ЧЕМБЛ
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Биологическая база данных |
| Типы данных захвачен | Молекулы с лекарственными свойствами и биологической активностью |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Европейская лаборатория молекулярной биологии |
| Лаборатория |  Европейский институт биоинформатики |
| Авторы | Эндрю Лич, руководитель группы с 2016 г. по настоящее время; Джон Оверингтон, руководитель группы, 2008–2015 гг. |
| Первичное цитирование | ПМИД 21948594 |
| Дата выпуска | 2009 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | ЧЕМБЛ |
| URL-адрес загрузки | Загрузки |
| веб-службы URL-адрес | Веб-сервисы ЧЕМБЛ |
| Sparql Конечная точка | Платформа ChEMBL EBI-RDF |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Данные ChEMBL доступны по Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0. непортированной лицензии |
| Управление версиями | ХЕМБЛ_28 |
ChEMBL или ChEMBLdb — это вручную создаваемая химическая база данных биоактивных молекул , обладающих свойствами, вызывающими действие лекарств. [1] Он поддерживается Европейским институтом биоинформатики (EBI) Европейской лаборатории молекулярной биологии ( EMBL ), расположенной в кампусе Wellcome Trust Genome , Хинкстон, Великобритания.
База данных, первоначально известная как StARlite, была разработана биотехнологической компанией Inpharmatica Ltd., позже приобретенной Galapagos NV . Данные были получены для EMBL в 2008 году благодаря награде от The Wellcome Trust . [2] в результате была создана группа хемогеномики ChEMBL в EMBL-EBI, которую возглавил Джон Оверингтон. [3] [4]
Область применения и доступ [ править ]
База данных ChEMBL содержит данные о биологической активности соединений в отношении целевых лекарственных средств. Биоактивность указывается в Ki, Kd, IC50 и EC50. [5] Данные можно фильтровать и анализировать для создания библиотек скрининга соединений для выявления потенциальных клиентов во время открытия лекарств. [6]
Версия 2 ChEMBL (ChEMBL_02) была запущена в январе 2010 года и включает 2,4 миллиона измерений биоанализа, охватывающих 622 824 соединения, включая 24 000 натуральных продуктов. Это было получено в результате курирования более 34 000 публикаций в двенадцати журналах по медицинской химии . Охват ChEMBL доступных данных о биологической активности стал «наиболее полным, когда-либо встречавшимся в общедоступной базе данных». [3] В октябре 2010 года была запущена версия 8 ChEMBL (ChEMBL_08), в которой было проведено более 2,97 миллиона измерений биоанализа, охватывающих 636 269 соединений. [7]
В ChEMBL_10 были добавлены PubChem подтверждающие анализы для интеграции данных, сопоставимых с типом и классом данных, содержащихся в ChEMBL. [8]
Доступ к ChEMBLdb можно получить через веб-интерфейс или загрузить по протоколу передачи файлов . Он отформатирован таким образом, чтобы его можно было использовать для компьютерного анализа данных , и делается попытка стандартизировать деятельность между различными публикациями, чтобы обеспечить возможность сравнительного анализа. [1] ChEMBL также интегрирован в другие крупномасштабные химические ресурсы, включая PubChem и систему ChemSpider Королевского химического общества .
Сопутствующие ресурсы [ править ]
Помимо базы данных, группа ChEMBL разработала инструменты и ресурсы для интеллектуального анализа данных. [9] К ним относится Kinase SARfari, интегрированная система хемогеномики, ориентированная на киназы . Система включает и связывает последовательность, структуру, соединения и данные скрининга .
GPCR SARfari — это аналогичный инструментарий, ориентированный на GPCR , а ChEMBL-Забытые тропические болезни (ChEMBL-NTD) — это хранилище данных открытого доступа для первичного скрининга и медицинской химии, направленных на эндемические тропические болезни развивающихся регионов Африки, Азии и Африки. Америки. Основная цель ChEMBL-NTD — предоставить свободно доступный и постоянный архив и центр распространения депонированных данных. [3]
В июле 2012 года был выпущен новый сервис данных о малярии , заархивированный 30 июля 2016 г. на Wayback Machine , спонсируемый компанией Medicines for Malaria Venture ( MMV ), предназначенный для исследователей по всему миру. Данные в этой службе включают соединения из набора для скрининга Malaria Box, а также другие пожертвованные данные о малярии, найденные в ChEMBL-NTD.
myChEMBL , виртуальная машина ChEMBL, была выпущена в октябре 2013 года, чтобы предоставить пользователям доступ к полной и бесплатной, простой в установке химинформатической инфраструктуре.
В декабре 2013 года операции с базой данных патентной информатики SureChem были переданы EMBL-EBI. В результате SureChem была переименована в SureChEMBL.
В 2014 году был представлен новый ресурс ADME SARfari — инструмент для прогнозирования и сравнения межвидовых целей ADME. [10]
См. также [ править ]
Ссылки [ править ]
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б Голтон, А; и др. (2011). «ChEMBL: крупномасштабная база данных о биологической активности для открытия лекарств» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D1100-7. дои : 10.1093/nar/gkr777 . ПМК 3245175 . ПМИД 21948594 .
- ^ «Запуск базы данных по открытию новых лекарств с полумиллионом соединений | Wellcome» . wellcome.ac.uk . 18 января 2010 г. Проверено 31 августа 2019 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б с Бендер, А (2010). «Базы данных: Биологическая активность соединений становится достоянием общественности» . Химическая биология природы . 6 (5): 309. doi : 10.1038/nchembio.354 .
- ^ Оверингтон Дж. (апрель 2009 г.). «ChEMBL. Интервью с Джоном Оверингтоном, руководителем группы хемогеномики на станции Европейского института биоинформатики Европейской лаборатории молекулярной биологии (EMBL-EBI). Интервью Венди А. Уорр». J. Comput.-Aided Mol. Дес . 23 (4): 195–8. Бибкод : 2009JCAMD..23..195W . дои : 10.1007/s10822-009-9260-9 . ПМИД 19194660 . S2CID 2946417 .
- ^ Мок, Н. Йи; Бренк, Рут (24 октября 2011 г.). «Изучение базы данных ChEMBL: эффективный рабочий процесс хемоинформатики для сборки библиотеки скрининга, ориентированного на ионные каналы» . Дж. Хим. Инф. Модель. 51 (10): 2449–2454. дои : 10.1021/ci200260t . ПМК 3200031 . ПМИД 21978256 .
- ^ Бренк, Р; Шинпани, А; Джеймс, Д; Красовский, А (март 2008 г.). «Уроки, извлеченные из создания библиотек скрининга для открытия лекарств от забытых болезней» . ХимМедХим . 3 (3): 435–44. дои : 10.1002/cmdc.200700139 . ПМЦ 2628535 . ПМИД 18064617 .
- ^ ChEMBL-og (15 ноября 2010 г.), ChEMBL_08 выпущен , получено 15 ноября 2010 г.
- ^ ChEMBL-og (6 июня 2011 г.), ChEMBL_10 выпущено , получено 9 июня 2011 г.
- ^ Беллис, LJ; и др. (2011). «Сопоставление и анализ литературных данных о биологической активности для открытия лекарств». Труды Биохимического общества . 39 (5): 1365–1370. дои : 10.1042/BST0391365 . ПМИД 21936816 .
- ^ Дэвис, М; и др. (2015). «ADME SARfari: Сравнительная геномика систем метаболизма лекарств» . Биоинформатика . 31 (10): 1695–1697. doi : 10.1093/биоинформатика/btv010 . ПМЦ 4426839 . ПМИД 25964657 .
Внешние ссылки [ править ]
- ЧЕМБЛдб
- Kinase SARfari. Архивировано 15 мая 2016 г. в Wayback Machine.
- ChEMBL-Архив забытых тропических болезней
- GPCR САРфари
- Блог об открытых данных и поиске лекарств ChEMBL-og, который ведет команда ChEMBL.
