Уточнение неупорядоченной структуры
структуры Уточнение неупорядоченной [1] [2] программа (DSR), написанная Дэниелом Кратцертом, предназначена для упрощения моделирования молекулярного беспорядка в кристаллических структурах с помощью SHELXL. [3] [4] [5] Джордж М. Шелдрик . Он имеет базу данных, содержащую около 120 стандартных молекул растворителей и молекулярных фрагментов. Их можно внедрить в кристаллическую структуру без особых усилий, сохраняя при этом химически значимое связывание и угловые ограничения. [6] установлены. DSR был разработан потому, что предыдущее описание беспорядка в кристаллических структурах с помощью SHELXL было очень длинным и подвержено ошибкам. Вместо редактирования больших текстовых файлов вручную и определения ограничений вручную этот процесс автоматизируется с помощью DSR.
Приложение [ править ]
DSR можно запустить из командной строки. Вызов имеет базовую форму:
dsr [option] (SHELXL file)
DSR управляется специальной командой в соответствующем файле SHELXL. Это имеет следующий синтаксис:
REM DSR PUT/REPLACE "fragment" WITH (atoms) ON (atoms or q-peaks) PART 1 OCC -21 = RESI DFIX
Команда DSR всегда должна начинаться с REM, чтобы SHELXL не распознавал эту строку как свою собственную команду. Какой атом фрагмента молекулы из базы данных соответствует какому атому или q-пику в кристаллической структуре указан в списке после СО и ON.
Запустив
dsr -r file.res
производится подгонка фрагмента и перенос ограничений.
Графический интерфейс пользователя [ править ]
С 2016 года ShelXle имеет графический интерфейс для DSR. Там можно выполнить большинство команд версии для командной строки.
Чтобы перенести фрагмент в структуру, необходимо выбрать три атома/q-пика в ShelXle и в графическом интерфейсе DSR каждый, чтобы указать положение фрагмента. Затем в 3D-виде фрагмента отображается предварительный просмотр последующей подгонки фрагмента.
Программирование [ править ]
DSR программируется только на Python. Таким образом, он работает в любой операционной системе, поддерживающей Python.
Он находится под бесплатной лицензией Beerware , его можно бесплатно загрузить и изменить по желанию.
Ссылки [ править ]
- ^ Кратцерт, Дэниел; Кроссинг, Инго (3 мая 2018 г.). «Последние улучшения в DSR» . Журнал прикладной кристаллографии . 51 (3): 928–934. дои : 10.1107/S1600576718004508 . ISSN 1600-5767 . Проверено 17 августа 2018 г.
- ^ Дэниел Кратцерт; Джулиан Дж. Гольштейн; Инго Кроссинг (01 июня 2015 г.), «DSR: расширенное моделирование и уточнение неупорядоченных структур с помощью SHELXL» , Журнал прикладной кристаллографии (на немецком языке), том. 48, нет. 3, стр. 933–938, doi : 10.1107/s1600576715005580 , ISSN 1600-5767 , PMC 4453980 , PMID 26089767 , получено 7 февраля 2017 г.
- ^ «Домашняя страница SHELX» (на немецком языке) . Проверено 7 февраля 2017 г.
- ^ Джордж М. Шелдрик (01 января 2008 г.), «Краткая история SHELX», Acta Crystallographica Раздел A: Основы кристаллографии (на немецком языке), том. 64, нет. 1, стр. 112–122, Bibcode : 2008AcCrA..64..112S , doi : 10.1107/s0108767307043930 , ISSN 0108-7673 , PMID 18156677
- ^ Джордж М. Шелдрик (01 января 2015 г.), «Уточнение кристаллической структуры с помощью SHELXL», Acta Crystallographica Раздел C: Структурная химия (на немецком языке), том. 71, нет. 1, стр. 3–8, doi : 10.1107/s2053229614024218 , ISSN 2053-2296 , PMC 4294323 , PMID 25567568
- ^ Джерард Дж. Клейвегт (01 января 2007 г.), «Кристаллографическое уточнение лигандных комплексов», Acta Crystallographica Раздел D: Биологическая кристаллография (на немецком языке), том. 63, нет. 1, стр. 94–100, doi : 10.1107/s0907444906022657 , ISSN 0907-4449 , PMC 2483469 , PMID 17164531