Карта протеолиза

Протеолиз MAP ( PMAP ) представлял собой интегрированный веб-ресурс, посвященный протеазам . ^{[ 1 ]} Его домен теперь связан с расширением браузера для мошенничества и спама.

Обоснование

PMAP был разработан, чтобы помочь исследователям протеаз в рассуждениях о протеолитических сетях и метаболических путях .

История и финансирование

PMAP был первоначально создан в Институте медицинских исследований Бернема , Ла-Хойя, Калифорния. В 2004 году Национальные институты здравоохранения (NIH) выбрали команду под руководством Джеффри Смита для создания Центра протеолитических путей (CPP). В рамках дорожной карты NIH по биомедицинским исследованиям центр разрабатывает технологии для изучения поведения белков и распространения этих знаний среди научного сообщества в целом.

Координатор

Протеазы — это класс ферментов , которые регулируют большую часть того, что происходит в организме человека , как внутри клетки , так и снаружи, путем расщепления пептидных связей в белках . Благодаря этой активности они управляют четырьмя основными функциями клеток: дифференцировкой , подвижностью , делением и гибелью клеток , а также активируют важные внеклеточные процессы, такие как биохимический каскадный эффект при свертывании крови . Жизнь не могла бы существовать без них. Обширная система онлайн-классификации протеаз (также называемых пептидазами) хранится в базе данных MEROPS .

Цель

Протеолитические пути, или протеолиз, представляют собой серию событий, контролируемых протеазами, которые происходят в ответ на определенные стимулы. Свертывание крови и выработка инсулина можно рассматривать как протеолитические пути. Активация, регуляция и ингибирование белка представляют собой реакции протеаз на изменение уровня глюкозы и запускают другие протеазы ниже по ходу процесса.

Содержимое базы данных

PMAP объединяет пять баз данных. ProteaseDB и SubstrateDB управляются автоматическим конвейером аннотаций, который генерирует динамические «страницы молекул», богатые молекулярной информацией. CutDB ^{[ 2 ]} содержит информацию о более чем 6600 протеолитических событиях, а ProfileDB посвящен информации о специфичности распознавания субстратов протеаз. PathwayDB начал накопление метаболических путей , функции которых можно динамически моделировать на основе правил. Гипотетические сети выводятся путем полуавтоматического отбора из литературы. Программные инструменты для протеаз могут помочь анализировать отдельные протеазы и наборы данных по всему протеому .

Использование

Популярными местами в PMAP являются страницы молекул протеазы и страницы молекул субстрата. На страницах молекул протеазы показаны последние новости в литературе PubMed о протеазах, известных протеолитических событиях , расположении белковых доменов и представлении структуры белка , а также перекрестные аннотации в других разделах биоинформационных баз данных. На страницах молекул субстрата отображаются белковые домены и экспериментально полученные участки разреза протеазы для заданного интересующего белка-мишени.

См. также

Ссылки

^ Игараси, Ю; Эрё, Э; Доктор, КС; Талвар, П; Граматикова С; Граматиков, К; Чжан, Ю; Блинов М; Ибрагимова, С.С.; Бойд, С; Ратников Б; Цеплак, П; Годзик, А; Смит, Дж.В.; Остерман, Алабама; Ерошкин, А.М. (2008). «PMAP: базы данных для анализа протеолитических событий и путей» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D611–D618. дои : 10.1093/нар/gkn683 . ПМК 2686432 . ПМИД 18842634 .
^ Игараши Ю., Ерошкин А., Граматикова С., Граматикофф К., Чжан Ю., Смит Дж.В., Остерман А.Л., Годзик А. CutDB: база данных протеолитических событий. Исследования нуклеиновых кислот . 2007 Д546-9

Внешние ссылки

Протеазы Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)
Официальный сайт
База данных сайта протеолиза Cut Site — тщательно подобранные экспертные аннотации пользователей.
Графический интерфейс сайтов разреза протеазы
Предиктор разрезания протеазы
Merops - база данных пептидаз. Архивировано 14 ноября 2006 г. в Wayback Machine.

[1] Игараси, Ю; Эрё, Э; Доктор, КС; Талвар, П; Граматикова С; Граматиков, К; Чжан, Ю; Блинов М; Ибрагимова, С.С.; Бойд, С; Ратников Б; Цеплак, П; Годзик, А; Смит, Дж.В.; Остерман, Алабама; Ерошкин, А.М. (2008). «PMAP: базы данных для анализа протеолитических событий и путей» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D611–D618. дои : 10.1093/нар/gkn683 . ПМК 2686432 . ПМИД 18842634 .

[2] Игараши Ю., Ерошкин А., Граматикова С., Граматикофф К., Чжан Ю., Смит Дж.В., Остерман А.Л., Годзик А. CutDB: база данных протеолитических событий. Исследования нуклеиновых кислот . 2007 Д546-9

[ 1 ]

[ 2 ]

v т и Геномика
Fields	Cognitive genomics Computational genomics Comparative genomics Functional genomics Genome project Human Genome Project Metagenomics Human Microbiome Project Pangenomics Personal genomics Population genomics Sociogenomics Structural genomics
Bioinformatics	Biochip Cheminformatics Chemogenomics Connectomics Human Connectome Project Epigenomics Human Epigenome Project Glycomics Immunomics Lipidomics Metabolomics Microbiomics Nutrigenomics Paleopolyploidy Pharmacogenetics Pharmacogenomics Systems biology Toxicogenomics Transcriptomics
Structural biology	Proteomics Human proteome project Call-map proteomics Structure-based drug design Expression proteomics
Research tools	2-D electrophoresis Mass spectrometer Electrospray ionization Matrix-assisted laser desorption ionization Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometer Microfluidic-based tools Isotope affinity tags Chromosome conformation capture
Organizations	DNA Data Bank of Japan (JP) European Molecular Biology Laboratory (EU) National Institutes of Health (USA) Wellcome Sanger Institute (UK)
List Category

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)

v т и Протеазы : цистеиновые протеазы ( EC 3.4.22 ).
Caspase	Caspase 1 Caspase 2 Caspase 3 Caspase 4 Caspase 5 Caspase 6 Caspase 7 Caspase 8 Caspase 9 Caspase 10 Caspase 12 Caspase 13 Caspase 14
Fruit-derived	Papain Ficain Bromelain Actinidain
Calpain	CAPN1 CAPN2 CAPN3 CAPN5 CAPN6 CAPN7 CAPN8 CAPN9 CAPN10 CAPN11 CAPN12 CAPN13 CAPN14 CAPNS1 CAPNS2
Cathepsin	B C F H K L1/L2 O S W Z
Other	Clostripain Cancer procoagulant Separase Autophagin Cruzipain 3C-like protease Gingipain R Gingipain K

v т и Протеазы : аспартатпротеазы ( EC 3.4.23 ).
Vertebrate	Pepsin Chymosin Renin Signal peptide peptidase Beta secretase 1 2
Pathogenic	Plasmepsin HIV-1 protease
Plant	Nepenthesin
Cathepsin	D E