных. Его база данных Pfam позволила идентифицировать домены в новых последовательностях белков ; он использовал скрытые модели Маркова, подход к которым он в целом привнес строгость и которые привели к ковариации моделям для последовательности РНК . [45]

Личная жизнь [ править ]

Дурбин является сыном Джеймса Дурбина и женат на Джули Арингер , ученой из Института Гердона . У них двое детей. [15]

Ссылки [ править ]

  1. ^ «EMBO приветствует в качестве своих членов 66 ведущих ученых-биологов» . biochemist.org .
  2. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Публикации Ричарда М. Дурбина , проиндексированные Google Scholar Отредактируйте это в Викиданных
  3. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с Дурбин, Ричард (1987). Исследования развития и организации нервной системы Caenorhabditis elegans . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   499178924 . EThOS   uk.bl.ethos.233920 .
  4. ^ Бирни, Юэн (2000). Выравнивание последовательностей в биоинформатике . cam.ac.uk (докторская диссертация). Кембриджский университет. OCLC   894597337 . EThOS   uk.bl.ethos.621653 .
  5. ^ Эдди, СР; Митчисон, Дж; Дурбин, Р. (1995). «Максимальная дискриминация скрытых марковских моделей консенсуса последовательностей». Журнал вычислительной биологии . 2 (1): 9–23. дои : 10.1089/cmb.1995.2.9 . ПМИД   7497123 .
  6. ^ Эдди, СР; Дурбин, Р. (1994). «Анализ последовательности РНК с использованием ковариационных моделей» . Исследования нуклеиновых кислот . 22 (11): 2079–88. дои : 10.1093/нар/22.11.2079 . ПМК   308124 . ПМИД   8029015 .
  7. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2009). «Быстрое и точное выравнивание короткого чтения с помощью преобразования Берроуза – Уиллера» . Биоинформатика . 25 (14): 1754–1760. doi : 10.1093/биоинформатика/btp324 . ПМК   2705234 . ПМИД   19451168 .
  8. ^ Ли, Х .; Руан, Дж.; Дурбин, Р. (2008). «Картирование коротких прочтений секвенирования ДНК и вызов вариантов с использованием показателей качества картирования» . Геномные исследования . 18 (11): 1851–1858. дои : 10.1101/гр.078212.108 . ПМК   2577856 . ПМИД   18714091 .
  9. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Ли, Х .; Коглан, А.; Руан, Дж.; Коин, ЖЖ; Эрише, Дж. К.; Осмотерли, Л.; Ли, Р.; Лю, Т.; Чжан, З.; Болунд, Л.; Вонг, ГК; Чжэн, В.; Дехал, П.; Ван, Дж.; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): Д572–Д580. дои : 10.1093/nar/gkj118 . ПМЦ   1347480 . ПМИД   16381935 .
  10. ^ «Хенг Ли отдает должное родословной Дурбина в получении премии Франклина» . bio-itworld.com. Архивировано из оригинала 27 февраля 2013 года.
  11. ^ Бейтман, А .; Монета, Л.; Дурбин, Р. ; Финн, доктор медицинских наук; Холлич, В.; Гриффитс-Джонс, С.; Ханна, А.; Маршалл, М.; Моксон, С.; Зоннхаммер, Эль; Стадхолм, диджей; Йейтс, К.; Эдди, СР (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): 138D–1141. дои : 10.1093/nar/gkh121 . ISSN   0305-1048 . ПМК   308855 . ПМИД   14681378 . Значок открытого доступа
  12. ^ Бейтман, А .; Бирни, Э .; Черрути, Л.; Дурбин, Р. ; Этвиллер, Л.; Эдди, С .; Гриффитс-Джонс, С.; Хау, К.; Маршалл, М.; Зоннхаммер, Эль (2002). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 276–280. дои : 10.1093/нар/30.1.276 . ПМК   99071 . ПМИД   11752314 .
  13. ^ Бейтман, А; Бирни, Э; Дурбин, Р.; Эдди, СР; Хоу, КЛ; Зоннхаммер, Эль (2000). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 28 (1): 263–6. дои : 10.1093/нар/28.1.263 . ПМЦ   102420 . ПМИД   10592242 .
  14. ^ Бейтман, А.; Бирни, Э .; Дурбин, Р. ; Эдди, С .; Финн, Р.; Зоннхаммер, Э. (1999). «Pfam 3.1: 1313 множественных выравниваний и профиль HMM соответствуют большинству белков» . Исследования нуклеиновых кислот . 27 (1): 260–262. дои : 10.1093/нар/27.1.260 . ПМК   148151 . ПМИД   9847196 .
  15. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б с д и ж Анон (2016). «Дурбин, Ричард Майкл» . Кто есть кто (интернет-издание под ред . Oxford University Press ). А&С Черный. дои : 10.1093/ww/9780199540884.013.U45024 . (Требуется подписка или членство в публичной библиотеке Великобритании .)
  16. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б Дурбин, Ричард М .; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологических последовательностей: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , ISBN  0-521-62971-3 , OCLC   593254083
  17. ^ Jump up to: Перейти обратно: а б «Сотрудник ФРС профессора Ричарда Дурбина» . Лондон: Королевское общество . Архивировано из оригинала 19 ноября 2015 года.
  18. ^ анон. «Дурбин, Ричард» . sanger.ac.uk . Проверено 2 января 2019 г.
  19. ^ Ричард Дурбин на X Отредактируйте это в Викиданных
  20. ^ Ричард М. Дурбин на DBLP библиографическом сервере Отредактируйте это в Викиданных
  21. ^ «Почетные профессора» . Репортер Кембриджского университета . CLVV (5). Кембриджский университет. 12 декабря 2014 г. Архивировано из оригинала 15 марта 2015 г.
  22. ^ Анон. «Дурбин Групп — Отделение Генетики» . gen.cam.ac.uk. ​Проверено 2 января 2019 г.
  23. ^ Анон (27 сентября 2017 г.). «Профессор Ричард Дурбин — кафедра генетики» . gen.cam.ac.uk. ​Проверено 2 января 2019 г.
  24. ^ «Доктор Ричард Дурбин – Институт Wellcome Trust Sanger» . Архивировано из оригинала 28 февраля 2012 года.
  25. ^ Дурбин, публикации Ричарда М., индексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  26. ^ Архивная коллекция Ричарда Дурбина . Запись о Ричарде Дурбине в архиве библиотеки Wellcome.
  27. ^ Ричарда М. Дурбина Публикации из Europe PubMed Central
  28. ^ Результаты Ричарда М. Дурбина на Международной математической олимпиаде
  29. ^ «Биоинформер № 1, 1997 г. - Интервью с доктором Ричардом Дурбином» . Архивировано из оригинала 2 октября 2011 года . Проверено 30 июля 2011 г.
  30. ^ Дурбин, РМ ; Бернс, Р.; Мулаи, Дж.; Меткалф, П.; Фрейманн, Д.; Блюм, М.; Андерсон, Дж. Э.; Харрисон, Южная Каролина; Уайли, округ Колумбия (1986). «Кристаллография белков, ДНК и вирусов с помощью пропорционального счетчика с фокусированной визуализацией». Наука . 232 (4754): 1127–1132. Бибкод : 1986Sci...232.1127D . дои : 10.1126/science.3704639 . ПМИД   3704639 .
  31. ^ Дурбин, Р. ; Уиллшоу, Д. (1987). «Аналоговый подход к задаче коммивояжера с использованием метода эластичной сети». Природа . 326 (6114): 689–691. Бибкод : 1987Natur.326..689D . дои : 10.1038/326689a0 . ПМИД   3561510 . S2CID   4321691 .
  32. ^ Дурбин, Р. ; Митчисон, Г. (1990). «Система уменьшения размеров для понимания кортикальных карт». Природа . 343 (6259): 644–647. Бибкод : 1990Natur.343..644D . дои : 10.1038/343644a0 . ПМИД   2304536 . S2CID   4352870 .
  33. ^ в. Элеганс Секвенирование, К. (1998). «Последовательность генома нематоды C. Elegans: платформа для изучения биологии». Наука . 282 (5396): 2012–2018. Бибкод : 1998Наука...282.2012. . дои : 10.1126/science.282.5396.2012 . ПМИД   9851916 .
  34. ^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фицхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ISSN   0028-0836 . ПМИД   11237011 .
  35. ^ Симпсон, Джей Ти; Дурбин, Р. (2011). «Эффективная сборка больших геномов de novo с использованием сжатых структур данных» . Геномные исследования . 22 (3): 549–556. дои : 10.1101/гр.126953.111 . ПМК   3290790 . ПМИД   22156294 .
  36. ^ Эйлбек, К.; Льюис, SE ; Мунгалл, CJ; Янделл, М.; Штейн, Л .; Дурбин, Р. ; Эшбернер, М. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для унификации аннотаций генома» . Геномная биология . 6 (5): Р44. дои : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . ПМЦ   1175956 . ПМИД   15892872 .
  37. ^ Бирни, Э .; Дурбин, Р. (2000). «Использование GeneWise в эксперименте по аннотациям дрозофилы» . Геномные исследования . 10 (4): 547–548. дои : 10.1101/гр.10.4.547 . ПМК   310858 . ПМИД   10779496 .
  38. ^ Зоннхаммер, ELL; Эдди, СР ; Дурбин, Р. (1997). «Pfam: комплексная база данных семейств белковых доменов, основанная на выравнивании семян». Белки: структура, функции и генетика . 28 (3): 405–420. doi : 10.1002/(SICI)1097-0134(199707)28:3<405::AID-PROT10>3.0.CO;2-L . ПМИД   9223186 . S2CID   9569028 .
  39. ^ Хаббард, Т .; Баркер, Д.; Бирни, Э .; Кэмерон, Г.; Чен, Ю.; Кларк, Л.; Кокс, Т.; Кафф, Дж.; Карвен, В.; Даун, Т.; Дурбин, Р.; Эйрас, Э.; Гилберт, Дж.; Хаммонд, М.; Гуминецкий, Л.; Каспшик, А.; Леваслайхо, Х.; Лейнзаад, П.; Мелсопп, К.; Монгин, Э.; Пететт, Р.; Покок, М.; Поттер, С.; Руст, А.; Шмидт, Э.; Сирл, С.; Слейтер, Г.; Смит, Дж.; Спунер, В.; Стабенау, А. (2002). «Проект базы данных генома Ensembl» . Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 38–41. дои : 10.1093/нар/30.1.38 . ПМК   99161 . ПМИД   11752248 .
  40. ^ Лити, Г.; Картер, DM; Моисей, AM; Уорринджер, Дж.; Партс, Л.; Джеймс, ЮАР; Дэйви, РП; Робертс, Индиана; Берт, А.; Куфопану, В.; Цай, Эй Джей; Бергман, CM; Бенсассон, Д.; О'Келли, MJT; Ван Ауденарден, А.; Бартон, DBH; Бейлс, Э.; Нгуен, АН; Джонс, М.; Перепел, Массачусетс; Гудхед, И.; Симс, С.; Смит, Ф.; Бломберг, А.; Дурбин, Р.; Луи, Э.Дж. (2009). «Популяционная геномика домашних и диких дрожжей» . Природа . 458 (7236): 337–341. Бибкод : 2009Natur.458..337L . дои : 10.1038/nature07743 . ПМЦ   2659681 . ПМИД   19212322 .
  41. ^ Уорринджер, Дж.; Зёрго, Э.; Кубильос, ФА; Зия, А.; Гьювсланд, А.; Симпсон, Джей Ти; Форсмарк, А.; Дурбин, Р. ; Омхольт, Юго-Запад; Луи, Э.Дж.; Лити, Г.; Моисей, А.; Бломберг, А. (2011). Кругляк, Леонид (ред.). «Изменение признаков дрожжей определяется историей популяции» . ПЛОС Генетика . 7 (6): e1002111. дои : 10.1371/journal.pgen.1002111 . ПМК   3116910 . ПМИД   21698134 .
  42. ^ Бентли, ДР; Баласубраманян, С.; Свердлов, Х.П.; Смит, врач общей практики; Милтон, Дж.; Браун, CG; Холл, КП; Эверс, диджей; Барнс, CL; Бигнелл, HR; Бутелл, Дж. М.; Брайант, Дж.; Картер, Р.Дж.; Кира Читам, Р.; Кокс, Эй Джей; Эллис, диджей; Флэтбуш, MR; Гормли, Северная Каролина; Хамфри, SJ; Ирвинг, LJ; Карбелашвили, М.С.; Кирк, С.М.; Ли, Х.; Лю, X.; Майзингер, К.С.; Мюррей, LJ; Обрадович, Б.; Ост, Т.; Паркинсон, МЛ; и др. (2008). «Точное секвенирование всего генома человека с использованием обратимой химии терминаторов» . Природа . 456 (7218): 53–59. Бибкод : 2008Natur.456...53B . дои : 10.1038/nature07517 . ПМК   2581791 . ПМИД   18987734 .
  43. ^ Ли, Х .; Дурбин, Р. (2011). «Вывод об истории человеческой популяции на основе отдельных последовательностей целого генома» . Природа . 475 (7357): 493–496. дои : 10.1038/nature10231 . ПМК   3154645 . ПМИД   21753753 .
  44. ^ «Медаль Габора – Медалист Габора 2017» . Королевское общество. 2017 . Проверено 10 октября 2017 г.
  45. ^ «Библиотечно-архивный каталог» . Лондон: Королевское общество . Проверено 14 ноября 2013 г.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Richard_M._Durbin&oldid=1205126543"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: b4c095c0d241a7e0020771118a1e9a78__1707422640
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b4/78/b4c095c0d241a7e0020771118a1e9a78.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Richard M. Durbin - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)