Цель 2035 г.
Target 2035 — это глобальная попытка или движение по открытию научных фармакологических модуляторов для каждого белка в протеоме человека к 2035 году. [1] [2] [3] Усилиями руководит Консорциум структурной геномики с намерением, чтобы это движение развивалось органично. Цель 2035 была основана на успехе химических зондов в повышении или снижении приоритетности терапевтического потенциала белковых мишеней. Доступность фармакологических инструментов открытого доступа — это в значительной степени неудовлетворенный аспект открытия лекарств , особенно для темного протеома.
Первые пять лет будут включать в себя создание механизмов (этап 1 ниже), которые позволят исследователям находить сотрудников с единомышленниками в поиске фармакологического инструмента для конкретного белка или семейства белков и сделать его открытым доступом (без обременений, связанных с интеллектуальной собственностью). . Одной из стратегических целей является создание новых программ открытой науки по компонентам процесса разработки лекарств с целью обеспечить справедливое, доступное и быстрое распространение лекарств у постели больного. [4] На этапе 1 также будет создана основа, которая будет приветствовать новые и (вновь) появляющиеся технологии, позволяющие выявить совпадения и составить характеристики. [5] [6] [7] [8] Была опубликована обновленная информация о ходе работы. [9]
Цель «Цель 2035» будет основываться на успехах прошлых и текущих программ, финансируемых государством, включая инициативу Национальных институтов здравоохранения (NIH) «Осветление генома лекарственного средства» для недостаточно изученных киназ, GPCR и ионных каналов , инновационным лекарственным средствам Инициативы по проект RESOLUTE по SLC человека, Инновационные Инициатива по лекарственным средствам « Возможность и раскрытие биологии в открытом доступе» (EUbOPEN) и по инновационным лекарственным средствам Инициативы «Неограниченное использование целей для продвижения исследований и открытия лекарств» . НИЗ недавно подтвердил свое обязательство сделать свои данные открытыми, чтобы уменьшить десятки миллиардов из-за невоспроизводимости данных. [10]
Target 2035 будет сотрудничать с порталом Chemical Probes Portal и открытыми научными платформами, например, Just One Giant Lab , с целью распространения информации и обучения передовым методам работы с химическими модуляторами. [11] [12] [13] и преимущества открытой науки соответственно.
Следующий проект плана изложен в официальном документе. [14]
Этап 1
[ редактировать ]Первый этап, с 2020 по 2025 год, будет структурирован так, чтобы заложить основу для согласованных глобальных усилий, и будет направлен на сбор, характеристику и предоставление существующих фармакологических модуляторов для ключевых представителей всех семейств белков в нынешнем геноме, пригодном для применения лекарств (~ 4000 белков), а также для разработки критически важной и централизованной инфраструктуры для облегчения сбора, обработки, распространения и анализа данных, которые будут способствовать развитию научного сообщества во всем мире. На этом этапе также могут быть созданы централизованные возможности для предоставления федеральному сообществу количественных биохимических и клеточных профилирующих анализов в масштабе генома, а также для координации разработки новых технологий для расширения определения возможности применения лекарств. Этот первый этап дополнит и расширит текущие усилия по созданию химических инструментов и хемогеномных библиотек для охвата приоритетных семейств генов, таких как киназы и эпигенетические семейства.
Спустя год после начала реализации «Цели 2035» уже создана инфраструктура для хранения данных о хемогеномных соединениях, описанных в литературе. Недавно был опубликован отчет о ходе работы. [15] В направлении разработки новых технологий Target 2035 запустила новую инициативу «Критическая оценка экспериментов по компьютерному поиску совпадений» (CACHE), направленную на сравнительное тестирование вычислительных методов поиска совпадений. [8] Первый конкурс по поиску лигандов домена WD40 LRRK2 начался в марте 2022 года. Уже представлен первый раунд прогнозов. Тем временем заявки на второй бенчмаркинг CACHE — прогнозирование лигандов РНК-связывающего домена для Nsp13 были опубликованы .
Этап 2
[ редактировать ]Второй этап, с 2025 по 2035 год, будет заключаться в применении новых технологий и инфраструктуры для создания полного набора фармакологических модуляторов для> 90% из ~ 20 000 белков, кодируемых геномом. «Цель 2035» звучит амбициозно, но ее концепция и практичность имеют прочную основу, основанную на ряде пилотных исследований, которые выявили следующие параметры успеха:
- Сотрудничайте с фармацевтическим сектором, чтобы получить доступ к беспрецедентным знаниям, опыту, материалам и логистике.
- Установите четкие и количественные критерии качества результатов (целевые профили химических инструментов), чтобы обеспечить фокус
- Организуйте проект вокруг белковых семейств — это наиболее эффективный, практичный и научно обоснованный способ разделить этот большой проект на команды.
- Установите четкие принципы открытой науки для устранения или уменьшения конфликтов интересов, уменьшения юридических обременений и поощрения участия сообщества.
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Картер А.Дж., Кремер О., Цвик М., Мюллер-Фарнов А., Эрроусмит Ч.Х., Эдвардс А.М. (ноябрь 2019 г.). «Цель 2035: исследование протеома человека» . Открытие наркотиков сегодня . 24 (11): 2111–2115. дои : 10.1016/j.drudis.2019.06.020 . ПМИД 31278990 .
- ^ Маллард А. (сентябрь 2019 г.). «Зонд для каждого белка». Обзоры природы. Открытие наркотиков . 18 (10): 733–736. дои : 10.1038/d41573-019-00159-9 . ПМИД 31570852 .
- ^ Лоу Д. (20 сентября 2019 г.). «Зонды для всего» . Наука . Проверено 22 апреля 2021 г.
- ^ Рубинштейн Ю.Р., Робинсон П.Н., Гал В.А., Авилах П., Байнам Г., Седеррот Х. и др. (октябрь 2020 г.). «Дело в пользу открытой науки: редкие заболевания» . ДЖАМИЯ Открыть . 3 (3): 472–486. дои : 10.1093/jamiaopen/ooaa030 . ПМК 7660964 . ПМИД 33426479 .
- ^ Флеминг Н. (май 2018 г.). «Как искусственный интеллект меняет открытие лекарств» . Природа . 557 (7707): S55–S57. дои : 10.1038/d41586-018-05267-x . ПМИД 29849160 .
- ^ Сэвидж Н (27 мая 2021 г.). «Использование потенциала искусственного интеллекта для открытия лекарств» . Дилеры в сфере биофармацевтики . дои : 10.1038/d43747-021-00045-7 . ISSN 2730-6275 .
- ^ Сатц А.Л., Куай Л., Пэн Икс (май 2021 г.). «Отбор и проверка химических библиотек, кодируемых ДНК, на предмет ферментов и клеточных мишеней» . Письма по биоорганической и медицинской химии . 39 : 127851. doi : 10.1016/j.bmcl.2021.127851 . ПМИД 33631371 .
- ^ Jump up to: а б Аклу С., Аль-авар Р., Амаро Р.Э., Эрроусмит Ч.Х., Азеведо Х., Бэти Р.А. и др. (15 февраля 2022 г.). «CACHE (Критическая оценка компьютерных экспериментов по поиску совпадений): Инициатива сравнительного анализа государственно-частного партнерства, позволяющая разработать вычислительные методы для поиска совпадений» . Обзоры природы Химия : 1–9. дои : 10.1038/s41570-022-00363-z . ISSN 2397-3358 . ПМЦ 9246350 .
- ^ Мюллер С., Аклу С., Аль Чаваф А., Аль-Лазикани Б., Антолин А., Баелл Дж.Б. и др. (январь 2022 г.). «Цель 2035 — обновленная информация о поисках зонда для каждого белка» . РНЦ медицинской химии . 13 (1): 13–21. дои : 10.1039/D1MD00228G . ПМЦ 8792830 . ПМИД 35211674 .
- ^ Козлов М. (февраль 2022 г.). «НИЗ издает сейсмический мандат: публично делиться данными» . Природа . 602 (7898): 558–559. дои : 10.1038/d41586-022-00402-1 . ПМИД 35173323 .
- ^ «Передовые методы проверки химических зондов» .
- ^ «Химические зонды как важнейшие инструменты биологических открытий» . Вебнинар CellPress .
- ^ Куинлан Р.Б., Бреннан П.Е. (июнь 2021 г.). «Хемогеномика для открытия лекарств: клинические молекулы из химических зондов открытого доступа» . РНЦ химической биологии . 2 (3): 759–795. дои : 10.1039/D1CB00016K . ПМК 8341094 . ПМИД 34458810 .
- ^ «Цель 2035 – Фармакологические модуляторы всех белков человека» (PDF) . target2035.net .
- ^ Мюллер С., Аклу С., Аль Чаваф А., Аль-Лазикани Б., Антолин А., Баелл Дж.Б. и др. (январь 2022 г.). «Цель 2035 — обновленная информация о поисках зонда для каждого белка» . РНЦ медицинской химии . 13 (1): 13–21. дои : 10.1039/D1MD00228G . ПМИД 35211674 .