ЭкоЦик
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | обширная база данных биологии Escherichia coli . |
| Организмы | кишечная палочка |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | НИИ Международный |
| Лаборатория | НИИ Международный |
| Авторы | Питер Карп и др. [1] |
| Первичное цитирование | Кеселер и др. (2011) [1] |
| Доступ | |
| Веб-сайт | экоцик |
В биоинформатике . EcoCyc представляет собой биологическую базу данных для бактерии Escherichia coli K-12 Проект EcoCyc осуществляет основанное на литературе курирование генома E. coli , а также регуляции транскрипции E. coli , транспортеров и метаболических путей. EcoCyc содержит краткие описания генов E. coli , взятые из более чем 36 000 научных статей. EcoCyc также представляет собой описание генома и клеточных сетей E. coli , которое помогает ученым проводить вычислительный анализ. [2]
Объекты данных в базе данных EcoCyc описывают каждый E. coli ген и генный продукт . Объекты базы данных также описывают молекулярные взаимодействия, включая метаболические пути , события транспорта и регуляцию экспрессии генов. EcoCyc предоставляет несколько инструментов визуализации в масштабе генома, которые помогают анализировать данные омики, например, путем нанесения данных об экспрессии генов или метаболомики на полную регуляторную сеть E. coli . [ нужна ссылка ]
Доступ к EcoCyc можно получить через веб-сайт EcoCyc в виде набора загружаемых файлов или в сочетании с программным обеспечением Pathway Tools, которое можно установить локально на компьютеры Macintosh, ПК/Windows и ПК/Linux. Загружаемое программное обеспечение предоставляет возможности, которые выходят далеко за рамки веб-версии EcoCyc. [ нужна ссылка ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Jump up to: а б Кеселер, Ингрид М; Кольядо-Видес июль; Сен-Мольберт Альберт; Перл-Гил Мартин; Помощь Гама-Кастро; Муньис-Скретч Луис; Бонавидес-Мартинес Цезарь; Пейли Сюзанна; Крумменакер Маркус; Альтман Томер; Кайпа Паллави; Сполдинг Аарон; Пачеко Джон; Позднее выступление Марио; Фулчер Кэрол; Внешний вид Саркера; Ширер Александр Г; Маки Аманда; Полсен Ян; Гунсалус Роберт П; Карп Питер Д. (январь 2011 г.). «EcoCyc: обширная база данных биологии Escherichia coli » . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D583–90. дои : 10.1093/нар/gkq1143 . ПМК 3013716 . ПМИД 21097882 .
- ^ Карп П.Д., Райли М., Пейли С.М., Пеллигрини-Тул А. (1996). «EcoCyc: энциклопедия Escherichia coli генов и метаболизма » . Нуклеиновые кислоты Рез . 24 (1): 32–9. дои : 10.1093/нар/24.1.32 . ПМЦ 145574 . ПМИД 8594595 .
 | Эта биологическим базам данных статья, посвященная , незавершена . Вы можете помочь Википедии, расширив ее . |