Кристаллографический информационный файл

Кристаллографический информационный файл
Расширение имени файла	.cif
Тип интернет-СМИ	химикат/x-cif
Разработано	Международный союз кристаллографии (IUCr)
Тип формата	химический формат файла
Расширено с	Самоопределяющийся текстовый архив и поиск
Распространено на	ммCIF
Веб-сайт	www .iucr .org /ресурсы /cif

Файл кристаллографической информации ( CIF ) — это стандартный формат текстового файла для представления кристаллографической информации, опубликованный Международным союзом кристаллографии (IUCr). CIF был разработан Рабочей группой IUCr по кристаллографической информации при поддержке Комиссии IUCr по кристаллографическим данным и Комиссии IUCr по журналам. Формат файла был первоначально опубликован Холлом, Алленом и Брауном. ^[1] и с тех пор был переработан, последние версии - 1.1 и 2.0. ^[2] Полные спецификации формата доступны на веб-сайте IUCr. Многие компьютерные программы для молекулярного просмотра совместимы с этим форматом, включая Jmol .

ммCIF [ править ]

Близким родственником является mmCIF , макромолекулярный CIF, ^[3] который задуман как преемник формата Protein Data Bank (PDB) . Теперь это формат по умолчанию, используемый банком данных белков . ^[4]^[5]

Также тесно связана с Crystallographic Information Framework — более широкая система протоколов обмена, основанная на словарях данных и реляционных правилах, выражаемых в различных машиночитаемых проявлениях, включая, помимо прочего, файл кристаллографической информации и XML .

Ссылки [ править ]

^ Холл С.Р., Аллен Ф.Х., Браун И.Д. (1991). «Файл кристаллографической информации (CIF): новый стандартный архивный файл для кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел А. 47 (6): 655–685. Бибкод : 1991AcCrA..47..655H . дои : 10.1107/S010876739101067X .
^ Браун И.Д., МакМахон Б. (2002). «CIF: компьютерный язык кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел B: Структурная наука . 58 (Часть 3, Часть 1): 317–24. дои : 10.1107/s0108768102003464 . ПМИД 12037350 .
^ Борн, ЧП; Берман, HM; МакМахон, Б; Уотенпо, К.Д.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фицджеральд, премьер-министр (1997). «Макромолекулярный кристаллографический информационный файл». Макромолекулярная кристаллография . Часть Б. Методы энзимологии. Том. 277. стр. 571–90. дои : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4 . ПМИД 18488325 .
^ Адамс, PD; Афонин, П.В.; Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж; Бриконь, Г; Браун, Д.Г.; Берли, СК; Чен, М; Фэн, З; Фленсбург, К; Гутманас, А; Хох, Дж.К.; Икегава, Ю; Кенгаку, Ю; Криссинель, Э; Курису, Дж; Лян, Ю; Либшнер, Д; Мак, Л; Маркли, Дж.Л.; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов Г.Н.; Благородный, М; Пейсах, Э; Персикова, И; Пун, БК; Соболев О.В.; Ульрих, EL; Веланкар, С; Фонрейн, К; Уэстбрук, Дж; Войдир, М; Ёкочи, М; Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявляем об обязательном предоставлении файлов формата PDBx/mmCIF для кристаллографического осаждения в Банк данных белков (PDB)» . Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Часть 4): 451–454. дои : 10.1107/S2059798319004522 . ПМК 6465986 . ПМИД 30988261 .
^ — Бичлер, Мартин (1997), «Основные методы WWW» , создание общекорпоративных информационных систем WWW , Висбаден: Vieweg+Teubner Verlag, стр. 8–32, doi : 10.1007/978-3-322-86597-7_2 , ISBN 978-3-322-86598-4 , получено 17 сентября 2021 г.

Внешние ссылки [ править ]

Международный союз кристаллографии

[Hall1991-1] Холл С.Р., Аллен Ф.Х., Браун И.Д. (1991). «Файл кристаллографической информации (CIF): новый стандартный архивный файл для кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел А. 47 (6): 655–685. Бибкод : 1991AcCrA..47..655H . дои : 10.1107/S010876739101067X .

[Brown2002-2] Браун И.Д., МакМахон Б. (2002). «CIF: компьютерный язык кристаллографии» . Acta Crystallographica Раздел B: Структурная наука . 58 (Часть 3, Часть 1): 317–24. дои : 10.1107/s0108768102003464 . ПМИД 12037350 .

[3] Борн, ЧП; Берман, HM; МакМахон, Б; Уотенпо, К.Д.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фицджеральд, премьер-министр (1997). «Макромолекулярный кристаллографический информационный файл». Макромолекулярная кристаллография . Часть Б. Методы энзимологии. Том. 277. стр. 571–90. дои : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4 . ПМИД 18488325 .

[4] Адамс, PD; Афонин, П.В.; Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж; Бриконь, Г; Браун, Д.Г.; Берли, СК; Чен, М; Фэн, З; Фленсбург, К; Гутманас, А; Хох, Дж.К.; Икегава, Ю; Кенгаку, Ю; Криссинель, Э; Курису, Дж; Лян, Ю; Либшнер, Д; Мак, Л; Маркли, Дж.Л.; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов Г.Н.; Благородный, М; Пейсах, Э; Персикова, И; Пун, БК; Соболев О.В.; Ульрих, EL; Веланкар, С; Фонрейн, К; Уэстбрук, Дж; Войдир, М; Ёкочи, М; Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявляем об обязательном предоставлении файлов формата PDBx/mmCIF для кристаллографического осаждения в Банк данных белков (PDB)» . Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Часть 4): 451–454. дои : 10.1107/S2059798319004522 . ПМК 6465986 . ПМИД 30988261 .

[5] — Бичлер, Мартин (1997), «Основные методы WWW» , создание общекорпоративных информационных систем WWW , Висбаден: Vieweg+Teubner Verlag, стр. 8–32, doi : 10.1007/978-3-322-86597-7_2 , ISBN 978-3-322-86598-4 , получено 17 сентября 2021 г.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]