База данных терапевтических целей

База данных терапевтических целей (TTD)
Содержание
Описание	База данных по целевым препаратам
Контакт
Лаборатория	Группа инновационных исследований лекарств и биоинформатики (IDRB) Группа биоинформатики и разработки лекарств (BIDD)
Первичное цитирование	ПМИД 37713619
Дата выпуска	1 октября 2023 г.
Доступ
Веб-сайт	https://idrblab.org/ttd/
Разнообразный
Лицензия	Свободный доступ
Версия	8.1.01

База данных терапевтических целей ( TTD ) — фармацевтический и медицинский репозиторий. ^[1] Создан Группой инновационных исследований лекарств и биоинформатики (IDRB) в Университете Чжэцзян, Китай , и Группой биоинформатики и дизайна лекарств Национального университета Сингапура . Он предоставляет информацию об известных и изученных терапевтических белках и мишенях нуклеиновых кислот . ^[2] целевое заболевание, ^[3] информация о пути ^[4] и соответствующие препараты, направленные на каждую из этих мишеней. ^[1] Подробные знания о целевой функции, последовательности, трехмерной структуре, свойствах связывания лигандов, номенклатуре ферментов и структуре лекарств, терапевтическом классе и статусе клинической разработки. ^[1] TTD доступен бесплатно без необходимости входа в систему по адресу https://idrblab.org/ttd/ .

Статистика

Эта база данных содержит 3730 терапевтических целей (532 успешных, 1442 клинических исследования, 239 доклинических/запатентованных и 1517 исследовательских целей) и 39862 лекарств (2895 одобренных, 11796 клинических испытаний, 5041 доклинических/запатентованных и 20130 экспериментальных препаратов). Цели и лекарства в TTD охватывают 583 биохимических класса белков и 958 терапевтических классов лекарств соответственно. ^[1] Последняя версия кодов Международной классификации болезней (МКБ-11), выпущенная ВОЗ, включена в TTD, чтобы облегчить четкое определение болезни/класса болезни. ^[5]

Проверка первичной терапевтической цели

Проверка цели обычно требует определения того, что мишень экспрессируется в клетках/тканях, имеющих отношение к заболеванию. ^[6] его можно напрямую модулировать лекарственным средством или подобной ему молекулой с адекватной эффективностью в биохимическом анализе, ^[7] и что целевая модуляция на клеточных и/или животных моделях улучшает фенотип соответствующего заболевания. ^[8] Таким образом, TTD собирает три типа целевых данных проверки: ^[9]

Экспериментально определенная эффективность лекарств против их основной цели или целей. ^[6]
Очевидная эффективность или воздействие лекарств на модели заболеваний (клеточные линии, модели ex-vivo, in-vivo), связанные с их основной мишенью или мишенями. ^[8]
Наблюдаемые эффекты нокаута мишени, нокдауна, РНК-интерференции, трансгенетических, обработанных антителами или антисмысловыми моделями in vivo. ^[7]

Категоризация терапевтических целей на основе клинического статуса

Терапевтические цели в TTD подразделяются на успешную цель, цель клинических испытаний, доклиническую цель, запатентованную цель и цель, описанную в литературе, которые определяются наивысшим статусом соответствующих препаратов.

Успешная цель: нацелена как минимум на один одобренный препарат;
Цель клинических испытаний: не нацелена ни на один одобренный препарат, но на нее нацелен хотя бы один препарат, участвующий в клинических испытаниях;
Доклиническая цель: не нацелена ни на один одобренный/проходящий клинические испытания препарат, но на нее нацелен хотя бы один доклинический препарат;
Запатентованная мишень: не нацелена ни на один одобренный/проходящий клинические испытания/доклинический препарат, но на нее нацелен хотя бы один запатентованный препарат;
Цель, указанная в литературе: нацелена только на исследуемые наркотики.

Классификация терапевтических мишеней на основе типов молекул

Молекулярные типы терапевтических мишеней при TTD включают белок, нуклеиновую кислоту и другие молекулы.

Белок : наиболее распространенный тип мишени при разработке лекарств.
Нуклеиновая кислота : включает ДНК, мРНК, микроРНК, мишени днРНК.
Другие молекулы: такие как мочевая кислота, железо и активные формы кислорода.

В ТТД собраны различные виды наркотиков

Основные типы лекарств при TTD включают низкомолекулярные препараты, антитела, препараты нуклеиновых кислот, клеточную терапию, генную терапию и вакцины.

Малая молекула : самые распространенные лекарства на фармацевтическом рынке
Антитела : включают моноклональные антитела и несколько альтернатив, таких как конъюгаты антитело-лекарственное средство, биспецифические антитела, смеси IgG и слитые белки антител.
Препарат нуклеиновой кислоты: в основном включает антисмысловые олигонуклеотиды, малые интерферирующие РНК, малые активирующие РНК, микроРНК, мРНК и т. д.
Клеточная терапия : инъекции, трансплантация или имплантация жизнеспособных клеток пациенту для достижения лекарственного эффекта.
Генная терапия : манипулирование экспрессией генов или изменение биологических свойств живых клеток для достижения терапевтического эффекта.
Вакцина : обеспечивает активный приобретенный иммунитет к определенному инфекционному или злокачественному заболеванию.

Основные улучшения в различных версиях TTD

Обновление 2024 г. ( Nucleic Acids Res . 2023, doi: 10.1093/nar/gkad751) ^[1]

■ Целевая доступность лекарств, иллюстрируемая молекулярными взаимодействиями или регулированием;

■ Целевая лекарственная способность, характеризующаяся различными особенностями человеческой системы;

■ Целевая доступность лекарств, отражаемая разнообразными вариациями клеточной экспрессии;

Обновление 2022 года ( Nucleic Acids Res . 2022, 50: D1398-D1407) ^[10]

■ Структурно-ориентированный ландшафт деятельности и профиль свойств объектов, подобных наркотикам;

■ Пролекарства вместе с исходным лекарственным средством и мишенью;

■ Совместные цели, модулируемые одобренными/прошедшими клинические испытания лекарствами;

■ Плохое связывание и несвязывание мишеней;

Обновление 2020 г. ( Nucleic Acids Res . 2020, 48: D1031-D1041) ^[11]

■ Регуляторы-мишени (микроРНК и факторы транскрипции) и белки, взаимодействующие с мишенью;

■ Запатентованные агенты и их мишени (структуры и значения экспериментальной активности, если таковые имеются);

Обновление 2018 г. ( Nucleic Acids Res . 2018, 46: D1121-D1127) ^[12]

■ Профили дифференциальной экспрессии и загружаемые данные о мишенях у пациентов и здоровых людей;

■ Целевое сочетание многоцелевых препаратов и комбинированной терапии;

Обновление 2016 г. ( Nucleic Acids Res . 2016, 44: D1069-D1074) ^[13]

■ Перекрестные ссылки большинства записей о целевых показателях TTD и лекарствах с соответствующими записями о пути;

■ Доступ к многочисленным мишеням и лекарствам, перекрестно связанным с каждым из этих путей пути;

Обновление 2014 г. ( Nucleic Acids Res . 2014, 42: D1118-D1123) ^[14]

■ Биомаркеры болезненных состояний;

■ Наркологические основы для наркотиков/лидов;

Обновление 2012 г. ( Nucleic Acids Res . 2012, 40: D1128-D1136) ^[15]

■ Информация о проверке цели (лекарственное средство-мишень-заболевание);

■ Количественные модели взаимосвязи структура-активность (QSAR) для соединений;

Обновление 2010 г. ( Nucleic Acids Res . 2010, 38: D787-D791) ^[16]

■ Клинические испытания лекарств и их цели;

■ Цель сходства и поиск лекарств.

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ван, Цзю, Юньцин; Чжу, Фэн (15 сентября 2023 г.). Чжань, Иньтао; Ю, Синьюань, Синьи ; описывающая информацию о целевой лекарственной способности» . Nucleic Acids Research : gkad751. doi : 10.1093/nar/gkad751 . ISSN 1362-4962 . PMC 10767903. . PMID 37713619 База данных ,
^ Хопкинс А.Л., Жених С.Р. (2002). «Наркотический геном». Nature Reviews Открытие лекарств . 1 (9): 727–30. дои : 10.1038/nrd892 . ПМИД 12209152 . S2CID 13166282 .
^ Оверингтон Дж. П., Аль-Лазикани Б., Хопкинс А. Л. (2006). «Сколько существует целей по борьбе с наркотиками?». Nature Reviews Открытие лекарств . 5 (12): 993–6. дои : 10.1038/nrd2199 . ПМИД 17139284 . S2CID 11979420 .
^ Чжэн CJ, Хан LY, Яп CW, Цзи ZL, Цао ZW, Чен YZ (2006). «Терапевтические цели: прогресс их исследования и исследование их характеристик». Фармакол. Преподобный . 58 (2): 259–79. дои : 10.1124/пр.58.2.4 . ПМИД 16714488 . S2CID 3082221 .
^ The Lancet, ноль (8 июня 2019 г.). «МКБ-11» . Ланцет . 393 (10188): 2275. doi : 10.1016/S0140-6736(19)31205-X . ISSN 1474-547X . ПМИД 31180012 .
^ Jump up to: ^а ^б Линдси, Марк А. (1 октября 2003 г.). «Обнаружение цели». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 2 (10): 831–838. дои : 10.1038/nrd1202 . ISSN 1474-1776 . ПМИД 14526386 . S2CID 40029453 .
^ Jump up to: ^а ^б Видалин, Оливье; Муслмани, Мачадия; Этьен, Клеман; Эччакир, Хамид; Абина, Амин М. (1 октября 2009 г.). «Проверка цели in vivo с использованием инвалидации генов, РНК-интерференции и моделей функционального нокаута белков: настало время объединиться». Современное мнение в фармакологии . 9 (5): 669–676. дои : 10.1016/j.coph.2009.06.017 . ISSN 1471-4973 . ПМИД 19646923 .
^ Jump up to: ^а ^б В целом, Кристофер М.; Кляйфельд, Одед (15 марта 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: подтверждение матриксных металлопротеиназ в качестве мишеней и антимишеней лекарств для терапии рака». Обзоры природы. Рак . 6 (3): 227–239. дои : 10.1038/nrc1821 . ISSN 1474-175Х . ПМИД 16498445 . S2CID 21114447 .
^ Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг (1 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .
^ Чжоу, Ин; Чжан, Иньтао; Лиан, Сичэнь; Ли, Фэнчэн; Ван, Чаосинь; Чжу, Фэн; Цю, Юньцин; Чен, Юзонг (7 января 2022 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням 2022 года: содействие открытию лекарств с помощью расширенных сравнительных данных о таргетных агентах» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д1398–Д1407. дои : 10.1093/nar/gkab953 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 8728281 . ПМИД 34718717 .
^ Ван, Юнься; Чжан, Сун; Ли, Фэнчэн; Чжоу, Ин; Чжан, Ин; Ван, Чжэнвэнь; Чжан, Рунюань; Чжу, Цзян; Рен, Юйсян; Тан, Ин; Цинь, Чу (6 ноября 2019 г.). «База данных по терапевтическим целям 2020: расширенный ресурс для облегчения исследований и ранней разработки таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д1031–Д1041. дои : 10.1093/nar/gkz981 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 7145558 . ПМИД 31691823 .
^ Ли, Ин Хун; Ю, Чун Ян; Ли, Сяо Сюй; Чжан, Пэн; Тан, Цзин; Ян, Цинся; Фу, Тинтин; Чжан, Сяоюй; Цуй, Сюэцзяо; Ту, Гао; Чжан, Ян (4 января 2018 г.). «Обновление базы данных таргетных терапевтических средств, 2018 г.: расширенный ресурс для облегчения клинических исследований таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д1121–Д1127. дои : 10.1093/нар/gkx1076 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 5753365 . ПМИД 29140520 .
^ Ян, Хун; Цинь, Чу; Ли, Ин Хун; Тао, Лин; Чжоу, Цзинь; Ю, Чун Ян; Сюй, Фэн; Чен, Чжэ; Чжу, Фэн; Чен, Ю Цзун (4 января 2016 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим целям, 2016 г.: расширенный ресурс для получения информации о целевых клинических лекарственных препаратах и целевых путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1069–1074. дои : 10.1093/nar/gkv1230 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4702870 . ПМИД 26578601 .
^ Цинь, Чу; Чжан, Ченг; Чжу, Фэн; Сюй, Фэн; Чен, Шан Ин; Чжан, Пэн; Ли, Ин Хун; Ян, Шэн Юн; Вэй, Юй Цюань; Тао, Лин; Чен, Ю Цзун (7 января 2014 г.). «Обновление базы данных по терапевтической мишени 2014: ресурс по таргетной терапии» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1118–1123. дои : 10.1093/nar/gkt1129 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 3964951 . ПМИД 24265219 .
^ Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг; Чжан, Пэн; Чен, Юзонг (8 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .
^ Чжу, Фэн; Кумар, Панкай; Ма, СяоХуа; Хуан, Лу, ЯнФань; Чжэн, Чэнь, Юцзун» . Обновление TTD: База данных терапевтических целей» . Nucleic Acids Research . 38 ): D787–791. doi : 10.1093/nar/gkp1014 . ISSN 1362-4962 . PMC 2808971. . PMID 19933260 (выпуск базы данных

Внешние ссылки

[:1-1] Jump up to: ^а ^б ^с ^д ^и Ван, Цзю, Юньцин; Чжу, Фэн (15 сентября 2023 г.). Чжань, Иньтао; Ю, Синьюань, Синьи ; описывающая информацию о целевой лекарственной способности» . Nucleic Acids Research : gkad751. doi : 10.1093/nar/gkad751 . ISSN 1362-4962 . PMC 10767903. . PMID 37713619 База данных ,

[pmid12209152-2] Хопкинс А.Л., Жених С.Р. (2002). «Наркотический геном». Nature Reviews Открытие лекарств . 1 (9): 727–30. дои : 10.1038/nrd892 . ПМИД 12209152 . S2CID 13166282 .

[pmid17139284-3] Оверингтон Дж. П., Аль-Лазикани Б., Хопкинс А. Л. (2006). «Сколько существует целей по борьбе с наркотиками?». Nature Reviews Открытие лекарств . 5 (12): 993–6. дои : 10.1038/nrd2199 . ПМИД 17139284 . S2CID 11979420 .

[pmid16714488-4] Чжэн CJ, Хан LY, Яп CW, Цзи ZL, Цао ZW, Чен YZ (2006). «Терапевтические цели: прогресс их исследования и исследование их характеристик». Фармакол. Преподобный . 58 (2): 259–79. дои : 10.1124/пр.58.2.4 . ПМИД 16714488 . S2CID 3082221 .

[5] The Lancet, ноль (8 июня 2019 г.). «МКБ-11» . Ланцет . 393 (10188): 2275. doi : 10.1016/S0140-6736(19)31205-X . ISSN 1474-547X . ПМИД 31180012 .

[Lindsay_831–838-6] Jump up to: ^а ^б Линдси, Марк А. (1 октября 2003 г.). «Обнаружение цели». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 2 (10): 831–838. дои : 10.1038/nrd1202 . ISSN 1474-1776 . ПМИД 14526386 . S2CID 40029453 .

[Vidalin_669–676-7] Jump up to: ^а ^б Видалин, Оливье; Муслмани, Мачадия; Этьен, Клеман; Эччакир, Хамид; Абина, Амин М. (1 октября 2009 г.). «Проверка цели in vivo с использованием инвалидации генов, РНК-интерференции и моделей функционального нокаута белков: настало время объединиться». Современное мнение в фармакологии . 9 (5): 669–676. дои : 10.1016/j.coph.2009.06.017 . ISSN 1471-4973 . ПМИД 19646923 .

[Overall_227–239-8] Jump up to: ^а ^б В целом, Кристофер М.; Кляйфельд, Одед (15 марта 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: подтверждение матриксных металлопротеиназ в качестве мишеней и антимишеней лекарств для терапии рака». Обзоры природы. Рак . 6 (3): 227–239. дои : 10.1038/nrc1821 . ISSN 1474-175Х . ПМИД 16498445 . S2CID 21114447 .

[9] Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг (1 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .

[10] Чжоу, Ин; Чжан, Иньтао; Лиан, Сичэнь; Ли, Фэнчэн; Ван, Чаосинь; Чжу, Фэн; Цю, Юньцин; Чен, Юзонг (7 января 2022 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням 2022 года: содействие открытию лекарств с помощью расширенных сравнительных данных о таргетных агентах» . Исследования нуклеиновых кислот . 50 (Д1): Д1398–Д1407. дои : 10.1093/nar/gkab953 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 8728281 . ПМИД 34718717 .

[:0-11] Ван, Юнься; Чжан, Сун; Ли, Фэнчэн; Чжоу, Ин; Чжан, Ин; Ван, Чжэнвэнь; Чжан, Рунюань; Чжу, Цзян; Рен, Юйсян; Тан, Ин; Цинь, Чу (6 ноября 2019 г.). «База данных по терапевтическим целям 2020: расширенный ресурс для облегчения исследований и ранней разработки таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 48 (Д1): Д1031–Д1041. дои : 10.1093/nar/gkz981 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 7145558 . ПМИД 31691823 .

[:2-12] Ли, Ин Хун; Ю, Чун Ян; Ли, Сяо Сюй; Чжан, Пэн; Тан, Цзин; Ян, Цинся; Фу, Тинтин; Чжан, Сяоюй; Цуй, Сюэцзяо; Ту, Гао; Чжан, Ян (4 января 2018 г.). «Обновление базы данных таргетных терапевтических средств, 2018 г.: расширенный ресурс для облегчения клинических исследований таргетных терапевтических средств» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д1121–Д1127. дои : 10.1093/нар/gkx1076 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 5753365 . ПМИД 29140520 .

[13] Ян, Хун; Цинь, Чу; Ли, Ин Хун; Тао, Лин; Чжоу, Цзинь; Ю, Чун Ян; Сюй, Фэн; Чен, Чжэ; Чжу, Фэн; Чен, Ю Цзун (4 января 2016 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим целям, 2016 г.: расширенный ресурс для получения информации о целевых клинических лекарственных препаратах и целевых путях» . Исследования нуклеиновых кислот . 44 (Д1): Д1069–1074. дои : 10.1093/nar/gkv1230 . ISSN 1362-4962 . ПМК 4702870 . ПМИД 26578601 .

[14] Цинь, Чу; Чжан, Ченг; Чжу, Фэн; Сюй, Фэн; Чен, Шан Ин; Чжан, Пэн; Ли, Ин Хун; Ян, Шэн Юн; Вэй, Юй Цюань; Тао, Лин; Чен, Ю Цзун (7 января 2014 г.). «Обновление базы данных по терапевтической мишени 2014: ресурс по таргетной терапии» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D1118–1123. дои : 10.1093/nar/gkt1129 . ISSN 1362-4962 . ПМЦ 3964951 . ПМИД 24265219 .

[15] Чжу, Фэн; Ши, Чжэ; Цинь, Чу; Тао, Лин; Лю, Синь; Сюй, Фэн; Чжан, Ли; Сун, Ян; Лю, Сянхуэй; Чжан, Цзинсянь; Хан, Буконг; Чжан, Пэн; Чен, Юзонг (8 января 2012 г.). «Обновление базы данных по терапевтическим мишеням, 2012 г.: ресурс для облегчения открытия целевых лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1128–1136. дои : 10.1093/nar/gkr797 . ISSN 1362-4962 . ПМК 3245130 . ПМИД 21948793 .

[16] Чжу, Фэн; Кумар, Панкай; Ма, СяоХуа; Хуан, Лу, ЯнФань; Чжэн, Чэнь, Юцзун» . Обновление TTD: База данных терапевтических целей» . Nucleic Acids Research . 38 ): D787–791. doi : 10.1093/nar/gkp1014 . ISSN 1362-4962 . PMC 2808971. . PMID 19933260 (выпуск базы данных

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

Статистика

Проверка первичной терапевтической цели

Категоризация терапевтических целей на основе клинического статуса

Классификация терапевтических мишеней на основе типов молекул

В ТТД собраны различные виды наркотиков

Основные улучшения в различных версиях TTD

Обновление 2024 г. ( Nucleic Acids Res . 2023, doi: 10.1093/nar/gkad751) [1]

Обновление 2022 года ( Nucleic Acids Res . 2022, 50: D1398-D1407) [10]

Обновление 2020 г. ( Nucleic Acids Res . 2020, 48: D1031-D1041) [11]

Обновление 2018 г. ( Nucleic Acids Res . 2018, 46: D1121-D1127) [12]

Обновление 2016 г. ( Nucleic Acids Res . 2016, 44: D1069-D1074) [13]

Обновление 2014 г. ( Nucleic Acids Res . 2014, 42: D1118-D1123) [14]

Обновление 2012 г. ( Nucleic Acids Res . 2012, 40: D1128-D1136) [15]

Обновление 2010 г. ( Nucleic Acids Res . 2010, 38: D787-D791) [16]