ДеревоСемья
 | Тема этой статьи Википедии может не соответствовать общему правилу по известности . ( июль 2023 г. ) |
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | курируемая база данных филогенетических деревьев семейств генов животных. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Wellcome Trust Sanger Institute |
| Авторы | Фабиан Шрайбер |
| Первичное цитирование | Руан Дж. и др. (2006) [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.treefam.org |
TreeFam (база данных семейств деревьев) — база данных филогенетических деревьев животных генов . Целью проекта является создание курируемого ресурса, дающего достоверную информацию о назначениях ортологов и паралогов , а также об истории эволюции различных семейств генов . [1] [2]
TreeFam определяет семейство генов как группу генов, которые развились после видообразования одноклеточных животных . Он также пытается включить гены внешней группы, такие как дрожжи ( S.cerevisiae и S. pombe ) и растения ( A. thaliana ), чтобы выявить этих отдаленных членов.
TreeFam также является базой данных ортологов . В отличие от других методов, основанных на парном выравнивании, TreeFam выводит ортологов с помощью генных деревьев. Он встраивает генное дерево в универсальное дерево видов и находит исторические дублирования, видообразования и события потерь. TreeFam использует эту информацию для оценки построения деревьев, руководства по ручному курированию и вывода сложных ортологов и паралогов отношений .
Базовыми элементами TreeFam являются семейства генов, которые можно разделить на две части: семейства TreeFam-A и TreeFam-B. Семейства TreeFam-B создаются автоматически. Они могут содержать ошибки, учитывая сложную филогению . Семейства TreeFam-A вручную создаются из семейств TreeFam-B. Имена семейств и имена узлов назначаются одновременно. Конечная цель TreeFam — предоставить курируемый ресурс для всех семей.
TreeFam реализуется как проект Wellcome Trust Sanger Institute , а его программное обеспечение размещено на SourceForge под названием «TreeSoft».
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Руан, Дж.; Ли, Х .; Чен, З.; Коглан, А.; Монета, LJM; Го, Ю.; Эрише, Ж.-К.; Ху, Ю.; Кристиансен, К.; Ли, Р.; Лю, Т.; Моисей, А.; Цинь, Дж.; Ванг, С.; Вилелла, Эй Джей; Урета-Видаль, А.; Болунд, Л.; Ван, Дж.; Дурбин, Р. (2007). «TreeFam: Обновление 2008 года» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D735–D740. дои : 10.1093/нар/gkm1005 . ПМК 2238856 . ПМИД 18056084 .
- ^ Ли, Х .; Коглан, А.; Руан, Дж.; Коин, ЖЖ; Эрише, Дж. К.; Осмотерли, Л.; Ли, Р.; Лю, Т.; Чжан, З.; Болунд, Л.; Вонг, ГК; Чжэн, В.; Дехал, П.; Ван, Дж.; Дурбин, Р. (2006). «TreeFam: тщательно подобранная база данных филогенетических деревьев семейств генов животных» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (90001): Д572–Д580. дои : 10.1093/nar/gkj118 . ПМЦ 1347480 . ПМИД 16381935 .