Цитоскейп
 Домашняя страница Cytoscape | |
| Оригинальный автор(ы) | Институт системной биологии |
|---|---|
| Разработчик(и) | Команда Цитоскейп |
| Первоначальный выпуск | июль 2002 г. |
| Стабильная версия | 3.8.2 / 29 октября 2020 г [1] |
| Написано в | Ява |
| Операционная система | Любой ( на основе Java ) |
| Тип | Обработка изображений |
| Лицензия | LGPL |
| Веб-сайт | www |
Cytoscape — это с открытым исходным кодом, для биоинформатики программная платформа предназначенная для визуализации сетей молекулярного взаимодействия и интеграции с профилями экспрессии генов и другими данными о состоянии. Дополнительные функции доступны в виде плагинов . Доступны плагины для анализа сетевых и молекулярных профилей, новых макетов, поддержки дополнительных форматов файлов, подключения к базам данных и поиска в крупных сетях. Плагины могут разрабатываться с использованием открытой архитектуры программного обеспечения Java Cytoscape кем угодно, и разработка плагинов сообществом приветствуется. [2] [3] У Cytoscape также есть JavaScript родственный проект, ориентированный на , под названием Cytoscape.js , который можно использовать для анализа и визуализации графиков в средах JavaScript, например в браузере.
История [ править ]
Cytoscape изначально был создан в Институте системной биологии в Сиэтле в 2002 году. Сейчас он разрабатывается международным консорциумом разработчиков открытого исходного кода. Первоначально Cytoscape был обнародован в июле 2002 г. (версия 0.8); второй выпуск (v0.9) вышел в ноябре 2002 г., а версия 1.0 была выпущена в марте 2003 г. Версия 1.1.1 является последней стабильной версией серии 1.0. Версия 2.0 была первоначально выпущена в 2004 году; Cytoscape 2.83, последняя версия 2.xx, была выпущена в мае 2012 года. Версия 3.0 была выпущена 1 февраля 2013 года, а последняя версия, 3.4.0, была выпущена в мае 2016 года.
Развитие [ править ]
Основная команда разработчиков Cytoscape продолжает работать над этим проектом и выпустила Cytoscape 3.0 в 2013 году. Это представляло собой серьезное изменение в архитектуре Cytoscape; это более модульная, расширяемая и поддерживаемая версия программного обеспечения. [4]
Использование [ править ]
Хотя Cytoscape чаще всего используется для биологических исследований, он не имеет особого значения с точки зрения использования. Cytoscape может визуализировать и анализировать любые сетевые графы, включающие узлы и ребра (например, социальные сети). Важным аспектом архитектуры программного обеспечения Cytoscape является использование плагинов для специализированных функций. Плагины разрабатываются основными разработчиками и широким сообществом пользователей.
См. также [ править ]
- Вычислительная геномика
- Рисование графика
- Фреймворк JavaScript
- библиотека JavaScript
- Моделирование метаболической сети
- Прогнозирование межбелкового взаимодействия
Ссылки [ править ]
- ^ «Выпущен Cytoscape 3.8.2!» . groups.google.com . Проверено 11 марта 2021 г.
- ^ Шеннон П., Маркиэль А., Озье О. и др. (2003). «Cytoscape: программная среда для интегрированных моделей сетей биомолекулярного взаимодействия» . Геном Рез . 13 (11): 2498–504. дои : 10.1101/гр.1239303 . ПМК 403769 . ПМИД 14597658 .
- ^ Белл Г.В., Левиттер Ф. (2006). Визуализация сетей . Мет. Энзимол. Том. 411. стр. 408–21. дои : 10.1016/S0076-6879(06)11022-8 . ISBN 978-0-12-182816-5 . ПМИД 16939803 .
- ^ Дорожная карта продукта Cytoscape
