PomBase
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Научный ресурс по Schizosaccharomyces pombe. |
| Типы данных захвачен | Молекулярная функция, биологический процесс, клеточный компонент, фенотип, генотип, аллель, модификация белка, экспрессия гена, экспрессия белка, нуклеотидная последовательность, последовательность РНК, последовательность белка, геномика, ортологи человека, ортлоги Saccharomyces cerevisiae, комплементация, ассоциации заболеваний, особенности белка, Физические взаимодействия, генетические взаимодействия |
| Организмы | Шизосахаромицеты помбе |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Кембриджский университет и Университетский колледж Лондона |
| Авторы | Антония Лок, Мидори А. Харрис, Мануэль Лера-Рамирес, Паскаль Карме, Ким Разерфорд, Хуан Мата, Юрг Бэлер , Стив Оливер , Валери Вуд |
| Первичное цитирование | Резерфорд и др. (2024 г.) [ 1 ] |
| Дата выпуска | 2011 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | pombase.org |
| URL-адрес загрузки | Загрузки |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Международная лицензия Creative Commons Attribution 4.0, Стандартная общественная лицензия GNU, Лицензия MIT |
| Политика курирования | Профессионально и сообщество курирует |
| Добавить в закладки сущности | Да |
PomBase — это база данных модельных организмов , которая обеспечивает онлайн-доступ к делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe последовательности генома и аннотированным характеристикам, а также к широкому спектру вручную подобранных функциональных данных, специфичных для генов. Веб-сайт PomBase был переработан в 2016 году, чтобы предоставить пользователям более полностью интегрированный и более эффективный сервис (описанный в [ 2 ] ).
Курирование данных и контроль качества
[ редактировать ]
Сотрудники PomBase вручную обрабатывают самые разнообразные типы данных, используя как первичную литературу, так и источники биоинформатики, а также используются многочисленные механизмы для обеспечения достоверности как синтаксического, так и биологического контента. [ 3 ]
Типы курируемых данных включают в себя:
- Последовательность и особенности генома (например, физическое расположение генов в геноме)
- Функции белков и нкРНК , клеточные процессы, в которых они участвуют и где локализуются
- Фенотипы, связанные с разными аллелями и генотипами
- Специфические сайты модификации белка и когда они происходят
- Человеческие и почкующиеся дрожжевые ортологи генов S. pombe (набор данных, собранный вручную)
- Метаданные наборов данных, загруженные в браузер генома
- Ассоциации заболеваний, когда известно, что человеческий ортолог вызывает заболевание
- Данные о том, когда экспрессируются определенные гены
- Данные о комплементации, показывающие, где существует функциональная комплементация между геном делящихся дрожжей и геном другого организма.
- Субъединичный состав комплексов
Организация данных
[ редактировать ]Аннотацию гена можно просмотреть либо на уровне гена (на страницах генов), либо на уровне термина (на страницах терминов онтологии). Это позволяет:
- Просмотрите все аннотации, созданные для гена, например pat1.
- Просмотр всех генов, аннотированных к термину, например цитокинез.
- Просмотрите все аннотации, созданные на основе определенной ссылки, например 26776736 Chica et al. 2016 год
Доступ к полногеномным наборам данных (включая наборы данных по белкам, все аннотации, вручную составленные списки ортологов и т. д.) можно получить на странице наборов данных . Наборы данных, подходящие для отображения в геномном браузере и которые были загружены, доступны через экземпляр PomBase JBrowse .
PomBase использует несколько биологических онтологий для сбора информации, специфичной для генов, в том числе:
- Генная онтология (GO) - используется для описания ферментативных функций, биологических ролей и клеточного расположения генных продуктов.
- Онтология фенотипа делящихся дрожжей (FYPO), [ 4 ] Используется для ассоциирования фенотипов с аллелями генов по сравнению с фенотипом эталонного штамма.
- Онтология последовательностей - используется для описания свойств ДНК или белка.
- Модификации белков – с использованием PSI-MOD [ 5 ]
Статус характеристики гена
[ редактировать ]На тонкой странице GO представлен обзор «биологической роли» всех «известных» генов делящихся дрожжей — это белки, которые были экспериментально охарактеризованы либо в делящихся дрожжах, либо в других видах и перенесены путем ортологии.
Примечательно, что почти 20% эукариотических протеомов, от дрожжей до человека, не охарактеризованы с точки зрения путей и процессов, в которых участвуют эти белки. [ 6 ] что делает это одной из величайших нерешенных проблем биологии . Роль, которую эти белки играют в биологии, еще не обнаружена ни у одного вида. Чтобы помочь в исследованиях этих неизвестных белков, PomBase ведет реестр неохарактеризованных белков делящихся дрожжей . Список приоритетных неизученных генов представляет собой подмножество неохарактеризованных генов делящихся дрожжей, которые сохраняются для человека, что делает его особенно приоритетной целью исследований.
Совместное курирование сообщества
[ редактировать ]Чтобы дополнить работу небольшой команды профессиональных кураторов PomBase, исследователи делящихся дрожжей размещают аннотации непосредственно в PomBase через инновационную схему курирования сообщества, для которой существует онлайн-инструмент курирования Canto . [ 7 ] был разработан. Курирование сообщества проверяется сотрудниками PomBase, что приводит к созданию высокоточных и эффективно совместно курируемых аннотаций. [ 8 ]
PomBase поддерживает страницу статистики аннотаций .
Обновления базы знаний
[ редактировать ]- PomBase Обновления новостей на домашней странице
- исследовательского сообщества Публикации в списке рассылки
- Обновления базы данных NAR ([Исследование нуклеиновых кислот])
- Твиты ( @PomBase )
- группа в Фейсбуке
- Группа LinkedIn
Документация
[ редактировать ]Pombase предоставляет как документацию , так и FAQ .
Использование PomBase в качестве исследовательского инструмента рассматривается в главе книги «Геномные базы данных эукариот» (методы и протоколы). [ 9 ] Изменения и обновления описаны в выпускных документах базы данных NAR. [ 10 ] [ 11 ] [ 2 ] Подробный обзор использования S. pombe в качестве модельного организма см. в учебнике по генетике. [ 12 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Резерфорд, Ким М.; Лера-Рамирес, Мануэль; Вуд, Валери (2024). «PomBase: глобальный основной ресурс биоданных — рост, сотрудничество и устойчивость» . Генетика . дои : 10.1093/генетика/iyae007 . ПМИД 38376816 .
- ^ Перейти обратно: а б Лок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Хейлс, Дж; Оливер, SG; Бэлер, Дж; Вуд, В. (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной взаимосвязанной информации» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д821–Д827. дои : 10.1093/nar/gky961 . ПМК 6324063 . ПМИД 30321395 .
- ^ Вуд, В; Углерод, С; Харрис, Массачусетс; Лок, А; Энгель, СР; Хилл, ДП; Ван Аукен, К; Аттрилл, Х; Фейерманн, М; Годе, П; Ловеринг, RC; Пу, С; Резерфорд, КМ; Мангалл, CJ (сентябрь 2020 г.). «Матрица терминов: новая система контроля качества аннотаций онтологии генов, основанная на шаблонах совместной аннотации терминов онтологии» . Открытая биология . 10 (9): 200149. doi : 10.1098/rsob.200149 . ПМЦ 7536087 . ПМИД 32875947 .
- ^ Харрис М.А., Лок А., Бэлер Дж., Оливер С.Г., Вуд В. (июль 2013 г.). «FYPO: Онтология фенотипа делящихся дрожжей» . Биоинформатика . 29 (13): 1671–8. doi : 10.1093/биоинформатика/btt266 . ПМЦ 3694669 . ПМИД 23658422 .
- ^ Монтекки-Палацци, Л; Бивис, Р.; Бинц, Пенсильвания; Чокли, Р.Дж.; Коттрелл, Дж; Кризи, Д; Шофшталь, Дж; Сеймур, СЛ; Гаравелли, Дж. С. (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Природная биотехнология . 26 (8): 864–6. дои : 10.1038/nbt0808-864 . ПМИД 18688235 . S2CID 205270043 .
- ^ Вуд, В; Лок, А; Харрис, Массачусетс; Резерфорд, К; Бэлер, Дж; Оливер, SG (28 февраля 2019 г.). «Скрыто на виду: что еще предстоит открыть в протеоме эукариот?» . Открытая биология . 9 (2): 180241. doi : 10.1098/rsob.180241 . ПМК 6395881 . ПМИД 30938578 .
- ^ Резерфорд К.М., Харрис М.А., Лок А., Оливер С.Г., Вуд В. (июнь 2014 г.). «Canto: онлайн-инструмент для курирования общественной литературы» . Биоинформатика . 30 (12): 1791–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btu103 . ПМК 4058955 . ПМИД 24574118 .
- ^ Лок, А; Харрис, Массачусетс; Резерфорд, К; Хейлс, Дж; Вуд, В. (1 января 2020 г.). «Курирование сообщества в PomBase: предоставление экспертам по делящимся дрожжам возможности предоставлять подробные, стандартизированные и доступные для совместного использования аннотации из исследовательских публикаций» . База данных: Журнал биологических баз данных и курирования . 2020 . дои : 10.1093/база данных/baaa028 . ПМК 7192550 . ПМИД 32353878 .
- ^ Лок, А; Резерфорд, К; Харрис, Массачусетс; Вуд, В. (2018). «PomBase: научный ресурс по делящимся дрожжам». Базы данных генома эукариот . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 49–68. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_4 . ISBN 978-1-4939-7736-9 . ПМК 6440643 . ПМИД 29761456 .
- ^ Вуд В., Харрис М.А., Макдауэлл, доктор медицинских наук, Резерфорд К., Воан Б.В., Стейнс Д.М., Аслетт М., Лок А., Бэлер Дж., Керси П.Дж., Оливер С.Г. (январь 2012 г.). «PomBase: обширный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам» . Нуклеиновые кислоты Рез. 40 (Проблема с базой данных): D695–9. дои : 10.1093/nar/gkr853 . ПМК 3245111 . ПМИД 22039153 .
- ^ Макдауэлл, доктор медицины, Харрис М.А., Лок А., Резерфорд К., Стейнс Д.М., Бэлер Дж., Керси П.Дж., Оливер С.Г., Вуд В. (январь 2015 г.). «PomBase 2015: обновления базы данных делящихся дрожжей» . Нуклеиновые кислоты Рез. 43 (Проблема с базой данных): D656–61. дои : 10.1093/nar/gku1040 . ПМЦ 4383888 . ПМИД 25361970 .
- ^ Хоффман К.С., Вуд В., Фантес П.А. (октябрь 2015 г.). «Древние дрожжи для молодых генетиков: введение в модельную систему Schizosaccharomyces pombe » . Генетика . 201 (2): 403–23. doi : 10.1534/genetics.115.181503 . ПМЦ 4596657 . ПМИД 26447128 .
