РАСШИФРОВАТЬ

DECIPHER — это веб-ресурс и база данных данных о геномных вариациях, полученных в результате анализа ДНК пациентов . ^[1]^[2]^[3] Он документирует субмикроскопические хромосомные аномалии ( микроделеции и дупликации ) и варианты патогенных последовательностей (однонуклеотидные варианты — SNV, инсерции, делеции, InDels) у более чем 25 000 пациентов и сопоставляет их с геномом человека с помощью Ensembl или UCSC Genome Browser . ^[1]^[2]^[4] Кроме того, он каталогизирует клинические характеристики каждого пациента и поддерживает базу данных синдромов микроделеции/дупликации вместе со ссылками на соответствующие научные отчеты и группы поддержки . ^[1]^[5]

DECIPHER — это аббревиатура от «Базы данных о хромосомном дисбалансе и фенотипе у людей с использованием ресурсов Ensembl» . DECIPHER был инициирован в 2004 году в Институте Сэнгера в Соединенном Королевстве при финансовой поддержке Wellcome Trust . ^[1] Однако он поддерживается международным исследовательским консорциумом, а данные пациентов предоставлены более чем 240 центрами клинической генетики из 33 стран. Каждый центр представлен опытным клиническим генетиком и старшим молекулярным цитогенетиком . ^[6]

Цели

DECIPHER была основана в 2004 году Найджелом Картером из Wellcome Trust Sanger Institute и Хелен Ферт , консультантом по клинической генетике в больнице Адденбрука в Кембридже . Он преследует три основные цели: ^[6]^[7]

Помощь в интерпретации вероятно патогенных вариантов на основе полногеномного анализа путем помещения их в контекст известных патогенных вариантов, других вероятно патогенных вариантов и популяционных вариаций.
Аннотируйте вероятные патогенные варианты с их вероятным функциональным воздействием, используя инструменты Ensembl для сравнения последовательностей и структурных вариантов с последней функциональной аннотацией текущего эталонного генома человека, например, определите, какие гены участвуют в конкретном варианте числа копий (микроделеция / микродупликация) или для вариантов последовательности. независимо от того, расположены ли они внутри гена или регуляторного элемента.
Содействие исследованиям генов, влияющих на здоровье и развитие человека, для улучшения диагностики, лечения и терапии редких заболеваний.

В качестве инструмента для клинических генетиков, цитогенетиков и молекулярных биологов DECIPHER используется для определения того, имеют ли изменения числа копий генов , выявленные у пациентов, клиническое значение. Участники могут визуализировать гены в области ДНК, измененной у их пациентов, и выяснить, причастны ли они к заболеванию. Хромосомные дисбалансы являются основной причиной задержки развития, неспособности к обучению и врожденных . аномалий новых синдромов и в распознавании генов клинического значения». ^[4]^[5]

Процесс

Пациенты вводятся в DECIPHER зарегистрированными членами консорциума. Обычно клинический генетик организует хромосомный анализ (обычно на основе микроматрицы ) ДНК пациента. Потенциальная микроделеция/микродупликация может быть выявлена, но медицинская значимость неизвестна. ^[8] Врач может ввести анонимные данные в ограниченную, защищенную паролем базу данных DECIPHER и сопоставить местоположение и размер хромосомной делеции/дупликации с эталонным геномом . Используя DECIPHER, врач может затем идентифицировать конкретные гены, затронутые делецией/дупликацией, определить, имеют ли они известное клиническое значение (например, гены-супрессоры опухолей ), были ли удалены ^[9] и просмотрите регион в браузере генома Ensembl, чтобы узнать, есть ли в DECIPHER какие-либо другие согласившиеся пациенты с перекрывающимися делециями/дупликациями. ^[8] Это позволяет лучше определить, является ли изменение числа копий нормальным полиморфным пациента вариантом или вероятной причиной клинических симптомов . Затем врач может проконсультировать пациента о вероятном значении делеции/дупликации и ее последствиях для его здоровья. ^[8]

Данные каждого пациента анонимизированы и представлены только идентификатором с соответствующим генотипом и набором клинических симптомов ( фенотипов ). Данные пациента становятся доступными другим членам консорциума и доступны для просмотра через Ensembl, если согласия . пациент подписывает форму ^[8] При наличии информированного согласия анонимизированное удаление/дублирование и фенотипы становятся доступными для просмотра членам консорциума DECIPHER и общедоступным пользователям с различными уровнями доступа (например, только зарегистрированные пользователи могут видеть контактные данные центра, который ввел данные). Публичные пользователи, желающие найти дополнительную информацию о пациенте, могут отправить запрос в DECIPHER, который затем перенаправит его клиницисту-координатору, ответственному за отправляющий центр.

У большинства пациентов, помещенных в DECIPHER, наблюдаются генетические мутации, встречаемость которых в общей популяции очень редка. Следовательно, вероятность того, что одни и те же врачи столкнутся с похожими пациентами, также низка. Поскольку DECIPHER открыт для любого аккредитованного клинициста или цитогенетика со всего мира, шансы обнаружить подобные редкие случаи значительно возрастают. Такой обмен клинической генетической информацией в режиме онлайн не только способствует лучшему пониманию микроделеций/микродупликаций и связанных с ними патогенных фенотипов, но также способствует открытию новых синдромов . ^[10]^[11]^[12]^[13] По состоянию на январь 2014 года в базу данных DECIPHER внесено более 23 000 пациентов, из которых более 10 000 получили согласие.

Этика и конфиденциальность

Соответствующее согласие на ввод данных пациента в DECIPHER получается у подавшего заявку врача. ^[14] Согласие пациента может быть отозвано в любой момент, а его данные удалены. ^[7] Часто записи детей выставляются на показ с согласия их родителей-опекунов. DECIPHER советует, чтобы по достижении ребенком шестнадцатилетнего возраста он или она были уведомлены о заявке и получили возможность выйти из участия или продолжить участие. ^[7] Каждый центр-член, использующий DECIPHER, получает этическое одобрение от комитета по этике исследований в своем учреждении или стране, где это применимо. В Великобритании Управление комиссара по информации было уведомлено о DECIPHER в соответствии с Законом о защите данных 1998 года . ^[14] Проект контролируется представителями консультативного совета в области генетики человека, вычислительной биологии , этики и права. ^[15]

Чтобы обеспечить конфиденциальность информации , данные передаются через зашифрованное соединение TLS/SSL . Только доверенные лица из признанных медицинских исследовательских центров могут получить доступ к данным центра, в который поступил другой пациент (что позволяет им связаться с врачами пациента, если они захотят сотрудничать). Представители общественности могут просматривать согласованные анонимные данные пациентов в DECIPHER и Ensembl без указания личности отправившего их центра. ^[8]^[14]

См. также

Виртуальный кариотип
Менделевское наследование у человека
MARRVEL , веб-сайт, который использует DECIPHER в качестве одной из шести баз данных генетических данных человека и семи баз данных модельных организмов для интеграции информации.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д Ферт Х.В., Ричардс С.М., Беван А.П., Клейтон С., Корпус М. и др. (апрель 2009 г.). «РАСШИФРОВКА: База данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 84 (4): 524–33. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.03.010 . ПМК 2667985 . ПМИД 19344873 .
^ Jump up to: ^а ^б Сваминатан Дж.Дж.; Брагин Е; Хацимичали Э.А.; Корпус М; и др. (2012). «РАСШИРЕНИЕ: сетевой ресурс сообщества для клинической интерпретации редких вариантов нарушений развития» . Хм. Мол. Жене . 21 (R1): R37–R44. дои : 10.1093/hmg/dds362 . ПМЦ 3459644 . ПМИД 22962312 .
^ Брагин Е; Chatzimichali EA» и др. (2014). «РАСШИФРОВКА: база данных для интерпретации фенотипически связанных вероятно патогенных последовательностей и вариаций числа копий» . Nucleic Acids Res . 42 (выпуск базы данных): D993–D1000. doi : 10.1093/ / гкт937 ПМК 3965078 . PMID 24150940 нар
^ Jump up to: ^а ^б Стюарт, А; Брайс, П; Бертон, Х (2007). Генетика, здравоохранение и государственная политика: введение в генетику общественного здравоохранения . Издательство Кембриджского университета. п. 159 . ISBN 978-0-521-52907-5 .
^ Jump up to: ^а ^б Нимиц, Э. (2009). «РАСШИФРОВКА хромосомного дисбаланса» . Природная генетика . 41 (5): 514. doi : 10.1038/ng0509-514 .
^ Jump up to: ^а ^б «О ДЕШИФЕРЕ» . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 12 февраля 2014 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ферт, Х.В. (январь 2009 г.). «Добро пожаловать в базу данных DECIPHER: введение для семей» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 12 февраля 2014 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ферт, Х.В. «Блок-схема данных для базы данных DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute. Архивировано из оригинала (PDF) 19 мая 2015 года . Проверено 12 февраля 2014 г.
^ Гены установленной клинической значимости, в том числе перечисленные в OMIM , выделены так же, как и импринтированные гены .
^ Шоу-Смит С., Редон Р., Рикман Л. и др. (апрель 2004 г.). «Сравнительная геномная гибридизация на основе микрочипов (array-CGH) обнаруживает субмикроскопические хромосомные делеции и дупликации у пациентов с неспособностью к обучению/умственной отсталостью и дисморфическими особенностями» . Дж. Мед. Жене . 41 (4): 241–8. дои : 10.1136/jmg.2003.017731 . ПМЦ 1735726 . ПМИД 15060094 .
^ Шоу-Смит С., Питтман А.М., Уиллатт Л. и др. (сентябрь 2006 г.). «Микроделеция MAPT в хромосоме 17q21.3 связана с задержкой развития и неспособностью к обучению». Нат. Жене . 38 (9): 1032–7. дои : 10.1038/ng1858 . ПМИД 16906163 . S2CID 38047848 .
^ Захир Ф., Ферт Х.В., Баросс А. и др. (сентябрь 2007 г.). «Новые делеции 14q11.2 связаны с задержкой развития, когнитивными нарушениями и подобными незначительными аномалиями у троих детей» . Дж. Мед. Жене . 44 (9): 556–61. дои : 10.1136/jmg.2007.050823 . ПМК 2597953 . ПМИД 17545556 .
^ Малан В., Рауль О., Ферт Х.В. и др. (сентябрь 2009 г.). «Синдром делеции 19q13.11: новое клинически распознаваемое генетическое состояние, выявленное с помощью сравнительной геномной гибридизации». Дж. Мед. Жене . 46 (9): 635–40. дои : 10.1136/jmg.2008.062034 . ПМИД 19126570 . S2CID 8491797 .
^ Jump up to: ^а ^б ^с Ферт, Х.В. «Этические рамки DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 24 июня 2010 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
^ «Консультационный совет ДЕШИФЕР» . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 24 июня 2010 г.

Внешние ссылки

[Firth-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д Ферт Х.В., Ричардс С.М., Беван А.П., Клейтон С., Корпус М. и др. (апрель 2009 г.). «РАСШИФРОВКА: База данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля» . Являюсь. Дж. Хум. Жене . 84 (4): 524–33. дои : 10.1016/j.ajhg.2009.03.010 . ПМК 2667985 . ПМИД 19344873 .

[Swaminathan-2] Jump up to: ^а ^б Сваминатан Дж.Дж.; Брагин Е; Хацимичали Э.А.; Корпус М; и др. (2012). «РАСШИРЕНИЕ: сетевой ресурс сообщества для клинической интерпретации редких вариантов нарушений развития» . Хм. Мол. Жене . 21 (R1): R37–R44. дои : 10.1093/hmg/dds362 . ПМЦ 3459644 . ПМИД 22962312 .

[Bragin-3] Брагин Е; Chatzimichali EA» и др. (2014). «РАСШИФРОВКА: база данных для интерпретации фенотипически связанных вероятно патогенных последовательностей и вариаций числа копий» . Nucleic Acids Res . 42 (выпуск базы данных): D993–D1000. doi : 10.1093/ / гкт937 ПМК 3965078 . PMID 24150940 нар

[Policy-4] Jump up to: ^а ^б Стюарт, А; Брайс, П; Бертон, Х (2007). Генетика, здравоохранение и государственная политика: введение в генетику общественного здравоохранения . Издательство Кембриджского университета. п. 159 . ISBN 978-0-521-52907-5 .

[Niemitz-5] Jump up to: ^а ^б Нимиц, Э. (2009). «РАСШИФРОВКА хромосомного дисбаланса» . Природная генетика . 41 (5): 514. doi : 10.1038/ng0509-514 .

[About-6] Jump up to: ^а ^б «О ДЕШИФЕРЕ» . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 12 февраля 2014 г.

[Families-7] Jump up to: ^а ^б ^с Ферт, Х.В. (январь 2009 г.). «Добро пожаловать в базу данных DECIPHER: введение для семей» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 12 февраля 2014 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[flow-8] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ферт, Х.В. «Блок-схема данных для базы данных DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute. Архивировано из оригинала (PDF) 19 мая 2015 года . Проверено 12 февраля 2014 г.

[9] Гены установленной клинической значимости, в том числе перечисленные в OMIM , выделены так же, как и импринтированные гены .

[synd1-10] Шоу-Смит С., Редон Р., Рикман Л. и др. (апрель 2004 г.). «Сравнительная геномная гибридизация на основе микрочипов (array-CGH) обнаруживает субмикроскопические хромосомные делеции и дупликации у пациентов с неспособностью к обучению/умственной отсталостью и дисморфическими особенностями» . Дж. Мед. Жене . 41 (4): 241–8. дои : 10.1136/jmg.2003.017731 . ПМЦ 1735726 . ПМИД 15060094 .

[synd2-11] Шоу-Смит С., Питтман А.М., Уиллатт Л. и др. (сентябрь 2006 г.). «Микроделеция MAPT в хромосоме 17q21.3 связана с задержкой развития и неспособностью к обучению». Нат. Жене . 38 (9): 1032–7. дои : 10.1038/ng1858 . ПМИД 16906163 . S2CID 38047848 .

[synd3-12] Захир Ф., Ферт Х.В., Баросс А. и др. (сентябрь 2007 г.). «Новые делеции 14q11.2 связаны с задержкой развития, когнитивными нарушениями и подобными незначительными аномалиями у троих детей» . Дж. Мед. Жене . 44 (9): 556–61. дои : 10.1136/jmg.2007.050823 . ПМК 2597953 . ПМИД 17545556 .

[synd4-13] Малан В., Рауль О., Ферт Х.В. и др. (сентябрь 2009 г.). «Синдром делеции 19q13.11: новое клинически распознаваемое генетическое состояние, выявленное с помощью сравнительной геномной гибридизации». Дж. Мед. Жене . 46 (9): 635–40. дои : 10.1136/jmg.2008.062034 . ПМИД 19126570 . S2CID 8491797 .

[ethics-14] Jump up to: ^а ^б ^с Ферт, Х.В. «Этические рамки DECIPHER» (PDF) . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 24 июня 2010 г. ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}

[advise-15] «Консультационный совет ДЕШИФЕР» . Wellcome Trust Sanger Institute . Проверено 24 июня 2010 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]