Лекарственный Банк
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных лекарств |
| Типы данных захвачен | Химические структуры, низкомолекулярные лекарства, биотехнологические лекарства, мишени для лекарств, транспортеры лекарств, последовательности-мишени для лекарств, SNP-мишени для лекарств, метаболиты лекарств, описания лекарств, ассоциации с заболеваниями, данные о дозировке, взаимодействие продуктов питания и лекарств, побочные реакции на лекарства, фармакология, механизмы действия , метаболизм лекарств, химический синтез, данные о патентах и ценах, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, спектры ЯМР лекарств, спектры ГХ-МС лекарств, спектры ЖХ-МС лекарств. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Альберты и Инновационный центр метаболомики, Альберта, Канада |
| Лаборатория | Дэвид С. Уишарт |
| Первичное цитирование | DrugBank: комплексный ресурс для открытия и исследования лекарств in silico. [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www |
| URL-адрес загрузки | www |
| Разнообразный | |
| Выпуск данных частота | Каждые 2 года с ежемесячными исправлениями и обновлениями. |
| Политика курирования | Курируется вручную |
База данных DrugBank — это комплексная, свободно доступная онлайн-база данных, содержащая информацию о лекарствах и целевых показателях лекарств, созданная и поддерживаемая Университетом Альберты и Инновационным центром метаболомики, расположенным в Альберте , Канада. [1] Являясь одновременно биоинформатическим и хемоинформатическим ресурсом, DrugBank объединяет подробные данные о лекарствах (т.е. химические, фармакологические и фармацевтические) с комплексной информацией о мишенях лекарств (т.е. о последовательности, структуре и пути действия). [1] [2] DrugBank использовал контент из Википедии ; [3] Википедия также часто ссылается на Drugbank, создавая потенциальные проблемы с циклической отчетностью . [3]
Веб-сайт DrugBank Online доступен для общественности как ресурс с бесплатным доступом. Однако для использования и повторного распространения контента DrugBank Online или лежащих в его основе данных DrugBank, полностью или частично, и для любых целей требуется лицензия. Академические пользователи могут подать заявку на бесплатную лицензию для определенных случаев использования, в то время как всем остальным пользователям требуется платная лицензия.
Последняя версия базы данных (версия 5.0) содержит 9591 запись о лекарствах, включая 2037 FDA одобренных низкомолекулярных препаратов, 241 одобренный FDA биотехнологический ( белковый / пептидный ) препарат, 96 нутрицевтиков и более 6000 экспериментальных препаратов . [4] 4270 неизбыточных белковых последовательностей (т.е. последовательностей мишени лекарственного средства/ фермента Кроме того, с этими записями о лекарствах связаны /переносчика/носителя). Каждая запись в DrugCard (рис. 1) содержит более 200 полей данных, половина информации из которых посвящена данным о лекарствах/химических веществах, а другая половина – данным о целевых препаратах или белках. [4]
Четыре дополнительные базы данных, HMDB, [5] Т3ДБ, [6] СМПБД [7] и FooDB также являются частью общего набора метаболомных / хемоинформатических баз данных. HMDB содержит эквивалентную информацию о более чем 40 000 метаболитах человека, T3DB содержит информацию о 3100 распространенных токсинах и загрязнителях окружающей среды , SMPDB содержит диаграммы путей почти 700 метаболических путей человека и путей развития заболеваний, а FooDB содержит эквивалентную информацию о ~ 28 000 пищевых компонентах и пищевых добавках .
История версий [ править ]
Первая версия DrugBank вышла в 2006 году. [1] Этот ранний выпуск содержал относительно скромную информацию о 841 одобренном FDA низкомолекулярном препарате и 113 биотехнологических препаратах. Он также включал информацию о 2133 объектах борьбы с наркотиками. Вторая версия DrugBank вышла в 2009 году. [2] Эта значительно расширенная и улучшенная версия базы данных включала 1344 одобренных низкомолекулярных препарата и 123 биотехнологических препарата, а также 3037 уникальных целевых лекарственных средств. Версия 2.0 также впервые включала в себя изъятые из употребления и запрещенные наркотики , обширные взаимодействия между пищевыми и лекарственными средствами, а также параметры ADMET (абсорбция, распределение, метаболизм, выведение и токсичность). Версия 3.0 была выпущена в 2011 году. [8] Эта версия содержала 1424 одобренных низкомолекулярных препарата и 132 биотехнологических препарата, а также >4000 уникальных мишеней для лекарств. Версия 3.0 также включала данные о транспортерах лекарств, данные о пути действия лекарств, ценах на лекарства, данные о патентах и производстве, а также данные о более чем 5000 экспериментальных лекарствах. Версия 4.0 вышла в 2014 году. [4] Эта версия включала 1558 одобренных FDA низкомолекулярных препаратов, 155 биотехнологических препаратов и 4200 уникальных целевых лекарственных средств. Версия 4.0 также включала обширную информацию о метаболитах лекарств (структуры и реакции), таксономии лекарств, спектрах лекарств, константах связывания лекарств и информацию о синтезе лекарств. В Таблице 1 представлена более полная статистическая информация об истории развития DrugBank.
| Категория | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| Количество полей данных на карту лекарств | 88 | 108 | 148 | 208 |
| Количество типов поиска | 8 | 12 | 16 | 18 |
| Количество иллюстрированных путей действия лекарств | 0 | 0 | 168 | 232 |
| Количество препаратов с данными о метаболизирующих ферментах | 0 | 0 | 762 | 1,037 |
| Количество метаболитов лекарственного средства со структурами | 0 | 0 | 0 | 1,239 |
| Количество реакций метаболизма лекарств | 0 | 0 | 0 | 1,308 |
| Количество проиллюстрированных путей метаболизма лекарств | 0 | 0 | 0 | 53 |
| Количество препаратов, по которым имеются данные о перевозчике наркотиков | 0 | 0 | 516 | 623 |
| Количество препаратов с информацией о таксономической классификации | 0 | 0 | 0 | 6,713 |
| Количество эффектов лекарств, связанных с SNP | 0 | 0 | 113 | 201 |
| Количество препаратов с данными о патентах/ценах/производителе | 0 | 0 | 1,208 | 1,450 |
| Количество взаимодействий между едой и лекарствами | 0 | 714 | 1,039 | 1,180 |
| Количество лекарственных взаимодействий | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| Количество параметров ADMET (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6,667 |
| Количество параметров QSAR на препарат | 5 | 6 | 14 | 23 |
| Количество препаратов с данными о константах связывания препарата с мишенью | 0 | 0 | 0 | 791 |
| Количество препаратов со спектрами ЯМР | 0 | 0 | 0 | 306 |
| Количество препаратов со спектрами МС | 0 | 0 | 0 | 384 |
| Количество препаратов с информацией о химическом синтезе | 0 | 38 | 38 | 1,285 |
| Количество низкомолекулярных препаратов, одобренных FDA | 841 | 1,344 | 1,424 | 1,558 |
| Количество биотехнологических препаратов | 113 | 123 | 132 | 155 |
| Количество нутрицевтических препаратов | 61 | 69 | 82 | 87 |
| Количество изъятых препаратов | 0 | 57 | 68 | 78 |
| Количество запрещенных наркотиков | 0 | 188 | 189 | 190 |
| Количество экспериментальных препаратов | 2,894 | 3,116 | 5,210 | 6,009 |
| Общее количество экспериментальных и низкомолекулярных препаратов FDA | 3,796 | 4,774 | 6,684 | 7,561 |
| Общее количество экспериментальных препаратов и препаратов FDA (все виды) | 3,909 | 4,897 | 6,816 | 7,713 |
| Количество всех целей по наркотикам (уникальных) | 2,133 | 3,037 | 4,326 | 4,115 |
| Количество одобренных лекарственных ферментов/носителей (уникальных) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| Количество всех лекарственных ферментов/носителей (уникальных) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| Количество ссылок на внешние базы данных | 12 | 18 | 31 | 33 |
Область применения и доступ [ править ]
Все данные в DrugBank получены из публичных непатентованных источников. Почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные DrugBank доступны через общедоступный веб-интерфейс. [9]
См. также [ править ]
- ЧЕМБЛ
- Метаболизм лекарств
- ХМДБ
- КЕГГ
- Список биологических баз данных
- Фармакология
- СМПБД
- Т3ДБ
- База данных терапевтических целей
Ссылки [ править ]
- ^ Перейти обратно: а б с д Уишарт, Д.С. ; Нокс С; Го AC; и другие. (январь 2006 г.). «DrugBank: комплексный ресурс для открытия и исследования лекарств in silico» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Проблема с базой данных): D668-72. дои : 10.1093/нар/gkj067 . ПМЦ 1347430 . ПМИД 16381955 .
- ^ Перейти обратно: а б Уишарт, Д.С.; Нокс С; Го AC; и другие. (январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях по борьбе с наркотиками и целях борьбы с наркотиками» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D901-6. дои : 10.1093/нар/gkm958 . ПМЦ 2238889 . ПМИД 18048412 .
- ^ Перейти обратно: а б Харрисон, Стивен (7 марта 2019 г.). «Головокружительная проблема нецитируемых «фактов» Википедии, которые обретают собственную жизнь» . Журнал «Сланец» . Проверено 9 ноября 2019 г.
- ^ Перейти обратно: а б с Закон, В; Нокс, К; Джумбу, Ю; Джуисон, Т; Го, AC; Лю, Ю; Мациевский, А; Арндт, Д; Уилсон, М; Невё, В; Тан, А; Габриэль, Г; Ли, С; Адамджи, С; Дама, ЗТ; Хан, Б; Чжоу, Ю; Уишарт, Д.С. (январь 2014 г.). «DrugBank 5.0: проливает новый свет на метаболизм лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1091-7. дои : 10.1093/нар/gkt1068 . ПМЦ 3965102 . ПМИД 24203711 .
- ^ Уишарт, Д.С.; Го, AC; Эйснер, Р; Янг, Н; Гаутам, Б; Хау, Д.Д.; Психогиос, Н; Донг, Э; Буатра, С; Мандал, Р; Синельников И.; Ся, Дж; Цзя, Л; Круз, Дж.А.; Лайм; Собси, Калифорния; Шривастава, С; Хуанг, П; Лю, П; Фанг, Л; Пэн, Дж; Фрадетт, Р; Ченг, Д; Цур, Д; Клементс, М; Льюис, А; Де Соуза, А; Зунига, А; Доу, М; Сюн, Ю; Клайв, Д; Грейнер, Р; Назырова А; Шайхутдинов Р.; Ли, Л; Фогель, HJ; Форсайт, я (январь 2009 г.). «HMDB: база знаний о метаболоме человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Проблема с базой данных): D603-10. дои : 10.1093/нар/gkn810 . ПМК 2686599 . ПМИД 18953024 .
- ^ Лайм; Пон А; Джумбу Ю; Нокс С; Шривастава С; Го AC; Неве V; Уишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: подробно аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/нар/gkp934 . ПМЦ 2808899 . ПМИД 19897546 .
- ^ Джуисон, Т; Су Й; Дисфани ФМ; и другие. (январь 2014 г.). «База данных о путях малых молекул» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D478-84. дои : 10.1093/нар/gkt1067 . ПМЦ 3965088 . ПМИД 24203708 .
- ^ Нокс, К; Закон, В; Джуисон, Т; Лю, П; Ли, С; Фролкис, А; Пон, А; Банко, К; Мак, С; Невё, В; Джумбу, Ю; Эйснер, Р; Го, AC; Уишарт, Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/нар/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .
- ^ Уишарт, Дэвид С. (2006). «DrugBank: комплексный ресурс для открытия и исследования лекарств in silico» . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (приложение_1): 668–672. дои : 10.1093/нар/gkj067 . ПМЦ 1347430 . ПМИД 16381955 .