База данных терапевтических целей
![]() | |
Содержание | |
---|---|
Описание | База данных по целевым препаратам |
Контакт | |
Лаборатория | Группа инновационных исследований лекарств и биоинформатики (IDRB) Группа биоинформатики и разработки лекарств (BIDD) |
Первичное цитирование | ПМИД 37713619 |
Дата выпуска | 1 октября 2023 г. |
Доступ | |
Веб-сайт | https://idrblab.org/ttd/ |
Разнообразный | |
Лицензия | Свободный доступ |
Версия | 8.1.01 |
База данных терапевтических целей ( TTD ) — фармацевтический и медицинский репозиторий. [1] Создан Группой инновационных исследований лекарств и биоинформатики (IDRB) в Университете Чжэцзян, Китай , и Группой биоинформатики и дизайна лекарств Национального университета Сингапура . Он предоставляет информацию об известных и изученных терапевтических белках и мишенях нуклеиновых кислот . [2] целевое заболевание, [3] информация о пути [4] и соответствующие препараты, направленные на каждую из этих мишеней. [1] Подробные знания о целевой функции, последовательности, трехмерной структуре, свойствах связывания лигандов, номенклатуре ферментов и структуре лекарств, терапевтическом классе и статусе клинической разработки. [1] TTD доступен бесплатно без необходимости входа в систему по адресу https://idrblab.org/ttd/ .
Статистика
[ редактировать ]Эта база данных содержит 3730 терапевтических целей (532 успешных, 1442 клинических исследования, 239 доклинических/запатентованных и 1517 исследовательских целей) и 39862 лекарств (2895 одобренных, 11796 клинических испытаний, 5041 доклинических/запатентованных и 20130 экспериментальных препаратов). Цели и лекарства в TTD охватывают 583 биохимических класса белков и 958 терапевтических классов лекарств соответственно. [1] Последняя версия кодов Международной классификации болезней (МКБ-11), выпущенная ВОЗ, включена в TTD, чтобы облегчить четкое определение болезни/класса болезни. [5]
Проверка первичной терапевтической цели
[ редактировать ]Проверка цели обычно требует определения того, что мишень экспрессируется в клетках/тканях, имеющих отношение к заболеванию. [6] его можно напрямую модулировать лекарственным средством или подобной ему молекулой с адекватной эффективностью в биохимическом анализе, [7] и что целевая модуляция на клеточных и/или животных моделях улучшает фенотип соответствующего заболевания. [8] Таким образом, TTD собирает три типа целевых данных проверки: [9]
- Экспериментально определенная эффективность лекарств против их основной цели или целей. [6]
- Очевидная эффективность или воздействие лекарств на модели заболеваний (клеточные линии, модели ex-vivo, in-vivo), связанные с их основной мишенью или мишенями. [8]
- Наблюдаемые эффекты нокаута мишени, нокдауна, РНК-интерференции, трансгенетических, обработанных антителами или антисмысловыми моделями in vivo. [7]
Категоризация терапевтических целей на основе клинического статуса
[ редактировать ]Терапевтические цели в TTD подразделяются на успешную цель, цель клинических испытаний, доклиническую цель, запатентованную цель и цель, описанную в литературе, которые определяются наивысшим статусом соответствующих препаратов.
- Успешная цель: нацелена как минимум на один одобренный препарат;
- Цель клинических испытаний: не нацелена ни на один одобренный препарат, но на нее нацелен хотя бы один препарат, участвующий в клинических испытаниях;
- Доклиническая цель: не нацелена ни на один одобренный/проходящий клинические испытания препарат, но на нее нацелен хотя бы один доклинический препарат;
- Запатентованная мишень: не нацелена ни на один одобренный/проходящий клинические испытания/доклинический препарат, но на нее нацелен хотя бы один запатентованный препарат;
- Цель, указанная в литературе: нацелена только на исследуемые наркотики.
Классификация терапевтических мишеней на основе типов молекул
[ редактировать ]Молекулярные типы терапевтических мишеней при TTD включают белок, нуклеиновую кислоту и другие молекулы.
- Белок : наиболее распространенный тип мишени при разработке лекарств.
- Нуклеиновая кислота : включает ДНК, мРНК, микроРНК, мишени днРНК.
- Другие молекулы: такие как мочевая кислота, железо и активные формы кислорода.
В ТТД собраны различные виды наркотиков
[ редактировать ]Основные типы лекарств при TTD включают низкомолекулярные препараты, антитела, препараты нуклеиновых кислот, клеточную терапию, генную терапию и вакцины.
- Малая молекула : самые распространенные лекарства на фармацевтическом рынке
- Антитела : включают моноклональные антитела и несколько альтернатив, таких как конъюгаты антитело-лекарственное средство, биспецифические антитела, смеси IgG и слитые белки антител.
- Препарат нуклеиновой кислоты: в основном включает антисмысловые олигонуклеотиды, малые интерферирующие РНК, малые активирующие РНК, микроРНК, мРНК и т. д.
- Клеточная терапия : инъекции, трансплантация или имплантация жизнеспособных клеток пациенту для достижения лекарственного эффекта.
- Генная терапия : манипулирование экспрессией генов или изменение биологических свойств живых клеток для достижения терапевтического эффекта.
- Вакцина : обеспечивает активный приобретенный иммунитет к определенному инфекционному или злокачественному заболеванию.
Основные улучшения в различных версиях TTD
[ редактировать ]Обновление 2024 г. ( Nucleic Acids Res . 2023, doi: 10.1093/nar/gkad751) [1]
[ редактировать ]■ Целевая доступность лекарств, иллюстрируемая молекулярными взаимодействиями или регулированием;
■ Целевая лекарственная способность, характеризующаяся различными особенностями человеческой системы;
■ Целевая доступность лекарств, отражаемая разнообразными вариациями клеточной экспрессии;
Обновление 2022 года ( Nucleic Acids Res . 2022, 50: D1398-D1407) [10]
[ редактировать ]■ Структурно-ориентированный ландшафт деятельности и профиль свойств объектов, подобных наркотикам;
■ Пролекарства вместе с исходным лекарственным средством и мишенью;
■ Совместные цели, модулируемые одобренными/прошедшими клинические испытания лекарствами;
■ Плохое связывание и несвязывание мишеней;
Обновление 2020 г. ( Nucleic Acids Res . 2020, 48: D1031-D1041) [11]
[ редактировать ]■ Регуляторы-мишени (микроРНК и факторы транскрипции) и белки, взаимодействующие с мишенью;
■ Запатентованные агенты и их мишени (структуры и значения экспериментальной активности, если таковые имеются);
Обновление 2018 г. ( Nucleic Acids Res . 2018, 46: D1121-D1127) [12]
[ редактировать ]■ Профили дифференциальной экспрессии и загружаемые данные о мишенях у пациентов и здоровых людей;
■ Целевое сочетание многоцелевых препаратов и комбинированной терапии;
Обновление 2016 г. ( Nucleic Acids Res . 2016, 44: D1069-D1074) [13]
[ редактировать ]■ Перекрестные ссылки большинства записей о целевых показателях TTD и лекарствах с соответствующими записями о пути;
■ Доступ к многочисленным мишеням и лекарствам, перекрестно связанным с каждым из этих путей пути;
Обновление 2014 г. ( Nucleic Acids Res . 2014, 42: D1118-D1123) [14]
[ редактировать ]■ Биомаркеры болезненных состояний;
■ Наркологические основы для наркотиков/лидов;
Обновление 2012 г. ( Nucleic Acids Res . 2012, 40: D1128-D1136) [15]
[ редактировать ]■ Информация о проверке цели (лекарственное средство-мишень-заболевание);
■ Количественные модели взаимосвязи структура-активность (QSAR) для соединений;
Обновление 2010 г. ( Nucleic Acids Res . 2010, 38: D787-D791) [16]
[ редактировать ]■ Клинические испытания лекарств и их цели;
■ Цель сходства и поиск лекарств.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б с д и Ван, Цзю, Юньцин; Чжу, Фэн (15 сентября 2023 г.). Чжань, Иньтао; Ю, Синьюань, Синьи ; описывающая информацию о целевой лекарственной способности» . Nucleic Acids Research : gkad751. doi : 10.1093/nar/gkad751 . ISSN 1362-4962 . PMC 10767903. . PMID 37713619 База данных ,
- ^ Хопкинс А.Л., Жених С.Р. (2002). «Наркотический геном». Nature Reviews Открытие лекарств . 1 (9): 727–30. дои : 10.1038/nrd892 . ПМИД 12209152 . S2CID 13166282 .
- ^ Оверингтон Дж. П., Аль-Лазикани Б., Хопкинс А. Л. (2006). «Сколько существует целей по борьбе с наркотиками?». Nature Reviews Открытие лекарств . 5 (12): 993–6. дои : 10.1038/nrd2199 . ПМИД 17139284 . S2CID 11979420 .
- ^ Чжэн CJ, Хан LY, Яп CW, Цзи ZL, Цао ZW, Чен YZ (2006). «Терапевтические цели: прогресс их исследования и исследование их характеристик». Фармакол. Преподобный . 58 (2): 259–79. дои : 10.1124/пр.58.2.4 . ПМИД 16714488 . S2CID 3082221 .
- ^ The Lancet, ноль (8 июня 2019 г.). «МКБ-11» . Ланцет . 393 (10188): 2275. doi : 10.1016/S0140-6736(19)31205-X . ISSN 1474-547X . ПМИД 31180012 .
- ^ Jump up to: а б Линдси, Марк А. (1 октября 2003 г.). «Обнаружение цели». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 2 (10): 831–838. дои : 10.1038/nrd1202 . ISSN 1474-1776 . ПМИД 14526386 . S2CID 40029453 .
- ^ Jump up to: а б Видалин, Оливье; Муслмани, Мачадия; Этьен, Клеман; Эччакир, Хамид; Абина, Амин М. (1 октября 2009 г.). «Проверка цели in vivo с использованием инвалидации генов, РНК-интерференции и моделей функционального нокаута белков: настало время объединиться». Современное мнение в фармакологии . 9 (5): 669–676. дои : 10.1016/j.coph.2009.06.017 . ISSN 1471-4973 . ПМИД 19646923 .
- ^ Jump up to: а б В целом, Кристофер М.; Кляйфельд, Одед (15 марта 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: подтверждение матриксных металлопротеиназ в качестве мишеней и антимишеней лекарств для терапии рака». Обзоры природы. Рак . 6 (3): 227–239. дои : 10.1038/nrc1821 . ISSN 1474-175Х . ПМИД 16498445 . S2CID 21114447 .
- ^ Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг (1 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .
- ^ Чжоу, Ин; Чжан, Иньтао; Лиан, Сичэнь; Ли, Фэнчэн; Ван, Чаосинь; Чжу, Фэн; Цю, Юньцин; Чен, Юзонг (7 января 2022 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням 2022 года: содействие открытию лекарств с помощью расширенных сравнительных данных о таргетных агентах» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д1398–Д1407. дои : 10.1093/nar/gkab953 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 8728281 . ПМИД 34718717 .
- ^ Ван, Юнься; Чжан, Сун; Ли, Фэнчэн; Чжоу, Ин; Чжан, Ин; Ван, Чжэнвэнь; Чжан, Рунюань; Чжу, Цзян; Рен, Юйсян; Тан, Ин; Цинь, Чу (6 ноября 2019 г.). «База данных по терапевтическим целям 2020: расширенный ресурс для облегчения исследований и ранней разработки таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д1031–Д1041. дои : 10.1093/nar/gkz981 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 7145558 . ПМИД 31691823 .
- ^ Ли, Ин Хун; Ю, Чун Ян; Ли, Сяо Сюй; Чжан, Пэн; Тан, Цзин; Ян, Цинся; Фу, Тинтин; Чжан, Сяоюй; Цуй, Сюэцзяо; Ту, Гао; Чжан, Ян (4 января 2018 г.). «Обновление базы данных таргетных терапевтических средств, 2018 г.: расширенный ресурс для облегчения клинических исследований таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д1121–Д1127. дои : 10.1093/нар/gkx1076 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 5753365 . ПМИД 29140520 .
- ^ Ян, Хун; Цинь, Чу; Ли, Ин Хун; Тао, Лин; Чжоу, Цзинь; Ю, Чун Ян; Сюй, Фэн; Чен, Чжэ; Чжу, Фэн; Чен, Ю Цзун (4 января 2016 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим целям, 2016 г.: расширенный ресурс для получения информации о целевых клинических лекарственных препаратах и целевых путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1069–1074. дои : 10.1093/nar/gkv1230 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4702870 . ПМИД 26578601 .
- ^ Цинь, Чу; Чжан, Ченг; Чжу, Фэн; Сюй, Фэн; Чен, Шан Ин; Чжан, Пэн; Ли, Ин Хун; Ян, Шэн Юн; Вэй, Юй Цюань; Тао, Лин; Чен, Ю Цзун (7 января 2014 г.). «Обновление базы данных по терапевтической мишени 2014: ресурс по таргетной терапии» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1118–1123. дои : 10.1093/nar/gkt1129 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 3964951 . ПМИД 24265219 .
- ^ Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг; Чжан, Пэн; Чен, Юзонг (8 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .
- ^ Чжу, Фэн; Кумар, Панкай; Ма, СяоХуа; Хуан, Лу, ЯнФань; Чжэн, Чэнь, Юцзун» . Обновление TTD: База данных терапевтических целей» . Nucleic Acids Research . 38 ): D787–791. doi : 10.1093/nar/gkp1014 . ISSN 1362-4962 . PMC 2808971. . PMID 19933260 (выпуск базы данных