Дебора Маркс
Дебора Маркс | |
|---|---|
 Дебора Маркс | |
| Альма-матер | Бристольский университет , Манчестерский университет , Университет Гумбольдта |
| Награды | Премия Овертона , Премия Бена Барреса за раннюю карьеру |
| Научная карьера | |
| Поля | Искусственный интеллект , Структурная биология , Биоинформатика |
| Учреждения | Гарвардская медицинская школа |
| Диссертация | (2010) |
| Докторантура | Рейнхард Генрих , Ханспетер Герцль |
| Веб-сайт | https://marks.hms.harvard.edu/ |
Дебора С. Маркс — исследователь в области вычислительной биологии и профессор системной биологии в Гарвардской медицинской школе . [1] В ее исследованиях используются вычислительные подходы для решения множества биологических проблем.
Карьера и исследования
[ редактировать ]После получения степени бакалавра медицины она работала в фармацевтической промышленности, а в конце жизни вернулась к исследованиям, получив степень по математике в Манчестерском университете . [2] Она заинтересовалась микроРНК в начале 2000-х годов. [2] [3] [4] а ее работа по биологии микроРНК в конечном итоге стала докторской диссертацией, которую она представила под руководством Рейнхарта Генриха в Берлинский университет имени Гумбольдта в 2010 году. [5] Одним из ключевых вкладов стало ее открытие того, что трансфекция микроРНК в клетки парадоксальным образом увеличивает экспрессию некоторых генов из-за конкуренции за клеточный механизм, обрабатывающий малые РНК. [6] В сотрудничестве с Александром ван Ауденарденом и Нильсом Блутгеном она показала, что микроРНК уменьшают шум при экспрессии белка при низких уровнях мРНК, снижая вероятность нежелательной экспрессии белка в результате утечки на промоторе гена. [7]
Она наиболее известна своей работой по предсказанию структуры белков: ее метод, основанный на подходе статистической физики (максимальная энтропия при ограничении), использует корреляции между последовательностями членов семейства белков разных видов для построения моделей структуры белка только на основе последовательностей. . [8] В некоторых случаях предсказанные модели достаточно точны, чтобы позволить молекулярную замену модели данными рентгеновской кристаллографии , что облегчает замену фаз. [9] Алгоритм [10] широко использовался другими исследователями для прогнозирования и понимания структур белков, например структур рецептора σ2. [11] и тетраспанин CD81 . [12] Маркс и ее близкий соавтор Крис Сандер показали, что этот подход также можно использовать для прогнозирования структур некодирующих РНК и комплексов РНК-белок. [13] идентифицировать необнаружимые структурные состояния в неупорядоченных белках [14] и предсказать функциональные эффекты мутаций последовательностей. [15]
Награды
[ редактировать ]В 2016 году Маркс был удостоен премии Овертона от Международного общества вычислительной биологии . [16]
В 2018 году Маркс был награжден Премией Бена Барреса за раннюю карьеру от Инициативы Чана Цукерберга в рамках Сети нейродегенерации. [17]
В 2022 году Маркс был избран членом Международного общества вычислительной биологии . [18]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «Лаборатория Деборы С. Маркс» . Проверено 11 июля 2016 г.
- ^ Jump up to: а б «Премия Овертона 2016: Дебора Маркс» . www.iscb.org . Проверено 1 января 2019 г.
- ^ Энрайт А.Дж., Джон Б., Гал У., Тушл Т., Сандер С., Маркс Д.С. (2003). «Мишени микроРНК у дрозофилы» . Геномная биология . 5 (1): Р1. дои : 10.1186/gb-2003-5-1-r1 . ПМЦ 395733 . ПМИД 14709173 .
- ^ Джон Б., Энрайт А.Дж., Аравин А., Тушл Т., Сандер С., Маркс Д.С. (ноябрь 2004 г.). «Мишени человеческих микроРНК» . ПЛОС Биология . 2 (11): е363. дои : 10.1371/journal.pbio.0020363 . ПМК 521178 . ПМИД 15502875 .
- ^ Фогг К.Н., Ковац Д.Е. (5 июля 2016 г.). «Премия ISCB Овертона 2016 года присуждена Деборе Маркс» . F1000Исследования . 5 : 1575. doi : 10.12688/f1000research.9158.1 . ПМЦ 4934501 . ПМИД 27429747 .
- ^ Хан А.А., Бетель Д., Миллер М.Л., Сандер С., Лесли К.С., Маркс Д.С. (июнь 2009 г.). «Трансфекция малых РНК глобально нарушает регуляцию генов эндогенными микроРНК» . Природная биотехнология . 27 (6): 549–55. дои : 10.1038/nbt.1543 . ПМЦ 2782465 . ПМИД 19465925 .
- ^ Шмидель Дж.М., Клемм С.Л., Чжэн Й., Сахай А., Блютген Н., Маркс Д.С., ван Ауденаарден А. (апрель 2015 г.). «Экспрессия генов. Контроль микроРНК шума экспрессии белка». Наука . 348 (6230): 128–32. Бибкод : 2015Sci...348..128S . дои : 10.1126/science.aaa1738 . ПМИД 25838385 . S2CID 206633133 .
- ^ Хопф Т.А., Колвелл Л.Дж., Шеридан Р., Рост Б., Сандер С., Маркс Д.С. (июнь 2012 г.). «Трехмерные структуры мембранных белков по данным геномного секвенирования» . Клетка . 149 (7): 1607–21. дои : 10.1016/j.cell.2012.04.012 . ПМЦ 3641781 . ПМИД 22579045 .
- ^ Сьодт М., Брок К., Добихал Г., Рохс П.Д., Грин А.Г., Хопф Т.А., Меске А.Дж., Шрисукнимит В., Кане Д., Уокер С., Маркс Д.С., Бернхардт Т.Г., Руднер Д.З., Крузе А.С. (апрель 2018 г.). «Структура пептидогликан-полимеразы RodA, выясненная с помощью анализа эволюционного сцепления» . Природа . 556 (7699): 118–121. Бибкод : 2018Natur.556..118S . дои : 10.1038/nature25985 . ПМК 6035859 . ПМИД 29590088 .
- ^ «ЕВмуфты» . evfold.org . Проверено 1 января 2019 г.
- ^ Алон А., Шмидт Х.Р., Вуд М.Д., Сан Дж.Дж., Мартин С.Ф., Крузе AC (июль 2017 г.). «2 рецептора» . Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 114 (27): 7160–7165. дои : 10.1073/pnas.1705154114 . ПМК 5502638 . ПМИД 28559337 .
- ^ Циммерман Б., Келли Б., Макмиллан Б.Дж., Сигар Т.К., Дрор Р.О., Круз AC, Блэклоу SC (ноябрь 2016 г.). «Кристаллическая структура полноразмерного человеческого тетраспанина обнаруживает карман, связывающий холестерин» . Клетка . 167 (4): 1041–1051.e11. дои : 10.1016/j.cell.2016.09.056 . ПМК 5127602 . ПМИД 27881302 .
- ^ Вайнреб С., Риссельман А.Дж., Ингрэм Дж.Б., Гросс Т., Сандер С., Маркс Д.С. (май 2016 г.). «3D РНК и функциональные взаимодействия в результате эволюционных связей» . Клетка . 165 (4): 963–75. дои : 10.1016/j.cell.2016.03.030 . ПМК 5024353 . ПМИД 27087444 .
- ^ Тот-Петрочи А., Пальмедо П., Ингрэм Дж., Хопф Т.А., Бергер Б., Сандер С., Маркс Д.С. (сентябрь 2016 г.). «Структурные состояния неупорядоченных белков из геномных последовательностей» . Клетка . 167 (1): 158–170.e12. дои : 10.1016/j.cell.2016.09.010 . ПМК 5451116 . ПМИД 27662088 .
- ^ Хопф Т.А., Ингрэм Дж.Б., Поелвейк Ф.Дж., Шарфе К.П., Спрингер М., Сандер С., Маркс Д.С. (февраль 2017 г.). «Эффекты мутации, предсказанные на основе ковариации последовательностей» . Природная биотехнология . 35 (2): 128–135. дои : 10.1038/nbt.3769 . ПМК 5383098 . ПМИД 28092658 .
- ^ «17 февраля 2016 г.: ISCB поздравляет лауреатов премии 2016 года Сорена Брунака, Дебору Маркс, Буркхарда Роста и Серафима Бацоглу» . www.iscb.org . Проверено 11 июля 2016 г.
- ^ «Научная инициатива Чана Цукерберга» . Сеть проблем нейродегенерации . Архивировано из оригинала 31 декабря 2019 года . Проверено 1 января 2019 г.
- ^ «28 апреля 2022 г.: ISCB поздравляет и представляет класс стипендиатов 2022 года!» . www.iscb.org . Проверено 17 июня 2022 г.
Внешние ссылки
[ редактировать ]- Публикации Деборы Маркс , проиндексированные Google Scholar
- Официальный сайт лаборатории Д.Маркса
