Список баз данных дрозофилы
Исследованиям модельного организма Drosophila melanogaster способствовало развитие ряда онлайн-баз данных для хранения и обработки определенных биологических данных.
ДроИД
[ редактировать ]База данных взаимодействий дрозофилы (DroID) представляет собой онлайн-базу данных о дрозофилы . взаимодействии генов и белков [1] Он был разработан лабораторией Рассела Л. Финли на медицинском факультете Университета штата Уэйн в 2008 году и финансировался Национальным научно-исследовательским институтом генома человека , Национальным центром исследовательских ресурсов Национального института здравоохранения, Мичиганским протеомным консорциумом и Государственным университетом Уэйна. . [2] [3]
FlyBase
[ редактировать ]FlyBase — это крупнейшая онлайн-база данных для ученых, работающих с дрозофилой . [4] Он содержит данные о геноме различных видов дрозофил , аннотации генов, прогнозы функций генов и различные экспериментальные данные, которые можно накладывать на геном. [5] FlyBase был разработан в 1992 году Майклом Эшбернером в Кембриджском университете , но сейчас им управляет консорциум групп из Гарвардского университета , Кембриджского университета, Университета Индианы и Университета Нью-Мексико . [6] [5]
FlyFactorОпрос
[ редактировать ]FlyFactorSurvey представляет собой базу данных дрозофилы факторов транскрипции , определенных с использованием бактериальной одногибридной системы . [7] Он был разработан лабораториями Майкла Х. Бродского и Скотта Вулфа в Медицинской школе Массачусетского университета в 2011 году и финансировался Национальным институтом исследований генома человека. [8]
ФлайМайн
[ редактировать ]FlyMine — это база данных транскрипции, экспрессии белков и других данных о белках для видов Drosophila и Anopheles . [9] Первоначально он был разработан группой Госа Миклема в Кембриджском университете в 2007 году. [10] FlyMine финансируется главным образом Wellcome Trust , а элементы базы данных поддерживаются Национальным институтом исследований генома человека и Исследовательским советом по биотехнологиям и биологическим наукам . [11]
OnTheFly
[ редактировать ]OnTheFly представляет собой базу данных факторов транскрипции D. melanogaster и последовательностей ДНК, с которыми они связываются. [12] [13] Он был разработан лабораторией Барри Хонига в Медицинской школы Колумбийского университета 2013 году. [12]
REDfly
[ редактировать ]REDfly (База данных регуляторных элементов) — это база данных дрозофилы цис-регуляторных элементов . [14] Он был разработан лабораторией Марка С. Халфона в Университете Буффало в 2006 году и финансировался Национальным научным фондом и Национальным институтом общих медицинских наук . [15]
Ссылки
[ редактировать ]- ^ «DroID — База данных о взаимодействиях дрозофил» . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Ю, Цзинкай; Пасифико, Светлана; Лю, Гочжэнь; Финли-младший, Рассел Л. (2008). «DroID: База данных взаимодействий дрозофилы, комплексный ресурс для аннотированных взаимодействий генов и белков» . БМК Геномика . 9 : 461. дои : 10.1186/1471-2164-9-461 . ПМЦ 2572628 . ПМИД 18840285 .
- ^ "О нас" . ДроИД . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Сен-Пьер, Сьюзен; Маккуилтон, Питер (2009). «Внутри базы Fly : Биокурация как карьера» . Летать . 3 (1): 112–114. дои : 10.4161/fly.3.1.7769 . ПМЦ 2837272 . ПМИД 19182544 .
- ^ Jump up to: а б Термонд, Джим; Гудман, Джошуа Л.; Стрелец Виктор Борисович; Аттрилл, Хелен; Граматс, Л. Сиан; Мэриголд, Стивен Дж.; Мэтьюз, Беверли Б.; Милберн, Джиллиан; Антонаццо, Джулия; Тровиско, Витор; Кауфман, Томас С.; Кальви, Брайан Р.; Перримон, Норберт; Гелбарт, Сьюзен Руссо; Агапит, Джули; Бролл, Крис; Кросби, Линн; Сантос, Жилберту дос; Эммерт, Дэвид; Граматс, Л. Сиан; Фолс, Кэтлин; Дженкинс, Виктория; Мэтьюз, Беверли; Сазерленд, Кэрол; Табоне, Кристофер; Чжоу, Пинглей; Зиткович, Марк; Браун, Ник; Антонаццо, Джулия; и др. (2019). «Fly Base 2.0: Следующее поколение» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д759–Д765. дои : 10.1093/nar/gky1003 . ПМК 6323960 . ПМИД 30364959 .
- ^ «FlyBase:О программе» . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Чжу, Лихуа Джули; Кристенсен Райан Дж; Каземян Маджид; Халл Кристофер Дж; Энуаме Метево Селасе; Башотта Мэтью Д; Брэйсфилд Джесси А; Чжу Цун; Асриян Юна; Лапуант Дэвид С; Синха Саурабх; Вулф Скот А; Бродский Михаил Х (январь 2011 г.). «FlyFactorSurvey: база данных специфичностей связывания транскрипционных факторов дрозофилы, определенных с использованием бактериальной одногибридной системы» . Нуклеиновые кислоты Рез . 39 (Проблема с базой данных). Англия: D111-7. дои : 10.1093/nar/gkq858 . ПМК 3013762 . ПМИД 21097781 .
- ^ «Домашняя страница FlyFactorSurvey» . Массачусетский университет . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ «О компании FlyMine» . 17 ноября 2014 г. Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Лайн, Рэйчел; Смит, Ричард; Резерфорд, Ким; Уэйклинг, Мэтью; Варлей, Эндрю; Гийе, Франсуа; Янссенс, Хильда; Цзи, Вэньян; Макларен, Питер; Норт, Филип; Рана, Дебашис; Райли, Том; Салливан, Джули; Уоткинс, Ксавье; Вудбридж, Марк; Лилли, Кэтрин; Рассел, Стив; Эшбернер, Майкл; Мизугути, Кендзи; Миклем, Гос (2007). «Fly Mine : интегрированная база данных по геномике дрозофил и Anopheles» . Геномная биология . 8 (7): 129 рандов. дои : 10.1186/gb-2007-8-7-r129 . ПМК 2323218 . ПМИД 17615057 .
- ^ «ФлайМайн» . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Jump up to: а б Шазман, Шула; Ли, Хунджун; Сокол, Яков; Манн, Ричард С.; Хониг, Барри (2014). «OnTheFly: база данных факторов транскрипции Drosophila melanogaster melanogaster и мест их связывания» . Исследования нуклеиновых кислот . 42 (Проблема с базой данных): D167–D171. дои : 10.1093/нар/gkt1165 . ПМЦ 3965123 . ПМИД 24271386 .
- ^ «Домашняя страница OnTheFly» . Хонигская лаборатория . Проверено 10 июля 2019 г.
- ^ Ривера, Джон; Керанен, Соиле В.Е.; Галло, Стивен М.; Халфон, Марк С. (2019). «REDfly: База данных регуляторных элементов транскрипции дрозофилы» . Исследования нуклеиновых кислот . 47 (Д1): Д828–Д834. дои : 10.1093/nar/gky957 . ПМК 6323911 . ПМИД 30329093 .
- ^ «REDfly О нас» . REDfly . Проверено 10 июля 2019 г.