БиоPHP

БиоPHP
Оригинальный автор(ы)	Доктор Хосеба Биканди
Написано в	PHP
Платформа	Кросс-платформенный
Тип	Биоинформатика
Лицензия	GNU GPL версия 2
Веб-сайт	биофп .org

BioPHP — это коллекция кода с открытым исходным кодом PHP- , содержащая классы для анализа последовательностей ДНК и белков, выравнивания, анализа баз данных и других биоинформатики инструментов . BioRuby выпускается под лицензией GNU GPL версии 2. ^[1] и является одним из ряда проектов Bio*, призванных сократить дублирование кода . ^[2] Будучи биоинформатическим проектом с открытым исходным кодом, BioPHP является филиалом Open Bioinformatics Foundation . ^[3]

История

Проект BioPHP вырос из GenePHP, который был начат Сержем Грегорио в 2003 году. GenePHP был задуман как основанная на PHP реализация аналогичных биоинформатических пакетов, таких как BioPerl , BioPython и BioRuby . BioPHP был разработан в декабре 2005 года Хосебой Биканди из Университета Страны Басков , Испания , как расширение GenePHP. GenePHP — один из четырех проектов, входящих в настоящее время в состав BioPHP. ^[1]

Проекты

BioPHP разделен на четыре «проекта». Проект GenePHP имеет структуру, аналогичную другим проектам Bio*, с рядом классов, представляющих (помимо прочего) последовательности ДНК и белков, а также выравнивание последовательностей. Каждый класс спроектирован достаточно общим, чтобы его можно было использовать в ряде проектов BioPHP. Аналогично, проект «Функции» направлен на создание ряда функций для выполнения задач над объектами классов и уменьшения дублирования кода между проектами. Проекты Minitools и Tools направлены на создание набора PHP-скриптов для небольших повторяющихся задач; сценарии в проекте «Инструменты» обычно имеют особые требования, такие как взаимодействие со сценариями и/или кодом, отличным от PHP (написанным, например, на Perl или C ). ^[1]

См. также

Открытый фонд биоинформатики

Ссылки

^ Jump up to: ^а ^б ^с «BioPHP Wiki — Информация» . Проверено 13 августа 2015 г.
^ Мангалам Х (2002). «Наборы инструментов Bio* — краткий обзор» . Краткий Биоинформ . 3 (3): 296–302. дои : 10.1093/нагрудник/3.3.296 . ПМИД 12230038 .
^ «Проекты — Фонд открытой биоинформатики» . Проверено 13 августа 2015 г.

Внешние ссылки

[biophp-wiki-1] Jump up to: ^а ^б ^с «BioPHP Wiki — Информация» . Проверено 13 августа 2015 г.

[pmid12230038-2] Мангалам Х (2002). «Наборы инструментов Bio* — краткий обзор» . Краткий Биоинформ . 3 (3): 296–302. дои : 10.1093/нагрудник/3.3.296 . ПМИД 12230038 .

[obf-projects-3] «Проекты — Фонд открытой биоинформатики» . Проверено 13 августа 2015 г.

[1]

[2]

[3]