Шон Эдди

Шон Эдди
Шон Эдди
	Шон Эдди
Рожденный	Шон Робертс Эдди
Альма-матер	Калифорнийский технологический институт (BS) ; Университет Колорадо (доктор философии) ;
Известный	ХММЕР ; Адский ; Пфам ; Рфам ;
Награды	Премия Бена Франклина (2007)
	Научная карьера
Поля	Компьютерный анализ генома
Учреждения	Гарвардский университет ; Медицинский институт Говарда Хьюза (HHMI) ; Исследовательский кампус фермы Джанелия ; Вашингтонский университет в Сент-Луисе ; Калифорнийский технологический институт ; Университет Колорадо ; Лаборатория молекулярной биологии (ЛМБ) ;
Диссертация	Интроны в Т-четных бактериофагах (1991)
Докторантура	Ларри Голд
Другие научные консультанты	Джон Салстон ; Ричард Дурбин
Веб-сайт	криптогеномикон .org ; www .хмми .org /ученые /Шон-Р-Эдди ;

Шон Робертс Эдди — профессор молекулярной и клеточной биологии и прикладной математики Гарвардского университета . Ранее он работал в исследовательском кампусе Джанелия с 2006 по 2015 год. ^[1]^[7]^[8] в Вирджинии . Его научные интересы лежат в области биоинформатики , вычислительной биологии и анализа биологических последовательностей . ^[9]^[10]^[11]^[12] По состоянию на 2016 год ^[update] проекты включают использование скрытых марковских моделей ^[13]^[14] в ХММЕР , Адский ^[15] Пфам и Рфам . ^[16]^[17]^[18]^[19]

Образование

Эдди окончил в июне 1982 года среднюю школу Мэрион-Центр, Мэрион-Центр, Пенсильвания . Затем он получил степень бакалавра наук по биологии в Калифорнийском технологическом институте в 1986 году. ^[20] за которым последовал доктор философии по молекулярной биологии в Университете Колорадо под руководством Ларри Голда в 1991 году, изучающий фаг Т4 . ^[2]^[21]^[22]

Карьера

С 1992 по 1995 год он был научным сотрудником в (LMB) Совета медицинских исследований (MRC) лаборатории молекулярной биологии в Кембридже, Великобритания, работая с Джоном Салстоном и Ричардом Дурбином . С 1995 по 2007 год он работал в Медицинской школе Вашингтонского университета , а с 2000 года работает в Медицинском институте Говарда Хьюза.

Награды и почести

В 2007 году Шон стал лауреатом Премии Бенджамина Франклина в области биоинформатики за вклад в открытый доступ в области наук о жизни. ^[23]

В 2022 году Эдди был избран членом Международного общества вычислительной биологии . ^[24]

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Публикации Шона Эдди , индексируемые Google Scholar
^ Jump up to: ^а ^б Эдди, Шон Робертс (1991). Интроны в Т-четных бактериофагах (кандидатская диссертация). Университет Колорадо. ОСЛК 28253022 . ПроКвест 303935681 .
^ Финн, доктор медицинских наук; Клементс, Дж.; Эдди, СР (2011). «Веб-сервер HMMER: Интерактивный поиск сходства последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (проблема с веб-сервером): W29–W37. дои : 10.1093/nar/gkr367 . ПМК 3125773 . ПМИД 21593126 .
^ Навроцкий, Е.П.; Кольбе, Д.Л.; Эдди, СР (2009). «Инфернал 1.0: Вывод о выравнивании РНК» . Биоинформатика . 25 (10): 1335–1337. doi : 10.1093/биоинформатика/btp157 . ПМЦ 2732312 . ПМИД 19307242 .
^ Бейтман, А .; Монета, Л.; Дурбин, Р. ; Финн, доктор медицинских наук; Холлич, В.; Гриффитс-Джонс, С.; Ханна, А.; Маршалл, М.; Моксон, С.; Зоннхаммер, Эль; Стадхолм, диджей; Йейтс, К.; Эдди, СР (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): 138D–1141. дои : 10.1093/nar/gkh121 . ISSN 0305-1048 . ПМК 308855 . ПМИД 14681378 .
^ Гарднер, ПП; Дауб, Дж.; Тейт, Дж.; Мур, БЛ; Осуч, штат Айова; Гриффитс-Джонс, С.; Финн, доктор медицинских наук; Навроцкий, Е.П.; Кольбе, Д.Л.; Эдди, СР ; Бейтман, А. (2010). «Рфам: Arc.Ask3.Ru, кланы и «десятичный» релиз» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D141–D145. дои : 10.1093/nar/gkq1129 . ПМК 3013711 . ПМИД 21062808 .
^ Анон (2012). «Биография ученого HHMI: Шон Р. Эдди, доктор философии». Архивировано из оригинала 16 июня 2012 г.
^ Каплан, Карен (2011). «Бросок костей: Шон Эдди нашел работу своей мечты» . Природа . 479 (7373): 433–435. дои : 10.1038/nj7373-433a . ПМИД 22106470 .
^ Дурбин, Ричард М .; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологических последовательностей: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3 , OCLC 593254083
^ Ривас, Э.; Ланг, Р.; Эдди, СР (2011). «Ряд сложных вероятностных моделей для предсказания вторичной структуры РНК, включая модель ближайшего соседа и многое другое» . РНК . 18 (2): 193–212. дои : 10.1261/rna.030049.111 . ПМК 3264907 . ПМИД 22194308 .
^ Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фитцхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 11237011 .
^ «Домашняя страница Шона Эдди» . selab.janelia.org . Архивировано из оригинала 4 декабря 2010 г.
^ Эдди, СР (2004). «Что такое скрытая марковская модель?» . Природная биотехнология . 22 (10): 1315–1316. дои : 10.1038/nbt1004-1315 . ПМИД 15470472 .
^ Эдди, С. (1998). «Профиль скрытых марковских моделей» . Биоинформатика . 14 (9): 755–763. дои : 10.1093/биоинформатика/14.9.755 . ПМИД 9918945 .
^ «Блог Шона Эдди» . https://cryptogenomicon.org .
^ Эдди, СР (2012). «Парадокс C-значения, мусорная ДНК и КОДИРОВАНИЕ» . Современная биология . 22 (21): 898–899 рэндов. дои : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . ПМИД 23137679 .
^ Публикации Шона Эдди, индексируемые библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)
^ Чтение геномов постепенно - Шон Эдди на YouTube , GenomeTV
^ Шон Эдди Keynote OBF BOSC на YouTube , 20 июля 2013 г.
^ «Резюме Шона Эдди» (PDF) . selab.janelia.org . Архивировано из оригинала (PDF) 9 марта 2012 г.
^ Эдди, СР ; Голд, Л. (1991). «Интрон nrdB фага T4: делеционный мутант версии, обнаруженной в дикой природе» . Гены и развитие . 5 (6): 1032–1041. дои : 10.1101/gad.5.6.1032 . ПМИД 2044951 .
^ Тюрк, К.; Эдди, С .; Парма, Д.; Голд, Л. (1990). «Аутогенный оператор трансляции, распознаваемый ДНК-полимеразой бактериофага Т4». Журнал молекулярной биологии . 213 (4): 749–761. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80261-X . ПМИД 2359122 .
^ Анон (2007). «Блог BioMed Central: Шон Эдди получает награду открытого доступа» . blogs.openaccesscentral.com . Архивировано из оригинала 7 июня 2011 г.
^ «28 апреля 2022 г.: ISCB поздравляет и представляет класс стипендиатов 2022 года!» . www.iscb.org . Проверено 17 июня 2022 г.

[googlescholar-1] Jump up to: ^а ^б Публикации Шона Эдди , индексируемые Google Scholar

[eddyphd-2] Jump up to: ^а ^б Эдди, Шон Робертс (1991). Интроны в Т-четных бактериофагах (кандидатская диссертация). Университет Колорадо. ОСЛК 28253022 . ПроКвест 303935681 .

[3] Финн, доктор медицинских наук; Клементс, Дж.; Эдди, СР (2011). «Веб-сервер HMMER: Интерактивный поиск сходства последовательностей» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (проблема с веб-сервером): W29–W37. дои : 10.1093/nar/gkr367 . ПМК 3125773 . ПМИД 21593126 .

[4] Навроцкий, Е.П.; Кольбе, Д.Л.; Эдди, СР (2009). «Инфернал 1.0: Вывод о выравнивании РНК» . Биоинформатика . 25 (10): 1335–1337. doi : 10.1093/биоинформатика/btp157 . ПМЦ 2732312 . ПМИД 19307242 .

[5] Бейтман, А .; Монета, Л.; Дурбин, Р. ; Финн, доктор медицинских наук; Холлич, В.; Гриффитс-Джонс, С.; Ханна, А.; Маршалл, М.; Моксон, С.; Зоннхаммер, Эль; Стадхолм, диджей; Йейтс, К.; Эдди, СР (2004). «База данных семейств белков Pfam» . Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): 138D–1141. дои : 10.1093/nar/gkh121 . ISSN 0305-1048 . ПМК 308855 . ПМИД 14681378 .

[6] Гарднер, ПП; Дауб, Дж.; Тейт, Дж.; Мур, БЛ; Осуч, штат Айова; Гриффитс-Джонс, С.; Финн, доктор медицинских наук; Навроцкий, Е.П.; Кольбе, Д.Л.; Эдди, СР ; Бейтман, А. (2010). «Рфам: Arc.Ask3.Ru, кланы и «десятичный» релиз» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D141–D145. дои : 10.1093/nar/gkq1129 . ПМК 3013711 . ПМИД 21062808 .

[7] Анон (2012). «Биография ученого HHMI: Шон Р. Эдди, доктор философии». Архивировано из оригинала 16 июня 2012 г.

[8] Каплан, Карен (2011). «Бросок костей: Шон Эдди нашел работу своей мечты» . Природа . 479 (7373): 433–435. дои : 10.1038/nj7373-433a . ПМИД 22106470 .

[9] Дурбин, Ричард М .; Эдди, Шон Р .; Крог, Андерс ; Митчисон, Грэм (1998), Анализ биологических последовательностей: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот (1-е изд.), Кембридж, Нью-Йорк: Cambridge University Press , ISBN 0-521-62971-3 , OCLC 593254083

[10] Ривас, Э.; Ланг, Р.; Эдди, СР (2011). «Ряд сложных вероятностных моделей для предсказания вторичной структуры РНК, включая модель ближайшего соседа и многое другое» . РНК . 18 (2): 193–212. дои : 10.1261/rna.030049.111 . ПМК 3264907 . ПМИД 22194308 .

[11] Ландер, ES ; Линтон, М.; Биррен, Б.; Нусбаум, К.; Зоди, К.; Болдуин, Дж.; Девон, К.; Дьюар, К.; Дойл, М.; Фитцхью, В.; Функе, Р.; Гейдж, Д.; Харрис, К.; Хифорд, А.; Хауленд, Дж.; Канн, Л.; Лехочки, Дж.; Левин, Р.; Макьюэн, П.; МакКернан, К.; Мелдрим, Дж.; Месиров, Дж.П.; Миранда, К.; Моррис, В.; Нейлор, Дж.; Раймонд, К.; Розетти, М.; Сантос, Р.; Шеридан, А.; и др. (февраль 2001 г.). «Первичное секвенирование и анализ генома человека» (PDF) . Природа . 409 (6822): 860–921. Бибкод : 2001Natur.409..860L . дои : 10.1038/35057062 . ISSN 0028-0836 . ПМИД 11237011 .

[12] «Домашняя страница Шона Эдди» . selab.janelia.org . Архивировано из оригинала 4 декабря 2010 г.

[13] Эдди, СР (2004). «Что такое скрытая марковская модель?» . Природная биотехнология . 22 (10): 1315–1316. дои : 10.1038/nbt1004-1315 . ПМИД 15470472 .

[14] Эдди, С. (1998). «Профиль скрытых марковских моделей» . Биоинформатика . 14 (9): 755–763. дои : 10.1093/биоинформатика/14.9.755 . ПМИД 9918945 .

[15] «Блог Шона Эдди» . https://cryptogenomicon.org .

[encode-16] Эдди, СР (2012). «Парадокс C-значения, мусорная ДНК и КОДИРОВАНИЕ» . Современная биология . 22 (21): 898–899 рэндов. дои : 10.1016/j.cub.2012.10.002 . ПМИД 23137679 .

[scopus-17] Публикации Шона Эдди, индексируемые библиографической базой данных Scopus . (требуется подписка)

[18] Чтение геномов постепенно - Шон Эдди на YouTube , GenomeTV

[19] Шон Эдди Keynote OBF BOSC на YouTube , 20 июля 2013 г.

[20] «Резюме Шона Эдди» (PDF) . selab.janelia.org . Архивировано из оригинала (PDF) 9 марта 2012 г.

[21] Эдди, СР ; Голд, Л. (1991). «Интрон nrdB фага T4: делеционный мутант версии, обнаруженной в дикой природе» . Гены и развитие . 5 (6): 1032–1041. дои : 10.1101/gad.5.6.1032 . ПМИД 2044951 .

[22] Тюрк, К.; Эдди, С .; Парма, Д.; Голд, Л. (1990). «Аутогенный оператор трансляции, распознаваемый ДНК-полимеразой бактериофага Т4». Журнал молекулярной биологии . 213 (4): 749–761. дои : 10.1016/S0022-2836(05)80261-X . ПМИД 2359122 .

[23] Анон (2007). «Блог BioMed Central: Шон Эдди получает награду открытого доступа» . blogs.openaccesscentral.com . Архивировано из оригинала 7 июня 2011 г.

[iscb-fellow-24] «28 апреля 2022 г.: ISCB поздравляет и представляет класс стипендиатов 2022 года!» . www.iscb.org . Проверено 17 июня 2022 г.

[3]

[4]

[5]

[6]

[1]

[2]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]

[19]

[20]

[21]

[22]

[23]

[24]

v т и Члены Международного общества вычислительной биологии по годам избрания
2009	David Haussler David Lipman Webb Miller David Sankoff Temple Smith Janet Thornton Michael Waterman
2010	Russ Altman Lawrence Hunter Eugene Myers Chris Sander Gary Stormo Alfonso Valencia
2011	Michael Ashburner Phil Bourne Søren Brunak Richard Durbin
2012	Bonnie Berger Peter Karp Jill Mesirov Pavel Pevzner Ron Shamir Martin Vingron Gunnar von Heijne
2013	Pierre Baldi David Eisenberg Minoru Kanehisa Satoru Miyano Ruth Nussinov Steven Salzberg
2014	Amos Bairoch Ewan Birney Nir Friedman Robert Gentleman Andrej Šali
2015	Rolf Apweiler Cyrus Chothia Julio Collado-Vides Mark Gerstein Des Higgins Thomas Lengauer Michael Levitt Burkhard Rost
2016	Helen M. Berman Steven Brenner Dan Gusfield Barry Honig Janet Kelso Michal Linial Christine Orengo Aviv Regev Lincoln Stein Sarah Teichmann Anna Tramontano Shoshana Wodak Haim Wolfson
2017	Alex Bateman Andrea Califano Daphne Koller Anders Krogh William Noble Lior Pachter Olga Troyanskaya Tandy Warnow
2018	Patricia Babbitt Terry Gaasterland Hanah Margalit Yves Moreau Bernard Moret William Pearson Mona Singh Mike Steel
2019	Vineet Bafna Eleazar Eskin Xiaole Shirley Liu Marie-France Sagot
2020	Serafim Batzoglou Judith Blake Mark Borodovsky Rita Casadio Paul Flicek Osamu Gotoh Rafael Irizarry Laxmi Parida Katherine Pollard Ben Raphael Zhiping Weng Xuegong Zhang
2021	Atul Butte A. Keith Dunker Eran Halperin Wolfgang Huber Sorin Istrail Christina Leslie Ming Li Núria López Bigas Dana Pe'er Teresa Przytycka Eytan Ruppin Gustavo Stolovitzky
2022	Barbara Bryant Sean Eddy Mikhail Gelfand Takashi Gojobori Trey Ideker David Jones Fran Lewitter Jun Liu Debora Marks Mihai Pop Reinhard Schneider

Базы данных авторитетного контроля
International	ISNI VIAF 2 WorldCat
National	United States Czech Republic
Academics	DBLP Google Scholar ORCID zbMATH