Сигнальный пептид пептидаза

Пептидаза_A24
Пептидаза_A24
Идентификаторы
Символ	Пептидаза_A24
Пфам	PF01478
Пфам Клан	CL0130
ИнтерПро	IPR000045
МЕРОПС	А24
Суперсемейство OPM	244
белок OPM	3s0x
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

Пептидаза_A22B
Пептидаза_A22B
Идентификаторы
Символ	Пептидаза_A22B
Пфам	PF04258
Пфам Клан	CL0130
ИнтерПро	ИПР007369
МЕРОПС	А22
Pfam
показывать Доступные белковые структуры:
Pfam	structures / ECOD
PDB	RCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum	structure summary

В молекулярной биологии сигнальная пептидапептидаза (SPP) представляет собой тип белка, который специфически расщепляет части других белков. Это внутримембранная аспартил-протеаза с консервативными мотивами активного сайта «YD» и «GxGD» в соседних трансмембранных доменах (TMD). Его последовательности высококонсервативны у разных видов позвоночных. SPP расщепляет остатки сигнальных пептидов, оставшихся в мембране под действием сигнальной пептидазы. ^{[ 1 ]} а также играет ключевую роль в иммунном надзоре и созревании некоторых вирусных белков . ^{[ 2 ]}

Биологическая функция

Физиологически SPP обрабатывает сигнальные пептиды классических MHC класса I. пребелков Затем фрагмент расщепления длиной в девять аминокислот презентируется на рецепторах HLA-E и модулирует активность естественных клеток-киллеров . ^{[ 3 ]}

SPP также играет патофизиологическую роль; он расщепляет структурный белок нуклеокапсида (также известный как основной белок) вируса гепатита С и, таким образом, влияет на скорость размножения вируса. ^{[ 4 ]}

У мышей нонамерный пептид, происходящий из белка SPP, служит минорным антигеном гистосовместимости HM13 , который играет роль в отторжении трансплантата. ^{[ 5 ]}^{[ 6 ]}

Гомологичные протеазы SPPL2A и SPPL2B способствуют внутримембранному расщеплению TNFα в активированных дендритных клетках и могут играть иммуномодулирующую роль. ^{[ 7 ]}^{[ 8 ]} Для SPPL2c и SPPL3 субстраты неизвестны.

SPP не требуют кофакторов , о чем свидетельствует экспрессия в бактериях и очистка протеолитически активной формы. С-концевая область определяет функциональный домен, которого само по себе достаточно для протеолитической активности. ^{[ 9 ]}

Лидерная пептидаза IV типа

Другое семейство сигнальных аспарагиновых эндопептидаз обнаружено у бактерий. Бактерии производят ряд белков- предшественников , которые подвергаются посттрансляционному метилированию и протеолизу перед секрецией в виде активных белков. Лидерные пептидазы препилина IV типа представляют собой ферменты , которые опосредуют этот тип посттрансляционной модификации . Пилин IV типа представляет собой белок, обнаруженный на поверхности Pseudomonas aeruginosa , Neisseria gonorrhoeae и других грамотрицательных патогенов. пилина Субъединицы прикрепляют инфекционный организм к поверхности эпителиальных клеток хозяина . Они синтезируются в виде субъединиц препилина, которые отличаются от зрелого пилина тем, что содержат лидерный пептид из 6–8 остатков, состоящий из заряженных аминокислот . Зрелые пилины IV типа также содержат метилированный N-концевой фенилаланина остаток .

Бифункциональный фермент препилинпептидаза (PilD) из Pseudomonas aeruginosa типа IV, волос является ключевым фактором, определяющим как биогенез так и внеклеточную секрецию белка, выполняя роль лидерной пептидазы и метилтрансферазы (МТазы). Он отвечает за эндопептидное расщепление уникальных лидерных пептидов , которые характеризуют предшественников пилина IV типа, а также белков с гомологичными лидерными последовательностями , которые являются важными компонентами общего пути секреции, обнаруженными у различных грамотрицательных патогенов . После удаления лидерных пептидов тот же фермент отвечает за вторую посттрансляционную модификацию , которая характеризует пилины типа IV и их гомологи, а именно N-метилирование вновь экспонированного N-концевого аминокислотного остатка . ^{[ 10 ]}

См. также

Ссылки

^ Вейхофен А., Биннс К., Лемберг М.К., Эшман К., Мартольо Б (2002). «Идентификация сигнальной пептидазы, аспарагиновой протеазы пресенилинового типа». Наука . 296 (5576): 2215–8. Бибкод : 2002Sci...296.2215W . дои : 10.1126/science.1070925 . ПМИД 12077416 . S2CID 45633906 .
^ Мартольо Б., Голде Т.Е. (октябрь 2003 г.). «Внутримембраннорасщепляющие аспарагиновые протеазы и заболевания: пресенилины, сигнальные пептидазы и их гомологи» . Хм. Мол. Жене . 12 Спецификация № 2: R201-6. дои : 10.1093/hmg/ddg303 . hdl : 20.500.11850/53541 . ПМИД 12966028 .
^ Лемберг М.К., Бланд Ф.А., Вайхофен А., Брауд В.М., Мартольо Б. (2001). «Внутримембранный протеолиз сигнальных пептидов: важный шаг в генерации эпитопов HLA-E» . Дж. Иммунол . 167 (11): 6441–6. дои : 10.4049/jimmunol.167.11.6441 . ПМИД 11714810 .
^ Окамото К., Мори Й., Комода Й., Окамото Т., Окоти М., Такеда М., Сузуки Т., Морииши К., Мацуура Й. (2008). «Внутримембранный процессинг сигнальной пептидазой регулирует мембранную локализацию корового белка вируса гепатита С и распространение вируса» . Дж. Вирол . 82 (17): 8349–61. дои : 10.1128/JVI.00306-08 . ПМК 2519675 . ПМИД 18562515 .
^ Снелл Г.Д., Кудкович Г., Бункер Х.П. (июнь 1967 г.). «Гены гистосовместимости мышей. VII. H-13, новый локус гистосовместимости в пятой группе сцепления». Трансплантация . 5 (3): 492–503. дои : 10.1097/00007890-196705000-00011 . ПМИД 5340356 . S2CID 31345625 .
^ «Ген Энтрез: гистосовместимость H13 (минорная) 13» .
^ Фридманн Э., Хаубен Э., Майландт К. и др. (2006). «SPPL2a и SPPL2b способствуют внутримембранному протеолизу TNFα в активированных дендритных клетках, вызывая выработку IL-12». Нат. Клеточная Биол . 8 (8): 843–8. дои : 10.1038/ncb1440 . ПМИД 16829952 . S2CID 129089 .
^ Флюрер Р., Граммер Г., Исраэль Л. и др. (2006). «Гамма-секретазоподобное внутримембранное расщепление TNF-альфа аспартилпротеазой GxGD SPPL2b» . Нат. Клеточная Биол . 8 (8): 894–6. дои : 10.1038/ncb1450 . ПМИД 16829951 . S2CID 23712486 .
^ Нарайанан С., Сато Т., Вулф М.С. (июль 2007 г.). «С-концевая область сигнальной пептидазы определяет функциональный домен для внутримембранного катализа аспарагиновой протеазы» . Ж. Биол. Хим . 282 (28): 20172–9. дои : 10.1074/jbc.M701536200 . ПМИД 17517891 .
^ Лори С., Стром М.С. (июнь 1997 г.). «Структурно-функциональная взаимосвязь препилинпептидазы IV типа Pseudomonas aeruginosa - обзор». Джин . 192 (1): 117–21. дои : 10.1016/S0378-1119(96)00830-X . ПМИД 9224881 .

Дальнейшее чтение

Паецель М., Карла А., Стринадка Н.К., Далбей Р.Э. (2002). «Сигнальные пептидазы». хим. Преподобный . 102 (12): 4549–80. дои : 10.1021/cr010166y . ПМИД 12475201 .

Внешние ссылки

Онлайн-база данных MEROPS . по пептидазам и их ингибиторам: SPP: A22.003 , SPPL2a: A22.007 , SPPL2b: A22.004 , SPPL2c: A22.006 , SPPL3: A22.005
UMich Ориентация белков в мембранах семейств/суперсемейства-178 - Расчетное пространственное положение сигнальной пептидазы 1 типа в мембране
сигнал + пептид + пептидаза Национальной медицинской библиотеки США в медицинских предметных рубриках (MeSH)

[1] Вейхофен А., Биннс К., Лемберг М.К., Эшман К., Мартольо Б (2002). «Идентификация сигнальной пептидазы, аспарагиновой протеазы пресенилинового типа». Наука . 296 (5576): 2215–8. Бибкод : 2002Sci...296.2215W . дои : 10.1126/science.1070925 . ПМИД 12077416 . S2CID 45633906 .

[pmid12966028-2] Мартольо Б., Голде Т.Е. (октябрь 2003 г.). «Внутримембраннорасщепляющие аспарагиновые протеазы и заболевания: пресенилины, сигнальные пептидазы и их гомологи» . Хм. Мол. Жене . 12 Спецификация № 2: R201-6. дои : 10.1093/hmg/ddg303 . hdl : 20.500.11850/53541 . ПМИД 12966028 .

[3] Лемберг М.К., Бланд Ф.А., Вайхофен А., Брауд В.М., Мартольо Б. (2001). «Внутримембранный протеолиз сигнальных пептидов: важный шаг в генерации эпитопов HLA-E» . Дж. Иммунол . 167 (11): 6441–6. дои : 10.4049/jimmunol.167.11.6441 . ПМИД 11714810 .

[4] Окамото К., Мори Й., Комода Й., Окамото Т., Окоти М., Такеда М., Сузуки Т., Морииши К., Мацуура Й. (2008). «Внутримембранный процессинг сигнальной пептидазой регулирует мембранную локализацию корового белка вируса гепатита С и распространение вируса» . Дж. Вирол . 82 (17): 8349–61. дои : 10.1128/JVI.00306-08 . ПМК 2519675 . ПМИД 18562515 .

[pmid5340356-5] Снелл Г.Д., Кудкович Г., Бункер Х.П. (июнь 1967 г.). «Гены гистосовместимости мышей. VII. H-13, новый локус гистосовместимости в пятой группе сцепления». Трансплантация . 5 (3): 492–503. дои : 10.1097/00007890-196705000-00011 . ПМИД 5340356 . S2CID 31345625 .

[entrez-6] «Ген Энтрез: гистосовместимость H13 (минорная) 13» .

[7] Фридманн Э., Хаубен Э., Майландт К. и др. (2006). «SPPL2a и SPPL2b способствуют внутримембранному протеолизу TNFα в активированных дендритных клетках, вызывая выработку IL-12». Нат. Клеточная Биол . 8 (8): 843–8. дои : 10.1038/ncb1440 . ПМИД 16829952 . S2CID 129089 .

[8] Флюрер Р., Граммер Г., Исраэль Л. и др. (2006). «Гамма-секретазоподобное внутримембранное расщепление TNF-альфа аспартилпротеазой GxGD SPPL2b» . Нат. Клеточная Биол . 8 (8): 894–6. дои : 10.1038/ncb1450 . ПМИД 16829951 . S2CID 23712486 .

[pmid17517891-9] Нарайанан С., Сато Т., Вулф М.С. (июль 2007 г.). «С-концевая область сигнальной пептидазы определяет функциональный домен для внутримембранного катализа аспарагиновой протеазы» . Ж. Биол. Хим . 282 (28): 20172–9. дои : 10.1074/jbc.M701536200 . ПМИД 17517891 .

[pmid9224881-10] Лори С., Стром М.С. (июнь 1997 г.). «Структурно-функциональная взаимосвязь препилинпептидазы IV типа Pseudomonas aeruginosa - обзор». Джин . 192 (1): 117–21. дои : 10.1016/S0378-1119(96)00830-X . ПМИД 9224881 .

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

[ 7 ]

[ 8 ]

[ 9 ]

[ 10 ]

v т и Протеазы : аспартатпротеазы ( EC 3.4.23 ).
Vertebrate	Pepsin Chymosin Renin Signal peptide peptidase Beta secretase 1 2
Pathogenic	Plasmepsin HIV-1 protease
Plant	Nepenthesin
Cathepsin	D E

v т и Ферменты
Activity	Active site Binding site Catalytic triad Oxyanion hole Enzyme promiscuity Diffusion-limited enzyme Cofactor Enzyme catalysis
Regulation	Allosteric regulation Cooperativity Enzyme inhibitor Enzyme activator
Classification	EC number Enzyme superfamily Enzyme family List of enzymes
Kinetics	Enzyme kinetics Eadie–Hofstee diagram Hanes–Woolf plot Lineweaver–Burk plot Michaelis–Menten kinetics
Types	EC1 Oxidoreductases (list) EC2 Transferases (list) EC3 Hydrolases (list) EC4 Lyases (list) EC5 Isomerases (list) EC6 Ligases (list) EC7 Translocases (list)