База данных метаболомов человека

База данных метаболомов человека
Содержание
Описание	База данных метаболомики
Типы данных ; захвачен	Структуры метаболитов человека, описания метаболитов, реакции метаболитов, ферменты и переносчики метаболитов, последовательности ферментов и переносчиков человека, метаболические пути человека, нормальные и аномальные концентрации метаболитов у человека, сопутствующие заболевания, химические свойства, номенклатура, синонимы, химическая таксономия, ЯМР-спектры метаболитов, спектры метаболита ГХ-МС, спектры метаболита ЖХ-МС
Контакт
Исследовательский центр	Университет Альберты и Инновационный центр метаболомики
Лаборатория	Дэвид С. Уишарт
Первичное цитирование	HMDB: База данных метаболомов человека.
Доступ
Веб-сайт	http://www.hmdb.ca
URL-адрес загрузки	http://www.hmdb.ca/downloads
Разнообразный
Выпуск данных ; частота	Каждые 2 года с ежемесячными исправлениями и обновлениями.
Политика курирования	Курируется вручную

База данных метаболомов человека (HMDB) ^[1]^[2]^[3]^[4] представляет собой всеобъемлющую, высококачественную, свободно доступную онлайн-базу данных низкомолекулярных метаболитов , обнаруженных в организме человека. Он был создан в рамках проекта «Метаболом человека», финансируемого Genome Canada. ^[5] и является одной из первых специализированных баз данных по метаболомике . HMDB облегчает метаболомические исследования человека, включая идентификацию и характеристику метаболитов человека с использованием ЯМР-спектроскопии , ГХ-МС- спектрометрии и ЖХ-МС- спектрометрии. Чтобы помочь в этом процессе открытия, HMDB содержит три типа данных: 1) химические данные, 2) клинические данные и 3) данные молекулярной биологии / биохимии (рис. 1–3). Химические данные включают 41 514 структур метаболитов с подробными описаниями, а также почти 10 000 спектров ЯМР, ГХ-МС и ЖХ/МС.

Клинические данные включают информацию о >10 000 концентрациях метаболитов в биожидкостях , а также информацию о концентрациях метаболитов при более чем 600 различных заболеваниях человека . Биохимические данные включают 5688 последовательностей белков (и ДНК ) и более 5000 биохимических реакций , связанных с этими метаболитами. ^[5] Каждая запись о метаболите в HMDB содержит более 110 полей данных, причем 2/3 информации посвящено химическим/клиническим данным, а другая 1/3 – ферментативным или биохимическим данным. Многие поля данных связаны гиперссылками с другими базами данных ( KEGG , MetaCyc , PubChem , Protein Data Bank , ChEBI , Swiss-Prot и GenBank ) и различными апплетами просмотра структуры и путей. База данных HMDB поддерживает обширный поиск по тексту, последовательности, спектру, химической структуре и реляционным запросам . Он широко используется в метаболомике, клинической химии , открытии биомаркеров и общем биохимическом образовании.

Четыре дополнительные базы данных, DrugBank, ^[6]^[7]^[8] Т3ДБ, ^[9] СМПБД ^[10] и FooDB также являются частью набора баз данных HMDB. DrugBank содержит эквивалентную информацию о примерно 1600 лекарствах и их метаболитах, T3DB содержит информацию о 3100 распространенных токсинах и загрязнителях окружающей среды , SMPDB содержит диаграммы путей для 700 путей метаболизма и заболеваний человека, а FooDB содержит эквивалентную информацию о примерно 28 000 пищевых компонентах и пищевых добавках .

История версий

Первая версия HMDB была выпущена 1 января 2007 года. ^[1] за которым последовали две последующие версии 1 января 2009 г. (версия 2.0), ^[2] 1 августа 2009 г. (версия 2.5), 18 сентября 2012 г. (версия 3.0) ^[4] и 1 января 2013 г. (версия 3.5), ^[11] 2017 (версия 4.0). ^[12], 2022 г. (версия 5.0). ^[11] Подробная информация о каждой из основных версий HMDB (до версии 5.0) представлена в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение контента версий HMDB
Функция базы данных или статус контента	ХМДБ (v1.0)	ХМДБ (v2.0)	ХМДБ (v3.0)	ХМДБ (v4.0)	ХМДБ (v5.0)
Количество метаболитов	2,180	6,408	37,170	114,100	220,945
Количество уникальных синонимов метаболитов	27,700	43,882	152,364	−	−
Количество соединений, связанных с заболеваниями	862	1,002	3,948	22,605	22,600
Количество соединений с данными о концентрации в биожидкости или тканях	883	4,413	6,796	−	−
Количество соединений, имеющих ссылки на химический синтез	220	1,647	8,863	72,604	78,841
Количество соединений с экспериментальным эталоном Спектры ЯМР 1H и/или 13C	385	792	1,054	2,801	12,216
Количество соединений со эталонными спектрами МС/МС	390	799	1,249	1,544	4,064
Количество соединений со справочными данными ГХ-МС	0	279	884	7,418	11,493
Количество карт путей, специфичных для человека	26	58	442	−	−
Количество соединений в библиотеке метаболомов человека	607	920	1,031	−	−
Количество полей данных HMDB	91	102	114	130	130
'Количество предсказанных молекулярных свойств	2	2	10	−	−

Объем и доступ

Все данные в HMDB не являются собственностью компании или получены из непатентованного источника. Он находится в свободном доступе и доступен каждому. Кроме того, почти каждый элемент данных полностью отслеживается и явно ссылается на первоисточник. Данные HMDB доступны через общедоступный веб-интерфейс и для загрузки.

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с Уишарт, Дэвид С.; Цур, Дэн; Нокс, Крейг; Эйснер, Роман; Го, Ань Чи; Янг, Нельсон; Ченг, Дин; Джуэлл, Кевин; Арндт, Дэвид; Сони, Саммит; Фунг, Крис; Николай, Лиза; Льюис, Майк; Кутули, Мари-Од; Форсайт, Ян Дж.; Тан, Питер; Шривастава, Савита; Джерончич, Кевин; Стотхард, Пол; Амегбей, Годвин; Блок, Дэвид; Хау, Дэвид Д.; Вагнер, Джеймс; Миниачи, Джессика; Клементс, Мелиса; Гебремедин, Мулу; Го, Натали; Чжан, Ин; Дагган, Гэвин Э.; Макиннис, Глен Д.; Велджи, Алим М.; Довлатабади, Реза; Бэмфорт, Фиона; Клайв, Деррик; Грейнер, Расс; Ли, Лян; Марри, Том; Сайкс, Брайан Д.; Фогель, Ханс Дж.; Керенгессер, Лори (1 января 2007 г.). «HMDB: База данных метаболов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Д1): Д521–Д526. дои : 10.1093/нар/gkl923 . ПМК 1899095 . ПМИД 17202168 .
^ Jump up to: ^а ^б Уишарт, Дэвид С.; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Эйснер, Роман; Янг, Нельсон; Гаутам, Биджая; Хау, Дэвид Д.; Психогиос, Ник; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Мандал, Рупасри; Синельников Игорь; Ся, Цзяньго; Цзя, Лесли; Круз, Джозеф А.; Лим, Эмилия; Собси, Констанс А.; Шривастава, Савита; Хуанг, Пол; Лю, Филип; Фанг, Лидия; Пэн, Цзюнь; Фрадетт, Райан; Ченг, Дин; Цур, Дэн; Клементс, Мелиса; Льюис, Авалин; де Соуза, Андреа; Суньига, Азарет; Доу, Марго; Сюн, Йепин; Клайв, Деррик; Грейнер, Расс; Назырова, Алсу; Шайхутдинов Рустем; Ли, Лян; Фогель, Ханс Дж.; Форсайт, Ян Дж. (1 января 2009 г.). «HMDB: база знаний о метаболоме человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Д1): Д603–Д610. дои : 10.1093/нар/gkn810 . ПМК 2686599 . ПМИД 18953024 .
^ Форсайт, Ян Дж.; Уишарт, Дэвид С. (1 марта 2009 г.). «Изучение метаболитов человека с использованием базы данных метаболомов человека». Современные протоколы в биоинформатике . 25 : 14.8.1–14.8.45. дои : 10.1002/0471250953.bi1408s25 . ISBN 978-0471250951 . ПМИД 19274632 . S2CID 24291704 .
^ Jump up to: ^а ^б Уишарт, Дэвид С.; Джуисон, Тимоти; Го, Ань Чи; Уилсон, Майкл; Нокс, Крейг; Лю, Ифэн; Джомбу Феунанг, Янник; Мандал, Рупасри; Азиат, Фарид; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Синельников Игорь; Арндт, Дэвид; Ся, Цзяньго; Лю, Филип; Яллу, Файзат; Бьорндаль, Трент; Перес Пинейро, Роландо; Эйснер, Роман; Аллен, Фелисити; Невё, Ванесса; Грейнер, Расс; Скальберт, Огюстен (1 января 2013 г.). «HMDB 3.0 — База данных метаболов человека в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д801–Д807. дои : 10.1093/nar/gks1065 . ПМК 3531200 . ПМИД 23161693 .
^ Jump up to: ^а ^б «Проект метаболома человека» . Проверено 13 февраля 2013 г.
^ Уишарт, Дэвид С.; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Шривастава, Савита; Хасанали, Муртаза; Стотхард, Пол; Чанг, Жан; Вулси, Дженнифер (1 января 2006 г.). «DrugBank: комплексный ресурс для in silico открытия и исследования лекарств » . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Д1): Д668–Д672. дои : 10.1093/nar/gkj067 . ПМЦ 1347430 . ПМИД 16381955 .
^ Уишарт, Д.С.; Нокс С; Го AC; и др. (январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях по борьбе с наркотиками и целях борьбы с наркотиками» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D901-6. дои : 10.1093/нар/gkm958 . ПМК 2238889 . ПМИД 18048412 .
^ Нокс, К; Закон, В; Джуисон, Т; Лю, П; Ли, С; Фролкис, А; Пон, А; Банко, К; Мак, С; Невё, В; Джумбу, Ю; Эйснер, Р; Го, AC; Уишарт, Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/nar/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .
^ Лайм; Пон А; Джумбу Ю; Нокс С; Шривастава С; Го AC; Неве V; Уишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: подробно аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/нар/gkp934 . ПМЦ 2808899 . ПМИД 19897546 .
^ Фролкис, А; Нокс, К; Лайм; Джуисон, Т; Закон, В; Хау, Д.Д.; Лю, П; Гаутам, Б; Ли, С; Го, AC; Ся, Дж; Лян, Ю; Шривастава, С; Уишарт, Д.С. (январь 2010 г.). «SMPDB: База данных о путях малых молекул» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D480-7. дои : 10.1093/нар/gkp1002 . ПМК 2808928 . ПМИД 19948758 .
^ Jump up to: ^а ^б «Примечания к выпуску базы данных метаболомов человека» .
^ Уишарт, Дэвид С.; Джомбу Феунанг, Янник; Марку, Ана; Го, Ань Чи; Лян, Кевин; Васкес Фресно, Роза; Саджед, Танвир; Джонсон, Дэниел; Ли, Карин; Кару, Наама; Сайида, Зинат; Ло, Элвис; Асемпур, Назанин; Бержанский, Марк; Сингхал, Сандип; Арндт, Дэвид; Лян, Ёнджи; Бадран, Хасан; Грант, Джейсон; Серра Каюэла, Арнау; Лю, Ифэн; Мандал, Рупа; Невё, Ванесса; Пон, Эллисон; Нокс, Крейг; Уилсон, Майкл; Манах, Клодин; Скальберт, Огюстен (4 января 2018 г.). «HMDB 4.0: база данных метаболомов человека за 2018 год» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д608–Д617. дои : 10.1093/нар/gkx1089 . ПМЦ 5753273 . ПМИД 29140435 .

[pmid17202168-1] Jump up to: ^а ^б ^с Уишарт, Дэвид С.; Цур, Дэн; Нокс, Крейг; Эйснер, Роман; Го, Ань Чи; Янг, Нельсон; Ченг, Дин; Джуэлл, Кевин; Арндт, Дэвид; Сони, Саммит; Фунг, Крис; Николай, Лиза; Льюис, Майк; Кутули, Мари-Од; Форсайт, Ян Дж.; Тан, Питер; Шривастава, Савита; Джерончич, Кевин; Стотхард, Пол; Амегбей, Годвин; Блок, Дэвид; Хау, Дэвид Д.; Вагнер, Джеймс; Миниачи, Джессика; Клементс, Мелиса; Гебремедин, Мулу; Го, Натали; Чжан, Ин; Дагган, Гэвин Э.; Макиннис, Глен Д.; Велджи, Алим М.; Довлатабади, Реза; Бэмфорт, Фиона; Клайв, Деррик; Грейнер, Расс; Ли, Лян; Марри, Том; Сайкс, Брайан Д.; Фогель, Ханс Дж.; Керенгессер, Лори (1 января 2007 г.). «HMDB: База данных метаболов человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 35 (Д1): Д521–Д526. дои : 10.1093/нар/gkl923 . ПМК 1899095 . ПМИД 17202168 .

[pmid18953024-2] Jump up to: ^а ^б Уишарт, Дэвид С.; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Эйснер, Роман; Янг, Нельсон; Гаутам, Биджая; Хау, Дэвид Д.; Психогиос, Ник; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Мандал, Рупасри; Синельников Игорь; Ся, Цзяньго; Цзя, Лесли; Круз, Джозеф А.; Лим, Эмилия; Собси, Констанс А.; Шривастава, Савита; Хуанг, Пол; Лю, Филип; Фанг, Лидия; Пэн, Цзюнь; Фрадетт, Райан; Ченг, Дин; Цур, Дэн; Клементс, Мелиса; Льюис, Авалин; де Соуза, Андреа; Суньига, Азарет; Доу, Марго; Сюн, Йепин; Клайв, Деррик; Грейнер, Расс; Назырова, Алсу; Шайхутдинов Рустем; Ли, Лян; Фогель, Ханс Дж.; Форсайт, Ян Дж. (1 января 2009 г.). «HMDB: база знаний о метаболоме человека» . Исследования нуклеиновых кислот . 37 (Д1): Д603–Д610. дои : 10.1093/нар/gkn810 . ПМК 2686599 . ПМИД 18953024 .

[pmid19274632-3] Форсайт, Ян Дж.; Уишарт, Дэвид С. (1 марта 2009 г.). «Изучение метаболитов человека с использованием базы данных метаболомов человека». Современные протоколы в биоинформатике . 25 : 14.8.1–14.8.45. дои : 10.1002/0471250953.bi1408s25 . ISBN 978-0471250951 . ПМИД 19274632 . S2CID 24291704 .

[pmid23161693-4] Jump up to: ^а ^б Уишарт, Дэвид С.; Джуисон, Тимоти; Го, Ань Чи; Уилсон, Майкл; Нокс, Крейг; Лю, Ифэн; Джомбу Феунанг, Янник; Мандал, Рупасри; Азиат, Фарид; Донг, Эдисон; Буатра, Сухайла; Синельников Игорь; Арндт, Дэвид; Ся, Цзяньго; Лю, Филип; Яллу, Файзат; Бьорндаль, Трент; Перес Пинейро, Роландо; Эйснер, Роман; Аллен, Фелисити; Невё, Ванесса; Грейнер, Расс; Скальберт, Огюстен (1 января 2013 г.). «HMDB 3.0 — База данных метаболов человека в 2013 году» . Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Д1): Д801–Д807. дои : 10.1093/nar/gks1065 . ПМК 3531200 . ПМИД 23161693 .

[Home-5] Jump up to: ^а ^б «Проект метаболома человека» . Проверено 13 февраля 2013 г.

[pmid16381955-6] Уишарт, Дэвид С.; Нокс, Крейг; Го, Ань Чи; Шривастава, Савита; Хасанали, Муртаза; Стотхард, Пол; Чанг, Жан; Вулси, Дженнифер (1 января 2006 г.). «DrugBank: комплексный ресурс для in silico открытия и исследования лекарств » . Исследования нуклеиновых кислот . 34 (Д1): Д668–Д672. дои : 10.1093/nar/gkj067 . ПМЦ 1347430 . ПМИД 16381955 .

[pmid18048412-7] Уишарт, Д.С.; Нокс С; Го AC; и др. (январь 2008 г.). «DrugBank: база знаний о наркотиках, действиях по борьбе с наркотиками и целях борьбы с наркотиками» . Исследования нуклеиновых кислот . 36 (Проблема с базой данных): D901-6. дои : 10.1093/нар/gkm958 . ПМК 2238889 . ПМИД 18048412 .

[pmid21059682-8] Нокс, К; Закон, В; Джуисон, Т; Лю, П; Ли, С; Фролкис, А; Пон, А; Банко, К; Мак, С; Невё, В; Джумбу, Ю; Эйснер, Р; Го, AC; Уишарт, Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: комплексный ресурс для «омических» исследований наркотиков» . Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. дои : 10.1093/nar/gkq1126 . ПМК 3013709 . ПМИД 21059682 .

[pmid19897546-9] Лайм; Пон А; Джумбу Ю; Нокс С; Шривастава С; Го AC; Неве V; Уишарт Д.С. (январь 2010 г.). «T3DB: подробно аннотированная база данных распространенных токсинов и их целей» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D781-6. дои : 10.1093/нар/gkp934 . ПМЦ 2808899 . ПМИД 19897546 .

[pmid19948758-10] Фролкис, А; Нокс, К; Лайм; Джуисон, Т; Закон, В; Хау, Д.Д.; Лю, П; Гаутам, Б; Ли, С; Го, AC; Ся, Дж; Лян, Ю; Шривастава, С; Уишарт, Д.С. (январь 2010 г.). «SMPDB: База данных о путях малых молекул» . Исследования нуклеиновых кислот . 38 (Проблема с базой данных): D480-7. дои : 10.1093/нар/gkp1002 . ПМК 2808928 . ПМИД 19948758 .

[ReleaseNotes-11] Jump up to: ^а ^б «Примечания к выпуску базы данных метаболомов человека» .

[12] Уишарт, Дэвид С.; Джомбу Феунанг, Янник; Марку, Ана; Го, Ань Чи; Лян, Кевин; Васкес Фресно, Роза; Саджед, Танвир; Джонсон, Дэниел; Ли, Карин; Кару, Наама; Сайида, Зинат; Ло, Элвис; Асемпур, Назанин; Бержанский, Марк; Сингхал, Сандип; Арндт, Дэвид; Лян, Ёнджи; Бадран, Хасан; Грант, Джейсон; Серра Каюэла, Арнау; Лю, Ифэн; Мандал, Рупа; Невё, Ванесса; Пон, Эллисон; Нокс, Крейг; Уилсон, Майкл; Манах, Клодин; Скальберт, Огюстен (4 января 2018 г.). «HMDB 4.0: база данных метаболомов человека за 2018 год» . Исследования нуклеиновых кислот . 46 (Д1): Д608–Д617. дои : 10.1093/нар/gkx1089 . ПМЦ 5753273 . ПМИД 29140435 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория