✖


Jump to content

Кристаллографическая база данных

    Add links

    Кристаллографическая база данных — это база данных, специально предназначенная для хранения информации о структуре молекул и кристаллов . Кристаллы — это твердые тела , имеющие во всех трех измерениях пространства регулярно повторяющееся расположение атомов , ионов или молекул . Они характеризуются симметрией , морфологией и зависящими от направления физическими свойствами. Кристаллическая структура описывает расположение атомов, ионов или молекул в кристалле. (Молекулы должны кристаллизоваться в твердые тела, чтобы их регулярно повторяющиеся расположения можно было использовать в рентгеновской , нейтронной и электронной дифракции основанной на кристаллографии, ).

    Кристаллические структуры кристаллического материала обычно определяются на основе рентгеновских лучей или нейтронов монокристаллов данных дифракции и сохраняются в базах данных кристаллических структур. Их обычно идентифицируют путем сравнения интенсивностей отражения и интервалов решетки из данных порошковой рентгеновской дифракции с записями в базах данных по порошковой дифракции .

    Кристаллические структуры кристаллических образцов нанометрового размера могут быть определены с помощью структурного фактора информации об амплитуде монокристаллических из данных дифракции электронов или информации об амплитуде структурного фактора и фазовом угле из Фурье-преобразований HRTEM- изображений кристаллитов . Они хранятся в базах данных кристаллических структур, специализирующихся на нанокристаллах, и могут быть идентифицированы путем сравнения зонных осей подмножеств на графиках отпечатков пальцев решетки с записями в базе данных отпечатков пальцев решетчатых полос .

    Кристаллографические базы данных различаются по правам доступа и использования и предлагают различную степень возможностей поиска и анализа. Многие предоставляют возможности визуализации структуры. Они могут быть основаны на браузере или установлены локально. Более новые версии построены на модели реляционной базы данных и поддерживают файл кристаллографической информации ( CIF ) как универсальный формат обмена данными.

    Обзор [ править ]

    Кристаллографические данные извлекаются в основном из опубликованных научных статей и дополнительных материалов. Новые версии кристаллографических баз данных построены на модели реляционной базы данных , которая обеспечивает эффективные перекрестные ссылки на таблицы. Перекрестные ссылки служат для получения дополнительных данных или расширения возможностей поиска в базе данных.

    Обмен данными между кристаллографическими базами данных, программным обеспечением для визуализации структуры и программами уточнения структуры облегчился благодаря появлению формата файла кристаллографической информации (CIF). Формат CIF является стандартным форматом файлов для обмена и архивирования кристаллографических данных. [1] Он был принят Международным союзом кристаллографии ( IUCr ), который также предоставляет полные спецификации формата. [2] Он поддерживается всеми основными кристаллографическими базами данных.

    Растущая автоматизация процесса определения кристаллической структуры привела к еще большему увеличению количества публикаций новых кристаллических структур и, как следствие, к новым моделям публикации. Минималистичные статьи содержат только таблицы кристаллических структур, изображения структур и, возможно, абстрактное описание структур. Они, как правило, публикуются в финансируемых авторами или субсидируемых журналах с открытым доступом . Acta Crystallographica Раздел E и Zeitschrift für Kristallographie относятся к этой категории. Более подробные взносы могут быть направлены в традиционные журналы, финансируемые за счет подписчиков. С другой стороны, гибридные журналы включают отдельные статьи в открытом доступе, финансируемые автором, среди статей, финансируемых подписчиками. Издатели также могут размещать научные статьи в Интернете в виде формате PDF файлов в .

    Данные о кристаллической структуре в формате CIF прикрепляются к научным статьям в качестве дополнительного материала. CIF могут быть доступны непосредственно с веб-сайта издателя, из кристаллографических баз данных или с того и другого. В последние годы многие издатели кристаллографических журналов стали интерпретировать CIF как форматированные версии открытых данных , т.е. представляющие факты, не защищенные авторским правом, и поэтому стремятся сделать их бесплатными в Интернете, независимо от статуса доступности связанных научных статей.

    Тенденции [ править ]

    Тенденции кристаллических структур в базах данных за последнее десятилетие. [3]

    По состоянию на 2008 год более 700 000 кристаллических структур были опубликованы и сохранены в базах данных кристаллических структур . Скорость публикации достигла более 50 000 кристаллических структур в год. Эти цифры относятся к опубликованным и переизданным кристаллическим структурам на основе экспериментальных данных. Кристаллические структуры переиздаются благодаря поправкам на ошибки симметрии , улучшениям параметров решетки и атомов , а также различиям в технике дифракции или условиях эксперимента. По состоянию на 2016 год известно и опубликовано около 1 000 000 молекул и кристаллических структур, примерно половина из них находится в открытом доступе .

    Кристаллические структуры обычно подразделяют на минералы , металлы - сплавы , [4] неорганика , [5] органика , [6] нуклеиновые кислоты , [7] и биологические макромолекулы . [8] [9] Отдельные базы данных кристаллических структур предназначены для пользователей конкретных химических , молекулярно-биологических или смежных дисциплин, охватывая супер- или подмножества этих категорий. Минералы представляют собой подмножество преимущественно неорганических соединений . В категорию «металлы-сплавы» входят металлы, сплавы и интерметаллиды . Металлы-сплавы и неорганика могут быть объединены в «неорганику». Органические соединения и биологические макромолекулы разделяются по размеру молекул. Органические соли, металлорганические соединения и металлопротеины обычно относят к органическим или биологическим макромолекулам соответственно. Нуклеиновые кислоты представляют собой разновидность биологических макромолекул.

    Полнота может относиться к количеству записей в базе данных. С этой точки зрения базу данных кристаллических структур можно считать всеобъемлющей, если она содержит коллекцию всех (пере)опубликованных кристаллических структур в интересующей категории и часто обновляется. Поиск структур в такой базе данных может заменить более трудоемкое сканирование открытой литературы . Доступ к базам данных кристаллических структур сильно различается. Его можно разделить на доступ для чтения и записи. Права доступа на чтение (поиск, загрузка) влияют на количество и круг пользователей. Ограниченный доступ для чтения часто сочетается с ограничением прав использования. С другой стороны, права доступа к записи (загрузка, редактирование, удаление) определяют количество и диапазон участников базы данных. Ограниченный доступ для записи часто сочетается с высокой целостностью данных .

    С точки зрения количества пользователей и ежедневной скорости доступа, комплексные и тщательно проверенные базы данных кристаллических структур открытого доступа , естественно, превосходят сопоставимые базы данных с более ограниченным доступом и правами использования. Независимо от полноты, базы данных кристаллических структур с открытым доступом породили проекты программного обеспечения с открытым исходным кодом , такие как инструменты поискового анализа, программное обеспечение для визуализации и производные базы данных. Научный прогресс замедляется из-за ограничения прав доступа или использования, а также ограничения полноты или целостности данных. Ограниченные права доступа или использования обычно связаны с коммерческими базами данных кристаллических структур. С другой стороны, недостаточная полнота или целостность данных связаны с некоторыми базами данных кристаллических структур открытого доступа, кроме Открытой базы данных кристаллографии (COD). [10] [11] и является «макромолекулярным аналогом открытого доступа», всемирной базой данных по белкам . Кроме того, несколько баз данных о кристаллических структурах доступны бесплатно в первую очередь для образовательных целей, в частности минералогические базы данных и образовательные ответвления COD .

    Кристаллографические базы данных могут специализироваться на кристаллических структурах, идентификации кристаллических фаз, кристаллизации , [12] морфология кристаллов или различные физические свойства. Более интегрированные базы данных объединяют несколько категорий соединений или специализаций. [13] Структуры несоизмеримых фаз , 2D материалы , [14] нанокристаллы, тонкие пленки на подложках , [15] и предсказанные кристаллические структуры собираются в специализированных базах данных специальных структур.

    Поиск [ править ]

    Возможности поиска кристаллографических баз данных сильно различаются. Базовый функционал включает поиск по ключевым словам, физическим свойствам и химическим элементам . Особое значение имеет поиск по названию соединения и параметрам решетки . Очень полезны параметры поиска, которые позволяют использовать в строках поиска символы подстановки и логические связки . Если это поддерживается, объем поиска может быть ограничен за счет исключения определенных химических элементов.

    Более сложные алгоритмы зависят от типа обрабатываемого материала. Органические соединения можно искать по определенным молекулярным фрагментам . С другой стороны, неорганические соединения могут представлять интерес с точки зрения определенного типа координационной геометрии . Более продвинутые алгоритмы имеют дело с конформационным анализом (органика), супрамолекулярной химией (органика), межполиэдрической связностью («неорганика») и молекулярными структурами более высокого порядка ( биологические макромолекулы ). Алгоритмы поиска, используемые для более сложного анализа физических свойств, например, фазовых переходов или отношений структура-свойство, могут применять теории групп концепции .

    Современные версии кристаллографических баз данных основаны на модели реляционной базы данных . Связь с базой данных обычно происходит через диалект языка структурированных запросов ( SQL ). Веб-базы данных обычно обрабатывают алгоритм поиска на сервере, интерпретируя поддерживаемые сценариев элементы , тогда как настольные базы данных запускают локально установленные и обычно предварительно скомпилированные поисковые системы .

    Идентификация кристаллической фазы [ править ]

    Кристаллический материал можно разделить на монокристаллы , двойные кристаллы , поликристаллы и кристаллический порошок . В монокристалле расположение атомов , ионов или молекул определяется единой кристаллической структурой в одной ориентации. Кристаллы-двойники, с другой стороны, состоят из монокристаллических двойниковых доменов , которые выровнены по законам двойников и разделены доменными стенками .

    Поликристаллы состоят из большого количества мелких монокристаллов или кристаллитов , скрепленных тонкими слоями аморфного твердого тела . Кристаллический порошок получают путем измельчения кристаллов, в результате чего получаются частицы порошка, состоящие из одного или нескольких кристаллитов. И поликристаллы, и кристаллический порошок состоят из множества кристаллитов различной ориентации.

    Кристаллические фазы определяются как области с одинаковой кристаллической структурой, независимо от ориентации или двойникования . Таким образом, одиночные и сдвоенные кристаллические образцы представляют собой отдельные кристаллические фазы. Образцы поликристаллов или кристаллических порошков могут состоять из более чем одной кристаллической фазы. Такая фаза включает в себя все кристаллиты образца с одинаковой кристаллической структурой.

    Кристаллические фазы можно идентифицировать путем успешного сопоставления подходящих кристаллографических параметров с их аналогами в записях базы данных. Предварительные знания о химическом составе кристаллической фазы можно использовать, чтобы сократить количество записей в базе данных до небольшого выбора возможных структур и, таким образом, значительно упростить процесс идентификации кристаллической фазы.

    Порошковая дифракционная дактилоскопия 1D ) (

    Применение стандартных методов дифракции к кристаллическим порошкам или поликристаллам равносильно схлопыванию трехмерного обратного пространства , полученного с помощью дифракции монокристаллов , на одномерную ось. Получающееся в результате частичное и полное перекрытие независимых от симметрии отражений делает процесс определения структуры более трудным, если не невозможным.

    Данные порошковой дифракции можно представить как зависимость дифрагированной интенсивности ( I ) от шага обратной решетки (1/ d ). Положения отражения и интенсивности известных кристаллических фаз, в основном по данным рентгеновской дифракции , хранятся в виде пар данных d - I в базе данных файлов порошковой дифракции ( PDF ). Список пар данных d - I очень характерен для кристаллической фазы и, таким образом, пригоден для идентификации кристаллических фаз, также называемой «отпечатками пальцев». [16]

    Алгоритмы поиска и сопоставления сравнивают выбранные тестовые отражения неизвестной кристаллической фазы с записями в базе данных . Алгоритмы, основанные на интенсивности, используют три наиболее интенсивные линии (так называемый «поиск Ханавальта»), тогда как алгоритмы, основанные на d -интервалах, основаны на восьми-десяти крупнейших d -расстояниях (так называемый «поиск Финка»). [17]

    Рентгеновская порошковая дактилоскопия стала стандартным инструментом для идентификации одиночных или множественных кристаллических фаз и широко используется в таких областях, как металлургия , минералогия , судебная медицина , археология , физика конденсированного состояния , а также биологические и фармацевтические науки .

    ​​​​бахромы (2D отпечатков пальцев с помощью решетчатой Снятие )

    Основная статья: снятие отпечатков пальцев по решетчатой ​​бахроме

    Порошковые дифрактограммы очень маленьких монокристаллов или кристаллитов подвержены уширению пиков в зависимости от размера, что, начиная с определенного размера, делает порошковую дифракционную диагностику бесполезной. В этом случае максимальное разрешение возможно только в трехмерном обратном пространстве .т.е. путем применения монокристаллических методов дифракции электронов .

    Просвечивающая электронная микроскопия высокого разрешения ( HRTEM ) позволяет получать изображения и дифракционные картины кристаллитов нанометрового размера. Преобразования Фурье изображений HRTEM и картины дифракции электронов предоставляют информацию о прогнозируемой геометрии обратной решетки.для определенной ориентации кристалла, при которой ось проекции совпадает с оптической осью микроскопа.

    Проецируемая геометрия решетки может быть представлена ​​так называемыми « графиками отпечатков пальцев решетки » ( LFFP ), также называемыми графиками угловой ковариации. [18] Горизонтальная ось такого графика задана в длине обратной решетки и ограничена точечным разрешением микроскопа. Вертикальная ось определяется как острый угол между полосами решетки, преобразованными Фурье, или пятнами дифракции электронов. Точка двумерных данных определяется длиной вектора обратной решетки и его (острым) углом с другим вектором обратной решетки. Наборы точек 2D-данных, которые подчиняются зонному закону Вейсса, являются подмножествами всех точек данных в LFFP. Поэтому подходящий алгоритм поиска и сопоставления с использованием LFFP пытается найти осей зон соответствующие подмножества в базе данных . По сути, это вариант алгоритма сопоставления решеток. [19]

    В случае картин дифракции электронов амплитуды структурных факторов можно использовать на более позднем этапе для дальнейшего различения среди выбранных структур-кандидатов (так называемая «дактилоскопия структурных факторов»). Амплитуды структурных факторов по данным электронной дифракции гораздо менее надежны, чем их аналоги по данным рентгеновской монокристаллической и порошковой дифракции. Существующие методы прецессионной дифракции электронов значительно улучшают качество амплитуд структурных факторов, увеличивают их количество и, таким образом, делают информацию об амплитудах структурных факторов гораздо более полезной для процесса снятия отпечатков пальцев. [20]

    преобразования Фурье С другой стороны, изображений HRTEM предоставляют информацию не только о проецируемой геометрии обратной решетки и амплитудах структурных факторов, но также и фазовых углах структурных факторов. После кристаллографической обработки изображения [21] Фазовые углы структурного фактора гораздо более надежны, чем амплитуды структурного фактора. Дальнейшее распознавание структур-кандидатов тогда в основном основано на фазовых углах структурных факторов и, в меньшей степени, на амплитудах структурных факторов (так называемая «отпечатки пальцев структурных факторов»). [22] [23]

    дактилоскопия ( Морфологическая ) 3D

    Обобщенный закон Стено [24] утверждает, что межфазные углы между идентичными гранями любого монокристалла одного и того же материала по своей природе ограничены одним и тем же значением. [25] Это дает возможность идентифицировать кристаллические материалы на основе оптической гониометрии , которая также известна как кристаллометрия. [26] Чтобы успешно использовать этот метод, необходимо учитывать наблюдаемую точечной группы симметрию измеренных граней и творчески применять правило, согласно которому « кристаллов морфологии часто представляют собой комбинации простых (т.е. с низкой множественностью) форм, где отдельные грани имеют минимально возможные индексы Миллера. для любой заданной оси зоны ". Это должно гарантировать правильную индексацию граней кристалла для любого монокристалла.

    Во многих случаях можно с высокой точностью и точностью определить отношения осей кристаллов для кристаллов с низкой симметрией с помощью оптической гониометрии и идентифицировать кристаллический материал только на их основе, используя такие базы данных, как «Crystal Data». [27] При условии, что грани кристалла были правильно проиндексированы, а межфазные углы были измерены с точностью более нескольких долей десятой градуса, кристаллический материал может быть идентифицирован совершенно однозначно на основе сравнения углов с двумя довольно полными базами данных : Bestimmungstabellen für Kristalle (Определитель Кристаллов)' [28] и «Индекс кристаллов Баркера». [29]

    Поскольку закон Стено можно дополнительно обобщить для монокристалла любого материала, включив в него углы между всеми одинаково индексированными чистыми плоскостями (т.е. векторами обратной решетки , также известными как «потенциальные отражения в дифракционных экспериментах») или всеми одинаково индексированными направлениями решетки. (т.е. векторы прямой решетки, также известные как оси зон), существуют возможности для морфологического снятия отпечатков пальцев нанокристаллов в просвечивающем электронном микроскопе ( ПЭМ ) посредством трансмиссионной электронной гониометрии. [30]

    Таким образом, образец гониометра ПЭМ используется аналогично гониометрической головке оптического гониометра. Оптическая ось ПЭМ в этом случае аналогична опорному направлению оптического гониометра. В то время как в оптической гониометрии нормали чистой плоскости (векторы обратной решетки) должны быть последовательно выровнены параллельно опорному направлению оптического гониометра, чтобы получить измерения межфазных углов, соответствующее выравнивание необходимо выполнить для осей зон (прямой вектор решетки). ) в трансмиссионной электронной гониометрии. (Обратите внимание, что такое выравнивание по своей природе довольно тривиально для нанокристаллов в ПЭМ после выравнивания микроскопа стандартными процедурами.)

    Поскольку трансмиссионная электронная гониометрия основана на законе Брэгга для случая пропускания (Лауэ) (дифракции электронных волн), межзональные углы (т.е. углы между направлениями решетки) могут быть измерены с помощью процедуры, аналогичной измерению межфазных углов в оптическом гониометр на основе закона Снеллиуса , т.е. отражения света. С другой стороны, дополнения к межфазным углам внешних граней кристалла могут быть непосредственно измерены по дифракционной картине на оси зоны или по преобразованию Фурье изображения ПЭМ с высоким разрешением, на котором видны скрещенные полосы решетки.

    Сопоставление решеток (3D) [ править ]

    Параметры решетки неизвестных кристаллических фаз можно получить из данных рентгеновской , нейтронной или электронной дифракции . Эксперименты по дифракции монокристаллов дают матрицы ориентации, из которых можно вывести параметры решетки. Альтернативно, параметры решетки могут быть получены из данных дифракции порошка или поликристалла путем аппроксимации профиля без структурной модели (так называемый «метод Ле Бейля»).

    Произвольно определенные элементарные ячейки могут быть преобразованы в стандартные настройки и оттуда далее уменьшены до примитивной наименьшей ячейки. Сложные алгоритмы сравнивают такие уменьшенные ячейки с соответствующими записями базы данных . Более мощные алгоритмы также учитывают производные супер- и субячейки. Процесс сопоставления решетки можно дополнительно ускорить путем предварительного расчета и сохранения сокращенных ячеек для всех записей. Алгоритм ищет совпадения в определенном диапазоне параметров решетки. Более точные параметры решетки позволяют использовать более узкий диапазон и, следовательно, лучшее соответствие. [31]

    Сопоставление решеток полезно для идентификации кристаллических фаз на ранних стадиях монокристаллического образования.дифракционных экспериментов и, таким образом, избегая ненужных процедур полного сбора данных и определения структуры для уже известных кристаллических структур. Метод особенно важен для монокристаллических образцов, нуждающихся в консервации. С другой стороны, если часть или весь кристаллический материал образца может быть измельчен, порошковая дифракционная дактилоскопия обычно является лучшим вариантом для идентификации кристаллической фазы, при условии, что разрешение пиков достаточно хорошее. Однако алгоритмы сопоставления решеток по-прежнему лучше справляются с производными супер- и подячейками.

    Визуализация [ править ]

    Новые версии кристаллических структур баз данных объединяют визуализацию кристаллических и молекулярных структур . Специализированные или интегративные кристаллографические базы данных могут предоставлять результаты морфологической или тензорной визуализации.

    Кристаллические структуры [ править ]

    Кристаллическая структура описывает трехмерное периодическое расположение атомов , ионов или молекул в кристалле . Элементарная ячейка представляет собой простейшую повторяющуюся единицу кристаллической структуры. Это параллелепипед, содержащий определенное пространственное расположение атомов, ионов, молекул или молекулярных фрагментов. Из элементарной ячейки кристаллическая структура может быть полностью восстановлена ​​посредством трансляций .

    Визуализация кристаллической структуры может быть сведена к расположению атомов, ионов или молекул в элементарной ячейке с контурами ячеек или без них. Структурные элементы, выходящие за пределы отдельных элементарных ячеек, такие как изолированные молекулярные или многогранные единицы, а также цепные, сетчатые или каркасные структуры, часто можно лучше понять, расширив представление структуры на соседние ячейки.

    Пространственная группа кристалла представляет собой математическое описание симметрии, присущей структуре. Мотив . кристаллической структуры задается асимметричной единицей , минимальным подмножеством содержимого элементарной ячейки Содержимое элементарной ячейки можно полностью восстановить с помощью операций симметрии пространственной группы на асимметричной единице. визуализации Интерфейсы обычно позволяют переключаться между асимметричными представлениями единиц и полной структурой.

    Связи между атомами или ионами можно определить по характерным коротким расстояниям между ними. Их можно классифицировать как ковалентные , ионные , водородные или другие связи, включая гибридные формы. Углы связи можно определить по векторам связей в группах атомов или ионов. Расстояние связи и углы могут быть доступны пользователю в табличной форме или в интерактивном режиме, путем выбора пар или групп атомов или ионов. В шаро-стержневых моделях кристаллических структур шарики представляют собой атомы, а палочки — связи.

    Поскольку химики-органики особенно интересуются молекулярными структурами , было бы полезно иметь возможность интерактивно выделять отдельные молекулярные единицы из рисунка. Органические молекулярные единицы необходимо представлять как в виде двумерных структурных формул , так и в виде полных трехмерных молекулярных структур. [32] Молекулы в положениях специальной симметрии необходимо реконструировать из асимметричной единицы. Кристаллографы белков интересуются молекулярными структурами биологических макромолекул , поэтому необходимо предусмотреть возможность представления молекулярных субъединиц в виде спиралей , листов или клубков соответственно.

    Визуализация кристаллической структуры может быть интегрирована в кристаллографическую базу данных . Альтернативно, данные о кристаллической структуре обмениваются между базой данных и программным обеспечением визуализации, предпочтительно с использованием формата CIF . [33] Кристаллографические базы данных на базе Интернета могут интегрировать возможности визуализации кристаллической структуры. [34] В зависимости от сложности структуры, освещения и 3D-эффектов визуализация кристаллической структуры может потребовать значительного объема вычислительной мощности, поэтому фактическая визуализация обычно выполняется на клиенте .

    В настоящее время веб-интегрированная визуализация кристаллической структуры основана на Java-апплетах из проектов с открытым исходным кодом , таких как Jmol . [35] Веб-интегрированная визуализация кристаллической структуры предназначена для изучения кристаллических структур в веб-браузерах и часто поддерживает широкий цветовой спектр (до 32 бит) и адаптацию размера окна. Однако изображения кристаллической структуры, созданные через Интернет, не всегда подходят для публикации из-за таких проблем, как глубина разрешения, выбор цвета, контрастность оттенков серого или маркировка (расположение, тип шрифта, размер шрифта). [36]

    Морфология и физические свойства [ править ]

    Минералоги , в частности, интересуются морфологическим внешним видом отдельных кристаллов , определяемым фактически образовавшимися гранями кристаллов (трахт) и их относительными размерами (габитус). Более продвинутые возможности визуализации позволяют отображать характеристики поверхности, недостатки внутри кристалла, освещение (отражение, тень и полупрозрачность) и трехмерные эффекты (интерактивное вращение, перспектива и стереопросмотр). [37] [38]

    Кристаллофизиков , в частности, интересуют анизотропные физические свойства кристаллов. Зависимость физических свойств кристалла от направления описывается трехмерным тензором и зависит от ориентации кристалла. Тензорные формы становятся более ощутимыми за счет добавления эффектов освещения (отражение и тень). Интересующие 2D-разделы выбираются для отображения путем интерактивного вращения тензора вокруг одной или нескольких осей. [39]

    Данные о морфологии кристаллов или физических свойствах можно хранить в специализированных базах данных или добавлять в более полные базы данных о кристаллических структурах. База данных морфологии кристаллов (CMD) является примером сетевой базы данных морфологии кристаллов со встроенными возможностями визуализации.

    См. также [ править ]

    Ссылки [ править ]

    1. ^ Браун И. Дэвид; МакМахон Брайан (2002). «CIF: Компьютерный язык кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 317–324. дои : 10.1107/S0108768102003464 . ПМИД   12037350 .
    2. ^ Холл, Сидней Р.; МакМахон, Брайан (19 августа 2005 г.). Международные таблицы по кристаллографии, определению и обмену кристаллографическими данными . Дордрехт: Springer Science & Business Media. ISBN  978-1-4020-3138-0 .
    3. ^ Источники:
    4. ^ Белый Питер С.; Роджерс Джон Р.; Ивон Ле Пейдж (2002). «КРИСТМЕТ: база данных структур и порошковых рисунков металлов и интерметаллидов» . Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 343–348. дои : 10.1107/S0108768102002902 . ПМИД   12037354 .
    5. ^ Бельский Алек, Хелленбрандт Мариетт, Линн Вики, Карен, Лукш Питер (2002). «Новые разработки в базе данных неорганических кристаллических структур (ICSD): доступность для поддержки исследований и проектирования материалов» . Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 364–369. дои : 10.1107/S0108768102006948 . ПМИД   12037357 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
    6. ^ Аллен Франк Х (2002). «Кембриджская база данных структурных данных: четверть миллиона кристаллических структур и их рост» . Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 380–388. дои : 10.1107/S0108768102003890 . ПМИД   12037359 .
    7. ^ Берман Хелен М.; Уэстбрук Джон; Фэн Цзукан; Айпе Лиза; Шнайдер Богдан; Зардецки Кристина (2002). «База данных нуклеиновых кислот». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (6): 889–898. дои : 10.1107/s0907444902003487 . ПМИД   12037326 .
    8. ^ Берман Хелен М.; Баттистуз Тэмми; Бхат, Теннесси; Блюм Вольфганг Ф.; Борн Филип Э.; Буркхардт Кайл; Фэн Цзукан; Джиллилэнд Гэри Л.; Айпе Лиза; и др. (2002). «Банк данных о белках» . Acta Crystallographica Раздел D. 58 (6): 899–907. дои : 10.1107/s0907444902003451 . ПМИД   12037327 .
    9. ^ Зардецкий С.; и др. (2016). «Банк данных белков RCSB: ресурс для химических, биологических и структурных исследований больших и малых биомолекул» . Дж. Хим. Образование . 93 (3): 569–575. Бибкод : 2016JChEd..93..569Z . doi : 10.1021/acs.jchemed.5b00404 .
    10. ^ Саулюс Гражулис; Адриана Дашкевич; Андрюс Меркис; Дэниел Чатейнер; Лука Луттеротти; Мигель Кирос; Надежда Романовна Серебряная; Питер Моек; Роберт Т. Даунс; Армель Ле Бэйл (2012). «Открытая база данных кристаллографии (COD): коллекция кристаллических структур с открытым доступом и платформа для сотрудничества во всем мире» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Д1): Д420–Д427. дои : 10.1093/nar/gkr900 . ПМК   3245043 . ПМИД   22070882 .
    11. ^ Саулюс Гразулис; Дэниел Чатейнер; Роберт Т. Даунс; АФТ Ёкочи; Мигель Кирос; Лука Луттеротти; Елена Манакова; Юстас Буткус; Питер Моек; Армель Ле Бэйль (2009). «Открытая база данных кристаллографии — коллекция кристаллических структур в открытом доступе» . Журнал прикладной кристаллографии . 42 (4): 726–729. дои : 10.1107/S0021889809016690 . ПМЦ   3253730 . ПМИД   22477773 .
    12. ^ Джиллилэнд Гэри Л.; Тунг Майкл; Ладнер Джейн Э. (2002). «База данных по кристаллизации биологических макромолекул: процедуры и стратегии кристаллизации». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (6): 916–920. дои : 10.1107/s0907444902006686 . ПМИД   12037329 .
    13. ^ Вилларс Пьер, Онодера Н., Ивата Шуичи (1998). «Файл Лайнуса Полинга и его применение к дизайну материалов». Журнал сплавов и соединений . 279 (1): 1–7. дои : 10.1016/s0925-8388(98)00605-7 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
    14. ^ Эштон, М.; Пол, Дж.; Синнотт, С.Б.; Хенниг, Р.Г. (2017). «Идентификация слоистых твердых тел и стабильных расслоенных 2D-материалов с масштабированием топологии». Физ. Преподобный Летт . 118 (10): 106101. arXiv : 1610.07673 . Бибкод : 2017PhRvL.118j6101A . doi : 10.1103/PhysRevLett.118.106101 . ПМИД   28339265 . S2CID   32012137 .
    15. ^ Ван Хов Мишель А., Герман Клаус, Уотсон Филип Р. (2002). «База данных структуры поверхности NIST — SSD, версия 4» . Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 338–342. дои : 10.1107/s0108768102002434 . ПМИД   12037353 . S2CID   29840379 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
    16. ^ Фабер Джон; Фосетт Тим ​​(2002). «Файл порошковой дифракции: настоящее и будущее». Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 325–332. дои : 10.1107/S0108768102003312 . ПМИД   12037351 .
    17. ^ Кабеккоду, Соорья Н.; Фабер, Джон; Фосетт, Тим (29 мая 2002 г.). «Новый файл порошковой дифракции (PDF-4) в формате реляционной базы данных: преимущества и возможности интеллектуального анализа данных». Acta Crystallographica Раздел B Структурные науки . 58 (3). Международный союз кристаллографии (IUCr): 333–337. дои : 10.1107/s0108768102002458 . ISSN   0108-7681 . ПМИД   12037352 .
    18. ^ Филип Фраундорф; Вэньтао Квин; Питер Моек; Эрик Манделл (2005). «Понимание границ нанокристаллической решетки». Журнал прикладной физики . 98 (11): 114308–1–114308–10. arXiv : cond-mat/0212281 . Бибкод : 2005JAP....98k4308F . дои : 10.1063/1.2135414 . S2CID   13681236 .
    19. ^ Питер Моек (2008). «Структурная идентификация смесей кубических нанокристаллов оксида железа: порошковая рентгеновская дифракция в сравнении с квазикинематической трансмиссионной электронной микроскопией». arXiv : 0804.0063 [ cond-mat.mtrl-sci ].
    20. ^ Сядун Цзоу; Свен Ховмёллер (2008). «Электронная кристаллография: визуализация и дифракция монокристаллов на порошках» . Acta Crystallographica Раздел А. 64 (Часть 1): 149–169. Бибкод : 2008AcCrA..64..149Z . дои : 10.1107/S0108767307060084 . ПМИД   18156680 .
    21. ^ Ховмёллер С (1992). «CRISP: обработка кристаллографических изображений на персональном компьютере». Ультрамикроскопия . 41 (1–3): 121–135. дои : 10.1016/0304-3991(92)90102-П .
    22. ^ Питер Моек; Филип Фраундорф (2007). «Структурный отпечаток пальца в просвечивающем электронном микроскопе: обзор и возможности реализации расширенных стратегий идентификации нанокристаллов». Zeitschrift für Kristallographie . 222 (11): 634. arXiv : 0706.2021 . Бибкод : 2007ЗК....222..634М . дои : 10.1524/zkri.2007.222.11.634 . S2CID   98365435 .
    23. ^ Патент США 8131481 , Питер Моек, «Идентификация структуры нанокристаллов с поддержкой базы данных с помощью решетчатого отпечатка пальца с извлечением структурного фактора».  
    24. ^ Н. Стено (1923) [1669]. De Solido Intra Solidum Naturaliter Contento Dissertations Prodromus [ Предшественник диссертации о твердых телах, естественным образом заключенных внутри других твердых тел ]. Перевод Карла Милейтнера. Флоренция. {{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
    25. ^ JBL Роме де л'Иль (1783 г.). Кристаллография, или описание форм, свойственных всем телам минерального царства . Полет. 4. Париж.
    26. ^ П. Терпстра; Л. В. Кодд (1961). Кристаллометрия . Нью-Йорк: Академическая пресса.
    27. ^ Дж. Д. Х. Донней, К. Донней, Э. Г. Кокс, О. Кеннард, М. В. Кинг, Кристаллические данные, Монография 5, Американская кристаллографическая ассоциация, Вашингтон, Уильям и Хайнц, 1963.
    28. ^ А. К. Болдырев и В. В. Доливо-Добровольский, Таблицы идентификации кристаллов (Определитель Кристаллов), Том I, Часть 1, Введение, Тетрагирическая сингония; В. В. Доливо-Добровольский и Г. П. Преображенский, Том I, Часть 2, Тригирические и гексагирические сингонии, общие дополнения к средним сингониям, ЦНИИ геологоразведки, Ленинград и Москва, 1937 и 1939.
    29. ^ MW Porter и RC Spiller, Индекс кристаллов Баркера, Vol. I и II, W. Heffer and Sons, Кембридж, 1951 и 1956 годы; М.В. Портер и В.Л. Кодд, Индекс кристаллов Баркера, Vol. III, В. Хеффер и сыновья, Кембридж, 1964.
    30. ^ Питер Моек; Филип Фраундорф (14 сентября 2006 г.). «Просвечивающая электронная гониометрия и ее связь с электронной томографией для приложений в области материаловедения». arXiv : cond-mat/0611345 .
    31. ^ Фрэнк Х. Аллен, Гюнтер Бергерхофф, Рольф Сиверс (1987). Кристаллографические базы данных. Честер: IUCr.
    32. ^ Бруно Ян Дж.; Коул Джейсон С.; Эджингтон Пол Р.; Кесслер Магнус; Макрэй Клэр Ф.; Маккейб Патрик; Пирсон Джонатан; Тейлор Робин (2002). «Новое программное обеспечение для поиска в Кембриджской базе данных структурных данных и визуализации кристаллических структур». Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 389–397. дои : 10.1107/S0108768102003324 . ПМИД   12037360 .
    33. ^ Аллен Фрэнк Х.; Мазервелл В. Д. Сэмюэл (2002). «Применение Кембриджской структурной базы данных в органической химии и кристаллохимии». Acta Crystallographica Раздел B. 58 (3): 407–422. дои : 10.1107/S0108768102004895 . ПМИД   12037362 .
    34. ^ Моек Петер, Чертик Ондржей, Упрети Гириш, Зайпель Бьёрн, Харви Морган, Гаррик Уильям, Фраундорф Филип (2006). «Визуализация кристаллической структуры в трех измерениях при поддержке базы данных нанокристаллографии открытого доступа». Журнал материального образования . 28 (1): 83–90. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
    35. ^ Касс Мэрион Э.; Рзепа Генри С.; Рзепа Дэвид Р.; Уильямс Шарлотта К. (2005). «Использование бесплатной программы с открытым исходным кодом Jmol для создания интерактивного веб-сайта для обучения молекулярной симметрии». Журнал химического образования . 82 (11): 1736–1740. Бибкод : 2005JChEd..82.1736C . дои : 10.1021/ed082p1736 .
    36. ^ Херраэс Анхель (2006). «Биомолекулы в компьютере — Джмол спешит на помощь» . Образование в области биохимии и молекулярной биологии . 34 (4): 255–261. дои : 10.1002/bmb.2006.494034042644 . ПМИД   21638687 . S2CID   36319720 .
    37. ^ Каминский Вернер (2007). «От CIF к виртуальной морфологии с помощью программы WinXMorph» . Журнал прикладной кристаллографии . 40 (2): 382–385. дои : 10.1107/s0021889807003986 .
    38. ^ Каминский Вернер (2005). «WinXMorph: компьютерная программа для рисования морфологии кристаллов, секторов роста и поперечных сечений с экспортными файлами в формате виртуальной реальности VRML V2.0 UTF8». Журнал прикладной кристаллографии . 38 (3): 566–567. дои : 10.1107/s0021889805012148 .
    39. ^ Каминский Вернер (2000). «Wintensor: программа WIN95/98/NT для представления тензорных свойств». Приложение к журналу кристаллографии . 17:51 .

    Внешние ссылки [ править ]

    Кристаллические структуры [ править ]

    Идентификация кристаллической фазы [ править ]

    Специализированные базы данных [ править ]

    Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Crystallographic_database&oldid=1233732198"
    Arc.Ask3.Ru: конец переведенного документа.
    Arc.Ask3.Ru
    Номер скриншота №: b131026f5a2a99955ee78f17f2384563__1720617180
    URL1:https://arc.ask3.ru/arc/aa/b1/63/b131026f5a2a99955ee78f17f2384563.html
    Заголовок, (Title) документа по адресу, URL1:
    Crystallographic database - Wikipedia
    Данный printscreen веб страницы (снимок веб страницы, скриншот веб страницы), визуально-программная копия документа расположенного по адресу URL1 и сохраненная в файл, имеет: квалифицированную, усовершенствованную (подтверждены: метки времени, валидность сертификата), открепленную ЭЦП (приложена к данному файлу), что может быть использовано для подтверждения содержания и факта существования документа в этот момент времени. Права на данный скриншот принадлежат администрации Ask3.ru, использование в качестве доказательства только с письменного разрешения правообладателя скриншота. Администрация Ask3.ru не несет ответственности за информацию размещенную на данном скриншоте. Права на прочие зарегистрированные элементы любого права, изображенные на снимках принадлежат их владельцам. Качество перевода предоставляется как есть. Любые претензии, иски не могут быть предъявлены. Если вы не согласны с любым пунктом перечисленным выше, вы не можете использовать данный сайт и информация размещенную на нем (сайте/странице), немедленно покиньте данный сайт. В случае нарушения любого пункта перечисленного выше, штраф 55! (Пятьдесят пять факториал, Денежную единицу (имеющую самостоятельную стоимость) можете выбрать самостоятельно, выплаичвается товарами в течение 7 дней с момента нарушения.)