ЛИПИДНЫЕ КАРТЫ
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Липидомика |
| Контакт | |
| Первичное цитирование | PMID 17584797 |
| Дата выпуска | 2003 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | www.lipidmaps.org |
LIPID MAPS (Стратегия липидных метаболитов и путей) — это веб-портал, предназначенный для доступа к ресурсам по липидомике . Ресурс возглавил классификацию биологических липидов , разделив их на восемь общих категорий. [1] LIPID MAPS предоставляет стандартизированные методологии масс-спектрометрического анализа липидов, например [2] [3] [4]
LIPID MAPS были названы свидетельством растущего признания исследований липидного обмена. [5] а также быстрое развитие и стандартизация области липидомики. [6] [7]
Ключевые ресурсы LIPID MAPS включают в себя:
- База данных структур LIPID MAPS (LMSD) - база данных структур и аннотаций биологически значимых липидов, [8] содержащий более 48000 различных липидов. Статья с описанием этого ресурса, по данным PubMed , цитировалась более 200 раз.
- LIPID MAPS База данных структур In-Silico (LMISSD) - база данных предсказанных с помощью вычислений липидов, созданная путем расширения головных групп для часто встречающихся классов липидов.
- LIPID MAPS База данных генов/протеомов (LMPD) - база данных генов и генных продуктов, которые участвуют в метаболизме липидов. [9]
Инструменты, доступные в LIPID MAPS, позволяют ученым идентифицировать вероятные липиды в своих образцах на основе данных масс-спектрометрии — распространенного метода анализа липидов в биологических образцах. В частности, LipidFinder [10] позволяет анализировать данные MS. На сайте также доступны обучающие материалы и учебные материалы по липидам. [11]
В январе 2020 года LIPID MAPS стал сервисом ELIXIR . [12] а в 2024 году — основной ресурс данных. Кроме того, он присоединился к Глобальной коалиции биоданных в качестве основного ресурса биоданных. [13]
История
[ редактировать ]LIPID MAPS была основана в 2003 году при финансовой поддержке Национального института здравоохранения . [14] С 2016 года это совместный проект Кардиффского университета под руководством профессора Валери О'Доннелл, Института Бабрахама под руководством Майкла Уэйкелама и ученых UCSD Шанкара Субраманиама и Эда Денниса, финансируемый Wellcome Trust . В некрологе Уэйкелама LIPID MAPS описывается как объединяющая область липидомики. [15]
LIPID MAPS спонсируется компаниями Avanti Polar Lipids и Cayman Chemicals.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Фэйи Э., Субраманиам С., Мерфи Р.К., Нисидзима М., Раец Ч.Р., Симидзу Т., Спенер Ф., ван Меер Дж., Уэйкелам М.Дж., Деннис Э.А. (апрель 2009 г.). «Обновление комплексной системы классификации липидов LIPID MAPS» . Журнал исследований липидов . 50 Приложение (S1): S9-14. doi : 10.1194/jlr.R800095-JLR200 . ПМЦ 2674711 . ПМИД 19098281 .
- ^ Валерия Перейра Серафим П., Фигейредо-младший, де Адиэль Г, Витор Фелипе А, Гимарайнш Ло Турко Е, Силва, Манукян Форонес Н (2019). «ИЗУЧЕНИЕ ЛИПИДНЫХ БИОМАРКЕРОВ БОЛЬНЫХ ПОЛИПАМИ И КОЛОРЕКТАЛЬНЫМ РАКОМ» . Архив гастроэнтерологии . 56 (4): 399–404. дои : 10.1590/S0004-2803.201900000-80 . ПМИД 31800736 .
- ^ Чжэн Х, Ян Р., Ван З, Ван Дж, Чжан Дж, Сунь Х (2020). «Характеристика фармацевтических структурированных триацилглицеринов с помощью высокоэффективной жидкостной хроматографии / тандемной масс-спектрометрии высокого разрешения и ее применение для инъекций структурированных жировых эмульсий». Быстрая связь в масс-спектрометрии . 34 (1): e8557. дои : 10.1002/rcm.8557 . ПМИД 31429125 .
- ^ Сасаки Х, Уайт С.Х. (2008). «Агрегационное поведение сверхчистого липополисахарида, который стимулирует рецепторы TLR-4» . Биофизический журнал . 95 (2): 986–993. Бибкод : 2008BpJ....95..986S . дои : 10.1529/biophysj.108.129197 . ПМК 2440428 . ПМИД 18375521 .
- ^ Мураликришна Адибхатла Р., Хэтчер Дж. Ф. (2007). «Роль липидов при травмах и заболеваниях головного мозга» . Будущая липидология . 2 (4): 403–422. дои : 10.2217/17460875.2.4.403 . ПМК 2174836 . ПМИД 18176634 .
- ^ «Фат по потенциалу, липидомика набирает вес» . Эврика, оповещение . 10 января 2019 года . Проверено 10 июня 2020 г.
- ^ «Липидомика – нишевая, но быстро растущая область» . Технологические сети . 11 сентября 2019 года . Проверено 10 июня 2020 г.
- ^ Суд М., Фэйи Э., Коттер Д. и др. (январь 2007 г.). «LMSD: База данных структур LIPID MAPS» . Нуклеиновые кислоты Рез . 35 (Проблема с базой данных): D527–32. дои : 10.1093/nar/gkl838 . ПМЦ 1669719 . ПМИД 17098933 .
- ^ Коттер Д., Маер А., Гуда С., Сондерс Б., Субраманиам С. (январь 2006 г.). «LMPD: база данных протеомов LIPID MAPS» . Нуклеиновые кислоты Рез . 34 (90001): Д507–10. дои : 10.1093/nar/gkj122 . ПМЦ 1347484 . ПМИД 16381922 .
- ^ Фэйи Э., Альварес-Харрета Дж., Брашер С.Дж., Нгуен А., Хоксворт Дж.И., Родригес П., Меккельманн С., Аллен С.М., О'Доннелл В.Б. (2019). «LipidFinder на LIPID MAPS: фильтрация пиков, МС-поиск и статистический анализ липидомики» . Биоинформатика . 35 (4): 685–687. doi : 10.1093/биоинформатика/bty679 . ПМК 6378932 . ПМИД 30101336 .
- ^ Суд М., Фэйи Э., Коттер Д., Деннис Э.А., Субраманиам С. (декабрь 2011 г.). «LIPID MAPS-Nature Lipidomics Gateway: онлайн-ресурс для студентов и преподавателей, интересующихся липидами» . Журнал химического образования . 89 (2): 291–292. дои : 10.1021/ed200088u . ПМЦ 3995124 . ПМИД 24764601 .
- ^ «Список услуг» . elixir-europe.org . Проверено 10 июня 2020 г.
- ^ [hhttps://www.cardiff.ac.uk/news/view/2787471-global-data-resource-lipid-maps-awarded-two-international-badges-of-excellence «Глобальный ресурс данных LIPID MAPS награжден двумя международными значками совершенства»] . Проверено 25 июля 2024 г.
- ^ Конрой, Мэтью Дж; Эндрюс, Роберт М; Эндрюс, Саймон; Кокейн, Лорен; Деннис, Эдвард А; Фэхи, Эоин; Гауд, Кэролайн; Гриффитс, Уильям Дж; Джакс, Джефф; Колчин, Максим; Мендивельсо, Карла; Лопес-Клавихо, Андреа Ф; Готова, Кэролайн; Субраманиам, Шанкар; О'Доннелл, Валери Б. (19 октября 2023 г.). «LIPID MAPS: обновление баз данных и инструментов для сообщества липидомиков» . Исследования нуклеиновых кислот . дои : 10.1093/nar/gkad896 . ПМЦ 10767878 .
- ^ Ферри, Джорджина (24 апреля 2020 г.). «Некролог Майкла Уэйклэма» . Хранитель . Манчестер . Проверено 10 июня 2020 г.