✖


Jump to content

Консорциум структурной геномики

Консорциум структурной геномики (SGC) — это государственно-частное партнерство, занимающееся выяснением функций и значимости для заболеваний всех белков, кодируемых геномом человека, с упором на те, которые относительно недостаточно изучены. [1] [2] [3] SGC помещает все результаты своих исследований в общественное достояние без ограничений, не подает заявки на патенты и продолжает продвигать открытую науку . [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] Две недавние публикации вновь рассматривают аргументы в пользу открытой науки. [15] [16] SGC , основанная в 2003 году по образцу Консорциума баз данных однонуклеотидных полиморфизмов (dbSNP) , является благотворительной компанией, членами которой являются организации, которые в течение пяти лет вносят в SGC более 5,4 миллиона евро. В состав Совета входит по одному представителю от каждого члена и независимому председателю, срок полномочий которого составляет один пятилетний срок. Нынешним председателем является Анке Мюллер-Фарнов (Германия), а предыдущими председателями были Майкл Морган (Великобритания), Уэйн Хендриксон (США), Маркус Грюттер (Швейцария) и Тецуюки Маруяма (Япония). Основателем и нынешним генеральным директором является Алед Эдвардс (Канада). Членами-основателями компании SGC были Канадские институты медицинских исследований , Genome Canada , Исследовательский фонд Онтарио, GlaxoSmithKline и Wellcome Trust . В настоящее время (март 2022 г.) членами являются Bayer Pharma AG, Bristol Myers Squibb, Boehringer Ingelheim, Институт инноваций Эшельмана, Genentech, Genome Canada, Janssen, Merck KGaA, Pfizer и Takeda.

Исследовательская деятельность SGC осуществляется в скоординированной сети лабораторий, связанных с университетами – в Университете Гете во Франкфурте , Каролинском институте , Университете Макгилла и университетах Северной Каролины в Чапел-Хилл и Торонто . Научно-исследовательская деятельность поддерживается как средствами компании SGC, так и грантами ученых, участвующих в программах SGC. В каждом университете научные группы возглавляет главный научный сотрудник: Стефан Кнапп (Университет Гете во Франкфурте), Михаэль Сундстрем (Каролинский институт), Тед Фон (Университет Макгилла), Тим Уилсон (Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл), и Шерил Эрроусмит (Университет Торонто). В настоящее время в состав SGC входят около 200 ученых.

Заметные достижения

[ редактировать ]

Химическая биология белков человека

[ редактировать ]

Структурная биология белков человека. С 2003 года SGC предоставила более 2000 белковых структур белков человека, которые могут иметь потенциальное значение для открытия лекарств в общественное достояние . [17] Структуры, образующие комплексы с синтетическими малыми молекулами, поддерживаются партнерством с алмазным синхротроном в Оксфордшире . [18] Программа химических исследований отдает приоритет (членам) семейств белков, которые относительно недостаточно изучены или которые в настоящее время могут иметь отношение к биологии человека и открытию лекарств. Эти семейства включают эпигенетическую сигнализацию , [19] [20] транспорт растворов , [21] [22] белковый протеостаз, [23] [24] [25] [26] [27] и фосфорилирование белков . [12] [28] [29] Подход, основанный на семействе белков, поддерживается общедоступными инструментами биоинформатики (ChromoHub, [30] UbiHub [31] ), семейное производство белков и биохимия, кристаллография и определение структуры, биофизика и клеточная биология (например, анализы взаимодействия с мишенями). SGC (на данный момент) предоставил около 120 химических зондов . [10] [32] [33] в общественное достояние за последнее десятилетие, и научному сообществу было роздано >25 000 образцов этих зондов. Химические зонды соответствуют критериям качества, ставшим стандартами сообщества, созданными SGC и его сетью сотрудничества. [10] [34] [35] [36] [37] [38]

  1. Эпигенетические химические зонды, вызвавшие клинический интерес к своим мишеням, включают PFI-1. [39] и JQ1 [40] для семейства BET, UNC0642 [41] для G9a/GLP, UNC1999 [42] для ЭЖ2/Х1, LLY-283 [43] и ГСК591 [44] для PRMT5 и OICR-9429 [45] для WDR5. Химический зонд WDR5 был оптимизирован (компанией, не входящей в состав SGC) для обеспечения клинической пригодности и является объектом инвестиций Celgene .
  2. Киназы были одобрены FDA для лечения 50 препаратов для лечения рака, воспаления и фиброза. [46] Обзор [47] два с половиной года назад, недавний препринт, [48] и рецензируемое издание [49] подчеркивают низкий охват киназ как рецензируемыми публикациями, так и 3D-структурами. За последние 4 года лаборатории во Франкфурте, Северной Каролине и Оксфорде разработали химические вещества, которые помогут биологам изучать недостаточно представленные киназы. В сотрудничестве с фармацевтическими компаниями и научными кругами, 15 химических зондов и версия 1.0 187 хемогеномных ингибиторов (также известных как KCGS) для 215 киназ. [12] [29] были разработаны совместно.
  3. Интегральные мембранные белки постоянно прикреплены к клеточной мембране. Семейство включает белки-переносчики растворенных веществ (SLC) . SLC практически не изучены терапевтически, около 30% считаются «сиротскими», поскольку их субстратная специфичность и биологическая функция неизвестны. В 2019 году государственно-частное партнерство, состоящее из 13 партнеров, включая ЮГК, сформировало Консорциум RESOLUTE. [22] при финансировании IMI . Цель RESOLUTE — стимулировать исследования SLC.
  4. Пакет Target Enabling Package (TEP) представляет собой набор реагентов и знаний о белках-мишенях, призванный катализировать биохимические и химические исследования, а также характеристику белков с генетической связью с ключевыми областями заболеваний. SGC открыла для общественности целевые номинации. [50]
  5. Программа « Неограниченное использование целей для развития исследований и открытия лекарств» Европейской комиссии (ULTRA-DD), финансируемая Инициативой по инновационным лекарственным средствам (IMI), направлена ​​на выявление и проверку недостаточно изученных целей в моделях аутоиммунных и воспалительных заболеваний. Клеточные линии, полученные от пациентов, проверяются на химические модуляторы (включая химические зонды и хемогеномные соединения) с целью получения фенотипических показателей в контексте заболевания. [51]
  6. Программа «Включение и раскрытие биологии в открытом доступе» (EUbOPEN), финансируемая IMI , направлена ​​на сбор хемогеномной библиотеки для ~ 1000 белков, открытие ~ 100 высококачественных химических зондов, создание инфраструктуры для характеристики этих соединений, распространение надежных протоколов для первичные анализы на клетках пациентов, а также создание инфраструктуры для запуска глобальных усилий по решению всего генома, подлежащего использованию лекарств.

Нечеловеческие белки

[ редактировать ]

Коалиция по открытию лекарств на основе структуры (SDDC) включает Центр структурной геномики инфекционных заболеваний Сиэтла (SSGCID), Центр структурной геномики Среднего Запада, Центр структурной геномики инфекционных заболеваний (CSGID) и группы по разработке лекарств из научных кругов и промышленности. привело к появлению семи первых потенциальных кандидатов на лекарства от туберкулеза (ТБ), малярии и криптоспоридиоза. SDDC получает финансирование от участвующих академических инициатив и Фонда Билла и Мелинды Гейтс .

Университет Северной Каролины в Чапел-Хилл и Институт инноваций Эшелмана запустили Инициативу по разработке быстро развивающихся противовирусных препаратов (READDI™) и Инициативу по прекращению производства вирусных лекарств (VIMI™). REDDI™ создан по образцу некоммерческой инициативы по исследованию и разработке лекарств «Лекарства от забытых болезней» (DNDi). READDI™ и VIMI™ — это некоммерческие открытые научные инициативы, направленные на разработку методов лечения всех пандемических вирусов. [52]

Открытая наука

[ редактировать ]

Открытая наука является ключевым принципом работы. [53] Трастовое соглашение [4] [5] [6] [54] подписывается до того, как реагенты будут переданы исследователям. Эти реагенты включают клоны кДНК ( Addgene ), химические зонды , [55] и 3D-структуры . [17] Инструменты продвижения открытой науки включают в себя открытые лабораторные тетради . [9] Последняя платформа используется для обмена исследованиями, например, по диффузной внутренней глиоме моста (DIPG), прогрессивной оссифицирующей фибродисплазии , болезни Хантингтона , [8] [56] Болезнь Паркинсона и Хордома .

Открытое открытие лекарств

[ редактировать ]

Коммерческие дочерние компании M4K Pharma (Лекарства для детей), M4ND Pharma (Лекарства от неврологических заболеваний) и M4ID Pharma (Лекарства от инфекционных заболеваний) не подают патенты и практикуют открытую науку. Компании M4 полностью принадлежат канадской благотворительной организации Agora Open Science Trust, задачей которой является распространение научных знаний и обеспечение доступного доступа ко всем лекарствам. M4K Pharma имеет самую передовую программу открытого поиска лекарств. [14] и поддерживается за счет финансирования Института исследования рака Онтарио , Благотворительной организации по борьбе с опухолями головного мозга , Лабораторий Чарльза Ривера и реакционной биологии, а также вкладом ученых из университетов Макгилла, Северной Каролины, Оксфорда, Пенсильвании и Торонто, а также университета Сан-Хоан. де Деу, больницы Университетской сети здравоохранения , Больницу для больных детей и Институт исследований рака . M4K Pharma разрабатывает селективный ингибитор ALK2 для DIPG , смертельной детской опухоли головного мозга. [14]

История

[ редактировать ]

Концепция

[ редактировать ]

В 2000 году группа компаний и Wellcome задумали создать Консорциум по структурной геномике, чтобы сосредоточиться на определении трехмерных структур человеческих белков. [1] Консорциум должен без ограничений разместить всю структурную информацию и вспомогательные реагенты в открытом доступе. Эти усилия были призваны дополнить другие программы структурной геномики в мире.

Этап I (2004-2007 гг.)

[ редактировать ]

Была запущена научная программа SGC, деятельность которой осуществлялась в университетах Оксфорда и Торонто, и ее задачей было внести в общественное достояние более 350 белковых структур человека. Чтобы соответствовать этим целям, белки должны были быть получены из заранее определенного списка, а белковые структуры должны были соответствовать заранее определенным критериям качества. Качество белковых структур оценивалось и продолжает оцениваться комитетом независимых академических ученых. Майкл Морган был председателем правления SGC, а научную деятельность возглавляли Шерил Эрроусмит (Торонто) и Майкл Сандстром (Оксфорд). В середине 2005 года VINNOVA , Фонд Кнута и Алисы Валленберг и Фонд стратегических исследований (SSF) основали шведский исследовательский центр SGC. Экспериментальная деятельность началась в Каролинском институте в Стокгольме под руководством Пэра Нордлунда и Йохана Вайгельта. Вместе три лаборатории SGC предоставили в общественное достояние 392 белковые структуры человека. Также была начата пилотная программа по структурной биологии белков малярийных паразитов. [57]

Этап II (2007-2011 гг.)

[ редактировать ]

Новой целью для структур было 650. SGC сосредоточил значительную деятельность в области убиквитинирования, фосфорилирования белков, малых G-белков и эпигенетики, а также инициировал усилия в области структурной биологии интегральных мембранных белков. На этом этапе SGC определил структуры 665 белков человека из своего целевого списка. При поддержке Wellcome и GSK SGC запустил программу по разработке свободно доступных химических зондов для белков, участвующих в эпигенетической передаче сигналов, которые в то время еще недостаточно изучались. [2] [5] Качество каждого химического зонда подвергалось двухуровневой проверке перед их распространением среди общественности. Первый был внутренним, через Совместный комитет управления, в который входили представители каждой организации-члена. Второй был предоставлен группой независимых экспертов, выбранных из академических кругов. Этот уровень надзора направлен на разработку реагентов, которые поддерживают воспроизводимые исследования. [58] [59] [13] В конечном итоге это привело к созданию Портала Chemical Probes Portal . Членство в SGC расширилось и теперь включает компании Merck, Sharpe and Dohme и Novartis. Уэйн Хендриксон занимал пост председателя правления SGC.

III этап (2011-2015 гг.)

[ редактировать ]

Мандат SGC был расширен и теперь включает 200 белков человека, включая 5 интегральных мембранных белков и химические зонды (30). Многие программы химических исследований были реализованы в партнерстве с учеными фармацевтических компаний, которые взяли на себя обязательство сделать совместные химические исследования достоянием общественности без ограничений. На этапе III SGC вместе с SSGCID (https://www.ssgcid.org/) и CSGID (https://csgid.org/) запустил SDDC.Членство в SGC: AbbVie, Bayer AG, Boehringer Ingelheim, Eli Lilly и Janssen. Merck, Sharpe and Dohme и Канадские институты медицинских исследований вышли из консорциума. Маркус Грюттер стал председателем правления SGC. [ нужна ссылка ] [60]

Этап IV (2015-2020 гг.)

[ редактировать ]

Этот этап основывался на целях предыдущих этапов, но включал в себя хорошо изученные антитела к белкам человека. SGC инициировал согласованные усилия по разработке клеточных анализов, связанных с заболеванием, с использованием (первичных) клеток или тканей пациентов. На этом этапе началась исследовательская деятельность в Университете Гете во Франкфурте, в Университете Макгилла, а также в университетах Кампинаса и Северной Каролины, а также участие в ULTRADD и RESOLUTE. [21] [22] внутри ИМИ .Членство в SGC: Merck KGaA, Институт инноваций Эшельмана, Merck, Sharpe и Dohme присоединились, а GSK и Eli Lilly ушли. Председателем правления стал Тецуюки Маруяма. [ нужна ссылка ]

Будущее – цель 2035 г.

[ редактировать ]

Target 2035 — это открытое научное движение, целью которого является создание химических [12] [24] [29] [32] [33] и/или биологический [13] [59] инструменты для всего протеома к 2035 году. [61] Запуск в ноябре 2020 года и ежемесячные вебинары были и остаются бесплатными . В настоящее время реализуются поддерживающие проекты, включая программу эпигенетических химических исследований SGC, [62] [63] [64] Инициатива Национального института здравоохранения «Осветление генома, подлежащего лекарственному воздействию», касающаяся недостаточно изученных киназ, GPCR и ионных каналов, [65] [66] [67] Проект IMI RESOLUTE по SLC человека, [22] и «Включение и раскрытие биологии IMI в открытом доступе» ( EUbOPEN ). Эти команды связаны с глобальной сетью сотрудничества SGC. [2] [10] [35] [51] [68] [13] [59]

Избранные публикации

[ редактировать ]

Хемогеномика, деградация белков

[ редактировать ]

Клеточные анализы, полученные от пациента

[ редактировать ]

Открытая наука

[ редактировать ]

Воспроизводимость

[ редактировать ]
[ редактировать ]

Ссылки

[ редактировать ]
  1. ^ Jump up to: а б Уильямсон, Арканзас (2000). «Создание консорциума структурной геномики» . Структурная биология природы . 7 : 953. дои : 10.1038/80726 . ПМИД   11103997 . S2CID   35185565 .
  2. ^ Jump up to: а б с Эдвардс, AM; и др. (2011). «Слишком много дорог не пройдено». Природа . 470 (2333): 163–165. arXiv : 1102.0448 . Бибкод : 2011Natur.470..163E . дои : 10.1038/470163а . ПМИД   21307913 . S2CID   4429387 .
  3. ^ Дэвис, Эндрю М.; Энгквист, Ола; Фэрклаф, Ребекка Дж.; Фейерберг, Изабелла; Фриман, Адриан; Айер, Прити (13 февраля 2021 г.). «Государственно-частное партнерство: обмен соединениями и данными при открытии и разработке лекарств» . СЛАС Дискавери . 26 (5): 604–619. дои : 10.1177/2472555220982268 . ISSN   2472-5552 . ПМИД   33586501 . S2CID   231928371 .
  4. ^ Jump up to: а б Эдвардс, Алед (сентябрь 2008 г.). «Наука с открытым исходным кодом для открытия лекарств». Открытие наркотиков сегодня . 13 (17–18): 731–733. дои : 10.1016/j.drudis.2008.04.011 . ISSN   1359-6446 . ПМИД   18790412 .
  5. ^ Jump up to: а б с Эдвардс, Алед М.; Бунтра, Час; Керр, Дэвид Дж.; Уилсон, Тимоти М. (июль 2009 г.). «Химические и клинические исследования открытого доступа для поддержки открытия лекарств». Химическая биология природы . 5 (7): 436–440. дои : 10.1038/nchembio0709-436 . ISSN   1552-4469 . ПМИД   19536100 .
  6. ^ Jump up to: а б Масум, Хасан; Рао, Аарти; Хорошо, Бенджамин М.; Тодд, Мэтью Х.; Эдвардс, Алед М.; Чан, Лесли; Бунин, Барри А.; Су, Андрей И.; Томас, Закир; Борн, Филип Э. (2013). «Десять простых правил развития открытой науки и совместных исследований и разработок» . PLOS Вычислительная биология . 9 (9): e1003244. Бибкод : 2013PLSCB...9E3244M . дои : 10.1371/journal.pcbi.1003244 . ISSN   1553-7358 . ПМЦ   3784487 . ПМИД   24086123 .
  7. ^ Морган, Максвелл Роберт; Робертс, Оуэн Гвилим; Эдвардс, Алед Морган (2018). «Идея и реализация открытой научной бизнес-модели открытия лекарств - M4K Pharma» . Добро пожаловать, Открытое исследование . 3 : 154. doi : 10.12688/wellcomeopenres.14947.1 . ISSN   2398-502X . ПМК   6346698 . ПМИД   30705971 .
  8. ^ Jump up to: а б Хардинг, Рэйчел Дж. (январь 2019 г.). «Наука с использованием открытых блокнотов может максимизировать эффективность проектов по редким заболеваниям» . ПЛОС Биология . 17 (1): e3000120. дои : 10.1371/journal.pbio.3000120 . ISSN   1545-7885 . ПМК   6366684 . ПМИД   30689629 .
  9. ^ Jump up to: а б Шапира, Матье; Хардинг, Рэйчел Дж. (2 апреля 2019 г.). «Открытые лабораторные тетради: хорошо для науки, хорошо для общества, хорошо для учёных» . F1000Исследования . 8 : 87. doi : 10.12688/f1000research.17710.2 . ISSN   2046-1402 . ПМК   6694453 . ПМИД   31448096 .
  10. ^ Jump up to: а б с д Мюллер, Сюзанна; Эклу, Сюзанна; Эроусмит, Шерил Х.; Баузер, Маркус; Барыза, Джереми Л.; Благг, Джулиан; Бетчер, Джарк; Бунтра, Час; Браун, Питер Дж.; Баннедж, Марк Э.; Картер, Адриан Дж. (20 апреля 2018 г.). «Пожертвованные химические зонды для открытой науки» . электронная жизнь . 7 . doi : 10.7554/eLife.34311 . ISSN   2050-084X . ПМК   5910019 . ПМИД   29676732 .
  11. ^ Дрюри, Дэвид Х.; Уэллс, Кэрроу И.; Цурчер, Уильям Дж.; Уилсон, Тимоти М. (июнь 2019 г.). «Перспектива чрезвычайно открытой науки: компании, совместно использующие соединения без ограничений» . СЛАС Дискавери . 24 (5): 505–514. дои : 10.1177/2472555219838210 . ISSN   2472-5560 . ПМК   6624833 . ПМИД   31034310 .
  12. ^ Jump up to: а б с д Уэллс, Кэрроу И.; Аль-Али, Хасан; Эндрюс, Дэвид М.; Асквит, Кристофер Р.М.; Астман, Элисон Д.; Дикич, Иван; Эбнер, Дэниел; Эттмайер, Питер; Фишер, Кристиан; Фредериксен, Матиас; Фатрелл, Роберт Э. (08 января 2021 г.). «Хемогеномный набор киназ (KCGS): открытый научный ресурс для идентификации уязвимостей киназ» . Международный журнал молекулярных наук . 22 (2): 566. doi : 10.3390/ijms22020566 . ISSN   1422-0067 . ПМЦ   7826789 . ПМИД   33429995 .
  13. ^ Jump up to: а б с д Лафламм, Карл; Маккивер, Пол М.; Кумар, Рахул; Шварц, Джули; Колахдузан, Махшад; Чен, Кэрол X.; Ты, Чжипенг; Беналиуад, Фаиза; Галаади, Офер; Макбрайд, Хайди М.; Дуркан, Томас М. (15 октября 2019 г.). «Внедрение процедуры характеристики антител и применение к гену C9ORF72 основного заболевания БАС/ЛВД» . электронная жизнь . 8 . doi : 10.7554/eLife.48363 . ISSN   2050-084X . ПМК   6794092 . ПМИД   31612854 .
  14. ^ Jump up to: а б с Энсан, Диба; Улыбнись, Дэвид; Сепеда-Веласкес, Карлос А.; Панагопулос, Димитриос; Вонг, Чон Фу; Уильямс, Элеонора П.; Адамсон, Рослин; Буллок, Алекс Н.; Киёта, Тайра; Аман, Ахмед; Робертс, Оуэн Г. (14 мая 2020 г.). «Нацеливание на ALK2: открытый научный подход к разработке терапевтических средств для лечения диффузной внутренней глиомы моста» . Журнал медицинской химии . 63 (9): 4978–4996. doi : 10.1021/acs.jmedchem.0c00395 . ISSN   1520-4804 . ПМК   8213057 . ПМИД   32369358 .
  15. ^ Голд, Э. Ричард (июнь 2021 г.). «Падение инновационной империи и ее возможный подъем благодаря открытой науке» . Исследовательская политика . 50 (5): 104226. doi : 10.1016/j.respol.2021.104226 . ПМЦ   8024784 . ПМИД   34083844 .
  16. ^ Джонс, Молли Морган; Чатауэй, Джоанна (04 марта 2021 г.). «Консорциум структурной геномики: успешный организационный технологический эксперимент или новая институциональная инфраструктура для исследований в области здравоохранения?» . Технологический анализ и стратегический менеджмент . 33 (3): 296–306. дои : 10.1080/09537325.2021.1882673 . ISSN   0953-7325 . S2CID   232245414 .
  17. ^ Jump up to: а б «Галерея конструкций» . СГК . Проверено 9 сентября 2020 г.
  18. ^ Коллинз, Патрик М.; Дуангамат, Алиса; Тэлон, Ромен; Диас, Александр; Брандао-Нето, Хосе; Кройер, Тобиас; фон Делфт, Франк (2018). «Получение хорошей кристаллической системы для кристаллографического скрининга рентгеновских фрагментов». Современные подходы к открытию лекарств . Методы энзимологии. Том. 610. стр. 251–264. дои : 10.1016/bs.mie.2018.09.027 . ISBN  9780128153833 . ISSN   1557-7988 . ПМИД   30390801 . S2CID   53219679 .
  19. ^ Эроусмит, Шерил Х.; Бунтра, Час; Фиш, Пол В.; Ли, Кевин; Шапира, Матье (13 апреля 2012 г.). «Семейства эпигенетических белков: новый рубеж открытия лекарств» . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 11 (5): 384–400. дои : 10.1038/nrd3674 . ISSN   1474-1784 . ПМИД   22498752 . S2CID   5478921 .
  20. ^ Хьюстон, Андреа; Эроусмит, Шерил Х.; Кнапп, Стефан; Шапира, Матье (август 2015 г.). «Зондирование эпигенома». Химическая биология природы . 11 (8): 542–545. doi : 10.1038/nchembio.1871 . ISSN   1552-4469 . ПМИД   26196765 .
  21. ^ Jump up to: а б Цезарь-Разкен, Адриан; Снейдер, Беренд; Фраппье-Бринтон, Тристан; Иссерлин, Рут; Гимеси, Гергели; Бай, Сяоюнь; Райтмайер, Рейнхарт А.; Хепворт, Дэвид; Хедигер, Матиас А.; Эдвардс, Алед М.; Суперти-Фурга, Джулио (30 июля 2015 г.). «Призыв к систематическим исследованиям растворенных переносчиков» . Ячейка 162 (3): 478–487. дои : 10.1016/j.cell.2015.07.022 . ISSN   1097-4172 . ПМИД   26232220 . S2CID   15427088 .
  22. ^ Jump up to: а б с д Суперти-Фурга, Джулио; Лакнер, Дэниел; Видмер, Табеа; Инглес-Прието, Альваро; Барбоза, Барбара; Жирарди, Энрико; Гольдманн, Ульрих; Гюртль, Беттина; Клавиньш, Кристапс; Климек, Кристоф; Линдингер, Сабрина (июль 2020 г.). «Консорциум RESOLUTE: открытие транспортеров SLC для открытия лекарств» . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 19 (7): 429–430. дои : 10.1038/d41573-020-00056-6 . hdl : 21.11116/0000-0006-0FF1-A . ISSN   1474-1784 . ПМИД   32265506 . S2CID   215406274 .
  23. ^ Лю, Лихуа; Дамерелл, Дэвид Р.; Кукуфлис, Леонид; Тонг, Юфэн; Марсден, Брайан Д.; Шапира, Матье (15 августа 2019 г.). «UbiHub: центр данных для исследователей путей убиквитинирования» . Биоинформатика . 35 (16): 2882–2884. doi : 10.1093/биоинформатика/bty1067 . ISSN   1367-4811 . ПМК   6691330 . ПМИД   30601939 .
  24. ^ Jump up to: а б Шапира, Матье; Калабрезе, Мэтью Ф.; Буллок, Алекс Н.; Крюс, Крейг М. (декабрь 2019 г.). «Направленная деградация белка: расширение набора инструментов» . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 18 (12): 949–963. дои : 10.1038/s41573-019-0047-y . ISSN   1474-1784 . PMID   31666732 . S2CID   204942300 .
  25. ^ Хардинг, Рэйчел Дж.; Феррейра де Фрейтас, Ренато; Коллинз, Патрик; Францони, Иван; Равичандран, Мани; Оуян, Хуэй; Хуарес-Орнелас, Кевин А.; Лаутенс, Марк; Шапира, Матье; фон Делфт, Франк; Сантакумар, Вджаяратнам (9 ноября 2017 г.). «Низкомолекулярные антагонисты взаимодействия между доменом цинкового пальца гистона деацетилазы 6 и убиквитином». Журнал медицинской химии . 60 (21): 9090–9096. doi : 10.1021/acs.jmedchem.7b00933 . ISSN   1520-4804 . ПМИД   29019676 .
  26. ^ Феррейра де Фрейтас, Ренато; Хардинг, Рэйчел Дж.; Францони, Иван; Равичандран, Мани; Манн, Мандип К.; Оуян, Хуэй; Лаутенс, Марк; Сантхакумар, Виджаяратнам; Эроусмит, Шерил Х.; Шапира, Матье (24 мая 2018 г.). «Идентификация и взаимосвязь структура-активность ингибиторов убиквитинсвязывающего домена HDAC6 с цинковыми пальцами». Журнал медицинской химии . 61 (10): 4517–4527. doi : 10.1021/acs.jmedchem.8b00258 . ISSN   1520-4804 . ПМИД   29741882 .
  27. ^ Манн, Мандип К.; Францони, Иван; де Фрейтас, Ренато Феррейра; Темпель, Вольфрам; Хоулистон, Скотт; Смит, Леанна; Ведади, Масуд; Эроусмит, Шерил Х.; Хардинг, Рэйчел Дж.; Шапира, Матье (27 ноября 2019 г.). «Открытие малых молекул-антагонистов убиквитин-связывающего домена цинкового пальца USP5» (PDF) . Журнал медицинской химии . 62 (22): 10144–10155. doi : 10.1021/acs.jmedchem.9b00988 . ISSN   1520-4804 . ПМИД   31663737 . S2CID   204975079 .
  28. ^ Кнапп, Стефан; Арруда, Пауло; Благг, Джулиан; Берли, Стивен; Дрюри, Дэвид Х.; Эдвардс, Алед; Фаббро, Дориано; Гиллеспи, Пол; Грей, Натаниэль С.; Кастер, Бернхард; Лаки, Карен Э. (январь 2013 г.). «Государственно-частное партнерство для открытия нецелевого кинома». Химическая биология природы . 9 (1): 3–6. дои : 10.1038/nchembio.1113 . ISSN   1552-4469 . ПМИД   23238671 .
  29. ^ Jump up to: а б с Дрюри, Дэвид Х.; Уэллс, Кэрроу И.; Эндрюс, Дэвид М.; Энджелл, Ричард; Аль-Али, Хасан; Астман, Элисон Д.; Капуцци, Стивен Дж.; Элкинс, Джонатан М.; Эттмайер, Питер; Фредериксен, Матиас; Гилеади, Офер (2017). «Прогресс на пути к созданию общедоступного хемогеномного набора протеинкиназ и призыв к участию» . ПЛОС ОДИН . 12 (8): e0181585. Бибкод : 2017PLoSO..1281585D . дои : 10.1371/journal.pone.0181585 . ISSN   1932-6203 . ПМК   5540273 . ПМИД   28767711 .
  30. ^ «ХромоХаб» . chromohub.thesgc.org . Проверено 9 сентября 2020 г.
  31. ^ «ЮбиХаб» . ubihub.thesgc.org . Проверено 9 сентября 2020 г.
  32. ^ Jump up to: а б Ву, Цинь; Хайденрайх, Дэвид; Чжоу, Стэнли; Аклу, Сюзанна; Кремер, Андреас; Накка, Киран; Лима-Фернандес, Эвелин; Деблуа, Женевьева; Дуан, Шили; Велланки, Рави Н.; Ли, Фэнлин (23 апреля 2019 г.). «Химический набор инструментов для изучения бромодоменов и эпигенетической передачи сигналов» . Природные коммуникации . 10 (1): 1915. Бибкод : 2019NatCo..10.1915W . дои : 10.1038/s41467-019-09672-2 . ISSN   2041-1723 . ПМЦ   6478789 . ПМИД   31015424 .
  33. ^ Jump up to: а б Шеер, Себастьян; Эклу, Сюзанна; Медина, Тьяго С.; Шапира, Матье; Ли, Фэнлин; Уорд, Дженнифер А.; Льюис, Эндрю М.; Нортроп, Джеффри П.; Ричардсон, Пол Л.; Канискан, Х. Юмит; Шен, Юдао (3 января 2019 г.). «Набор инструментов химической биологии для изучения протеинметилтрансфераз и эпигенетической передачи сигналов» . Природные коммуникации . 10 (1): 19. Бибкод : 2019NatCo..10...19S . дои : 10.1038/s41467-018-07905-4 . ISSN   2041-1723 . ПМК   6318333 . ПМИД   30604761 .
  34. ^ Фрай, Стивен В. (март 2010 г.). «Искусство химического зонда». Химическая биология природы . 6 (3): 159–161. дои : 10.1038/nchembio.296 . ISSN   1552-4469 . ПМИД   20154659 .
  35. ^ Jump up to: а б Эроусмит, Шерил Х.; Аудиа, Джеймс Э.; Остин, Кристофер; Баелл, Джонатан; Беннетт, Джонатан; Благг, Джулиан; Бунтра, Час; Бреннан, Пол Э.; Браун, Питер Дж.; Баннедж, Марк Э.; Бузер-Допнер, Кэролайн (август 2015 г.). «Перспективы и опасности химических зондов» . Химическая биология природы . 11 (8): 536–541. дои : 10.1038/nchembio.1867 . ISSN   1552-4469 . ПМК   4706458 . ПМИД   26196764 .
  36. ^ Благг, Джулиан; Уоркман, Пол (14 августа 2017 г.). «Выберите и используйте химический зонд с умом для изучения биологии рака» . Раковая клетка . 32 (2): 268–270. дои : 10.1016/j.ccell.2017.07.010 . ISSN   1878-3686 . ПМК   5559281 . ПМИД   28810148 .
  37. ^ Антолин, Альберт А.; Тим, Джозеф Э.; Комиану, Анжелики; Коллинз, Ян; Уоркман, Пол; Аль-Лазикани, Бисан (15 февраля 2018 г.). «Объективная, количественная, основанная на данных оценка химических зондов» . Клеточная химическая биология . 25 (2): 194–205.e5. doi : 10.1016/j.chembiol.2017.11.004 . ISSN   2451-9448 . ПМЦ   5814752 . ПМИД   29249694 .
  38. ^ Антолин, Альберт А.; Уоркман, Пол; Аль-Лазикани, Бисан (28 ноября 2019 г.). «Государственные ресурсы для химических исследований: пройденный путь и путь вперед» . Будущая медицинская химия . 13 (8): 731–747. дои : 10.4155/fmc-2019-0231 . ISSN   1756-8927 . ПМИД   31778323 .
  39. ^ Пико, Сара; Да Коста, Дэвид; Танасопулу, Анжелики; Филиппакопулос, Панагис; Фиш, Пол В.; Филпотт, Мартин; Федоров Олег; Бреннан, Пол; Баннедж, Марк Э.; Оуэн, Дэфид Р.; Брэднер, Джеймс Э. (01 июня 2013 г.). «PFI-1, высокоселективный ингибитор взаимодействия белков, нацеленный на бромодомены BET» . Исследования рака . 73 (11): 3336–3346. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-12-3292 . ISSN   1538-7445 . ПМЦ   3673830 . ПМИД   23576556 .
  40. ^ Филиппакопулос, Панагис; Ци, Цзюнь; Пико, Сара; Шен, Яо; Смит, Уильям Б.; Федоров Олег; Морс, Элизабет М.; Китс, Трейси; Хикман, Тайлер Т.; Феллетар, Ильдико; Филпотт, Мартин (23 декабря 2010 г.). «Селективное ингибирование бромодоменов BET» . Природа . 468 (7327): 1067–1073. Бибкод : 2010Natur.468.1067F . дои : 10.1038/nature09504 . ISSN   1476-4687 . ПМК   3010259 . ПМИД   20871596 .
  41. ^ Лю, Фэн; Барсайт-Лавджой, Далия; Ли, Фэнлин; Сюн, Ян; Корбух, Виктория; Хуан, Си-Пин; Аллали-Хасани, Абдалла; Янзен, Уильям П.; Рот, Брайан Л .; Фрай, Стивен В.; Эроусмит, Шерил Х. (14 ноября 2013 г.). «Открытие in vivo химического зонда лизинметилтрансфераз G9a и GLP» . Журнал медицинской химии . 56 (21): 8931–8942. дои : 10.1021/jm401480r . ISSN   1520-4804 . ПМЦ   3880643 . ПМИД   24102134 .
  42. ^ Конзе, Кайл Д.; Ма, Аньки; Ли, Фэнлин; Барсайт-Лавджой, Далия; Партон, Тревор; Макневин, Кристофер Дж.; Лю, Фэн; Гао, Цен; Хуан, Си-Пин; Кузнецова Екатерина; Ружи, Мари (2013). «Биодоступный при пероральном приеме химический зонд лизинметилтрансфераз EZH2 и EZH1» . АКС Химическая биология . 8 (6): 1324–1334. дои : 10.1021/cb400133j . ISSN   1554-8937 . ПМЦ   3773059 . ПМИД   23614352 .
  43. ^ Бондей, Захид К.; Кортес, Гильермо С.; Гроган, Майкл Дж.; Антонисами, Стивен; Вейхерт, Кен; Бокчинфузо, Уэйн П.; Ли, Фэнлин; Кеннеди, Стивен; Ли, Бинхуэй; Мадер, Мэри М.; Эроусмит, Шерил Х. (23 апреля 2018 г.). «LLY-283, мощный и селективный ингибитор аргининметилтрансферазы 5, PRMT5, с противоопухолевой активностью» . Письма ACS по медицинской химии . 9 (7): 612–617. doi : 10.1021/acsmedchemlett.8b00014 . ISSN   1948-5875 . ПМК   6047023 . ПМИД   30034588 .
  44. ^ Дункан, Кеннет В.; Риу, Натали; Бориак-Сьодин, П. Энн; Мункхоф, Майкл Дж.; Райтер, Лоуренс А.; Майер, Кристина Р.; Джин, Лей; Джонстон, Л. Даниэль; Чан-Пенебре, Илэйн; Купласт, Кристи Г.; Портер Скотт, Маргарет (11 февраля 2016 г.). «Руководство по разработке структуры и свойств для идентификации инструментального соединения PRMT5 EPZ015666» . Письма ACS по медицинской химии . 7 (2): 162–166. doi : 10.1021/acsmedchemlett.5b00380 . ISSN   1948-5875 . ПМЦ   4753547 . ПМИД   26985292 .
  45. ^ Гребьен, Флориан; Ведади, Масуд; Гетлик, Маттеус; Джамбруно, Роберто; Гровер, Амит; Авеллино, Роберто; Скуча, Анна; Виттори, Сара; Кузнецова Екатерина; Улыбнись, Дэвид; Барсайт-Лавджой, Далия (август 2015 г.). «Фармакологическое воздействие на взаимодействие Wdr5-MLL при N-концевом лейкозе C/EBPα» . Химическая биология природы . 11 (8): 571–578. дои : 10.1038/nchembio.1859 . ISSN   1552-4469 . ПМЦ   4511833 . ПМИД   26167872 .
  46. ^ Роскоски, Роберт (июнь 2019 г.). «Свойства низкомолекулярных ингибиторов протеинкиназы, одобренных FDA». Фармакологические исследования . 144 : 19–50. дои : 10.1016/J.phrs.2019.03.006 . ISSN   1096-1186 . ПМИД   30877063 . S2CID   80625382 .
  47. ^ Уилсон, LJ; и др. (2018). «Новые перспективы, возможности и проблемы в изучении белкового кинома человека» . Исследования рака . 78 (1): 15–29. дои : 10.1158/0008-5472.CAN-17-2291 . ПМИД   29254998 .
  48. ^ Сорже, Нинке; и др. (2020). «Изучение малоизученного кинома человека в целях исследования и терапевтических возможностей» (PDF) . www.biorxiv.org . дои : 10.1101/2020.04.02.022277 . S2CID   215404186 .
  49. ^ Бульян, М; и др. (2020). «Сеть взаимодействия киназ расширяет функциональные роли киназ человека и их болезненную роль» . Молекулярная клетка . 79 (3): 504–520.е9. doi : 10.1016/j.molcel.2020.07.001 . ПМЦ   7427327 . ПМИД   32707033 . S2CID   220746851 .
  50. ^ «Целевые пакеты поддержки (TEP)» . СГК . 13 июня 2016 г. Проверено 9 сентября 2020 г.
  51. ^ Jump up to: а б Эдвардс, Алед М.; Эроусмит, Шерил Х.; Бунтра, Час; Баннедж, Марк Э.; Фельдманн, Марк; Найт, Джулиан К.; Патель, Дхавалкумар Д.; Принос, Панайотис; Тейлор, Майкл Д.; Сундстрем, Майкл; Партнерство SGC по открытому исходному коду Target-Discovery (март 2015 г.). «Доклиническая целевая проверка с использованием клеток, полученных от пациента». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 14 (3): 149–150. дои : 10.1038/nrd4565 . ISSN   1474-1784 . ПМИД   25722227 . S2CID   2423838 .
  52. ^ «Инициатива по лекарствам, останавливающим вирус (VIMI)» . Инициатива по лекарствам, останавливающим вирус (VIMI) . Проверено 21 марта 2021 г.
  53. ^ Хоаг, Ханна (2009). «Ричард Голд» . Природная биотехнология . 27 (5): 409. doi : 10.1038/nbt0509-409 . ISSN   1546-1696 . ПМИД   19430435 . S2CID   34394262 .
  54. ^ Эдвардс, Алед; Морган, Макс; Аль Чаваф, Аридж; Андрусиак, Керри; Чарни, Рэйчел; Синадер, Заря; ЭльДессуки, Ахмед; Ли, Юнджон; Мозер, Эндрю; Стерн, Саймон; Цуэрхер, Уильям Дж. (31 мая 2017 г.). «Доверительный подход к обмену исследовательскими реагентами» . Наука трансляционной медицины . 9 (392): eaai9055. doi : 10.1126/scitranslmed.aai9055 . ISSN   1946-6242 . ПМИД   28566431 . S2CID   4020927 .
  55. ^ «Химические зонды» . СГК . 08.04.2019 . Проверено 9 сентября 2020 г.
  56. ^ Хардинг, Рэйчел (19 октября 2016 г.). «Открытый подход к исследованию болезни Хантингтона» . блоги о природе .
  57. ^ Ведади, Масуд; Лью, Джоселин; Арц, Дженнифер; Амани, Мерназ; Чжао, Юн; Донг, Айпин; Васни, Грегори А.; Гао, Миан; Хиллз, Таня; Брокс, Стивен; Цю, Вэй (январь 2007 г.). «Экспрессия белков в масштабе генома и структурная биология Plasmodium falciparum и родственных Apicomplexan организмов». Молекулярная и биохимическая паразитология . 151 (1): 100–110. дои : 10.1016/j.molbiopara.2006.10.011 . ISSN   0166-6851 . ПМИД   17125854 .
  58. ^ Фрай, Стивен В.; Аркин, Мишель Р.; Эроусмит, Шерил Х.; Конн, П. Джеффри; Гликсман, Марси А.; Халл-Райд, Эмили А.; Слашер, Барбара С. (ноябрь 2015 г.). «Решение проблемы воспроизводимости в академических доклинических открытиях лекарств». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 14 (11): 733–734. дои : 10.1038/nrd4737 . ISSN   1474-1784 . ПМИД   26388229 . S2CID   205478934 .
  59. ^ Jump up to: а б с Маркон, Эдита; Джайн, Харшика; Бхаттачарья, Ананди; Го, Хунбо; Фансе, Садхна; Пу, Шуе; Байрам, Грегори; Коллинз, Бен С.; Дауделл, Эван; Феннер, Мария; Го, Синхуа (август 2015 г.). «Оценка метода характеристики селективности и специфичности антител для использования в иммунопреципитации». Природные методы . 12 (8): 725–731. дои : 10.1038/nmeth.3472 . ISSN   1548-7105 . ПМИД   26121405 . S2CID   205423964 .
  60. ^ Грюттер, Маркус (2012). «Открытое сотрудничество является ключом к созданию новых лекарств» . Природа . 491 (7422): 40. дои : 10.1038/491040d . ISSN   0028-0836 . ПМИД   23128216 . S2CID   205074791 .
  61. ^ Картер, Адриан Дж.; Кремер, Оливер; Цвик, Матиас; Мюллер-Фарнов, Анке; Эроусмит, Шерил Х.; Эдвардс, Алед М. (ноябрь 2019 г.). «Цель 2035: исследование протеома человека» . Открытие наркотиков сегодня . 24 (11): 2111–2115. дои : 10.1016/j.drudis.2019.06.020 . ISSN   1878-5832 . ПМИД   31278990 .
  62. ^ Шапира, Матье; Тайерс, Майк; Торрент, Марисель; Эроусмит, Шерил Х. (ноябрь 2017 г.). «Белки с повторяющимся доменом WD40: новый целевой класс?» . Обзоры природы. Открытие наркотиков . 16 (11): 773–786. дои : 10.1038/nrd.2017.179 . ISSN   1474-1784 . ПМЦ   5975957 . ПМИД   29026209 .
  63. ^ Сонг, Ричард; Ван, Чжун-Дуо; Шапира, Матье (6 октября 2017 г.). «Ассоциация заболеваний и лекарственная пригодность повторяющихся белков WD40». Журнал исследований протеома . 16 (10): 3766–3773. doi : 10.1021/acs.jproteome.7b00451 . ISSN   1535-3907 . ПМИД   28956604 .
  64. ^ Ван, Цзяян; Яздани, Сетаеш; Хан, Ана; Шапира, Матье (март 2020 г.). «Структурный взгляд на геном, пригодный для приема лекарств». Открытие наркотиков сегодня . 25 (3): 561–567. дои : 10.1016/j.drudis.2020.02.006 . ISSN   1878-5832 . ПМИД   32084498 . S2CID   211246313 .
  65. ^ Вакер, Дэниел; Стивенс, Раймонд К.; Рот, Брайан Л. (27 июля 2017 г.). «Как лиганды освещают молекулярную фармакологию GPCR» . Клетка . 170 (3): 414–427. дои : 10.1016/j.cell.2017.07.009 . ISSN   1097-4172 . ПМК   5560499 . ПМИД   28753422 .
  66. ^ Рот, Брайан Л.; Ирвин, Джон Дж.; Шойчет, Брайан К. (ноябрь 2017 г.). «Открытие новых лигандов GPCR для освещения новой биологии» . Химическая биология природы . 13 (11): 1143–1151. дои : 10.1038/nchembio.2490 . ISSN   1552-4469 . ПМЦ   5835362 . ПМИД   29045379 .
  67. ^ Рот, Брайан Л. (август 2019 г.). «Как структура формирует и трансформирует хемогенетику» . Современное мнение в области структурной биологии . 57 : 9–16. дои : 10.1016/j.sbi.2019.01.016 . ISSN   1879-033X . ПМИД   30818201 . S2CID   73479428 .
  68. ^ Эдвардс, Алед (17 марта 2016 г.). «Воспроизводимость: объедините усилия с промышленностью» . Природа . 531 (7594): 299–301. Бибкод : 2016Natur.531..299E . дои : 10.1038/531299а . ISSN   1476-4687 . ПМИД   26983524 . S2CID   4467772 .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Structural_Genomics_Consortium&oldid=1213117601"
Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
Arc.Ask3.Ru
Номер скриншота №: 17d6696570a888cd96469b634fb5bb7b__1710126180
URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/17/7b/17d6696570a888cd96469b634fb5bb7b.html
Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
Structural Genomics Consortium - Wikipedia
Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)