АсеДБ

AceDB — это биологическая база данных для обработки геномных данных. Он был разработан Ричардом М. Дурбином и Жаном Тьерри-Мигом в 1989 году. ^[1] AceDB означает базу данных C. elegans . Хотя AceDB изначально создавался как база данных специально для червей-нематод, под ним также стали понимать само программное обеспечение базы данных, которое использовалось для хранения информации о других видах. Согласно веб-сайту, AceDB предоставляет собственное ядро базы данных с нестандартной моделью данных, разработанной с учетом гибкости. Например, существует экземпляр AceDB для организма Pristionchus pacificus под названием AppaDB. ^[2] Большая часть функций AceDB для C. elegans доступна через базу данных WormBase . ^[3]

Включенные функции:

графический интерфейс пользователя со множеством специальных дисплеев и инструментов для геномных данных
программное обеспечение с открытым исходным кодом
пакет, реализующий простой интерфейс веб-браузера, обеспечивающий доступ к базе данных из любого места.
Легко взаимодействует с Perl, Java и CORBA.
Инструменты для сравнительного анализа генома, включая Оксфордскую сетку, Карту парных хромосом, Хромосомную карту «один ко многим», Сетку видов, Сетку транслокаций.
встроенная способность обработки филогенетических данных
легко связывается с внешними приложениями
разработан для работы под операционной системой Unix с использованием X-Windows для графики и с локальной копией файлов базы данных.

Разработка AceDB, похоже, прекратилась, поскольку в интерфейсе все еще используется старая технология, и многие сайты, которые первоначально использовали ее, обновились до более нового программного обеспечения. ^{[ нужна ссылка ]}

Ссылки

^ Экман Ф.Х., Дурбин Р. (1995). «ACeDB и Macace». Методы Клеточная Биол . 48 : 583–605. дои : 10.1016/s0091-679x(08)61405-3 . ПМИД 8531744 .
^ Шринивасан Дж., Отто Г.В., Калоу У., Гейслер Р., Соммер Р.Дж. (январь 2004 г.). «AppaDB: база данных AcedB для нематод-спутникового организма Pristionchus pacificus» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (Проблема с базой данных): D421–2. дои : 10.1093/nar/gkh057 . ПМК 308791 . ПМИД 14681447 .
^ Стейн Л., Штернберг П., Дурбин Р., Тьерри-Миг Дж., Спит Дж. (январь 2001 г.). «WormBase: сетевой доступ к геному и биологии Caenorhabditis elegans» . Нуклеиновые кислоты Рез . 29 (1): 82–6. дои : 10.1093/нар/29.1.82 . ПМК 29781 . ПМИД 11125056 .

Внешние ссылки

https://www.sanger.ac.uk/science/tools/acedb

Эта статья, посвященная биоинформатике, незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее .

[pmid8531744-1] Экман Ф.Х., Дурбин Р. (1995). «ACeDB и Macace». Методы Клеточная Биол . 48 : 583–605. дои : 10.1016/s0091-679x(08)61405-3 . ПМИД 8531744 .

[pmid14681447-2] Шринивасан Дж., Отто Г.В., Калоу У., Гейслер Р., Соммер Р.Дж. (январь 2004 г.). «AppaDB: база данных AcedB для нематод-спутникового организма Pristionchus pacificus» . Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (Проблема с базой данных): D421–2. дои : 10.1093/nar/gkh057 . ПМК 308791 . ПМИД 14681447 .

[pmid11125056-3] Стейн Л., Штернберг П., Дурбин Р., Тьерри-Миг Дж., Спит Дж. (январь 2001 г.). «WormBase: сетевой доступ к геному и биологии Caenorhabditis elegans» . Нуклеиновые кислоты Рез . 29 (1): 82–6. дои : 10.1093/нар/29.1.82 . ПМК 29781 . ПМИД 11125056 .

[1]

[2]

[3]