Файл макромолекулярной кристаллографической информации

Файл макромолекулярной кристаллографической информации
Расширение имени файла	.mmcif
Тип интернет-СМИ	химикат/x-mmcif
Разработано	Международный союз кристаллографии (IUCr), Банк данных по белкам
Последний выпуск	5.372 ; 12 июня 2023 г.
Тип формата	химический формат файла
Расширено с	Кристаллографический информационный файл
Веб-сайт	ммциф .wwpdb .org

Файл макромолекулярной кристаллографической информации ( mmCIF ), также известный как PDBx/mmCIF, представляет собой стандартный формат текстового файла для представления данных о структуре макромолекул, разработанный Международным союзом кристаллографии (IUCr) и Банком данных белков. ^{[ 1 ]} Это расширение файла кристаллографической информации (CIF), специально предназначенное для макромолекулярных данных, таких как белки и нуклеиновые кислоты, и включающее элементы из формата файла PDB .

mmCIF задуман как альтернатива формату банка данных белков (PDB) и теперь является форматом по умолчанию, используемым банком данных белков . ^{[ 2 ]}

mmCIF был разработан для устранения ограничений формата PDB с точки зрения емкости и гибкости, особенно с учетом увеличения размера и сложности определяемых макромолекулярных структур.

Формат является частью более крупной структуры кристаллографической информации — системы протоколов обмена, основанной на словарях данных и реляционных правилах, выражаемых в различных машиночитаемых проявлениях, включая, помимо прочего, исходный файл кристаллографической информации и XML .

Пример

Пример формата файла mmCIF в стиле «ключ-значение»: ^{[ 2 ]}

_cell.entry_id           4HHB
_cell.length_a           63.150
_cell.length_b           83.590
_cell.length_c           53.800
_cell.angle_alpha        90.00
_cell.angle_beta         99.34
_cell.angle_gamma        90.00
_cell.Z_PDB              4

Внешние ссылки

Ссылки

^ Борн, ЧП; Берман, HM; МакМахон, Б; Уотенпо, К.Д.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фицджеральд, премьер-министр (1997). «Макромолекулярный кристаллографический информационный файл». Макромолекулярная кристаллография . Часть Б. Методы энзимологии. Том. 277. стр. 571–90. дои : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4 . ПМИД 18488325 .
^ Перейти обратно: ^а ^б Адамс, PD; Афонин, П.В.; Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж.; Бриконь, Г; Браун, Д.Г.; Берли, Словакия ; Чен, М; Фэн, З; Фленсбург, К; Гутманс, А; Хох, Дж.К.; Икегава, Ю; Кенгаку, Ю; Криссинель, Э; Курису, Дж; Лян, Ю; Либшнер, Д; Марк, Л; Маркли, JL; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов Г.Н.; Благородный, М; Пейзах, Э; Персикова, И; Пун, БК; Соболев О.В.; Ульрих, Эль; Веланкар, С; Вонрейн, К.; Уэстбрук, Дж.; Войдир, М; Ёкочи, М; Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявляем об обязательной отправке файлов формата PDBx/mmCIF для кристаллографического осаждения в Банк данных белков (PDB)» . Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Часть 4): 451–454. дои : 10.1107/S2059798319004522 . ПМК 6465986 . ПМИД 30988261 .

[1] Борн, ЧП; Берман, HM; МакМахон, Б; Уотенпо, К.Д.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Фицджеральд, премьер-министр (1997). «Макромолекулярный кристаллографический информационный файл». Макромолекулярная кристаллография . Часть Б. Методы энзимологии. Том. 277. стр. 571–90. дои : 10.1016/s0076-6879(97)77032-0 . ISBN 978-0-12-182178-4 . ПМИД 18488325 .

[:0-2] Перейти обратно: ^а ^б Адамс, PD; Афонин, П.В.; Баскаран, К; Берман, HM; Беррисфорд, Дж.; Бриконь, Г; Браун, Д.Г.; Берли, Словакия ; Чен, М; Фэн, З; Фленсбург, К; Гутманс, А; Хох, Дж.К.; Икегава, Ю; Кенгаку, Ю; Криссинель, Э; Курису, Дж; Лян, Ю; Либшнер, Д; Марк, Л; Маркли, JL; Мориарти, Северо-Запад; Муршудов Г.Н.; Благородный, М; Пейзах, Э; Персикова, И; Пун, БК; Соболев О.В.; Ульрих, Эль; Веланкар, С; Вонрейн, К.; Уэстбрук, Дж.; Войдир, М; Ёкочи, М; Янг, JY (1 апреля 2019 г.). «Объявляем об обязательной отправке файлов формата PDBx/mmCIF для кристаллографического осаждения в Банк данных белков (PDB)» . Acta Crystallographica Раздел D. 75 (Часть 4): 451–454. дои : 10.1107/S2059798319004522 . ПМК 6465986 . ПМИД 30988261 .

[ 1 ]

[ 2 ]