МЕРОПС
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | MEROPS: база данных протеолитических ферментов , их субстратов и ингибиторов. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Институт Wellcome Trust Sanger |
| Авторы | Нил Д. Роулингс |
| Первичное цитирование | Роулингс и др. (2012) [1] |
| Дата выпуска | 2010 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://www.ebi.ac.uk/merops/ |
MEROPS — это онлайн-база данных пептидаз (также известных как протеазы , протеиназы и протеолитические ферменты ) и их ингибиторов. [2] Схема классификации пептидаз была опубликована Rawlings & Barrett в 1993 году. [3] и что для белковых ингибиторов Rawlings et al. в 2004 году. [4] Самая последняя версия, MEROPS 12.4, была выпущена в конце октября 2021 года. [5]
Обзор
[ редактировать ]Классификация основана на сходстве третичного и первичного структурных уровней. Сравнения ограничиваются той частью последовательности, которая непосредственно участвует в реакции, которая в случае пептидазы должна включать активный центр , а для белкового ингибитора - реактивный сайт. Классификация иерархическая: последовательности объединяются в семейства, а семейства — в кланы. Каждая пептидаза, семейство и клан имеют уникальный идентификатор.
Классификация
[ редактировать ]Семья
[ редактировать ]Семейства пептидаз конструируются путем сравнения аминокислотных последовательностей. Семейство собирается вокруг типового примера , последовательности хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Все остальные последовательности в семействе должны быть связаны с примером типа семейства либо напрямую, либо через транзитивное отношение, включающее одну или несколько последовательностей, которые уже показаны как члены семейства. Обычно для установления связей последовательностей используются FastA или BlastP, при этом ожидаемое значение 0,001 или ниже считается статистически значимым . HMMER или поиск пси-бластов используются для добавления последовательностей, отдаленно связанных с семейством. Каждое семейство идентифицируется буквой, обозначающей каталитический тип содержащихся в нем пептидаз, за которой следует произвольный уникальный номер.
Некоторые семьи делятся на подсемейства из-за свидетельств очень древних расхождений внутри семьи. Дивергенция соответствует более чем 150 принятым точковым мутациям на 100 аминокислотных остатков.
Клан
[ редактировать ]Сходство трехмерных структур подтверждает тот факт, что многие семьи имеют общее происхождение с другими. «Клан» используется для описания такой группы семей. Клан также собирается вокруг типового примера, представляющего собой структуру хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Семья включается в клан, если можно показать, что третичная структура члена семьи связана со структурой примера типа клана. Обычно DALI используется для определения принадлежности к клану, при этом показатель z, равный 6,00 единиц стандартного отклонения или выше, считается статистически значимым. Что касается пептидаз, другие доказательства, указывающие на родство семейств при отсутствии третичной структуры, включают каталитические остатки одинакового порядка в последовательностях.
Идентификатор
[ редактировать ]Каждое семейство, клан, пептидаза и ингибитор имеют уникальный идентификатор. Описание и пример идентификаторов приведены в таблице ниже.
| Тип | Идентификатор Описание | Пример идентификатора |
|---|---|---|
| Семья | Буква, обозначающая тип катализатора, за которой следует серийный номер длиной до двух цифр. | А1 |
| Клан | Первая буква, обозначающая тип катализатора, за которой следует серийная буква. | АА |
| Пептидаза | Фамилия (при необходимости дополняется нулями, чтобы длина составляла три символа), точка и трехзначный серийный номер. | А01.001 |
| Ингибитор | За начальной буквой «I» следует фамилия (дополненная нулями), точка и трехзначный серийный номер. | I10.001 |
| Составной ингибитор | Начальная буква «L» обозначает любой составной ингибитор. За буквой L следует название семейства ингибиторов (дополненное тремя символами). После тире указан трехзначный серийный номер. | ЛИ01-001 |
| Маломолекулярный ингибитор | Каждому SMI присваивается идентификатор, состоящий из начальной буквы J, за которой следует пятизначный номер. | J00095 |
См. также
[ редактировать ]- Карта протеолиза
- TopFIND , научная база данных, охватывающая протеазы, специфичность их сайта расщепления, субстраты, ингибиторы и концы белков, возникающие в результате их активности.
- Белковое суперсемейство
- Клан ПА
- Каталитическая триада
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Роулингс, Нил Д.; Барретт Алан Дж; Бейтман Алекс (январь 2012 г.). «MEROPS: база данных протеолитических ферментов, их субстратов и ингибиторов» . Нуклеиновые кислоты Рез . 40 (Проблема с базой данных). Англия: D343-50. дои : 10.1093/nar/gkr987 . ПМК 3245014 . ПМИД 22086950 .
- ^ Роулингс Н.Д., Барретт А.Дж., Бейтман А. (январь 2010 г.). «МЕРОПС: база данных пептидаз» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D227–33. дои : 10.1093/nar/gkp971 . ПМК 2808883 . ПМИД 19892822 .
- ^ Роулингс, Н.Д. и Барретт, А.Дж. (1993) «Эволюционные семейства пептидаз». Биохим J 290, 205-218.
- ^ Роулингс, Н.Д., Толле, Д.П. и Барретт, А.Дж. (2004) «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem J 378, 705-716.
- ^ «Что нового в MEROPS?» .
Внешние ссылки
[ редактировать ]- База данных MEROPS. Архивировано 14 ноября 2006 г. на Wayback Machine.
