Дэвид Бейкер (биохимик)
Дэвид Бейкер | |
|---|---|
 Бейкер в 2013 году | |
| Рожденный | 6 октября 1962 г. |
| Альма-матер | |
| Известный | |
| Супруг | Ханнеле Руохола-Бейкер |
| Награды | |
| Научная карьера | |
| Поля | Вычислительная биология |
| Учреждения | |
| Докторантура | Рэнди Шекман |
| Другие научные консультанты | Дэвид Агард |
| Докторанты | Ричард Бонно |
| Другие известные студенты | Брайан Кульман , Таня Кортемме |
| Веб-сайт | www |
Дэвид Бейкер (родился 6 октября 1962 года в Сиэтле, штат Вашингтон). [3] ) — американский биохимик и компьютерный биолог который разработал методы прогнозирования и проектирования трехмерных структур белков , . Он является профессором биохимии, присуждаемым Генриеттой и Обри Дэвис, а также адъюнкт-профессором геномных наук, биоинженерии, химической инженерии, информатики и физики в Вашингтонском университете . Он является директором Rosetta Commons, консорциума лабораторий и исследователей, которые разрабатывают программное обеспечение для прогнозирования и проектирования биомолекулярной структуры. Проблема предсказания структуры белка, в решение которой Бейкер внес значительный вклад, теперь в значительной степени решена DeepMind с использованием искусственного интеллекта. [4] Бейкер — исследователь Медицинского института Говарда Хьюза и член Национальной академии наук США . Вашингтонского университета Он также является директором Института дизайна белков . [5]
Жизнь [ править ]
Свою дипломную работу по биохимии Бейкер выполнял в Калифорнийском университете в Беркли в лаборатории Рэнди Шекмана , где занимался преимущественно транспортом белков и торговлей дрожжами . Свою постдокторскую работу он вел вместе с Дэвидом Агардом из Калифорнийского университета в Сан-Франциско .
За свою работу по сворачиванию белков Бейкер получил в 2008 году Международную премию Саклера в области биофизики . [6] 2021 года Премия за прорыв в области наук о жизни , [7] а в 2022 году премия Уайли . [8] В 2022 году он был удостоен премии BBVA Foundation Frontiers of Knowledge в категории «Биология и биомедицина». [9]
Бейкер был избран членом Американской академии искусств и наук в 2009 году. [10] Он женат на Ханнеле Руохола-Бейкер , еще одном биохимике из Университета Вашингтона. У них двое детей.
Карьера [ править ]
Группа Бейкера разработала алгоритм Rosetta для ab initio предсказания структуры белка , который был распространен на проект распределенных вычислений под названием Rosetta@Home. [11] [12] и Фолдит . [13] [14] Целью проекта является создание структурных моделей белковых комплексов , а также отдельных полипептидных цепей. Группа специализируется на CASP эксперименте по предсказанию структуры с использованием методов ab initio , включая как ручные, так и автоматизированные варианты протокола Rosetta. [15] [16]
Члены его группы активно работают в области дизайна белков ; [17] они известны тем, что разработали белок, известный как Top7 , с совершенно новой укладкой. [18]
Хотя он в первую очередь известен разработкой методов компьютерного прогнозирования структуры и функции белков, он также заинтересован в использовании вычислительных методов для экспериментальной оценки биологии; в его лаборатории действует активная группа экспериментальной биохимии. Он также входил в состав жюри премии Infosys в области наук о жизни в 2016 году.
Появления [ править ]
В декабре 2018 года Бейкер выступил на конференции «Разработка антител и терапия» в Сан-Диего, Калифорния . [19]
В апреле 2019 года Бейкер выступил на TED2019 в Ванкувере, Канада, с докладом на тему «5 проблем, которые мы могли бы решить путем разработки новых белков» . [20]
Ссылки [ править ]
- ^ «Дэвид Бейкер» . Фонд Арнольда и Мейбл Бекман . Архивировано из оригинала 2 августа 2018 года . Проверено 1 августа 2018 г.
- ^ «Институт дизайна белков получил финансирование в размере 45 миллионов долларов от смелого проекта TED» . 17 апреля 2019 г.
- ^ Хаус, Лора. «Спорщик с белками, серийный предприниматель и создатель сообщества». Новости химии и техники . 97 (30).
- ^ Каллауэй Э (июль 2022 г.). «Вся белковая вселенная: ИИ предсказывает форму почти каждого известного белка» . Природа . 608 (7921): 15–16. Бибкод : 2022Natur.608...15C . дои : 10.1038/d41586-022-02083-2 . ПМИД 35902752 .
- ^ «Университет Всемирного университета создаст Институт дизайна белков - Институт дизайна белков» . Проверено 14 января 2019 г.
- ^ Лейла Грей (24 ноября 2008 г.). «Биохимик Вашингтонского университета Дэвид Бейкер получит Международную премию Саклера в области биофизики 2008 года за открытия в области сворачивания белков» . Университет Вашингтона . Проверено 29 апреля 2013 г.
- ^ «Премия за прорыв – объявлены победители премии за прорыв 2021 года в области наук о жизни, фундаментальной физики и математики» . www.breakprize.org . Проверено 13 декабря 2021 г. .
- ^ Премия Уайли 2022 г.
- ^ Премия Фонда BBVA «Границы знаний», 2022 г.
- ^ «Книга участников, 1780–2010: Глава B» (PDF) . Американская академия искусств и наук . Проверено 5 мая 2011 г.
- ^ Кастильо, Оскар; Мелин, Патрисия; Качпшик, Януш, ред. (2018). Нечеткое логическое расширение нейронных и оптимизационных алгоритмов: теоретические аспекты и реальные приложения . Спрингер. п. 455. ИСБН 9783319710075 . Проверено 2 августа 2018 г.
- ^ Бонно, Ричард; Ручинский, Инго; Цай, Джерри; Бейкер, Дэвид (август 2002 г.). «Порядок контактов и предсказание структуры белка ab initio» . Белковая наука . 11 (8): 1937–1944. дои : 10.1110/ps.3790102 . ПМЦ 2373674 . ПМИД 12142448 .
- ^ Хэнд, Э. (2010). «Гражданская наука: власть народа» . Природа . 466 (7307): 685–687. дои : 10.1038/466685a . ПМИД 20686547 .
- ^ Купер, С.; Хатиб, Ф.; Трей, А.; Барберо, Дж.; Ли, Дж.; Бинен, М.; Ливер-Фэй, А.; Бейкер, Д.; Попович, З.; Игроки, Ф. (2010). «Предсказание белковых структур с помощью многопользовательской онлайн-игры» . Природа . 466 (7307): 756–760. Бибкод : 2010Natur.466..756C . дои : 10.1038/nature09304 . ПМК 2956414 . ПМИД 20686574 .
- ^ Димайо, Ф.; Тервиллигер, ТК; Читай, Р.Дж .; Влодавер, А.; Обердорфер, Г.; Вагнер, Ю.; Вальков Е.; Алон, А.; Фасс, Д.; Аксельрод, Х.Л.; Дас, Д.; Воробьев С.М.; Иваи, Х.; Поккулури, PR; Бейкер, Д. (2011). «Улучшенная молекулярная замена за счет оптимизации структуры белка с учетом плотности и энергии» . Природа . 473 (7348): 540–3. Бибкод : 2011Natur.473..540D . дои : 10.1038/nature09964 . ПМЦ 3365536 . ПМИД 21532589 .
- ^ Цянь, Б.; Раман, С.; Дас, Р.; Брэдли, П.; Маккой, Эй Джей; Читай, Р.Дж .; Бейкер, Д. (2007). «Предсказание структуры высокого разрешения и проблема кристаллографической фазы» . Природа . 450 (7167): 259–64. Бибкод : 2007Natur.450..259Q . дои : 10.1038/nature06249 . ПМК 2504711 . ПМИД 17934447 .
- ^ Циммер, Карл (26 декабря 2017 г.). «Ученые создают кустарные белки для вашего тела» . Нью-Йорк Таймс . Проверено 2 августа 2018 г.
- ^ Кульман, Брайан; Дантас, Гаутама; Иретон, Грегори К.; Варани, Габриэле; Стоддард, Барри Л.; Бейкер, Дэвид (21 ноября 2003 г.). «Дизайн новой складки глобулярного белка с точностью на атомном уровне». Наука . 302 (5649): 1364–1368. Бибкод : 2003Sci...302.1364K . дои : 10.1126/science.1089427 . ПМИД 14631033 . S2CID 1939390 .
- ^ «Инженерия антител и терапия» .
- ^ «5 проблем, которые мы могли бы решить, создав новые белки» . 17 июня 2019 г.
Внешние ссылки [ править ]
- Онлайн-выступление Дэвида Бейкера: «Crowd Sourcing Protein Folding: Rosetta@Home and FoldIt». Архивировано 2 июля 2017 г., на Wayback Machine.
- Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Введение в белковый дизайн». Архивировано 1 апреля 2016 г., в Wayback Machine.
- Онлайн-семинар Дэвида Бейкера: «Дизайн новых функций белка». Архивировано 1 апреля 2016 г., в Wayback Machine.
- Американские биохимики XXI века
- Лауреаты премии Овертона
- Американские биоинформатики
- Живые люди
- 1962 года рождения
- Члены Американской академии искусств и наук
- факультет Вашингтонского университета
- Говард Хьюз Медицинские следователи
- Члены Национальной академии наук США
- Выпускники Калифорнийского университета в Сан-Франциско