Canto (инструмент курирования генов)
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Canto — это веб-инструмент для сбора данных, специфичных для генов. |
| Типы данных захвачен | Различный |
| Организмы | Различный |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Кембриджский университет, Университетский колледж Лондона |
| Первичное цитирование | ПМИД 24574118 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | курирование |
| Разнообразный | |
| Добавить в закладки сущности | да |
Canto — это веб-инструмент, предназначенный для поддержки обработки научных данных о генах как профессиональными биокураторами, так и авторами публикаций. [ 1 ] Canto был разработан в рамках проекта PomBase . [ 2 ] и финансируется Wellcome Trust .
Canto позволяет экспертам (биокураторам и авторам публикаций) предоставлять подробные, стандартизированные аннотации к исследовательским публикациям, доступные для совместного использования, и изначально был создан для сообщества делящихся дрожжей. Canto — это универсальный инструмент, который можно легко настроить для использования с другими организмами и другими базами данных, и теперь он поддерживает взаимодействие патоген-хозяин для базы PHI ( исследование Ротамстеда ), а также курирование фенотипов и генетических взаимодействий в FlyBase ( Кембриджский университет ), а также все геноспецифичные типы данных для новых модельных видов Schizosaccharomyces japonicus в JaponicusDB.
Курирование с использованием терминов онтологии
[ редактировать ]Canto поддерживает использование биоонтологий (включая онтологию генов , онтологию белков , онтологию фенотипов делящихся дрожжей FYPO и онтологию последовательностей для описания атрибутов генных продуктов. Сложные структуры онтологии скрываются с помощью интуитивного поиска, просмотра и детализации. Рабочий процесс Canto проводит пользователя через процесс курирования, предлагая ввести необходимые квалификаторы и метаданные (например, доказательства (происхождение), аннотации). расширения и условия эксперимента). Подсказки адаптированы к различным типам данных и их индивидуальным областям и диапазонам.
Курирование сообщества
[ редактировать ]Canto успешно поддерживает курирование сообщества, и большая часть нового курирования в PomBase предоставляется сообществом исследователей, которые используют делящиеся дрожжи Schizosaccharomyces pombe в качестве модельного организма . Команда PomBase демонстрирует, что совместное курирование авторов публикаций и профессиональных кураторов обеспечивает более качественное курирование, чтобы максимизировать ценность и влияние научных исследований. [ 3 ]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ Резерфорд, Ким М.; Харрис, Мидори А.; Лок, Антония; Оливер, Стивен Г.; Вуд, Валери (2014). «Canto: онлайн-инструмент для курирования общественной литературы» . Биоинформатика . 30 (12): 1791–1792. doi : 10.1093/биоинформатика/btu103 . ПМК 4058955 . ПМИД 24574118 .
- ^ Лок, Антония; Резерфорд, Ким; Харрис, Мидори А.; Вуд, Валери (2018). «PomBase: научный ресурс по делящимся дрожжам». Базы данных генома эукариот . Методы молекулярной биологии. Том. 1757. стр. 49–68. дои : 10.1007/978-1-4939-7737-6_4 . ISBN 978-1-4939-7736-9 . ПМК 6440643 . ПМИД 29761456 .
- ^ Вуд, Валери; Хейлс, Жаклин; Резерфорд, Ким; Харрис, Мидори А.; Лок, Антония (2020). «Курирование сообщества в PomBase: предоставление экспертам по делящимся дрожжам возможности предоставлять подробные, стандартизированные и доступные для совместного использования аннотации из исследовательских публикаций» . База данных . 2020 . дои : 10.1093/база данных/baaa028 . ПМК 7192550 . ПМИД 32353878 .