Институт геномики и интегративной биологии
 | |
| Аббревиатура | ЦСИР-ИГИБ |
|---|---|
| Учредил | 1977 |
| Тип | Государственная организация |
| Цель | Претворить концепции, разработанные в ходе фундаментальных биологических исследований, в коммерчески жизнеспособные технологии здравоохранения. |
| Расположение |
|
Директор | Анураг Агравал |
Головная организация | Совет научных и промышленных исследований |
| Веб-сайт | www |
CSIR Институт геномики и интегративной биологии ( CSIR-IGIB ) — научно- исследовательский институт, занимающийся преимущественно биологическими исследованиями. Он является частью Совета научных и промышленных исследований (CSIR) Индии. [1]
Институт был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий с основным упором на биохимические исследования, но с тех пор сместил фокус своих исследований на интегративную биологию.
Местоположение [ править ]
Институт имеет два кампуса в Дели. Северный кампус является старшим из двух кампусов и находится на территории кампуса Делийского университета , на Молл-роуд, напротив Джубили-холла. Новый кампус находится в Южном Дели , на Матхура Роуд в Сухдев Вихар.
История [ править ]
ИГИБ был основан в 1977 году как Центр биохимических технологий (ЦБТ). Подразделение функциональной геномики было создано в 1998 году, и его фокус сместился с химических исследований на геномные. В 2002 году институт был переименован в «Институт геномики и интегративной биологии».
Достижения [ править ]
В 2009 году команда института секвенировала геном дикого типа рыбки данио , содержащий около 1,7 миллиарда пар оснований. Это сделало рыбу, произрастающую в Гималайском регионе, первым позвоночным , весь геном которого секвенирован в Индии, поскольку ранее индийские ученые секвенировали только геномы бактерий и растений. [2] [3]
В декабре 2009 года ученые из IGIB провели первое в Индии повторное секвенирование генома человека. [4] [5] [6] Институт также участвовал в расшифровке первого шриланкийского [7] [8] геном и геном Малайзии. [9] Институт также является членом Консорциума Открытой Персональной Геномики. [10]
Пандемия COVID-19 [ править ]
Институт играет ведущую роль в понимании новых вариантов SARS-CoV-2 в Индии. [11] [12] и по всему миру. [13] Институт также поддерживает ряд информационных ресурсов, которые имеют ключевое значение для идентификации и характеристики новых вариантов SARS-CoV-2. [14] [15]
Исследователи института сообщили о первом высокопроизводительном [16] подход нового поколения, основанный на секвенировании, для обнаружения и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2. [17] Этот подход широко использовался для понимания генетической эпидемиологии SARS-CoV-2 в штате Керала . [18] что существенно повлияло на политику и готовность [19] в штате для сдерживания распространения эпидемии, а также для реализации политики, основанной на фактических данных. [20]
Институт сыграл важную роль в создании концепции MegaLabs для тестирования COVID-19 и геномного надзора. [21] который также предоставил генетическую эпидемиологию штатов, включая Кералу. [22] и Андхра-Прадеш [23] и Махараштра [24]
Исследователи института также сообщили о первых случаях повторного заражения COVID-19 в стране. [25] помимо выявления в Индии новой клады SARS-CoV-2 под названием I/A3i. [26] Исследователи из института также обнаружили новую линию с мутацией N440K в белке-шипе, связанной с ускользанием от иммунитета. [27] [28] Поддерживается комплексный набор вычислительных ресурсов для понимания геномов и генетической эпидемиологии SARS-CoV-2. [15] Институт сообщил об одном из первых генетически охарактеризованных случаев прорывной инфекции, вызванной вакциной COVID-19. [29]
Исследователи института сыграли важную роль в разработке COVIDSure. [30] набор на основе полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией для диагностики COVID-19, который в настоящее время широко используется в Индии и продается компанией Trivitron Healthcare. [31]
Исследователи из CSIR-IGIB также разработали тест под названием FELUDA, основанный на редактировании генов CRISPR , который является высокоэффективным и быстрым для борьбы с возможностями тестирования в стране и был одобрен Генеральным контролером по наркотикам Индии . Лицензия на коммерческое производство теста была передана Tata Group . [32]
Институт также играет ведущую роль в национальном консорциуме по геномике COVID-19. [33] и поддерживает информационные ресурсы и информационные панели. [14]
Геномика редких заболеваний генетических
Институт инициировал уникальную программу по использованию передовых геномных технологий для изучения редких генетических заболеваний в Индии и новаторского применения геномики для точной медицины в клиниках. Одной из программ, начатых в этом направлении, является «Геномика для понимания редких заболеваний» Сети индийского альянса (GUaRDIAN). [34] GUaRDIAN — это крупномасштабная совместная сеть врачей со всей Индии, пытающихся использовать геномику в клинической практике с целью понять генетическую структуру редких генетических заболеваний в Индии. [35]
Консорциум стремится использовать передовые технологии геномики, чтобы обеспечить идентификацию генетических вариаций заболеваний и позволить врачам поставить точный диагноз редких генетических заболеваний. Помимо тесного сотрудничества с врачами, консорциум стремится способствовать образованию, повышению осведомленности и широкому внедрению геномных технологий в клинических условиях, а также созданию и распространению самых высоких стандартов генерации и интерпретации геномных данных в Индии. [36]
За несколько лет компания смогла тесно сотрудничать с врачами сети, чтобы предложить подтверждение принципов применения геномики в точной медицине. [37] [38] [39] Также действует комплексная программа направления пациентов. [40]
Программа IndiGen в области общественного здравоохранения
Программа IndiGen по геномике общественного здравоохранения [41] Целью проекта является проведение полногеномного секвенирования 1000 индийских людей, представляющих различные этнические группы Индии. Данные, полученные в рамках IndiGen, предоставят основу для определения частот аллелей генетических вариантов для генетической эпидемиологии и принятия решений по политике помощи. Частоты клинически значимых генетических вариантов послужат основой для реализации диагностических подходов к распространенным генетическим заболеваниям, а также для оптимизации терапии с помощью фармакогеномики. Также доступен комплексный ресурс, обеспечивающий доступ к данным с возможностью поиска. [42]
Центры расширения (филиалы) [ править ]
Главный кампус IGIB расположен на Молл-Роуд, Нью-Дели, недалеко от Северного кампуса Делийского университета. Альянс IGIB с биотехнологическими/фармацевтическими компаниями привел к его росту и созданию двух центров распространения знаний - одного в Южном Дели (приложение IGIB в TCGA, Охла), а другого в Западном Дели в Нарайне.
встречи Международные
IGIB был соорганизатором 13-го заседания Организации генома человека (HUGO) в 2008 году, проходившего в Международном конференц-центре Хайдарабада . [43]
См. также [ править ]
- Национальный институт биомедицинской геномики
- Национальный институт исследования генома растений. Архивировано 16 февраля 2011 года в Wayback Machine.
Ссылки [ править ]
- ^ Веб-сайт Совета научных и промышленных исследований Индии . Архивировано 27 сентября 2015 г. в Wayback Machine .
- ^ Веб-страница генома данио. Архивировано 19 июля 2018 г. в Wayback Machine, «Институт геномики и интегративной биологии» (IGIB).
- ↑ Расшифровка тайны генома Indian Express , 5 июля 2009 г.
- ^ Индийские ученые расшифровывают геном человека Indian Express , 10 декабря 2009 г. [ мертвая ссылка ]
- ^ * Патовари А., Пурканти Р., Сингх М., Чаухан Р.К., Бхартия Д., Двиведи О.П. и др. (июль 2012 г.). «Систематический анализ и функциональная аннотация вариаций генома индийского индивидуума» . Человеческая мутация . 33 (7): 1133–40. дои : 10.1002/humu.22091 . ПМИД 22461382 . S2CID 11466942 . [1]
- ^ Сборник новостных статей и пресс-релизов о геноме Индии , 10 декабря 2009 г.
- ^ «Геном Шри-Ланки» . Архивировано из оригинала 18 февраля 2013 года . Проверено 17 января 2013 г.
- ^ Диссанаяке В.Х., Самаракун П.С., Скариа В., Патовари А., Сивасуббу С., Гохале Р.С. и др. (2012). «Проект личного генома Шри-Ланки: обзор». Шри-Ланкийский журнал биомедицинской информатики . 1 (2): 4–8. [2] Архивировано 5 апреля 2013 г. в Wayback Machine.
- ^ «Свадебные аксессуары» . [ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Консорциум OpenPGx» . Архивировано из оригинала 18 декабря 2017 года . Проверено 7 ноября 2018 г.
- ^ Дандекар, Викас. «Геном встречается с GitHub: с помощью технических инструментов индийские охотники за вирусами выслеживают убийцу, меняющего форму» . Экономические времена . Проверено 14 августа 2021 г.
- ^ «Как один из ведущих исследовательских институтов Индии отслеживает новые варианты SARS-COV2» . Индийский экспресс . 3 августа 2021 г. Проверено 14 августа 2021 г.
- ^ «Познакомьтесь с людьми, которые предупреждают мир о новых вариантах коронавируса» . Обзор технологий Массачусетского технологического института . Проверено 14 августа 2021 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Геномный надзор за COVID-19» . clingen.igib.res.in . Проверено 14 августа 2021 г.
- ↑ Перейти обратно: Перейти обратно: а б «Генетическая эпидемиология новых и появляющихся патогенов в Индии» . clingen.igib.res.in . Проверено 30 октября 2020 г.
- ^ «Разрабатываются планы по созданию мегалабораторий в четырех штатах для усиления наблюдения» . Индостан Таймс . 24 сентября 2020 г. Проверено 30 октября 2020 г.
- ^ Бхояр, Рахул К.; Джайн, Абхинав; Сегал, Парас; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Ранджан, Гьян; Рофина, Мерси; Шарма, Сумит; Сивах, Санджай (10 августа 2020 г.). «Высокопроизводительное обнаружение и генетическая эпидемиология SARS-CoV-2 с использованием секвенирования нового поколения COVIDSeq» . bioRxiv : 2020.08.10.242677. дои : 10.1101/2020.08.10.242677 . S2CID 221141897 .
- ^ Майя, К. (12 сентября 2020 г.). «Путешествие между штатами привело в Кералу штаммы коронавируса: исследование» . Индус . ISSN 0971-751X . Проверено 30 октября 2020 г.
- ^ Бхагат, Шалини Венугопал (23 мая 2021 г.). «Пока Индия спотыкается, одно государство прокладывает свой собственный курс по борьбе с Covid» . Нью-Йорк Таймс . ISSN 0362-4331 . Проверено 28 мая 2021 г.
- ^ «Пинарайи настаивает на двойной маскировке; в Керале запланировано больше бордюров» . Индийский экспресс . 1 мая 2021 г. Проверено 28 мая 2021 г.
- ^ Коши, Джейкоб (12 августа 2020 г.). «Коронавирус | CSIR обсуждает создание «мегалабораторий» для увеличения тестирования на COVID-19» . Индус . ISSN 0971-751X . Проверено 14 августа 2021 г.
- ^ Радхакришнан, Чандни; Дивакар, Мохит Кумар; Джайн, Абхинав; Вишванатан, Прасант; Бхояр, Рахул К.; Веселый, Бани; Имран, Мохамед; Шарма, Диша; Рофина, Мерси; Ранджан, Гьян; Сегал, Парас (2021). «Первоначальные сведения о генетической эпидемиологии изолятов SARS-CoV-2 из Кералы позволяют предположить локальное распространение из-за ограниченного внедрения» . Границы генетики . 12 : 630542. doi : 10.3389/fgene.2021.630542 . ISSN 1664-8021 . ПМК 8010186 . ПМИД 33815467 .
- ^ Рани, Паллавали Роя; Имран, Мохамед; Лакшми, Дж. Виджая; Веселый, Бани; Афсар, С.; Джайн, Абхинав; Дивакар, Мохит Кумар; Суреш, Паньям; Шарма, Диша; Раджеш, Намби; Бхояр, Рахул К. (3 августа 2021 г.). «Изучение геномов и генетической эпидемиологии изолятов SARS-CoV-2 из штата Андхра-Прадеш» . Эпидемиология и инфекции . 149 : е181. дои : 10.1017/S0950268821001424 . ISSN 0950-2688 . ПМЦ 8367868 .
- ^ «Махараштра обращается к IGIB с просьбой провести секвенирование генома образцов коронавируса» . Индийский экспресс . 3 мая 2021 г. Проверено 14 августа 2021 г.
- ^ Гупта, Вивек; Бхояр, Рахул К.; Джайн, Абхинав; Шривастава, Саурабх; Упадхайай, Рашми; Имран, Мохамед; Веселый, Бани; Дивакар, Мохит Кумар; Шарма, Диша; Сегал, Парас; Ранджан, Гьян (2020). «Бессимптомное повторное заражение у двух медицинских работников из Индии с генетически различимым тяжелым острым респираторным синдромом, вызванным коронавирусом 2» . Клинические инфекционные болезни . 73 (9): e2823–e2825. дои : 10.1093/cid/ciaa1451 . ПМЦ 7543380 . ПМИД 32964927 .
- ^ Бану, София; Веселый, Бани; Мукерджи, Пайель; Сингх, Прия; Хан, Шагуфта; Завери, Ламук; Шамбхави, Сакши; Гаур, Намами; Редди, Шашикала; Кавери, К.; Шринивасан, Сивасубраманиан (2020). «Отдельный филогенетический кластер индийских изолятов SARS-CoV-2» . Открытый форум Инфекционные болезни . 7 (11): ofaa434. дои : 10.1093/ofid/ofaa434 . ПМЦ 7543508 . ПМИД 33200080 .
- ^ «Индийская мутация Covid-19 «N440k» обнаружена в одной трети геномов коронавируса штата Андхра-Прадеш» . Декан Вестник . 27 декабря 2020 г. Проверено 28 декабря 2020 г.
- ^ Веселый, Бани; Рофина, Мерси; Шамнат, Афра; Имран, Мохаммед; Бхояр, Рахул К.; Дивакар, Мохит Кумар; Рани, Паллави Роха; Ранджан, Гьян; Сегал, Парас; Чандрасекхар, Пулала; Афсар, С. (26 декабря 2020 г.). «Генетическая эпидемиология вариантов, связанных с уходом иммунной системы от глобальных геномов SARS-CoV-2» . bioRxiv : 2020.12.24.424332. дои : 10.1101/2020.12.24.424332 . S2CID 229935726 .
- ^ Дж, Бина Филомина; Веселый, Бани; Джон, Ниту; Бхояр, Рахул К.; Маджид, Ниша; Сентивел, Винешвар; П., Файроз К.; Рофина, Мерси; Васудеван, Биндху; Имран, Мохамед; Вишванатан, Прашант (24 мая 2021 г.). «Геномное исследование прорывных инфекций, вызванных вакциной SARS-CoV-2, у медицинских работников из Кералы, Индия» . Журнал инфекции . 83 (2): 237–279. дои : 10.1016/j.jinf.2021.05.018 . ISSN 0163-4453 . ПМК 8143909 . ПМИД 34044037 .
- ^ «Технологии CSIR для смягчения последствий COVID-19» (PDF) . Совет научных и промышленных исследований . 14 августа 2021 г.
- ^ «Набор для мультиплексной RT-PCR в реальном времени COVIDsure | качественный анализ RT-PCR на COVID-19» . www.trivitron.com . Проверено 14 августа 2021 г.
- ^ Раджалакшми, Ниранджана (28 октября 2020 г.). «Объяснение: как работает индийский тест Feluda на COVID-19?» . Наука о проводах . Проверено 30 октября 2020 г.
- ^ «ИНСАКОГ | Кафедра биотехнологии» . Правительство Индии, Министерство науки и технологий . Проверено 28 сентября 2021 г.
- ^ Геномика для понимания редких заболеваний Сеть Индийского альянса (GUaRDIAN)
- ^ Сивасуббу С., Скариа В. и др. (Консорциум GUaRDIAN) (сентябрь 2019 г.). «Геномика редких генетических заболеваний – опыт Индии» . Геномика человека . 14 (1): 52. дои : 10.1186/s40246-019-0215-5 . ПМК 6760067 . ПМИД 31554517 .
- ^ Скариа В., Сивасуббу С. (2015). Анализ и интерпретация последовательностей экзома - Справочник для клиницистов (Первое изд.). Читательский рай. ISBN 978-93-82110-58-3 .
- ^ Гупта А., Шарма Ю.К., Веллариккал С.К., Джаяраджан Р., Диксит В., Верма А. и др. (апрель 2016 г.). «Секвенирование всего экзома решает диагностическую дилемму в редком случае спорадического верруциформного акрокератоза» . Журнал Европейской академии дерматологии и венерологии . 30 (4): 695–7. дои : 10.1111/jdv.12983 . ПМИД 25622760 . S2CID 35181817 .
- ^ Гупта А., Шарма Й., Део К., Веллариккал С., Джаяраджан Р., Диксит В. и др. (2015). «Отчет из клинического случая: полное секвенирование экзома помогает в точной молекулярной диагностике у братьев и сестер с редким сочетанием унаследованной по отцовской линии дупликации 22q12 и аутосомно-рецессивного несиндромального ихтиоза» . F1000Исследования . 4 : 446. doi : 10.12688/f1000research.6779.1 . ПМЦ 4648218 . ПМИД 26594337 .
- ^ Веллариккал С.К., Патовари А., Сингх М., Кумари Р., Фарук М., Мастер Д.С. и др. (2014). «Секвенирование экзома выявляет новую мутацию p.L325H в гене KRT5, связанную с аутосомно-доминантным буллезным симплексным эпидермолизом типа Кебнера в большой семье из западной Индии» . Вариации генома человека . 1 (1): 14007. doi : 10.1038/hgv.2014.7 . ПМЦ 4785511 . ПМИД 27081501 .
- ^ Страница направления пациентов «Геномика для понимания редких заболеваний» Сеть Индийского альянса (GUaRDIAN)
- ^ «Геномика для общественного здравоохранения» . сайты.google.com . Проверено 3 сентября 2019 г.
- ^ Джайн, Абхинав; Бхояр, Рахул К.; Пандхаре, Кавита; Мишра, Анушри; Шарма, Диша; Имран, Мохамед; Сентивел, Винешвар; Дивакар, Мохит Кумар; Рофина, Мерси; Веселый, Бани; Батра, Аруши (2020). «IndiGenomes: всеобъемлющий ресурс генетических вариантов более чем 1000 индийских геномов» . Исследования нуклеиновых кислот . 49 (Д1): Д1225–Д1232. дои : 10.1093/nar/gkaa923 . ПМЦ 7778947 . ПМИД 33095885 .
- ^ Веб-сайт HGM-2008. Архивировано 2 октября 2016 года в Wayback Machine .