Олекс2
Олекс [1] [2] и Олекс2 [3] [4] являются универсальным программным обеспечением для кристаллографических исследований. Раньше Olex был исследовательским проектом, разработанным во время PhD для реализации топологического (как связность) анализа полимерных химических структур , и до сих пор широко используется во всем мире. Olex2 — это открытым исходным кодом проект с , код C++ которого можно переносить на Windows , Mac и Linux . Хотя проекты имеют общее название, они не связаны между собой на уровне исходного кода .
Олекс [ править ]
Программа Olex предназначена для анализа протяженных структурных сетей. Он работает только в системах Windows, а исходный код доступен только по запросу. Это позволяет упаковывать структуру, строить топологическую сеть и оценивать сети Шлефли. [5] и вершина [6] символы [7] и создавать растровые изображения модели, видимой на экране. Этот вид топологического сетевого анализа обычно проводится для определения значимости рассматриваемых структур и, возможно, для прогнозирования физических свойств исследуемого материала.
Olex2 — относительно зрелое программное обеспечение с открытым исходным кодом. [8] [9] с лицензией BSD , которая предоставляет инструменты для решения кристаллографической структуры, уточнения и подготовки окончательного отчета. Он все еще находится в стадии активной разработки. Olex2 предоставляет многочисленные инструменты для анализа и публикации структур, включая карты Фурье , расчет и визуализацию пустот, определение пространственной группы, расчет ESD практически для любых возможных геометрических параметров, перевод CIF в HTML и другие форматы документов, размещение атомов водорода и многие другие. Olex2 также может предоставить конечный графический результат в виде растровых изображений или PostScript , Ortep. [10] -like или вывод POV-Ray .
Независимый графический интерфейс для платформы Olex2 предоставляется wxWidgets. [11] Olex2 имеет расширенный интерфейс на основе HTML , улучшенный Pillow. [12] и графика OpenGL . Программное обеспечение предоставляется в виде готовых двоичных файлов для Windows, Mac и Linux, а также в виде исходного кода. Несколько сценариев сборки ( SCons , CMake и make ) предоставляются для помощи в разработке Olex2, но только SCons поддерживается повсюду и используется для каждого обновления выпуска. О любых проблемах и ошибках необходимо сообщать сторонникам, которые теперь находятся в ведении OlexSys Ltd. [13]
Графический интерфейс Olex2 состоит из двух компонентов: ядра Olex2, написанного на C++ и предоставляющего базовую модель графическому интерфейсу, который в основном основан на коде Python. Такое разделение позволяет расширять Olex2 с помощью пользовательских сценариев и использовать его функциональность пользователем на различных уровнях, таких как операции с индексами Миллера, манипуляции с файлами и многие другие.
Olex2 предоставляет набор коммерческих расширений:
- 3DPlus: обеспечивает возможность вывода файлов STL, VRML и PLY для 3D-печати.
- ReportPlus: профессиональные отчеты по определению структуры, включая возможность объединения структур.
Официальный сайт [ править ]
Ссылки [ править ]
- ^ Доломанов О.В.; Блейк Эй Джей; Чемпион NR; Шредер М. (2003). «OLEX: новое программное обеспечение для визуализации и анализа протяженных кристаллических структур». Дж. Прил. Кристаллогр . 36 (5): 1283–1284. дои : 10.1107/s0021889803015267 .
- ^ «Олекс на CCP14» .
- ^ Доломанов О.В.; Бурхис ЖЖ; Гилдеа Р.Дж.; Говард Джейк; Пушманн Х. (2009). «OLEX2: комплексное структурное решение, программа уточнения и анализа». Дж. Прил. Кристаллогр . 42 (2): 229–341. дои : 10.1107/S0021889808042726 .
- ^ «Сайт Олекс2» .
- ^ Уэллс, А. Ф. (1977). Трехмерные сети и многогранники . Нью-Йорк: Джон Уайли.
- ^ О'Киф М.; Хайд СТ (1997). «Символы вершин для цеолитовых сеток». Цеолиты . 19 (5–6): 370–374. дои : 10.1016/s0144-2449(97)00133-4 .
- ^ «Топологический анализ в Olex» (PDF) .
- ^ «Олекс2 в SourceForge» .
- ^ «Олекс2 в Оло» .
- ^ «Ортеп III» .
- ^ "wxWidgets" .
- ^ «Дружественная вилка PIL» .
- ^ ООО «ОлексСис» .
| Ключевые понятия |
|  | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Характеристика | ||||||||||||
| Алгоритмы | ||||||||||||
| Программное обеспечение | ||||||||||||
| Базы данных | ||||||||||||
| Журналы | ||||||||||||
| Награды | ||||||||||||
| Организация |
| |||||||||||
