ХимическийПаук
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Более 100 миллионов химических структур, свойств и связанной с ними информации. |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Кембридж , Великобритания |
| Лаборатория | |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www.chemspider.com |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Creative Commons авторства С указанием [2] |
ChemSpider — это свободно доступная онлайн- база данных химических веществ, принадлежащая Королевскому химическому обществу . [3] [4] [5] [6] [7] Он содержит информацию о более чем 100 миллионах молекул из более чем 270 источников данных, каждый из которых получает уникальный идентификатор ChemSpider Identifier.
Источники
[ редактировать ]Источники базы данных включают в себя: [8]
Профессиональные базы данных
[ редактировать ]- Агентство по охране окружающей среды DSSTox [9]
- Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA)
- База данных метаболомов человека
- Журнал гетероциклической химии
- КЕГГ
- В ГМ
- ЛидСкопе
- ЛипидМАПС
- Маринлит
- МДПИ
- МИКАД
- МЛСМР
- ММДБ
- СВЕТ
- среднесрочный план развития
- Наноген
- Природа Химическая Биология
- НКГК
- НИАИД
- Национальные институты здравоохранения (NIH)
- Программа проверки на наркотики, одобренная NINDS
- НИСТ
- Интернет-книга NIST по химии
- НММЛСК
- НМРшифтдб
- ПАНАШ
- ПКМД
- ПДСП
- Пептиды
- Prous Научные лекарства будущего
- КСАР
- Научно-исследовательские химикаты
- Центр химической геномики Сан-Диего
- SGCOxCompounds, SGCStoCompounds
- СМИТ
- Характеристики
- Консорциум структурной геномики
- SureChem
- Синтон-Лаборатория
- Томсон Фарма
- Всего строительных блоков TOSLab
- УМ-ББД
- УКПМЛД
- Полезнаяхимия
- Сеть науки
- xPharm
- ХимЭйд
Краудсорсинг
[ редактировать ]База данных ChemSpider может обновляться за счет вкладов пользователей, включая нанесение химической структуры , нанесение спектров и курирование пользователем. Это краудсорсинговый подход к разработке онлайн-базы данных по химии. В результате краудсорсинговой обработки данных был создан словарь химических названий, связанных с химическими структурами, который использовался в приложениях для анализа текстов биомедицинской и химической литературы. [10]
Однако права на базу данных не отменяются, и дамп данных недоступен; на самом деле, в FAQ даже указано, что разрешены только ограниченные загрузки: [11] поэтому право на форк не гарантируется и проект не может считаться свободным / открытым .
Функции
[ редактировать ]Идет поиск
[ редактировать ]Предусмотрен ряд доступных модулей поиска:
- Стандартный поиск позволяет выполнять поиск по систематическим названиям , торговым наименованиям и синонимам, а также регистрационным номерам.
- Расширенный поиск позволяет осуществлять интерактивный поиск по химической структуре, химической субструктуре, а также по молекулярной формуле и диапазону молекулярной массы , номерам CAS , поставщикам и т. д. Поиск можно использовать для расширения или ограничения уже найденных результатов.
- Поиск структуры на мобильных устройствах можно осуществлять с помощью бесплатных приложений для iOS (iPhone/iPod/iPad). [12] и для Android (операционной системы) . [13]
Разметка документа по химии
[ редактировать ]База данных ChemSpider использовалась в сочетании с интеллектуальным анализом текста в качестве основы для разметки химических документов . ХимМантис, [14] Интегрированная система химической разметки и преобразования номенклатуры использует алгоритмы для идентификации и извлечения химических названий из документов и веб-страниц, а также преобразует химические названия в химические структуры с использованием алгоритмов преобразования имен в структуру и по словарю поиска в базе данных ChemSpider. Результатом является интегрированная система документов по химии и поиска информации с помощью ChemSpider в более чем 150 источниках данных.
Синтетические страницы
[ редактировать ]SyntheticPages — это бесплатная интерактивная база данных процедур синтетической химии, управляемая Королевским химическим обществом . [15] Пользователи представляют синтетические процедуры, которые они провели сами, для публикации на сайте. Эти процедуры могут быть оригинальными разработками, но чаще всего они основаны на реакциях литературы. ссылки При необходимости даются на оригинальную опубликованную процедуру. Перед публикацией они проверяются научным редактором. Страницы не проходят формального рецензирования, как статьи в научных журналах , но комментарии могут оставлять авторизованные пользователи. Комментарии также модерируются научными редакторами. Цель состоит в том, чтобы собрать практический опыт проведения полезного химического синтеза в лаборатории. В то время как экспериментальные методы, опубликованные в обычном академическом журнале, перечислены формально и кратко, процедуры в ChemSpider SyntheticPages даны с более практическими подробностями. Неформальность приветствуется. Комментарии авторов также включены. Другие публикации с сопоставимым количеством деталей включают Organic Syntheses и Inorganic Syntheses . Сайт SyntheticPages был первоначально создан профессором Кевином Букером-Милберном ( Бристольского университета ), Стивена Кэддика ( Университетский колледж Лондона ), Питера Скотта ( Университет Уорика ) и Макса Хаммонда. В феврале 2010 года было объявлено о слиянии. [16] с поисковой системой химической структуры ChemSpider Королевского химического общества и созданием ChemSpider|SyntheticPages (CS|SP).
Другие услуги
[ редактировать ]Ряд услуг доступен онлайн. К ним относятся преобразование химических названий в химические структуры , генерация строк SMILES и InChI , а также прогнозирование многих физико-химических параметров и интеграция с веб-сервисом, позволяющим прогнозировать ЯМР .
История
[ редактировать ]ChemSpider был приобретен Королевским химическим обществом (RSC) в мае 2009 года. [17] До приобретения RSC ChemSpider контролировалась частной корпорацией ChemZoo Inc. Система была впервые запущена в марте 2007 года в форме бета-версии и перешла к выпуску в марте 2008 года.
Открыть ФАКТЫ
[ редактировать ]ChemSpider служил хранилищем химических соединений в рамках проекта Open PHACTS , инициативы в области инновационных лекарственных средств . Открытые PHACTS разработаны в соответствии с открытыми стандартами, с открытым доступом и подходом семантической сети для устранения узких мест в разработке низкомолекулярных лекарств - разрозненных источников информации, отсутствия стандартов и информационной перегрузки. [18]
См. также
[ редактировать ]Ссылки
[ редактировать ]- ^ Ван Ноорден, Р. (2012). «Сеть химических данных расширяется» . Природа . 483 (7391): 524. Бибкод : 2012Natur.483..524V . дои : 10.1038/483524a . ПМИД 22460877 .
- ^ «Блог ChemSpider » Архив блога » ChemSpider принимает лицензии Creative Commons» . www.chemspider.com . Архивировано из оригинала 02 апреля 2015 г. Проверено 21 марта 2014 г.
- ^ Энтони Джон Уильямс (январь – февраль 2008 г.). «ChemSpider и его расширяющаяся сеть: создание структурно-ориентированного сообщества для химиков» . Химия Интернэшнл . 30 (1).
- ^ Уильямс, Эй Джей (2008). «Общественные базы данных химических соединений». Текущее мнение об открытии и разработке лекарств . 11 (3): 393–404. ПМИД 18428094 .
- ^ Брамфилд, Г. (2008). «Химики плетут паутину данных» . Природа . 453 (7192): 139. Бибкод : 2008Natur.453..139B . дои : 10.1038/453139а . ПМИД 18464701 .
- ^ Уильямс, Эй Джей (2011). «Chemspider: платформа для краудсорсингового сотрудничества для обработки данных, полученных из общедоступных баз данных соединений». Совместные вычислительные технологии для биомедицинских исследований . стр. 363–386. дои : 10.1002/9781118026038.ch22 . ISBN 9781118026038 .
- ^ Пенс, HE; Уильямс, А. (2010). «ChemSpider: Интернет-ресурс по химической информации». Журнал химического образования . 87 (11): 1123. Бибкод : 2010ЖЧЭд..87.1123П . дои : 10.1021/ed100697w .
- ^ «Источники данных» . Химический паук . Проверено 16 мая 2019 г.
- ^ «Блог ChemSpider » Архив блога » Браузер DSSTox Агентства по охране окружающей среды США подключается к ChemSpider» . Химический Паук. 23 августа 2008 г. Архивировано из оригинала 7 ноября 2017 г. . Проверено 7 ноября 2017 г.
- ^ Хеттне, КМ; Уильямс, Эй Джей; Ван Маллиген, EM; Кляйнянс, Дж.; Ткаченко В.; Корс, Дж. А. (2010). «Автоматическое и ручное управление химическим словарем из нескольких источников: влияние на интеллектуальный анализ текста» . Журнал хеминформатики . 2 (1): 3. дои : 10.1186/1758-2946-2-3 . ПМЦ 2848622 . ПМИД 20331846 .
- ^ «Блог ChemSpider » Архив блога » Кто хотел бы иметь всю базу данных ChemSpider?» . www.chemspider.com . Архивировано из оригинала 24 сентября 2015 г. Проверено 18 апреля 2014 г.
- ^ «ChemSpider в App Store» . Магазин приложений .
- ^ «ChemSpider Mobile – приложения Android в Google Play» . play.google.com .
- ^ Добро пожаловать ChemMantis в ChemZoo и призыв к вкладу от сообщества, 23 октября 2008 г., А. Уильямс, сообщение в блоге. Архивировано 24 сентября 2015 г. на Wayback Machine.
- ^ «Синтетические страницы ChemSpider» . Королевское химическое общество . Проверено 26 июня 2012 г.
- ^ «ChemSpider и SyntheticPages поддерживают синтетическую химию» . Издательство РСК . Королевское химическое общество. 05.02.2010. Архивировано из оригинала 26 июля 2012 года . Проверено 26 июня 2012 г.
- ^ «РСК приобретает ChemSpider» . Королевское химическое общество. 11 мая 2009 года . Проверено 11 мая 2009 г.
- ^ Уильямс, Эй Джей ; Харланд, Л.; Грот, П.; Петтифер, С .; Чичестер, К.; Уиллигхаген, Эль; Эвело, Коннектикут; Бломберг, Н.; Экер, Г .; Гобл, К. ; Монс, Б. (2012). «Открытые ФАКТЫ: семантическая совместимость для открытия лекарств» . Открытие наркотиков сегодня . 17 (21–22): 1188–1198. дои : 10.1016/j.drudis.2012.05.016 . ПМИД 22683805 .