Информатика генома мыши

Информатика генома мыши ( MGI ) — это бесплатная онлайн-база данных и биоинформатический ресурс, размещенный Лабораторией Джексона при финансовой поддержке Национального института исследования генома человека (NHGRI), Национального института рака (NCI) и Национального института Юнис Кеннеди Шрайвер. Здоровье детей и развитие человека (NICHD). ^[1] MGI предоставляет доступ к данным о генетике, геномике и биологии лабораторных мышей для облегчения изучения здоровья и болезней человека. ^[2]^[3] База данных объединяет несколько проектов, причем два крупнейших вклада поступили от базы данных генома мыши и базы данных экспрессии генов мыши (GXD). ^[4] По состоянию на 2018 год ^[update], MGI содержит данные из более чем 230 000 публикаций. ^[5]

Ресурс MGI был впервые опубликован в Интернете в 1994 году. ^[5] и представляет собой набор данных, инструментов и анализов, созданных и адаптированных для использования на лабораторных мышах , широко используемом модельном организме . Это «авторитетный источник официальных названий мышиных генов, аллелей и штаммов», который соответствует рекомендациям, установленным Международным комитетом по стандартизированной генетической номенклатуре мышей. ^[6] История и направленность исследовательских и производственных мощностей лаборатории Джексона создают огромные знания и глубину, которые исследователи могут использовать для продвижения своих исследований. Специальное сообщество исследователей мышей по всему миру также расширяет и вносит свой вклад в знания. Это незаменимый инструмент для любого исследователя, использующего мышь в качестве модельного организма для своих исследований, а также для исследователей, интересующихся генами, имеющими гомологию с генами мыши. На сайте MGI также доступны различные ресурсы для поддержки исследований на мышах, включая коллекции животных и бесплатное программное обеспечение для управления колониями. ^[7]

База данных генома мыши

База данных генома мыши собирает и обрабатывает всесторонние фенотипические и функциональные аннотации мыши генов и аллелей . ^[8] Это проект, финансируемый NHGRI , который вносит вклад в базу данных информатики генома мыши.

База данных экспрессии генов мышей

База данных экспрессии генов — это общественный ресурс, содержащий информацию об экспрессии развития мышей. ^[9]

История

MGI возникла в результате проекта, финансируемого Национальным центром исследований генома человека в 1989 году, по объединению баз данных нескольких ученых из лаборатории Джексона и созданию инструмента для визуализации данных о геноме мыши. ^[10] Результат этого проекта, возглавляемого Джозефом Х. Надо, Ларри Э. Мобраатеном и Джананом Т. Эппигом, был назван «Энциклопедией генома мыши» и распространялся на дискете примерно 300 ученым по всему миру. раз в полгода ^[10] В 1992 году эта группа объединилась с командой, ответственной за разработку «Геномной базы данных мышей», возглавляемой Мюриэл Т. Дэвиссон и Томасом Х. Родериком, чтобы начать проект «Информатика генома мыши». ^[10] Результатом этого проекта стал первый онлайн-выпуск «Базы данных генома мыши» в 1994 году. ^[10]

См. также

Ссылки

^ «Текущая финансовая поддержка MGI-MGI» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.
^ Шоу Д. (май 2004 г.). «Поиск ресурсов информатики генома мыши (MGI) для получения информации о биологии мыши от генотипа до фенотипа» . Современные протоколы в биоинформатике . Глава 1: Раздел 1.7. дои : 10.1002/0471250953.bi0107s05 . ISBN 0471250953 . ПМК 5147750 . ПМИД 18428715 .
^ Ци Д., Блейк Дж.А. , Кадин Дж.А., Ричардсон Дж.Э., Рингвальд М., Эппиг Дж.Т., Балт С.Дж. (8–11 августа 2005 г.). Интеграция данных в базу данных информатики генома мыши (MGI) . Конференция по биоинформатике вычислительных систем, 2005. Семинары и тезисы стендовых докладов. IEEE. стр. 37–8. дои : 10.1109/CSBW.2005.48 . ISBN 0-7695-2442-7 .
^ «MGI-О ресурсе базы данных информатики генома мыши» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.
^ Перейти обратно: ^а ^б Закон, М; Шоу, ДР (2018). Информатика генома мыши (MGI) — международный ресурс информации о лабораторных мышах . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 141–161. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_7 . ISBN 978-1-4939-7736-9 . ПМИД 29761459 .
^ Домашняя страница номенклатуры мышей , получено 28 августа 2016 г.
^ Ивица Летунич. «OpenHelix: информатика генома мыши (MGI)» . openhelix.com . Архивировано из оригинала 26 декабря 2017 года . Проверено 2 июня 2015 г.
^ Блейк, Джудит А .; Балт, Кэрол Дж.; Кадин, Джеймс А.; Ричардсон, Джоэл Э.; Эппиг, Джанан Т.; Группа базы данных генома мыши (январь 2011 г.). «База данных генома мыши (MGD): главный ресурс модельных организмов для геномики и генетики млекопитающих» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D842-8. дои : 10.1093/нар/gkq1008 . ПМК 3013640 . ПМИД 21051359 .
^ Фингер, Жаклин Х; Смит Констанс М; Хаямидзу Терри Ф; МакКрайт Ингеборг Дж; Эппиг Джанан Т; Кадин Джеймс А; Ричардсон Джоэл Э; Рингвальд Мартин (январь 2011 г.). «База данных экспрессии генов мыши (GXD): обновление 2011 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D835-41. дои : 10.1093/нар/gkq1132 . ПМК 3013713 . ПМИД 21062809 .
^ Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Эппиг Дж.Т., Ричардсон Дж.Э., Кадин Дж.А., Рингвальд М., Блейк Дж.А., Балт С.Дж. (август 2015 г.). «Информатика генома мыши (MGI): размышления о 25 годах» . Геном Мамм . 26 (7–8): 272–84. дои : 10.1007/s00335-015-9589-4 . ПМЦ 4534491 . ПМИД 26238262 .

Внешние ссылки

Балт, Кэрол Дж.; Блейк, Джудит А.; Смит, Синтия Л.; Кадин, Джеймс А.; Ричардсон, Джоэл Э.; Группа базы данных генома мыши (08.01.2019). «База данных генома мыши (MGD) 2019» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д801–Д806. дои : 10.1093/нар/gky1056 . ISSN 1362-4962 . ПМК 6323923 . ПМИД 30407599 .

Домашняя страница информатики генома мыши
Смит, Констанс М.; Хаямидзу, Терри Ф.; Фингер, Жаклин Х.; Белло, Сьюзен М.; МакКрайт, Ингеборг Дж.; Сюй, Цзинся; Бальдарелли, Ричард М.; Бил, Джонатан С.; Кэмпбелл, Джеффри; Корбани, Лори Э.; Фрост, Пит Дж. (08 января 2019 г.). «База данных экспрессии генов мыши (GXD): обновление 2019 г.» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д774–Д779. дои : 10.1093/nar/gky922 . ISSN 1362-4962 . ПМК 6324054 . ПМИД 30335138 .
Публикации по информатике генома мыши
Мастер-класс из мастер-класса «Открытые двери» ^{[ постоянная мертвая ссылка ]}
База данных экспрессии генов (GXD)

[1] «Текущая финансовая поддержка MGI-MGI» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.

[2] Шоу Д. (май 2004 г.). «Поиск ресурсов информатики генома мыши (MGI) для получения информации о биологии мыши от генотипа до фенотипа» . Современные протоколы в биоинформатике . Глава 1: Раздел 1.7. дои : 10.1002/0471250953.bi0107s05 . ISBN 0471250953 . ПМК 5147750 . ПМИД 18428715 .

[3] Ци Д., Блейк Дж.А. , Кадин Дж.А., Ричардсон Дж.Э., Рингвальд М., Эппиг Дж.Т., Балт С.Дж. (8–11 августа 2005 г.). Интеграция данных в базу данных информатики генома мыши (MGI) . Конференция по биоинформатике вычислительных систем, 2005. Семинары и тезисы стендовых докладов. IEEE. стр. 37–8. дои : 10.1109/CSBW.2005.48 . ISBN 0-7695-2442-7 .

[4] «MGI-О ресурсе базы данных информатики генома мыши» . jax.org . Проверено 2 июня 2015 г.

[mgi_meth_molbiol-5] Перейти обратно: ^а ^б Закон, М; Шоу, ДР (2018). Информатика генома мыши (MGI) — международный ресурс информации о лабораторных мышах . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 141–161. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_7 . ISBN 978-1-4939-7736-9 . ПМИД 29761459 .

[6] Домашняя страница номенклатуры мышей , получено 28 августа 2016 г.

[7] Ивица Летунич. «OpenHelix: информатика генома мыши (MGI)» . openhelix.com . Архивировано из оригинала 26 декабря 2017 года . Проверено 2 июня 2015 г.

[pmid21051359-8] Блейк, Джудит А .; Балт, Кэрол Дж.; Кадин, Джеймс А.; Ричардсон, Джоэл Э.; Эппиг, Джанан Т.; Группа базы данных генома мыши (январь 2011 г.). «База данных генома мыши (MGD): главный ресурс модельных организмов для геномики и генетики млекопитающих» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D842-8. дои : 10.1093/нар/gkq1008 . ПМК 3013640 . ПМИД 21051359 .

[pmid21062809-9] Фингер, Жаклин Х; Смит Констанс М; Хаямидзу Терри Ф; МакКрайт Ингеборг Дж; Эппиг Джанан Т; Кадин Джеймс А; Ричардсон Джоэл Э; Рингвальд Мартин (январь 2011 г.). «База данных экспрессии генов мыши (GXD): обновление 2011 г.» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D835-41. дои : 10.1093/нар/gkq1132 . ПМК 3013713 . ПМИД 21062809 .

[Eppig2015-10] Перейти обратно: ^а ^б ^с ^д Эппиг Дж.Т., Ричардсон Дж.Э., Кадин Дж.А., Рингвальд М., Блейк Дж.А., Балт С.Дж. (август 2015 г.). «Информатика генома мыши (MGI): размышления о 25 годах» . Геном Мамм . 26 (7–8): 272–84. дои : 10.1007/s00335-015-9589-4 . ПМЦ 4534491 . ПМИД 26238262 .

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]