ТопНАЙТИ

ТопНАЙТИ
Содержание
Описание	TopFIND — это о центральный белков ресурс данных протеазами о термино-ориентированных функциях , концевых , база данных белках , интегрированный со знаниями о концах белков , протеолитическом процессинге модификациях аминокислот и предполагаемых функциональных значениях, созданный путем объединения вклада сообщества с UniProt. и MEROPS базы данных .
Типы данных ; захвачен	Белковая аннотация
Организмы	H. sapiens, M. musculus, A. thaliana, S. cerevisiae, E. coli
Контакт
Исследовательский центр	Университет Британской Колумбии (UBC), Канада
Лаборатория	Кристофер В целом
Авторы	Филипп Ф. Ланге
Первичное цитирование	TopFIND 2.0 — связывание концов белка с помощью протеолитического процессинга и модификаций, изменяющих функцию белка.
Дата выпуска	2011
Доступ
Формат данных	Пользовательский файл, разделенный запятыми, SQL , XML .
Веб-сайт	подача клипов .клип .ubc .что /topfind
Разнообразный
Лицензия	Creative Commons с указанием авторства – без производных
Политика курирования	Да, ручной и автоматический. Правила автоматического аннотирования, создаваемые кураторами базы данных и вычислительными алгоритмами.

TopFIND это база данных ) о ( TopFIND ориентированная термино-ориентированных функциях белков интегрированная — база — это знаний , на концы белков , их образование с помощью протеаз и функциональные последствия. Он содержит информацию о процессинге и состоянии обработки белков и их функциональных последствиях, полученную из исследовательской литературы, вкладов научного сообщества и биологических баз данных . ^[2]

Фон

К наиболее фундаментальным характеристикам белка относятся N- и C-концы, определяющие начало и конец полипептидной цепи . Хотя изоформы концевых белков кодируются генетически, они также часто генерируются во время трансляции , после чего концы становятся очень динамичными, часто обрезаясь на своих концах большим набором экзопептидаз. Нео-концы также могут образовываться эндопептидазами после точного и ограниченного протеолиза, называемого процессингом. Процессинг, необходимый для созревания многих белков, может происходить и впоследствии, что часто приводит к драматическим функциональным последствиям. Аберрантный протеолиз может вызывать широкий спектр заболеваний, таких как артрит. ^[3] или рак. ^[4] Таким образом, протеолитическое образование плейотрофных стабильных форм белков, универсальная склонность белков к протеолизу и его необратимость отличают протеолиз от многих хорошо изученных посттрансляционных модификаций. Протеазы тесно связаны между собой в протеазной сети. ^[5]^[6] и их аберрантная активность при заболевании может привести к образованию профилей диагностических фрагментов с характерными белковыми концами. ^[7] После протеолиза вновь образованные концы белка могут быть дополнительно модифицированы. ^[8] процесс, который влияет на функцию и стабильность белка. ^[9]

Содержимое базы знаний

TopFIND — это ресурс, позволяющий всесторонне охватить N- и C-концы белков, обнаруженные с помощью всех доступных методологий in silico, in vitro, а также in vivo. Он использует существующие знания путем плавной интеграции данных из UniProt и MEROPS и обеспечивает доступ к новым данным, полученным от сообщества и при ручном курировании литературы. Он делает модификации концов белка , такие как ацетилирование и цитруллинирование, легко доступными и доступными для поиска, а также предоставляет средства для идентификации и анализа распространения и распределения концевых модификаций по белку. С момента своего создания TopFIND был расширен и теперь включает в себя другие виды. ^[1]

Доступ к данным

Данные представляются пользователю с особым упором на связь с тщательно отобранной исходной информацией и лежащими в ее основе доказательствами, которые привели к наблюдению конечного конца, его модификации или протеолитическому расщеплению. Вкратце перечислена информация о белке , его доменной структуре, концах белка, модификациях концов и протеолитическом процессинге других белков. Вся информация сопровождается метаданными, такими как ее первоисточник, метод идентификации, измерение достоверности или соответствующая публикация. Оценка позиционной перекрестной корреляции сопоставляет концы и сайты расщепления с особенностями белка (например, вариантами аминокислот) и доменами, чтобы уникальным образом выявить потенциальные эффекты и зависимости. сетевой вид всех белков, показывающий их функциональную зависимость в качестве протеазы , субстрата или ингибитора протеазы, связанную с белковыми взаимодействиями Кроме того, для легкой оценки эффектов в масштабах всей сети предоставляется . Мощный, но удобный для пользователя механизм фильтрации позволяет фильтровать представленные данные на основе таких параметров, как используемая методология, актуальность in vivo, достоверность или источник данных (например, ограниченный одной лабораторией или публикацией). Это обеспечивает средства для оценки важных физиологических данных и вывода функциональной информации и гипотез, важных для научного сотрудника. В более поздней версии были добавлены инструменты анализа для оценки протеолитических путей в экспериментальных данных. ^[10]

См. также

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б Ланге, П.Ф.; Хюсген, ПФ; В целом, КМ (2011). «TopFIND 2.0 - связывание концов белка с помощью протеолитического процессинга и модификаций, изменяющих функцию белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D351–D361. дои : 10.1093/nar/gkr1025 . ПМК 3244998 . ПМИД 22102574 .
^ Ланге, П.Ф.; В целом, КМ (2011). «TopFIND, база знаний, связывающая концы белков с функцией». Природные методы . 8 (9): 703–704. дои : 10.1038/nmeth.1669 . ПМИД 21822272 . S2CID 7195106 .
^ Кокс Дж.Х., Старр А.Е., Каппельхофф Р., Ян Р., Робертс С.Р., Общий CM (декабрь 2010 г.). «Дефицит матриксной металлопротеиназы 8 у мышей усугубляет воспалительный артрит из-за задержки апоптоза нейтрофилов и снижения экспрессии каспазы 11». Артрит и ревматизм . 62 (12): 3645–3655. дои : 10.1002/арт.27757 . ПМИД 21120997 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
^ Общий CM, Кляйфельд О. (март 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: подтверждение матриксных металлопротеиназ в качестве мишеней и антимишеней лекарств для терапии рака». Обзоры природы Рак . 6 (3): 227–239. дои : 10.1038/nrc1821 . ПМИД 16498445 . S2CID 21114447 .
^ Фортельный, Николаус; Кокс, Дженнифер Х.; Каппельхофф, Рейнхильд; Старр, Аманда Э.; Ланге, Филипп Ф.; Павлидис, Пол; В целом, Кристофер М. (2014). «Сетевой анализ выявляет всеобъемлющую функциональную регуляцию между протеазами в протеазной сети человека» . ПЛОС Биология . 12 (5): e1001869. дои : 10.1371/journal.pbio.1001869 . ПМК 4035269 . ПМИД 24865846 .
^ Фортельный, Николаус; Батлер, Джорджина С.; В целом, Кристофер М.; Павлидис, Пол (2017). «Прогнозирование взаимодействия протеазы и ингибитора: уроки сложности белок-белковых взаимодействий» . Молекулярная и клеточная протеомика . 16 (6): 1038–1051. дои : 10.1074/mcp.M116.065706 . ПМЦ 5461536 . ПМИД 28385878 .
^ Хюсген, Питтер Ф.; Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2014). «Ансамбли белковых концов и специфические протеолитические сигнатуры как кандидатные биомаркеры заболеваний». Протеомика: Клиническое применение . 8 (5–6): 338–350. дои : 10.1002/prca.201300104 . ПМИД 24497460 . S2CID 24591183 .
^ Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2013). «Белковые ХВОСТИ: когда концы рассказывают истории о протеолизе и функциях» . Современное мнение в области химической биологии . 17 (1): 73–82. дои : 10.1016/j.cbpa.2012.11.025 . ПМИД 23298954 .
^ Ланге, Филипп Ф.; Хюсген, Питтер Ф.; Нгуен, Карен; В целом, Кристофер М. (2014). «Аннотирование N-концев для проекта протеома человека: N-концы и статус N-альфа-ацетилирования отличают стабильные виды расщепленных белков от остатков деградации в протеоме эритроцитов человека» . Журнал исследований протеома . 13 (4): 2028–2044. дои : 10.1021/pr401191w . ПМЦ 3979129 . ПМИД 24555563 .
^ Фортельный, Николаус; Ян, Шэрон; Павлидис, Пол; Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2015). «Proteome TopFIND 3.0 с TopFINDer и PathFINDer: база данных и инструменты анализа для связи концов белка с пре- и посттрансляционными событиями» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D290–D297. дои : 10.1093/nar/gku1012 . ПМЦ 4383881 . ПМИД 25332401 .

Внешние ссылки

[pmid22102574-1] Jump up to: ^а ^б Ланге, П.Ф.; Хюсген, ПФ; В целом, КМ (2011). «TopFIND 2.0 - связывание концов белка с помощью протеолитического процессинга и модификаций, изменяющих функцию белка» . Исследования нуклеиновых кислот . 40 (Проблема с базой данных): D351–D361. дои : 10.1093/nar/gkr1025 . ПМК 3244998 . ПМИД 22102574 .

[pmid21822272-2] Ланге, П.Ф.; В целом, КМ (2011). «TopFIND, база знаний, связывающая концы белков с функцией». Природные методы . 8 (9): 703–704. дои : 10.1038/nmeth.1669 . ПМИД 21822272 . S2CID 7195106 .

[pmid21120997-3] Кокс Дж.Х., Старр А.Е., Каппельхофф Р., Ян Р., Робертс С.Р., Общий CM (декабрь 2010 г.). «Дефицит матриксной металлопротеиназы 8 у мышей усугубляет воспалительный артрит из-за задержки апоптоза нейтрофилов и снижения экспрессии каспазы 11». Артрит и ревматизм . 62 (12): 3645–3655. дои : 10.1002/арт.27757 . ПМИД 21120997 . {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )

[pmid16498445-4] Общий CM, Кляйфельд О. (март 2006 г.). «Микроокружение опухоли - мнение: подтверждение матриксных металлопротеиназ в качестве мишеней и антимишеней лекарств для терапии рака». Обзоры природы Рак . 6 (3): 227–239. дои : 10.1038/nrc1821 . ПМИД 16498445 . S2CID 21114447 .

[5] Фортельный, Николаус; Кокс, Дженнифер Х.; Каппельхофф, Рейнхильд; Старр, Аманда Э.; Ланге, Филипп Ф.; Павлидис, Пол; В целом, Кристофер М. (2014). «Сетевой анализ выявляет всеобъемлющую функциональную регуляцию между протеазами в протеазной сети человека» . ПЛОС Биология . 12 (5): e1001869. дои : 10.1371/journal.pbio.1001869 . ПМК 4035269 . ПМИД 24865846 .

[6] Фортельный, Николаус; Батлер, Джорджина С.; В целом, Кристофер М.; Павлидис, Пол (2017). «Прогнозирование взаимодействия протеазы и ингибитора: уроки сложности белок-белковых взаимодействий» . Молекулярная и клеточная протеомика . 16 (6): 1038–1051. дои : 10.1074/mcp.M116.065706 . ПМЦ 5461536 . ПМИД 28385878 .

[7] Хюсген, Питтер Ф.; Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2014). «Ансамбли белковых концов и специфические протеолитические сигнатуры как кандидатные биомаркеры заболеваний». Протеомика: Клиническое применение . 8 (5–6): 338–350. дои : 10.1002/prca.201300104 . ПМИД 24497460 . S2CID 24591183 .

[8] Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2013). «Белковые ХВОСТИ: когда концы рассказывают истории о протеолизе и функциях» . Современное мнение в области химической биологии . 17 (1): 73–82. дои : 10.1016/j.cbpa.2012.11.025 . ПМИД 23298954 .

[9] Ланге, Филипп Ф.; Хюсген, Питтер Ф.; Нгуен, Карен; В целом, Кристофер М. (2014). «Аннотирование N-концев для проекта протеома человека: N-концы и статус N-альфа-ацетилирования отличают стабильные виды расщепленных белков от остатков деградации в протеоме эритроцитов человека» . Журнал исследований протеома . 13 (4): 2028–2044. дои : 10.1021/pr401191w . ПМЦ 3979129 . ПМИД 24555563 .

[pmid25332401-10] Фортельный, Николаус; Ян, Шэрон; Павлидис, Пол; Ланге, Филипп Ф.; В целом, Кристофер М. (2015). «Proteome TopFIND 3.0 с TopFINDer и PathFINDer: база данных и инструменты анализа для связи концов белка с пре- и посттрансляционными событиями» . Исследования нуклеиновых кислот . 43 (Проблема с базой данных): D290–D297. дои : 10.1093/nar/gku1012 . ПМЦ 4383881 . ПМИД 25332401 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

v т и Геномика
Поля	Когнитивная геномика Вычислительная геномика Сравнительная геномика Функциональная геномика Геномный проект Проект «Геном человека» Метагеномика Проект микробиома человека Пангеномика Персональная геномика Популяционная геномика Социальная геномика Структурная геномика
Биоинформатика	Биочип Хеминформатика Хемогеномика Коннектомика Проект человеческого коннектома Эпигеномика Проект эпигенома человека гликомика Иммуномика Липидомика Метаболомика Микробиомика Нутригеномика Палеополиплоидия Фармакогенетика Фармакогеномика Системная биология Токсикогеномика Транскриптомика
Структурная биология	Протеомика Проект протеома человека Протеомика карты вызовов Структурно-ориентированный дизайн лекарств Экспрессионная протеомика
Инструменты исследования	2-D электрофорез Масс-спектрометр Ионизация электрораспылением Лазерная десорбция ионизация с помощью матрицы Матрично-активированная лазерная десорбция ионизационно-времяпролетный масс-спектрометр Микрофлюидные инструменты Метки изотопного сродства Захват конформации хромосомы
Организации	Банк данных ДНК Японии (JP) Европейская лаборатория молекулярной биологии (ЕС) Национальные институты здравоохранения (США) Wellcome Sanger Institute (Великобритания)
Список Категория

v т и Ферменты
Активность	Активный сайт Связывающий сайт Каталитическая триада Оксианионная дырка Ферментная распущенность Фермент, ограниченный диффузией Кофактор Ферментативный катализ
Регулирование	Аллостерическая регуляция Кооперативность Ингибитор ферментов Активатор ферментов
Классификация	Номер ЕС Суперсемейство ферментов Семейство ферментов Список ферментов
Кинетика	Кинетика ферментов Диаграмма Иди – Хофсти Заговор Хейнса – Вульфа График Лайнуивера – Берка Кинетика Михаэлиса – Ментен
Типы	EC1 Оксидоредуктазы ( список ) EC2 Трансферазы ( список ) EC3 Гидролазы ( список ) EC4- лиазы ( список ) EC5 Изомеразы ( список ) EC6- лигазы ( список ) EC7 Транслоказы ( список )