Кристаллографический сервер Бильбао
 | |
 Главная страница Кристаллографического сервера Бильбао | |
Тип сайта | Научные инструменты (кристаллография и физика твердого тела) |
|---|---|
| Доступно в | Английский |
| Владелец | Университет Страны Басков |
| Создано | Мойс И. Аройо, Х. Мануэль Перес-Мато, Готсон Мадариага |
| URL-адрес | www |
| Запущен | 1997 |
| Текущий статус | Онлайн |
Bilbao Crystallographic Server — это веб-сайт с открытым доступом , предлагающий онлайн-кристаллографическую базу данных и программы, предназначенные для анализа, расчета и визуализации задач структурной и математической кристаллографии, физики твердого тела и структурной химии. Кристаллографический сервер Бильбао , созданный в 1997 году Лабораторией материалов кафедры физики конденсированного состояния Университета Страны Басков в Бильбао, Испания, разрабатывается и поддерживается учеными. [1]
Информация о содержании и обзор размещенных инструментов [ править ]
Ориентируясь на кристаллографические данные и приложения теории групп в физике твердого тела , сервер построен на основе баз данных и содержит различные оболочки.
Инструменты поиска пространственных групп [ править ]
Набор баз данных включает данные International Tables of Crystallography, Vol. A: Симметрия пространственной группы , [2] и данные максимальных подгрупп пространственных групп, перечисленных в International Tables of Crystallography, Vol. A1: Отношения симметрии между пространственными группами . [3] База данных k-векторов с фигурами зон Бриллюэна и классификационными таблицами k-векторов для пространственных групп также доступна через инструмент KVEC .
Магнитные космические группы [ править ]
В 2011 году данные о магнитных пространственных группах, собранные на основе исследований HT Stokes и BJ Campbell's [4] и Д. Литвина [5] работ автора Общие позиции / операции симметрии и позиции Вайкоффа для различных настроек, а также правила систематического отсутствия также были включены в сервер, а новая оболочка была посвящена соответствующим инструментам ( MGENPOS , MWYCKPOS , MAGNEXT ).
Отношения между группами и подгруппами пространственных групп [ править ]
Эта оболочка содержит приложения, необходимые для решения проблем, связанных с отношениями группа-подгруппа между пространственными группами. Учитывая типы пространственных групп G и H и их индекс , программа SUBGROUPGRAPH предоставляет графики максимальных подгрупп для пары группа-подгруппа G > H, все различные подгруппы H и их распределение по классам сопряженности . Правила разделения позиций Вайкоффа для пары группа-подгруппа рассчитываются программой WYCKSPLIT .
теории представлений Приложения
Четвертая оболочка включает программы по представлений пространств . и точечных групп теории REPRES конструирует малой и полной группы неприводимые представления для заданной пространственной группы и k-вектора; КОРРЕЛ занимается корреляциями между неприводимыми представлениями пространственных групп, связанных между собой группа-подгруппа. В программе POINT перечислены таблицы символов кристаллографических точечных групп, таблицы умножения Кронекера их неприводимых представлений и дополнительная полезная информация о симметрии.
твердого Приложения тела теории
Эта оболочка связана с физикой твердого тела и структурной химией. Программа PSEUDO выполняет оценку псевдосимметрии заданной структуры относительно супергрупп ее пространственной группы. AMPLIMODES выполняет анализ симметрии любой искаженной структуры смещенного типа. Анализ заключается в разложении искажений, нарушающих симметрию, присутствующих в искаженной структуре, на вклады от различных адаптированных по симметрии мод. Учитывая структуры высокой и низкой симметрии, программа рассчитывает амплитуды и векторы поляризации мод искажений различной симметрии, замороженных в структуре. Программа SAM рассчитывает адаптированные по симметрии моды для центра зоны Бриллюэна и классифицирует их по их инфракрасной и рамановской активности . NEUTRON вычисляет правила затухания фононов при неупругом рассеянии нейтронов . Его результаты актуальны и для экспериментов по диффузному рассеянию .
Структурные утилиты [ править ]
Набор структурных утилит включен для различных приложений, таких как: преобразование элементарных ячеек ( CELLTRAN ) или полных структур ( TRANSTRU ); тензора деформаций расчет ( STRAIN ); назначение позиций Вайкоффа ( WPASSIGN ); эквивалентные описания данной структуры ( EQUIVSTRU ); с поддержкой аффинных нормализаторов моноклинических сравнение различных структур пространственных групп. СТРУКТУРНЫЕ ОТНОШЕНИЯ вычисляет возможные матрицы преобразования для данной пары структур, связанных группа-подгруппа.
кристаллических структур несоизмеримых База данных
На кристаллографическом сервере Бильбао также размещена B-IncStrDB: База данных несоизмеримых кристаллических структур Бильбао , база данных для несоизмеримо модулированных и составных структур.
Научные исследования
Помимо получения цитирований научных статей [6] [7] и тезисы, [8] [9] Кристаллографический сервер Бильбао также активно публикует отчеты об исследованиях в статьях, рецензируемых на международном уровне. [10] а также проведение/участие в международных семинарах, летних школах и конференциях. [11] Список этих публикаций и событий доступен на веб-странице сервера. .
и люди развития История
Кристаллографический сервер Бильбао появился на свет в 1997 году как научный проект кафедры физики конденсированного состояния и прикладной физики II Университета Страны Басков (ЕГУ) под руководством Х. Мануэля Переса-Мато (ЕГУ) и Моиса I. Аройо (ЕГУ) в координации с Готцоном Мадариагой (ЕГУ) и Хансом Вондрачеком ( Технологический институт Карлсруэ , Германия) при финансировании правительства Басков и нескольких министерств правительства Испании. Исходный код был написан тогдашним доктором философии. Студенты Эли Кроумова (ЕГУ) и Свет Иванчев (ЕГУ) и самые первые оболочки, связанные с инструментами поиска, отношениями группа-подгруппа и представлениями пространственных групп, вскоре появились в сети. [12] [13] [14] [15]
Впоследствии, в сотрудничестве с Гарольдом Т. Стоксом и Дорианом М. Хэтчем из Университета Бригама Янга , США, сервер расширил свои услуги, включив в него анализ режимов симметрии. Асен Константинович Киров, к.т.н. Студент Софийского университета (Болгария) внес свой вклад в работу сервера, работая над программами, посвященными неприводимым представлениям и правилам вымирания .
В 2001 году к.т.н. Студент Сезар Капильяс начал свои исследования на сервере и стал главным разработчиком и системным администратором, сосредоточив внимание на структурных отношениях, таких как псевдосимметрия и фазовые переходы . Данел Оробенгоа, также доктор философии. студент, присоединился к команде разработчиков в 2005 году и работал в основном над режимами симметрии, таблицами классификации k-векторов и нехарактеристическими орбитами (в сотрудничестве с Массимо Несполо из Университета Нанси , Франция), защитив докторскую диссертацию. диссертация по применению сервера для ферроидных материалов .
В 2009 году к.т.н. студентка Джемма де ла Флор и аспирант Эмре С. Таши были наняты в команду разработчиков: де ла Флор работал в основном над идентификацией и интерпретацией операций симметрии , сравнением структур, а Таши стал новым системным администратором и главным разработчиком, сосредоточившись на структурные отношения, касающиеся фазовых переходов. Команда Bilbao Crystallographic Server приняла свой нынешний (2012 г.) состав в 2010 г. с добавлением доктора философии. студент Самуэль Видаль Гальего, основной областью его исследований являются магнитные космические группы . [16]
Ссылки [ править ]
- ^ http://www.cryst.ehu.es/html/doc/bcs_about.html О кристаллографическом сервере Бильбао и его авторах.
- ^ Вондрачек, Ганс (2010). Международные таблицы по кристаллографии, Vol. A1: Отношения симметрии между пространственными группами . Джон Уайли и сыновья. ISBN 978-0-470-68908-0 .
- ^ Хан, Тео (2010). Международные таблицы по кристаллографии, Vol. A: Симметрия пространственной группы . Джон Уайли и сыновья. ISBN 978-0-470-66079-9 .
- ^ http://stokes.byu.edu/Magneticspacegroups.html Таблица магнитных пространственных групп.
- ^ http://www.bk.psu.edu/faculty/litvin/Download.html. Архивировано 19 ноября 2011 г. в Wayback Machine Magnetic Groups.
- ^ Данные Web of Science по статьям, цитирующим: Аройо М.И.; Перес-Мато Х.М.; Капиллы С; и др. (2006). «Кристаллографический сервер Бильбао: I. Базы данных и программы кристаллографических вычислений». Журнал кристаллографии . 221 (1): 15–27. дои : 10.1524/zkri.2006.221.1.15 .
- ^ Данные Web of Science по статьям, цитирующим: Аройо М.И.; Киров А; Капиллы С; и др. (2006). «Кристаллографический сервер Бильбао. II. Представления кристаллографических точечных групп и пространственных групп». Акта Кристаллографика А. 62 (2): 115–128. CiteSeerX 10.1.1.433.5991 . дои : 10.1107/S0108767305040286 . ПМИД 16489249 .
- ^ Список тезисов, в которых упоминается Кристаллографический сервер Бильбао.
- ^ Список тезисов, основанный непосредственно на приложениях, размещенных на кристаллографическом сервере Бильбао.
- ^ Список статей, связанных с кристаллографическим сервером Бильбао.
- ^ Избранный список конференций, на которых были представлены работы Bilbao Crystallographic Server.
- ^ Кроумова Э, Перес-Мато Х.М., Аройо М.И. (1998). «WYCKSPLIT: компьютерная программа для определения отношений позиций Вайкоффа для пары группа-подгруппа». Дж. Прил. Кристаллогр . 31 (4): 646. doi : 10.1107/S0021889898005524 .
- ^ Иванчев С., Кроумова Е., Мадариага Г., Перес-Мато Х.М., Аройо М.И. (2000). «ПОДГРУППА - компьютерная программа для анализа группово-подгрупповых отношений между пространственными группами». Дж. Прил. Кристаллогр . 33 (4): 1190–1191. дои : 10.1107/S0021889800007135 .
- ^ Кроумова Е., Аройо М.И., Перес-Мато Х.М., Иванчев С., Игартуа Дж.М., Вондрачек Х. (2001). «ПСЕВДО: программа для поиска псевдосимметрии». Дж. Прил. Кристаллогр . 34 (6): 783–784. дои : 10.1107/S0021889801011852 .
- ^ Иванчев С., Кроумова Е., Аройо М.И., Перес-Мато Х.М., Игартуа Дж.М., Мадариага Г., Вондратчек Х (2002). «СУПЕРГРУППЫ: компьютерная программа для определения супергрупп пространственных групп». Дж. Прил. Кристаллогр . 35 (4): 511–512. дои : 10.1107/S002188980200732X .
- ^ «О кристаллографическом сервере Бильбао», официальная вики-запись о кристаллографическом сервере Бильбао.
Внешние ссылки [ править ]
| Ключевые понятия |
|  | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Характеристика | ||||||||||||
| Алгоритмы | ||||||||||||
| Программное обеспечение | ||||||||||||
| Базы данных | ||||||||||||
| Журналы | ||||||||||||
| Награды | ||||||||||||
| Организация |
| |||||||||||
