МетаЦик
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | База данных метаболических путей и ферментов |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | НИИ Международный |
| Авторы | Р. Каспи, Х. Ферстер, К. А. Фулчер, Л. А. Мюллер, Питер Карп |
| Первичное цитирование | Каспи и др. (2014) [1] |
| Дата выпуска | 1997 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | метациклический |
База данных MetaCyc является одной из крупнейших доступных в настоящее время баз данных по метаболическим путям и ферментам . Данные в базе данных вручную отбираются из научной литературы и охватывают все сферы жизни. MetaCyc содержит обширную информацию о химических соединениях, реакциях, путях метаболизма и ферментах. Данные были собраны из более чем 58 000 публикаций. [1] [2] [3]
MetaCyc был разработан для различных типов использования. Его часто используют как обширную онлайн-энциклопедию метаболизма. Кроме того, MetaCyc используется в качестве справочного набора данных для компьютерного прогнозирования метаболической сети организмов на основе их секвенированных геномов; он использовался для прогнозирования путей развития тысяч организмов, в том числе из коллекции базы данных BioCyc . MetaCyc также используется в метаболической инженерии и метаболомических исследованиях.
MetaCyc включает мини-обзоры путей и ферментов, которые предоставляют исходную информацию, а также соответствующие ссылки на литературу. Он также предоставляет обширные данные об отдельных ферментах, описывая структуру их субъединиц, кофакторы, активаторы и ингибиторы, субстратную специфичность и, если возможно, кинетические константы. Данные MetaCyc о метаболитах включают химические структуры, прогнозируемую стандартную энергию образования и ссылки на внешние базы данных. Реакции в MetaCyc представлены в виде визуального представления, включающего структуры всех компонентов. Реакции сбалансированы и включают числа ЕС , направление реакции, предсказанные отображения атомов, которые описывают соответствие между атомами в соединениях-реагентах и соединениях-продуктах, а также вычисленную свободную энергию Гиббса .
Все объекты в MetaCyc кликабельны и обеспечивают легкий доступ к связанным объектам. Например, на странице L-лизина перечислены все реакции, в которых участвует L-лизин, а также ферменты, которые их катализируют, и пути, по которым происходят эти реакции.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Каспи Р., Альтман Т., Биллингтон Р., Дреер К., Ферстер Х., Фулчер К.А., Холланд Т.А., Кеселер И.М., Котари А., Кубо А., Крумменакер М., Латендресс М., Мюллер Л.А., Онг К., Пейли С., Субхравети П., Уивер Д.С. , Вирасингхе Д., Чжан П., Карп П.Д. (январь 2014 г.). «База данных MetaCyc метаболических путей и ферментов и коллекция баз данных путей/геномов BioCyc» . Нуклеиновые кислоты Рез . 38 (Проблема с базой данных): D473–9. дои : 10.1093/nar/gkp875 . ПМК 2808959 . ПМИД 19850718 .
- ^ «Публикации МетаЦик» .
- ^ Карп П.Д., Каспи Р. (сентябрь 2011 г.). «Обзор метаболических баз данных, в которых особое внимание уделяется семейству MetaCyc» . Арх. Токсикол . 85 (9): 1015–33. дои : 10.1007/s00204-011-0705-2 . ПМК 3352032 . ПМИД 21523460 .