PDBсумма

ПДБСум
Содержание
Описание	Обзор структур, содержащихся в банке данных белков .
Типы данных ; захвачен	Белковые структуры
Организмы	все
Контакт
Исследовательский центр	Европейский институт биоинформатики (EBI)
Авторы	Роман Ласковский и др. (1997)
Первичное цитирование	ПМИД 9433130
Доступ
Веб-сайт	www .семья .и .uk /pdbsum /
Разнообразный
Добавить в закладки ; сущности	да

PDBsum — это база данных, которая предоставляет обзор содержимого каждой трехмерной макромолекулярной структуры, хранящейся в банке данных белков (PDB). ^[1]^[2]^[3]^[4]

База данных

Первоначальная версия базы данных была разработана примерно в 1995 году Романом Ласковски и его сотрудниками из Университетского колледжа Лондона . ^[5] По состоянию на 2014 год PDBsum поддерживается Ласковски и его сотрудниками в лаборатории Джанет Торнтон в Европейском институте биоинформатики (EBI).

Каждая структура в базе данных PDBsum включает изображение структуры (главный вид, вид снизу и вид справа), молекулярные компоненты, содержащиеся в комплексе (структуре), диаграмму ферментативных реакций, если это необходимо, функциональные назначения онтологии гена , 1D-последовательность, аннотированную Pfam и Назначение доменов InterPro , описание связанных молекул и графики, показывающие взаимодействия между белком и вторичной структурой, схематические диаграммы белок-белковых взаимодействий , анализ расщелин, содержащихся в структуре, и ссылки на внешние базы данных. ^[6] используется обеспечения для Программное обеспечение для молекулярной графики RasMol и Jmol трехмерного представления молекул и их взаимодействий в PDBsum. ^[5]

С момента запуска проекта «1000 геномов» в октябре 2012 года все варианты отдельных аминокислот, идентифицированные в рамках проекта, были сопоставлены с соответствующими последовательностями белков в Банке данных белков. Эти варианты также отображаются в PDBsum со ссылкой на соответствующий идентификатор UniProt . ^[6] PDBsum содержит ряд белковых структур , которые могут представлять интерес для разработки структурно-ориентированных лекарств . Одно из подразделений PDBsum, известное как DrugPort, фокусируется на этих моделях и связано с базой данных по целевым лекарствам DrugBank . ^[6]^[7]

См. также

Ссылки

^ Ласковски Р.А., Хатчинсон Э.Г., Мичи А.Д., Уоллес А.К., Джонс М.Л., Торнтон Дж.М. (декабрь 1997 г.). «PDBsum: веб-база данных сводок и анализа всех структур PDB». Тенденции биохимических наук . 22 (12): 488–90. дои : 10.1016/S0968-0004(97)01140-7 . ПМИД 9433130 .
^ Ласковский Р.А. (январь 2001 г.). «PDBsum: сводки и анализ структур PDB» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 221–2. дои : 10.1093/нар/29.1.221 . ПМК 29784 . ПМИД 11125097 .
^ Ласковский Р.А., Чистяков В.В., Торнтон Дж.М. (январь 2005 г.). «PDBsum more: новые сводки и анализы известных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D266-8. дои : 10.1093/nar/gki001 . ПМК 539955 . ПМИД 15608193 .
^ Ласковский Р.А. (январь 2009 г.). «PDBsum новые вещи» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D355-9. дои : 10.1093/нар/gkn860 . ПМЦ 2686501 . ПМИД 18996896 .
^ Jump up to: ^а ^б «Документация PDBsum: О PDBsum» . Европейская лаборатория молекулярной биологии – Европейский институт биоинформатики . Проверено 9 сентября 2014 г.
^ Jump up to: ^а ^б ^с де Бир Т.А., Берка К., Торнтон Дж.М., Ласковски Р.А. (январь 2014 г.). «Дополнения PDBsum» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D292-6. дои : 10.1093/нар/gkt940 . ПМЦ 3965036 . ПМИД 24153109 .
^ Нокс С., Лоу В., Джуисон Т., Лю П., Ли С., Фролкис А., Пон А., Банко К., Мак С., Неве В., Джумбу Ю., Эйснер Р., Го А.С., Вишарт Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/nar/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .

Внешние ссылки

Ласковский Р.А., Торнтон Дж.М. «Домашняя страница PDBsum» . Европейский институт биоинформатики.

[pmid9433130-1] Ласковски Р.А., Хатчинсон Э.Г., Мичи А.Д., Уоллес А.К., Джонс М.Л., Торнтон Дж.М. (декабрь 1997 г.). «PDBsum: веб-база данных сводок и анализа всех структур PDB». Тенденции биохимических наук . 22 (12): 488–90. дои : 10.1016/S0968-0004(97)01140-7 . ПМИД 9433130 .

[pmid11125097-2] Ласковский Р.А. (январь 2001 г.). «PDBsum: сводки и анализ структур PDB» . Исследования нуклеиновых кислот . 29 (1): 221–2. дои : 10.1093/нар/29.1.221 . ПМК 29784 . ПМИД 11125097 .

[pmid15608193-3] Ласковский Р.А., Чистяков В.В., Торнтон Дж.М. (январь 2005 г.). «PDBsum more: новые сводки и анализы известных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот» . Исследования нуклеиновых кислот . 33 (Проблема с базой данных): D266-8. дои : 10.1093/nar/gki001 . ПМК 539955 . ПМИД 15608193 .

[pmid18996896-4] Ласковский Р.А. (январь 2009 г.). «PDBsum новые вещи» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D355-9. дои : 10.1093/нар/gkn860 . ПМЦ 2686501 . ПМИД 18996896 .

[about-pdbsum-5] Jump up to: ^а ^б «Документация PDBsum: О PDBsum» . Европейская лаборатория молекулярной биологии – Европейский институт биоинформатики . Проверено 9 сентября 2014 г.

[pmid24153109-6] Jump up to: ^а ^б ^с де Бир Т.А., Берка К., Торнтон Дж.М., Ласковски Р.А. (январь 2014 г.). «Дополнения PDBsum» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D292-6. дои : 10.1093/нар/gkt940 . ПМЦ 3965036 . ПМИД 24153109 .

[drugbank-7] Нокс С., Лоу В., Джуисон Т., Лю П., Ли С., Фролкис А., Пон А., Банко К., Мак С., Неве В., Джумбу Ю., Эйснер Р., Го А.С., Вишарт Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/nar/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]